genome.fa.s8933.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008933.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112249_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2862162

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1910207--1910241	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
1911761--1911789	13	2.2	13	100	0	58	37	0	6	55	1.27
1913280--1913327	23	2.1	23	100	0	96	25	25	25	25	2.00
1919528--1919613	43	2.0	42	91	6	138	26	16	13	43	1.86
1919850--1920122	44	6.4	43	76	12	249	50	6	18	24	1.71
1920121--1920343	43	5.2	42	72	8	189	49	5	20	24	1.69
1920121--1920343	86	2.6	86	97	0	428	49	5	20	24	1.69
1919965--1920264	159	1.9	156	80	6	354	50	6	20	23	1.70
1928490--1928517	9	3.1	9	100	0	56	35	10	0	53	1.36
1933079--1933118	2	20.0	2	94	0	71	50	0	2	47	1.14
1933839--1933872	18	1.9	17	94	5	59	41	11	11	35	1.78
1941454--1941512	29	2.0	29	96	0	109	25	13	13	47	1.79
1946109--1946167	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
1952677--1952726	2	25.0	2	91	0	82	50	0	4	46	1.20
1959019--1959048	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1965423--1965462	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
1967174--1967213	2	20.0	2	94	0	71	50	0	2	47	1.14
1967934--1967967	18	1.9	17	94	5	59	41	11	11	35	1.78
1971756--1971803	25	1.9	25	82	0	60	0	31	14	54	1.41
1972281--1972378	3	32.7	3	97	0	187	65	0	1	33	1.00
1972695--1973356	113	5.9	113	92	1	988	29	19	12	38	1.89
1974087--1975126	83	12.5	83	98	0	1983	35	22	14	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1976257--1976322	1	66.0	1	75	0	60	0	12	0	87	0.53
1976257--1976322	11	6.1	11	82	10	91	0	12	0	87	0.53
1976256--1976325	25	2.7	26	86	8	106	0	14	0	85	0.59
1976257--1976325	21	3.5	20	82	9	79	0	13	0	86	0.56
1988403--1988450	25	1.9	25	82	0	60	0	31	14	54	1.41
1988927--1989008	3	27.7	3	95	2	148	64	0	1	34	1.01
1992549--1992595	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
1998943--1998997	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
2000722--2000757	2	18.0	2	94	0	63	50	0	2	47	1.15
2001475--2001508	18	1.9	17	94	5	59	41	11	11	35	1.78
2006725--2006760	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2008598--2008697	34	2.8	34	86	11	123	42	15	23	20	1.89
2008613--2008696	34	2.4	34	92	6	132	42	14	22	20	1.88
2008706--2009629	53	17.4	53	90	1	1390	33	18	24	23	1.97
2009912--2009952	8	5.0	8	90	3	64	58	0	2	39	1.11
2011111--2011159	26	1.9	26	83	4	64	20	12	32	34	1.90
2013180--2013684	43	11.7	41	73	14	278	51	5	18	24	1.68
2013350--2013685	130	2.6	131	77	8	303	51	5	19	24	1.67
2013180--2013715	86	6.2	86	73	13	320	51	5	18	24	1.68
2013595--2013713	44	2.8	43	82	10	138	56	5	13	24	1.59
2015127--2015388	132	2.0	135	90	2	413	27	18	17	37	1.93
2026191--2026216	12	2.2	12	100	0	52	38	34	7	19	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2028053--2028079	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2029780--2029819	2	20.0	2	89	0	62	50	0	5	45	1.23
2030540--2030573	18	1.9	17	94	5	59	41	11	11	35	1.78
2042961--2043019	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
2046751--2046783	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2047987--2048032	9	4.8	10	89	5	60	17	26	32	23	1.97
2047970--2048039	10	7.3	9	79	9	68	17	25	30	27	1.97
2047969--2048039	28	2.4	30	90	4	110	18	25	29	26	1.98
2048060--2048109	17	2.9	17	96	0	91	18	42	24	16	1.89
2048099--2048129	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
2048999--2049075	31	2.5	31	82	2	100	14	25	31	28	1.95
2048999--2049122	63	2.0	63	82	6	153	16	27	29	26	1.97
2049129--2050157	514	2.0	514	99	0	2031	29	11	17	41	1.85
2055837--2055915	9	8.3	9	79	10	86	16	25	30	27	1.97
