genome.fa.s8955.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008955.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112285_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4658001

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2117005--2117128	21	6.0	21	72	5	108	25	16	23	34	1.95
2116991--2117102	41	2.7	41	91	6	174	23	16	21	38	1.93
2119179--2119229	21	2.4	22	90	6	79	23	0	7	68	1.15
2130497--2130622	47	2.8	45	88	5	182	31	23	7	38	1.82
2130731--2130859	59	2.2	59	88	0	186	28	25	17	27	1.98
2133460--2133492	5	6.6	5	89	10	50	36	0	0	63	0.95
2133637--2133673	12	3.1	12	96	0	65	29	27	10	32	1.90
2137816--2137848	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2137847--2137871	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
2140090--2140212	64	1.9	64	88	3	185	31	11	21	34	1.89
2142054--2142213	81	2.0	81	84	7	209	15	20	33	31	1.94
2144285--2144387	52	2.0	52	96	0	188	37	8	16	36	1.80
2156768--2156805	6	6.3	6	96	0	58	18	39	0	42	1.50
2159498--2159561	33	1.9	33	87	6	94	31	21	15	31	1.95
2172989--2173054	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
2180164--2180208	23	2.0	23	90	0	72	24	26	26	22	2.00
2181739--2181878	63	2.2	63	87	0	190	27	21	20	31	1.98
2185906--2185967	27	2.3	27	91	0	106	19	22	20	37	1.95
2185921--2185975	27	2.0	27	85	0	74	23	21	21	32	1.98
2186353--2186385	16	2.1	16	94	0	57	39	27	0	33	1.57
2196250--2196346	36	2.7	36	96	0	176	44	11	14	29	1.80
2196322--2196371	25	2.0	25	96	0	91	54	12	14	20	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196574--2196691	58	2.0	58	100	0	236	27	6	16	49	1.71
2197899--2197932	15	2.4	14	85	9	50	52	2	0	44	1.16
2198058--2198128	34	2.1	35	84	7	92	30	11	12	45	1.77
2198104--2198133	14	2.1	14	93	0	51	30	6	16	46	1.73
2198567--2198613	22	2.1	23	84	4	60	12	29	6	51	1.65
2202854--2202941	13	6.7	12	71	17	59	78	3	2	15	0.99
2202849--2202940	28	3.1	27	70	25	71	78	3	2	16	0.98
2202871--2202958	26	3.2	26	67	23	63	73	4	4	17	1.16
2204983--2206002	80	12.5	80	89	3	1434	22	19	23	33	1.97
2204983--2206004	319	3.1	320	88	3	1463	22	19	23	33	1.97
2206834--2207019	95	2.0	95	82	6	234	25	19	21	33	1.97
2209318--2209459	64	2.2	63	81	7	162	33	17	23	25	1.96
2210699--2210759	31	2.0	31	83	6	79	26	19	18	36	1.94
2210748--2210818	29	2.4	30	85	2	90	16	19	29	33	1.94
2213918--2214052	57	2.4	56	91	7	218	71	2	4	20	1.16
2213929--2214026	31	3.3	30	75	11	103	70	3	5	21	1.21
2213943--2214047	31	3.5	31	71	25	98	70	3	4	20	1.22
2222952--2223459	54	9.4	54	83	3	581	27	16	20	35	1.94
2222966--2223441	164	2.9	163	85	2	616	27	16	20	35	1.94
2223008--2223459	163	2.8	162	86	1	618	26	17	20	34	1.95
2223851--2223915	34	1.9	34	87	6	96	27	21	15	35	1.94
2230542--2230588	19	2.4	20	89	3	69	23	0	23	53	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2230573--2230730	32	4.9	32	83	0	181	29	12	13	44	1.80
2230573--2230716	64	2.2	64	88	0	216	28	11	14	45	1.80
2233886--2234149	127	2.1	127	98	0	510	37	14	10	36	1.81
2235535--2235578	21	2.1	21	100	0	88	31	43	13	11	1.80
2238320--2238353	5	6.8	5	100	0	68	79	20	0	0	0.73
2246965--2246999	18	2.1	17	89	10	54	31	0	5	62	1.18
2251255--2251413	82	1.9	82	100	0	318	39	16	7	35	1.78
2254191--2254243	2	27.0	2	96	3	99	50	0	0	49	1.00
2257586--2257684	45	2.2	45	83	3	119	23	18	20	38	1.93
2264008--2264059	18	2.9	18	97	0	95	26	30	23	19	1.98
2264755--2264890	63	2.2	63	81	5	159	26	19	22	31	1.98
2283281--2283352	29	2.4	30	86	4	92	45	4	6	43	1.50
2285504--2285561	27	2.1	27	87	0	80	46	13	13	25	1.81
2285580--2285651	27	2.7	25	73	12	63	44	25	8	22	1.80
2287409--2287449	15	2.5	17	88	7	59	39	2	0	58	1.11
2287643--2287689	21	2.3	20	85	3	67	44	2	0	53	1.12
