genome.fa.s8933.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008933.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112249_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2862162

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2232406--2232453	24	2.0	23	92	4	78	41	14	27	16	1.87
2236861--2236910	21	2.3	21	86	6	64	36	0	4	60	1.16
2239070--2239258	100	1.9	100	95	0	342	35	16	17	30	1.92
2243021--2243047	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
2243953--2244079	60	2.1	60	80	7	141	40	7	21	31	1.80
2253350--2253384	18	1.9	18	88	0	52	68	5	0	25	1.11
2253960--2253997	19	2.0	20	89	5	60	39	2	0	57	1.12
2257753--2257802	21	2.5	20	84	9	66	52	16	20	12	1.75
2257759--2257824	21	3.0	22	84	4	80	56	12	16	15	1.68
2257988--2258028	16	2.6	16	88	7	57	65	2	2	29	1.18
2258430--2258470	2	20.0	2	95	5	73	48	0	2	48	1.14
2259605--2259641	2	20.0	2	84	15	53	51	0	0	48	1.00
2261055--2261121	22	3.0	23	68	16	59	23	20	14	40	1.90
2284692--2284802	14	8.3	14	66	15	65	52	0	1	45	1.17
2284704--2284776	33	2.3	32	78	15	82	52	1	2	43	1.24
2286618--2286697	5	15.8	5	78	12	74	75	2	3	18	1.07
2286617--2286867	9	28.0	9	69	16	71	72	2	6	19	1.18
2286646--2286867	15	15.6	14	66	21	72	71	1	7	19	1.18
2286617--2286741	49	2.5	48	78	12	119	71	1	7	20	1.18
2286762--2286867	7	14.6	7	73	14	56	74	2	2	19	1.07
2286765--2286867	22	4.8	21	72	17	68	73	2	2	20	1.09
2286769--2286866	35	2.7	36	78	10	103	73	3	3	20	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2286938--2286991	23	2.3	23	90	6	83	75	0	5	18	0.98
2286942--2287002	31	2.0	31	87	6	88	73	0	6	19	1.04
2286958--2286990	17	1.9	17	88	11	50	78	0	3	18	0.87
2286939--2287118	15	12.5	14	69	20	70	68	0	4	26	1.12
2287035--2287110	9	8.2	9	88	5	71	72	0	1	26	0.93
2287051--2287110	3	20.7	3	93	6	106	70	0	0	30	0.88
2288617--2289785	84	14.1	83	79	4	1194	24	20	25	29	1.99
2288581--2289777	583	2.1	580	92	1	1986	24	20	25	30	1.99
2288606--2289789	418	2.9	415	90	1	1743	24	20	25	30	1.99
2293191--2293235	19	2.4	19	96	3	83	68	8	11	11	1.39
2294935--2295016	5	16.8	5	79	12	73	75	2	3	18	1.06
2294935--2295187	9	27.3	9	68	19	62	72	2	6	18	1.17
2294934--2295187	14	18.0	14	67	18	79	72	2	6	19	1.18
2295132--2295187	23	2.5	21	80	11	67	75	1	1	21	0.99
2295193--2295252	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
2295266--2295329	8	8.0	8	71	11	51	76	0	4	18	0.95
2295267--2295331	17	4.1	16	74	20	64	75	0	4	20	0.98
2295250--2295328	31	2.4	33	81	16	92	73	1	6	18	1.11
2295261--2295420	14	11.5	14	66	19	59	68	0	5	25	1.14
2295260--2295336	23	3.2	23	85	12	86	72	0	5	22	1.04
2295373--2295412	3	13.7	3	94	5	73	70	0	0	30	0.88
2298133--2298159	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2300313--2300382	29	2.3	31	82	4	81	31	17	5	45	1.71
2303628--2303652	13	1.9	13	100	0	50	36	16	24	24	1.94
2303781--2303841	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
2303772--2303891	35	3.3	37	88	6	174	32	5	19	43	1.72
2308355--2308502	35	4.2	35	84	9	167	33	4	19	42	1.72
2308355--2308499	72	2.1	70	83	8	179	33	4	19	42	1.72
2315461--2315529	23	3.0	23	75	10	63	71	0	2	26	1.00
2315469--2315525	29	1.9	30	82	10	73	71	0	3	24	1.01
2315501--2315531	16	2.0	15	93	6	53	64	0	6	29	1.18
2315564--2315604	21	1.9	22	90	5	66	75	0	4	19	0.98
2316167--2316229	19	3.2	19	75	4	54	55	12	0	31	1.37
2316132--2316329	64	2.8	68	80	12	206	57	12	1	28	1.44
2316187--2316351	76	2.2	76	87	3	244	56	10	2	30	1.47
2319407--2319504	50	2.0	50	97	0	187	42	21	12	23	1.86
2321830--2321904	29	2.6	29	84	2	105	38	18	24	18	1.93