2055836--2055913	19	4.1	19	85	6	95	17	23	30	28	1.97
2055852--2055915	28	2.2	28	94	2	110	15	25	31	28	1.96
2055911--2055938	14	2.0	14	100	0	56	21	50	21	7	1.72
2055909--2055985	17	4.4	17	85	6	109	18	44	23	14	1.86
2055975--2056005	7	4.4	7	100	0	62	16	29	29	25	1.96
2056875--2056951	31	2.5	31	82	2	100	14	25	31	28	1.95
2056875--2056998	63	2.0	63	82	6	153	16	27	29	26	1.97
2063332--2063359	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2064080--2064113	18	1.9	17	94	5	59	41	11	11	35	1.78
2076043--2076069	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2078531--2078564	18	1.9	17	94	5	59	41	11	11	35	1.78
2080176--2080234	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
2084858--2084916	29	2.0	29	96	0	109	50	11	13	23	1.74
2089501--2089530	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2091326--2091384	29	2.0	29	100	0	118	23	13	13	49	1.78
2092497--2092834	168	2.0	167	98	1	651	34	15	29	20	1.93
2096743--2096800	29	2.0	29	96	3	109	24	13	13	48	1.79
2097582--2097697	57	2.0	57	96	3	216	32	19	13	33	1.91
2101599--2101648	2	25.5	2	95	4	93	48	0	0	52	1.00
2103353--2103397	2	22.0	2	90	4	72	48	0	4	46	1.22
2104113--2104146	18	1.9	17	88	5	50	44	11	8	35	1.72
2112262--2112564	82	3.7	82	74	5	265	33	19	15	31	1.94
2114534--2114643	29	3.8	29	88	0	166	44	21	9	24	1.81
2114506--2114643	58	2.4	59	82	4	165	43	22	7	26	1.80
2114651--2114685	18	2.0	18	88	5	54	14	22	45	17	1.84
2116367--2116416	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
2117307--2117708	202	2.0	200	99	0	786	21	23	29	25	1.99
2118170--2118254	43	2.0	41	88	8	127	28	14	14	43	1.83
2123240--2123286	12	3.6	13	91	8	78	12	17	53	17	1.73
2123681--2123711	16	1.9	16	100	0	62	32	6	25	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2124462--2124493	15	2.1	16	94	5	57	50	18	25	6	1.70
2127755--2127802	14	3.6	14	88	11	82	12	16	54	16	1.72
2127755--2127795	12	3.2	12	93	6	64	14	14	56	14	1.69
2131439--2131494	24	2.3	24	96	0	103	14	25	32	28	1.94
2135618--2135879	132	2.0	135	92	2	440	27	18	18	35	1.94
2140171--2140205	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2142655--2142688	18	1.9	17	94	5	59	41	11	11	35	1.78
2145170--2145260	25	3.2	29	86	13	145	40	0	0	59	0.97
2152176--2152218	20	2.2	19	84	12	52	6	11	6	74	1.21
2152307--2152338	15	2.0	17	88	11	50	46	6	15	31	1.71
2152504--2152912	195	2.1	195	83	2	518	31	19	13	35	1.91
2157894--2157946	21	2.4	23	84	6	65	54	0	7	37	1.29
2158263--2158295	17	1.9	17	100	0	66	63	12	0	24	1.28
2158427--2158461	16	2.2	16	94	0	61	37	8	0	54	1.31
2160527--2160585	30	2.0	30	86	0	82	38	3	10	47	1.54
2165074--2165115	20	2.1	20	90	0	66	59	9	4	26	1.48
2178594--2178633	21	1.9	21	94	0	71	35	12	27	25	1.92
2181884--2181961	26	2.9	26	92	5	120	30	10	19	39	1.85
2187999--2188353	164	2.2	165	93	4	612	22	17	26	33	1.96
2188417--2188713	105	2.8	104	96	1	549	21	18	25	34	1.96
2189462--2189505	22	2.1	21	83	8	54	0	20	2	77	0.88
2196937--2196965	15	1.9	15	100	0	58	31	13	13	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2198856--2198883	14	2.0	14	100	0	56	57	21	0	21	1.41
2201644--2201847	41	5.0	41	79	10	206	29	17	17	36	1.92
2214185--2214210	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2217093--2217276	82	2.2	81	92	1	296	32	21	14	31	1.93
2217094--2217289	41	4.7	41	73	10	175	32	21	13	32	1.92
2220094--2220135	13	3.2	13	86	0	57	28	21	14	35	1.92
2220107--2220270	85	1.9	85	83	4	215	31	21	18	28	1.97
2221164--2221209	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2230433--2230481	17	2.9	17	84	0	62	26	18	32	22	1.97
2231184--2231219	19	1.9	19	88	5	56	30	2	16	50	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14