2287990--2288037	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
2288513--2288585	23	3.2	23	88	0	101	39	20	4	35	1.72
2288522--2288586	23	2.8	23	90	0	103	36	21	3	38	1.69
2289001--2289073	23	3.2	23	92	0	110	38	21	4	35	1.73
2289010--2289074	23	2.8	23	95	0	112	35	23	3	38	1.70
2289490--2289562	23	3.2	23	86	0	101	38	19	5	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289975--2290047	23	3.2	23	92	0	119	38	21	5	34	1.77
2288111--2290204	488	4.3	490	97	0	3870	39	11	7	41	1.70
2290221--2290784	199	2.8	200	96	1	1060	30	17	14	37	1.89
2290891--2290951	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
2290903--2290951	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
2291531--2291571	4	10.2	4	94	0	73	48	24	0	26	1.51
2292766--2292831	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
2292865--2292929	21	3.1	21	88	0	94	18	27	10	43	1.83
2294952--2295004	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
2295144--2295186	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
2295149--2295195	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
2295116--2295588	181	2.6	182	88	1	673	26	17	13	42	1.86
2296290--2296379	20	4.4	20	77	2	99	38	18	18	23	1.93
2297002--2297051	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
2297019--2297073	20	2.8	20	88	0	74	12	16	21	49	1.79
2297038--2297081	20	2.2	20	83	0	52	15	13	18	52	1.75
2298950--2299079	20	6.5	20	90	0	197	40	20	16	21	1.91
2299107--2299260	34	4.4	34	74	11	139	16	20	22	40	1.91
2299126--2299192	20	3.3	20	89	0	107	23	19	22	34	1.97
2300085--2300176	33	2.7	33	86	3	112	15	21	20	42	1.89
2300148--2300241	20	4.7	20	89	2	145	19	22	24	34	1.97
2302655--2302708	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2302655--2302722	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2303560--2303756	20	9.8	20	85	7	140	21	20	19	38	1.94
2303570--2303756	40	4.7	40	91	2	286	21	19	19	39	1.93
2303570--2303756	60	3.1	60	90	3	279	21	19	19	39	1.93
2303753--2303798	21	2.2	21	88	0	65	34	19	28	17	1.94
2307778--2307831	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2310745--2310781	11	3.3	11	85	7	56	67	0	0	32	0.91
2310762--2310800	18	2.1	19	85	9	53	51	0	0	48	1.00
2310759--2310831	32	2.3	31	84	11	96	50	2	0	46	1.15
2310749--2310814	11	6.0	11	76	13	64	54	1	0	43	1.09
2313354--2313520	60	2.8	60	82	5	187	33	20	3	42	1.69
2313415--2313507	29	3.0	31	70	16	86	33	22	3	40	1.70
2317844--2317907	2	32.0	2	90	0	101	50	4	0	45	1.22
2319220--2319284	16	4.1	16	73	0	58	44	26	10	18	1.82
2319480--2319597	32	3.7	32	73	13	107	38	23	10	27	1.87
2319909--2319957	23	2.1	23	84	0	62	48	6	6	38	1.53
2319932--2320063	37	3.5	38	84	3	178	46	6	4	41	1.51
2325279--2325382	36	2.9	34	90	5	154	41	12	16	29	1.85
2331148--2331296	27	5.6	27	94	1	257	42	16	12	28	1.85
2334994--2335142	27	5.6	27	94	1	257	42	15	12	29	1.83
2343068--2343103	16	2.2	16	90	0	54	11	5	8	75	1.19
2351467--2351658	96	2.0	96	100	0	384	32	11	14	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2351715--2351748	6	5.7	6	96	0	50	26	0	23	50	1.50
2351733--2351814	6	13.7	6	93	0	128	17	10	32	39	1.84
2351727--2351820	12	7.8	12	91	0	116	19	9	30	40	1.83
2351711--2351821	18	6.2	18	89	0	123	20	8	28	42	1.81
2352202--2352239	4	9.2	4	97	2	67	26	0	0	73	0.83
2356356--2356404	20	2.4	21	86	3	64	6	12	46	34	1.66
2359367--2359434	35	1.9	35	100	0	136	32	30	11	25	1.91
2360696--2360756	16	3.8	16	93	0	104	55	21	13	9	1.66
2361827--2361870	14	3.1	14	93	0	79	47	27	15	9	1.76
2361970--2362824	308	2.9	295	87	7	1021	30	16	7	45	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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