genome.fa.s8933.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008933.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112249_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2862162

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

This is table  12  of  14  ( 1568 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2438688--2438772	29	2.9	28	76	13	91	40	20	23	16	1.91
2439416--2439448	17	1.9	17	93	0	57	15	21	42	21	1.89
2439416--2439459	17	2.6	17	85	0	52	18	18	40	22	1.91
2446995--2447405	138	3.0	138	86	4	521	25	24	20	29	1.99
2453379--2453411	15	2.2	15	94	0	57	30	36	18	15	1.91
2457548--2457970	138	3.1	137	86	3	546	28	23	17	30	1.97
2457580--2458091	138	3.7	137	80	5	516	28	23	17	31	1.97
2457580--2458091	276	1.9	276	80	4	622	28	23	17	31	1.97
2461050--2461082	16	2.0	17	88	5	50	33	18	9	39	1.82
2462477--2462526	21	2.4	21	82	0	55	36	20	18	26	1.95
2463573--2463610	20	1.9	20	94	0	67	47	26	13	13	1.79
2464033--2464065	4	8.0	4	93	6	57	72	0	27	0	0.85
2467765--2468771	138	7.3	138	88	5	1289	27	22	17	32	1.96
2467677--2468771	408	2.7	413	85	5	1441	27	22	17	32	1.96
2469555--2469608	25	2.1	27	93	6	94	44	3	20	31	1.69
2472065--2472106	21	2.0	21	100	0	84	57	0	9	33	1.31
2472927--2472986	24	2.5	24	77	17	61	21	3	8	66	1.33
2473858--2473976	24	5.0	24	87	4	168	39	20	14	26	1.90
2473858--2473994	72	1.9	72	83	5	179	40	19	14	24	1.89
2484326--2484734	138	3.0	138	94	1	714	25	22	22	29	1.99
2486349--2486455	26	4.1	26	97	1	196	31	19	8	40	1.82
2489061--2489255	91	2.1	91	88	2	284	41	12	10	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2489303--2489422	59	2.0	59	82	9	147	32	18	6	42	1.76
2492764--2493083	138	2.3	137	83	6	391	25	23	18	33	1.97
2494805--2495020	91	2.4	91	81	6	249	43	11	9	36	1.72
2497041--2497145	24	4.3	23	80	7	102	38	17	19	25	1.93
2497041--2497097	25	2.3	24	84	3	69	42	15	17	24	1.88
2501682--2501756	24	3.1	24	80	5	71	46	17	13	22	1.82
2501692--2501799	24	4.5	24	86	6	137	40	19	16	23	1.91
2502844--2502923	29	2.9	27	73	24	69	40	0	5	55	1.22
2503678--2503727	24	2.0	25	96	3	93	56	12	8	24	1.62
2505324--2505448	32	3.9	31	76	11	119	52	4	14	28	1.62
2505329--2505448	62	1.9	65	81	11	151	51	4	15	29	1.61
2516253--2516521	138	1.9	138	85	5	375	24	23	18	33	1.97
2517911--2517951	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
2518771--2518929	49	3.0	49	88	10	201	40	9	11	38	1.74
2518827--2518948	60	2.0	60	100	0	244	34	9	13	42	1.77
2520058--2520115	29	2.0	30	82	3	73	17	20	13	48	1.81
2520473--2520543	35	2.0	35	81	10	83	15	16	35	32	1.91
2520785--2520848	29	2.2	30	88	2	94	57	17	7	17	1.62
2524277--2524321	4	11.2	4	87	0	63	44	0	4	51	1.21
2524277--2524321	6	7.5	6	87	0	63	44	0	4	51	1.21
2524277--2524321	10	4.5	10	91	0	63	44	0	4	51	1.21
2526279--2526461	83	2.2	84	80	10	223	25	21	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2526446--2526497	20	2.6	19	76	11	50	23	26	23	26	2.00
2535794--2535819	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2541071--2541169	50	2.0	50	97	0	189	34	4	22	39	1.73
2543583--2543770	60	3.1	60	81	3	207	39	4	23	32	1.74
2543932--2544110	89	2.0	89	96	0	331	51	6	11	30	1.63
2544719--2544745	5	5.4	5	100	0	54	18	40	0	40	1.51
2552255--2552420	59	2.8	59	83	6	192	31	21	5	42	1.75
2552589--2552733	59	2.4	59	76	5	148	40	4	21	33	1.74
2554597--2554643	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
2557669--2557716	20	2.4	20	100	0	96	37	27	12	22	1.90
2557799--2557837	3	13.0	3	88	0	60	61	2	0	35	1.10
2558001--2559676	76	22.1	76	97	0	3084	35	21	20	21	1.96
2561684--2561844	74	2.2	75	85	3	209	29	20	16	33	1.95
