genome.fa.s8933.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008933.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112249_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2862162

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2683630--2683665	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2703685--2703732	21	2.3	21	96	0	87	41	12	18	27	1.86
2708345--2708392	21	2.3	21	92	0	78	43	10	18	27	1.82
2712600--2712636	17	2.2	17	90	4	58	70	5	0	24	1.08
2716954--2716984	14	2.2	14	100	0	62	6	32	6	54	1.51
2719804--2719839	10	3.5	10	85	7	54	8	5	8	77	1.11
2719791--2719841	21	2.4	21	96	0	93	11	3	7	76	1.13
2719804--2719840	11	3.5	11	79	20	51	8	5	8	78	1.09
2719710--2719968	117	2.3	114	87	4	371	34	5	8	51	1.55
2719905--2719953	20	2.5	20	93	3	82	12	6	10	71	1.30
2722825--2722950	61	2.1	61	100	0	252	41	7	29	21	1.81
2723874--2724037	60	2.7	59	80	9	188	43	6	20	29	1.77
2723910--2724009	31	3.3	30	70	23	84	41	5	23	31	1.75
2724267--2724311	10	4.8	10	73	15	51	62	0	2	35	1.08
2724286--2724330	21	2.1	23	88	12	69	60	2	4	33	1.29
2724330--2724383	20	2.7	20	91	5	83	16	1	9	72	1.19
2724329--2724383	10	5.5	10	75	0	56	16	1	9	72	1.18
2724920--2724994	37	2.1	37	82	7	91	40	8	14	37	1.76
2730301--2730330	12	2.5	12	100	0	60	60	0	23	16	1.36
2730628--2730687	21	2.7	21	82	7	75	63	3	0	33	1.11
2731230--2731326	37	2.6	37	85	6	135	42	16	9	31	1.80
2731929--2731967	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2732062--2732120	17	3.5	17	72	6	57	22	0	5	72	1.03
2732202--2732250	12	4.2	11	80	12	53	18	6	0	75	1.00
2736695--2736745	23	2.3	23	86	3	68	76	5	17	0	0.98
2736736--2736767	13	2.4	13	94	5	55	81	12	0	6	0.87
2737384--2737439	22	2.5	23	85	2	78	39	23	10	26	1.87
2737782--2737835	20	2.7	19	82	5	63	31	25	18	24	1.97
2738022--2738065	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
2738324--2738367	20	2.2	20	87	0	61	11	18	20	50	1.77
2738504--2738558	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
2739687--2739734	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
2740269--2740314	20	2.3	20	85	7	58	39	26	19	15	1.91
2740286--2740323	20	2.0	20	89	5	60	36	23	21	18	1.95
2740308--2740404	19	5.6	19	70	22	88	47	20	18	13	1.82
2740324--2740382	14	3.9	14	72	20	55	49	22	16	11	1.78
2740308--2740401	33	2.8	33	95	0	161	47	20	18	13	1.82
2740411--2740441	14	2.3	13	94	5	53	6	12	25	54	1.62
2740442--2740497	20	2.8	19	81	7	67	19	25	19	35	1.95
2741822--2741856	11	3.2	11	83	0	52	51	25	0	22	1.48
2744068--2744107	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2744089--2744152	22	2.9	21	81	6	65	15	25	39	20	1.92
2746201--2746264	30	2.1	30	85	0	83	34	28	18	18	1.95
2746931--2747096	64	2.6	64	82	7	194	25	18	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2747061--2747482	208	2.0	208	98	1	821	29	23	13	33	1.92
2750654--2750717	30	2.1	30	85	0	83	34	28	18	18	1.95
2750874--2750909	17	2.0	19	89	10	58	38	11	5	44	1.63
2751394--2751559	64	2.6	64	82	7	194	26	19	18	35	1.95
2756872--2756959	41	2.1	42	85	2	124	22	40	13	22	1.89
2758304--2758339	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2758543--2758598	20	2.8	20	97	0	103	14	23	23	39	1.91
2760829--2760853	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2761024--2761077	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
2761787--2761958	41	4.2	40	83	6	152	23	18	25	33	1.97
2761862--2761937	21	3.7	21	75	10	84	19	15	23	40	1.90
2761842--2761959	41	2.9	41	93	0	191	22	16	23	37	1.94
2761782--2761957	20	8.7	20	79	7	149	23	18	25	33	1.97
2761807--2761957	61	2.5	60	76	11	146	23	17	25	32	1.97
2761966--2762018	21	2.5	22	75	6	65	33	16	26	22	1.96
