genome.fa.s8955.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008955.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112285_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4658001

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2362952--2362987	16	2.2	17	90	5	56	50	2	0	47	1.15
2365754--2365804	24	2.2	23	83	16	61	41	5	0	52	1.25
2366018--2366062	17	2.6	16	86	13	54	60	2	2	35	1.22
2366012--2366062	19	2.8	17	82	17	59	58	1	1	37	1.20
2371571--2371710	53	2.6	53	80	13	151	52	4	2	40	1.33
2372054--2372097	10	4.5	10	77	5	54	70	2	0	27	0.99
2372040--2372087	19	2.5	19	100	0	96	66	4	0	29	1.10
2386994--2387046	23	2.2	24	90	6	81	33	24	16	24	1.96
2387026--2387061	18	2.0	18	94	0	63	30	33	19	16	1.94
2387454--2387493	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2389377--2389414	19	2.0	20	89	5	60	7	31	0	60	1.25
2390384--2390468	21	4.0	21	90	3	134	24	24	23	27	2.00
2390385--2390468	43	2.0	43	92	2	143	25	25	23	26	2.00
2391042--2391088	23	2.0	24	91	4	78	25	14	23	36	1.93
2393689--2393814	60	2.1	60	82	5	157	28	14	18	38	1.90
2401464--2401496	17	1.9	17	93	0	57	15	45	18	21	1.85
2403055--2403144	30	3.0	30	93	0	144	34	30	11	24	1.90
2407791--2408087	148	2.0	147	91	0	477	30	14	7	47	1.72
2409708--2409767	8	7.2	8	79	7	66	36	30	0	33	1.58
2409711--2409767	16	3.4	17	85	9	82	35	29	0	35	1.58
2410273--2410397	58	2.1	60	89	2	191	24	20	17	37	1.93
2412812--2412845	17	1.9	18	94	5	61	64	0	5	29	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2414447--2414487	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
2415515--2415579	13	5.7	11	73	18	53	69	0	1	29	0.98
2415510--2415579	24	2.9	24	79	14	72	68	0	1	30	0.98
2422821--2422981	80	2.0	80	98	0	313	32	20	22	24	1.98
2425135--2425221	35	2.5	34	80	12	97	54	10	8	27	1.62
2430104--2430189	23	3.8	23	73	17	72	25	22	24	27	1.99
2430141--2430204	24	2.9	21	72	17	58	28	18	21	31	1.97
2430102--2430204	45	2.3	44	83	11	122	26	20	25	28	1.99
2434014--2434053	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
2446424--2446461	16	2.4	16	95	0	67	28	47	2	21	1.64
2449328--2449372	22	2.1	21	84	8	56	17	20	0	62	1.33
2450309--2450361	24	2.2	24	89	0	79	20	39	18	20	1.92
2460721--2460746	6	4.3	6	100	0	52	0	65	15	19	1.27
2468257--2468301	22	2.1	22	87	4	65	42	0	13	44	1.43
2468276--2468372	38	2.6	36	80	9	115	44	2	12	41	1.54
2470208--2470239	16	2.0	16	100	0	64	56	25	12	6	1.59
2470305--2470379	10	7.7	10	67	21	52	58	21	10	9	1.59
2470312--2470378	16	4.2	16	90	0	98	59	22	8	8	1.55
2470309--2470373	32	2.0	32	93	0	112	58	23	10	7	1.57
2471891--2471952	24	2.6	24	86	0	88	53	22	11	12	1.71
2480304--2480355	3	16.7	3	84	7	68	63	0	1	34	1.06
2480307--2480350	10	4.6	10	88	5	65	61	0	2	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480304--2480355	13	4.2	12	83	9	68	63	0	1	34	1.06
2480523--2480627	40	2.5	40	77	7	113	28	17	29	24	1.97
2480550--2480858	135	2.3	134	81	7	355	25	18	29	27	1.98
2481807--2481867	8	7.5	8	75	17	63	9	14	0	75	1.04
2481827--2481868	13	3.3	13	80	6	59	9	16	0	73	1.08
2481825--2481883	25	2.4	25	94	2	102	8	16	0	74	1.05
2481857--2481894	16	2.4	16	100	0	76	5	21	0	73	1.02
2491907--2491931	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2495178--2495219	3	13.7	3	85	5	57	64	0	2	33	1.07
2495175--2495219	22	2.0	22	95	0	81	62	0	4	33	1.15
2496200--2496240	19	2.2	19	95	0	73	19	19	21	39	1.93
2496375--2496432	17	3.4	17	79	13	57	62	0	1	36	1.06
2496371--2496431	14	4.2	15	69	26	51	60	0	1	37	1.07
2496374--2496432	9	6.5	10	71	24	51	61	0	1	37	1.07
2497033--2497104	30	2.4	31	83	6	85	30	23	13	31	1.94