2562956--2563164	114	1.8	114	90	2	339	32	20	15	32	1.94
2565323--2565377	11	5.1	11	76	12	60	0	14	0	85	0.60
2570011--2570061	20	2.5	21	81	12	63	64	0	5	29	1.17
2572150--2572211	3	21.0	3	86	3	81	66	3	0	30	1.08
2572590--2572671	36	2.3	36	100	0	164	43	29	0	26	1.55
2573357--2573393	19	1.9	19	88	0	56	35	16	35	13	1.88
2573401--2573435	17	2.1	17	88	0	52	51	0	5	42	1.25
2573459--2573493	10	3.5	10	88	11	54	80	2	0	17	0.84
2573752--2573897	65	2.3	65	88	5	208	43	1	10	44	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2574166--2574384	108	2.0	109	95	3	399	35	6	8	49	1.59
2574928--2575010	40	2.1	40	88	4	123	30	24	19	26	1.98
2576269--2576325	21	2.8	20	84	7	69	22	22	21	33	1.97
2586473--2586497	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2586835--2587851	112	9.1	112	91	2	1629	45	14	14	24	1.83
2586835--2587851	223	4.6	224	93	1	1652	45	14	14	24	1.83
2586838--2587851	335	3.0	335	95	1	1759	45	14	14	24	1.83
2588298--2588342	23	2.0	23	90	0	72	42	17	4	35	1.70
2592148--2592172	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2592161--2592283	63	2.0	63	96	0	228	33	13	21	32	1.91
2592577--2592885	126	2.4	127	78	7	288	48	6	19	25	1.71
2592559--2592956	43	9.3	43	72	10	223	49	6	18	26	1.70
2592654--2592845	84	2.3	83	80	8	199	49	6	19	24	1.72
2592684--2592955	128	2.1	127	79	11	288	50	6	17	26	1.70
2598879--2598986	54	2.0	54	100	0	216	42	9	18	29	1.81
2612242--2612280	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2614749--2614929	53	3.4	53	96	3	337	38	14	14	32	1.88
2617686--2617740	24	2.3	24	90	0	83	25	20	23	30	1.98
2619340--2619422	23	3.6	23	86	0	121	22	21	21	33	1.97
2620701--2620746	20	2.2	21	84	3	58	15	4	43	36	1.66
2621019--2621059	14	3.1	14	76	20	52	39	0	4	56	1.21
2628562--2628587	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2628657--2628687	14	2.2	14	94	0	53	41	6	9	41	1.63
2629182--2629257	26	3.0	25	79	9	75	51	1	2	44	1.23
2629525--2630104	290	2.0	291	99	0	1153	41	17	14	25	1.88
2632296--2632387	38	2.4	38	75	0	103	41	10	14	33	1.80
2632524--2632566	20	2.2	20	86	0	59	32	11	18	37	1.87
2639763--2639955	54	3.7	54	83	7	238	30	21	8	38	1.84
2642443--2642511	28	2.5	28	97	0	129	52	26	13	8	1.69
2642516--2642745	105	2.2	104	81	0	271	40	15	19	24	1.90
2643223--2643252	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2645767--2645897	54	2.4	57	84	10	189	39	16	13	30	1.87
2645789--2645897	54	2.0	53	94	1	191	39	16	13	30	1.87
2647230--2647282	20	2.7	19	81	13	63	49	3	1	45	1.31
2649505--2649768	135	2.0	135	88	1	395	24	17	28	29	1.97
2649591--2649984	218	1.8	218	82	4	517	24	17	30	27	1.97
2650135--2650298	63	2.5	63	77	8	152	42	12	15	30	1.83
2650291--2650353	29	2.1	29	82	8	74	31	11	14	42	1.80
2650897--2651024	36	3.5	35	80	10	123	36	10	21	32	1.87
2651484--2651541	4	15.0	4	78	7	57	29	0	18	51	1.47
2651484--2651535	20	2.8	18	94	5	86	28	0	19	51	1.47
2651740--2651802	33	1.9	32	84	9	83	30	25	14	30	1.95
2652847--2652912	18	3.7	17	78	11	60	0	15	9	75	1.03
2652840--2652881	16	2.5	17	88	11	61	0	14	9	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2652847--2652912	19	3.6	18	80	13	64	0	15	9	75	1.03
2652827--2652912	35	2.4	35	76	16	86	1	16	9	73	1.15
2653115--2653167	20	2.7	20	90	0	79	16	26	24	32	1.97
2660210--2660300	43	2.1	43	89	4	139	45	2	25	27	1.65
2663429--2663474	20	2.3	20	88	0	74	41	21	23	13	1.88
2663429--2663515	30	2.9	30	77	5	86	36	20	27	14	1.92
2664371--2664416	18	2.7	18	75	18	53	50	0	0	50	1.00
2675060--2675101	3	14.3	3	90	5	68	35	0	0	64	0.94
2675586--2675646	32	1.9	32	86	6	88	42	3	22	31	1.70
2681393--2681421	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14