2762684--2763589	106	8.6	106	88	2	1290	33	24	17	23	1.96
2762684--2763589	317	2.9	315	88	2	1309	33	24	17	23	1.96
2762687--2763589	423	2.1	417	89	2	1405	34	24	17	23	1.96
2764296--2764392	37	2.6	37	88	0	131	41	15	11	31	1.83
2764930--2764972	2	22.0	2	85	4	61	44	0	0	55	0.99
2765144--2765172	11	2.6	11	100	0	58	0	0	10	89	0.48
2765973--2766131	64	2.5	65	85	7	200	33	18	21	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2766623--2766657	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
2767557--2767863	149	2.1	149	94	1	544	27	17	21	34	1.95
2767839--2767883	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
2771259--2771399	64	2.2	63	86	5	185	36	17	19	26	1.94
2771911--2771945	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
2772277--2772304	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2772849--2773153	149	2.1	148	92	2	506	26	17	20	34	1.95
2773129--2773173	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
2773912--2773960	20	2.6	19	87	6	64	16	6	0	77	0.96
2773904--2773987	29	2.9	30	78	18	88	16	8	0	75	1.04
2773907--2773988	17	4.9	17	72	12	62	17	7	0	75	1.02
2775296--2775350	11	4.8	11	75	16	58	56	0	43	0	0.99
2775295--2775391	3	30.3	3	74	12	61	60	1	37	1	1.10
2775303--2775389	7	12.6	7	72	18	67	59	1	37	1	1.12
2775295--2775389	35	2.7	36	82	8	124	60	1	37	1	1.11
2775308--2775392	28	3.0	28	79	6	100	62	1	35	1	1.11
2782592--2782652	29	2.1	29	100	0	122	13	3	24	59	1.49
2782683--2782712	10	3.0	10	95	0	51	6	10	23	60	1.52
2785949--2786001	21	2.5	21	81	6	72	20	24	18	35	1.95
2786031--2786165	20	6.7	20	82	7	130	34	24	17	23	1.96
2786028--2786165	61	2.3	61	87	0	204	35	23	17	23	1.95
2786333--2786376	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786634--2786677	20	2.2	20	87	0	61	11	18	20	50	1.77
2786814--2786868	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
2787997--2788044	18	2.7	18	93	0	87	27	45	12	14	1.81
2788579--2788621	20	2.2	20	86	0	59	34	25	23	16	1.95
2788590--2788634	20	2.3	20	80	3	56	40	17	24	17	1.91
2788618--2788714	19	5.6	19	68	22	79	48	20	18	12	1.80
2788618--2788709	33	2.8	33	94	0	157	50	20	17	11	1.78
2788634--2788698	14	4.4	14	77	19	69	50	23	15	10	1.75
2788721--2788878	20	8.7	19	74	15	120	12	20	23	43	1.86
2788745--2788803	14	3.9	14	76	20	64	10	16	23	49	1.77
2788726--2788819	33	2.8	33	98	0	179	11	19	22	46	1.81
2790890--2790981	38	2.6	33	82	15	130	48	17	20	13	1.80
2790898--2790962	19	3.4	19	93	0	112	50	16	16	15	1.78
2791009--2791057	20	2.5	20	100	0	98	16	22	26	34	1.95
2793322--2793346	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2794316--2794429	40	2.8	41	87	1	149	22	19	26	31	1.98
2794316--2794429	20	5.7	20	82	6	131	22	19	26	31	1.98
2794296--2794433	41	3.4	41	83	2	179	21	18	24	34	1.96
2794296--2794451	41	3.8	41	82	3	145	21	20	24	33	1.97
2794498--2794541	21	2.1	21	82	0	52	34	27	15	22	1.95
2794908--2794941	17	1.9	17	88	5	50	20	20	0	58	1.39
2794961--2795014	23	2.3	23	84	6	65	37	3	16	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2795075--2795100	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2799984--2800077	31	3.0	31	90	3	145	19	18	23	39	1.92
2800788--2800829	21	2.0	21	90	0	66	26	21	26	26	1.99
2804141--2804203	29	2.2	29	94	0	108	23	11	42	22	1.85
2806770--2806827	27	2.1	28	84	9	75	48	15	15	20	1.81
2809244--2809285	21	2.0	21	95	0	75	30	14	7	47	1.71
2809274--2809349	32	2.4	32	86	6	118	32	9	13	44	1.75
2809410--2809459	21	2.4	21	100	0	100	32	20	16	32	1.94
2809391--2809429	15	2.6	15	87	0	60	28	12	12	46	1.79
2809543--2809574	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14