2322958--2323000	18	2.4	18	80	0	50	37	9	0	53	1.33
2323923--2323962	21	1.9	21	89	0	62	37	17	17	27	1.92
2324768--2324824	21	2.7	21	83	0	69	24	28	17	29	1.97
2325644--2325683	20	2.0	20	95	0	71	45	25	12	17	1.83
2326036--2326068	17	2.0	16	94	5	57	72	0	21	6	1.05
2329848--2330391	138	3.9	138	89	2	711	27	22	17	32	1.97
2331973--2332027	26	2.1	26	86	10	76	30	20	9	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2333645--2333675	16	1.9	16	100	0	62	41	19	12	25	1.87
2335298--2335347	3	17.3	3	87	8	77	62	2	0	36	1.07
2335298--2335360	17	3.7	17	89	4	83	58	1	0	39	1.07
2335588--2336169	54	10.8	54	83	8	584	21	24	18	34	1.96
2336153--2337225	55	19.5	55	86	3	1365	29	24	14	31	1.94
2336716--2336742	10	2.7	10	100	0	54	37	29	0	33	1.58
2337575--2337707	37	3.6	37	92	1	203	24	16	23	36	1.94
2346816--2347166	179	2.0	172	96	3	639	30	20	15	32	1.94
2347785--2347845	30	2.1	29	96	3	113	24	42	9	22	1.84
2356676--2356720	24	2.0	23	87	12	67	66	6	2	24	1.27
2356946--2356982	17	2.2	17	100	0	74	54	16	0	29	1.43
2366690--2366983	92	3.2	91	90	3	421	41	13	10	34	1.79
2368414--2368470	30	1.9	30	82	7	71	12	31	14	42	1.82
2368500--2368599	30	3.4	29	78	6	96	19	26	15	40	1.90
2368977--2369025	15	3.3	15	85	0	71	44	8	32	14	1.74
2371330--2371960	138	4.6	138	82	2	712	28	21	18	31	1.97
2371309--2371960	276	2.4	275	86	2	851	28	21	18	31	1.97
2376243--2376408	30	5.6	29	72	13	115	17	26	12	43	1.84
2376229--2376418	60	3.2	58	71	12	161	15	28	11	44	1.81
2379201--2379498	43	6.9	43	81	6	309	33	18	22	24	1.96
2379221--2379498	85	3.2	86	85	2	364	34	19	22	24	1.96
2379201--2379495	129	2.3	128	84	5	389	33	18	22	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2379526--2379711	84	2.2	83	79	7	189	31	18	24	25	1.98
2379526--2379713	42	4.5	41	75	10	157	30	19	23	26	1.98
2379787--2379820	16	2.2	15	94	5	59	64	20	0	14	1.28
2381470--2381890	210	2.0	211	99	0	835	34	17	18	29	1.94
2382795--2383189	41	9.5	41	87	1	531	32	20	21	25	1.97
2382810--2383157	166	2.1	165	95	0	624	35	20	20	24	1.96
2384326--2384368	19	2.3	19	83	0	59	41	18	11	27	1.85
2385751--2385871	30	4.0	30	75	12	97	18	26	12	42	1.85
2393509--2393931	138	3.1	137	85	3	546	27	23	17	30	1.97
2393541--2393984	138	3.2	137	81	3	516	27	23	18	31	1.97
2396882--2396985	29	3.6	30	84	6	108	38	19	27	14	1.90
2396901--2396985	29	2.9	29	89	0	125	40	20	25	14	1.90
2397512--2397541	13	2.3	13	94	0	51	36	23	23	16	1.94
2398360--2398457	50	2.0	50	100	0	196	42	20	12	24	1.86
2398906--2398956	26	2.0	26	96	3	95	41	15	11	31	1.83
2400793--2400867	29	2.6	29	84	2	105	38	18	24	18	1.93
2402630--2402792	65	2.5	64	86	2	236	26	15	26	30	1.96
2402740--2402790	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2402634--2402841	65	3.2	65	82	11	223	26	17	25	29	1.97
2403105--2403147	18	2.4	18	80	0	50	37	9	0	53	1.33
2404901--2404957	21	2.7	21	83	0	69	24	28	17	29	1.97
2405776--2405815	20	2.0	20	95	0	71	45	25	12	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2406254--2406286	17	2.0	16	94	5	57	72	0	21	6	1.05
2410074--2410590	138	3.7	138	90	2	720	27	23	17	32	1.96
2414218--2414496	92	3.0	92	88	2	393	43	13	9	34	1.76
2416057--2416163	30	3.6	29	82	5	106	17	29	12	40	1.86
2416071--2416224	60	2.6	60	78	9	165	18	27	13	40	1.88
2416056--2416220	30	5.6	28	78	6	98	17	29	13	40	1.88
2416598--2416646	15	3.3	15	85	0	71	44	8	32	14	1.74
2421627--2421682	29	1.9	29	92	0	94	48	12	21	17	1.80
2424805--2425402	138	4.3	138	91	0	955	28	21	16	34	1.94
2431808--2432186	192	2.0	192	99	0	749	28	17	21	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14