2497548--2497697	75	2.0	75	100	0	300	28	24	13	34	1.93
2497559--2497724	75	2.2	75	90	4	255	30	22	15	31	1.94
2499866--2500096	113	2.0	113	89	3	349	35	12	11	41	1.79
2504707--2504805	25	3.8	25	74	12	94	32	2	3	62	1.22
2504755--2504804	11	4.3	12	78	12	52	30	2	0	68	1.01
2508367--2508392	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2510196--2510220	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2515666--2515779	58	2.0	58	87	3	167	35	19	16	28	1.94
2515858--2515926	36	1.9	36	90	0	111	34	8	26	30	1.86
2519099--2519137	18	2.2	18	100	0	78	25	15	43	15	1.86
2525465--2525693	29	8.0	28	69	15	110	37	2	4	55	1.32
2525872--2525919	12	4.0	12	81	7	62	72	2	2	22	1.05
2525874--2525918	13	3.5	13	77	17	58	73	2	2	22	1.05
2528797--2528902	53	2.0	53	100	0	212	24	18	26	30	1.98
2532895--2532942	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2533499--2533559	31	1.9	32	83	9	81	27	19	4	47	1.70
2533635--2533681	22	2.1	22	100	0	94	40	27	0	31	1.57
2535493--2535535	23	2.0	20	86	13	59	67	2	2	27	1.15
2538278--2538337	20	3.0	20	73	22	63	30	0	8	61	1.25
2538340--2538406	28	2.5	26	79	13	73	41	0	1	56	1.08
2538480--2538516	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
2538382--2538796	137	3.0	135	74	14	367	42	6	7	43	1.59
2539272--2539329	28	2.1	27	81	6	64	37	5	1	55	1.33
2540955--2541008	26	2.1	25	83	10	65	18	7	5	68	1.33
2543286--2543420	72	1.9	72	92	0	225	24	18	20	37	1.94
2547405--2547458	22	2.5	22	90	0	81	35	12	16	35	1.87
2547813--2548353	222	2.4	224	93	1	935	36	16	20	26	1.93
2547808--2548353	113	4.9	112	90	2	873	36	16	20	26	1.93
2548715--2548777	28	2.3	26	89	5	90	42	0	1	55	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2548732--2548786	28	2.0	28	85	7	76	45	1	0	52	1.11
2550014--2550075	25	2.5	25	82	10	65	45	0	8	46	1.32
2550134--2550207	8	8.1	9	76	18	57	32	0	4	63	1.13
2550123--2550207	17	4.5	19	72	21	63	31	1	4	62	1.23
2550160--2550229	31	2.3	31	76	16	74	35	0	1	62	1.04
2550186--2550223	19	2.1	18	90	5	58	36	0	0	63	0.95
2550981--2551025	3	14.7	3	86	4	54	60	2	0	37	1.09
2551182--2551769	45	13.1	45	93	0	982	33	21	22	22	1.97
2552488--2552532	22	2.0	22	86	0	63	31	11	20	37	1.87
2553090--2553291	54	3.7	54	84	5	282	27	21	13	37	1.91
2553090--2553293	108	1.9	108	90	4	331	27	21	13	37	1.91
2554155--2554324	75	2.3	75	84	2	216	30	20	14	34	1.92
2556595--2556729	72	1.9	72	90	0	216	34	17	20	28	1.95
2559198--2559238	6	6.0	7	78	16	50	58	12	14	14	1.63
2559191--2559234	13	3.2	13	83	6	52	63	11	11	13	1.52
2560917--2561004	46	1.9	46	88	4	133	27	19	13	39	1.89
2562157--2562196	2	20.0	2	94	0	71	47	0	0	52	1.00
2562349--2562375	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
2563240--2563287	3	15.7	3	91	4	69	62	2	0	35	1.07
2568284--2568341	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
2568341--2568366	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
2570692--2570757	3	21.7	3	87	3	96	34	1	0	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2570750--2570781	12	2.6	13	85	14	50	62	0	0	37	0.95
2572915--2572965	18	2.9	17	75	16	50	23	0	1	74	0.92
2572956--2572992	15	2.7	15	88	12	53	24	5	8	62	1.44
2580045--2580077	10	3.4	10	87	8	50	24	9	0	66	1.20
2580040--2580077	19	2.0	19	89	0	58	23	13	0	63	1.30
2583610--2583699	15	5.6	16	81	10	112	85	0	12	2	0.69
2583609--2583699	31	2.8	32	83	9	114	85	0	12	2	0.68
2583609--2583668	1	60.0	1	83	0	75	91	0	8	0	0.41
2583609--2583699	23	3.9	22	79	13	85	85	0	12	2	0.68
2583606--2583700	14	6.9	14	81	17	94	84	0	13	2	0.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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