genome.fa.s8955.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008955.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112285_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4658001

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2728982--2729042	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
2731772--2731818	18	2.6	18	93	0	76	23	8	38	29	1.84
2741052--2741112	20	2.9	21	85	7	70	16	27	32	22	1.96
2749157--2749206	21	2.5	21	83	6	59	58	4	10	28	1.49
2752436--2752482	19	2.5	19	96	0	85	40	29	17	12	1.86
2757267--2757317	22	2.4	21	87	6	68	62	5	5	25	1.41
2757327--2757351	11	2.3	11	100	0	50	76	0	16	8	1.02
2757325--2757380	29	2.0	28	85	3	76	69	0	23	7	1.12
2757324--2757379	20	2.8	20	81	10	53	71	0	21	7	1.09
2759190--2759272	24	3.5	24	81	0	94	50	16	10	21	1.76
2761727--2761941	29	7.4	29	87	0	268	46	23	7	23	1.77
2775255--2775310	23	2.4	23	87	0	85	35	26	23	14	1.93
2780134--2780194	23	2.7	23	92	0	104	27	26	27	18	1.98
2781712--2781768	20	2.6	23	81	13	75	22	22	19	35	1.96
2788270--2788302	12	2.8	12	100	0	66	18	9	27	45	1.79
2789599--2789659	31	2.0	31	93	0	104	27	8	8	55	1.58
2789827--2789898	27	2.8	27	83	10	105	52	0	4	43	1.20
2789844--2789900	21	2.5	23	81	18	82	50	0	5	43	1.24
2789828--2789915	27	3.4	25	83	13	99	52	0	3	44	1.18
2790945--2791011	26	2.6	26	92	0	116	50	14	7	26	1.70
2791029--2791075	24	1.9	25	86	4	69	40	12	19	27	1.88
2797471--2797514	23	1.9	23	86	9	63	38	0	59	2	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2804048--2804076	12	2.3	13	94	5	51	55	10	6	27	1.59
2809158--2809211	23	2.4	23	84	9	67	37	11	3	48	1.57
2809207--2809246	12	3.1	13	89	10	64	32	20	7	40	1.80
2809206--2809247	14	3.1	14	77	22	54	35	19	7	38	1.79
2809369--2809428	23	2.6	23	72	0	66	36	20	21	21	1.95
2813296--2813394	21	4.8	20	81	8	117	22	20	34	23	1.97
2813474--2813531	30	2.0	29	86	10	82	46	15	5	32	1.68
2813474--2813533	29	2.0	30	90	6	95	45	15	6	33	1.72
2814770--2814807	19	2.0	20	94	5	69	34	18	5	42	1.73
2816730--2816804	20	3.7	20	80	3	87	29	22	25	22	1.99
2816720--2816801	41	2.0	41	87	0	119	28	21	24	25	1.99
2816839--2816881	22	1.9	23	90	4	70	20	20	32	25	1.97
2816825--2816923	21	4.8	19	78	15	99	22	20	33	24	1.97
2817003--2817060	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
2817003--2817062	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
2818942--2819005	23	2.8	23	78	0	74	34	26	21	17	1.95
2825001--2825026	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2825280--2825325	23	2.0	23	95	4	85	30	2	21	45	1.64
2830707--2830910	67	3.1	67	84	4	270	33	19	12	34	1.89
2831524--2831562	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2832795--2832889	42	2.3	42	90	3	147	34	37	12	14	1.84
2834248--2834273	11	2.4	11	100	0	52	0	0	7	92	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2841857--2842209	175	2.0	178	98	1	685	35	16	9	37	1.83
2842659--2842719	30	2.0	30	100	0	122	26	26	18	29	1.98
2844134--2844187	4	13.5	4	96	0	99	25	1	24	48	1.61
2844178--2844239	26	2.4	26	88	0	88	37	6	16	40	1.74
2853456--2853529	38	1.9	38	84	10	98	36	4	4	55	1.38
2855675--2855711	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2859645--2859691	21	2.2	21	84	0	58	12	25	38	23	1.90
2861445--2861487	19	2.3	19	87	0	68	32	6	2	58	1.38
2862970--2863017	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
2864472--2864587	37	3.1	37	80	10	128	75	8	2	12	1.13
2864529--2864615	16	5.1	17	75	10	70	73	10	1	14	1.15
2864535--2864588	21	2.5	21	77	22	58	77	9	0	12	0.98
2864778--2864877	27	3.4	27	67	20	67	69	7	4	20	1.29
2865188--2865690	103	5.0	102	84	5	601	34	3	26	34	1.75
2865189--2865690	205	2.5	201	85	8	652	34	3	26	34	1.75
2866167--2866231	17	3.8	18	75	17	75	46	6	0	47	1.27
2866164--2866250	17	5.3	17	65	21	51	45	5	0	48	1.26
2866276--2866310	18	1.9	18	88	0	52	40	5	8	45	1.58
2866479--2866531	21	2.5	21	84	0	70	20	22	18	37	1.94
2866523--2866613	20	4.6	20	94	0	155	37	20	20	20	1.95
2866600--2866706	20	5.3	20	91	0	160	29	25	19	25	1.98
2869931--2870003	20	3.7	20	94	3	121	36	26	19	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2869987--2870071	33	2.5	33	90	1	134	44	17	23	14	1.85
2870009--2870075	20	3.7	19	72	22	72	46	17	22	13	1.83
2870086--2870181	33	2.9	34	90	3	149	12	23	20	42	1.86
2870108--2870161	14	3.5	14	73	22	54	11	24	20	44	1.83
2870287--2870323	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2871692--2871771	42	1.9	42	82	5	99	21	16	40	22	1.91
2872255--2872343	20	4.4	20	88	0	115	39	22	17	20	1.92
2872366--2872521	34	4.4	34	74	13	154	16	19	21	42	1.89
2872388--2872544	20	8.5	20	76	18	135	17	18	22	41	1.90
2874457--2874576	34	3.4	34	74	15	125	40	25	19	15	1.91
2874436--2874539	53	1.9	54	84	1	138	42	25	18	13	1.87
2874416--2874590	73	2.4	73	95	0	305	43	24	17	14	1.87
2874416--2874591	20	9.5	20	75	13	128	43	23	18	14	1.87
2874927--2874992	22	3.0	22	90	0	105	21	15	39	24	1.91
2875191--2875263	20	3.7	20	94	0	128	21	19	19	39	1.92
2875260--2875305	21	2.2	21	88	0	65	41	17	23	17	1.90
2877815--2878083	7	40.9	7	69	19	100	43	0	8	47	1.39
2877813--2878212	9	44.7	9	67	23	76	42	1	7	48	1.42
2877817--2878212	18	21.8	18	69	18	111	42	1	7	48	1.42
2877836--2878206	11	34.3	11	68	19	133	42	1	7	47	1.43
2877880--2878196	2	155.0	2	66	20	113	43	1	6	47	1.40
2878395--2878548	65	2.4	65	85	5	197	29	21	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2879647--2879757	39	2.9	38	85	5	143	45	34	8	11	1.70
2889394--2889491	38	2.6	38	86	0	133	26	23	25	24	2.00
2892877--2892902	12	2.2	12	100	0	52	46	15	15	23	1.83
2895607--2895704	38	2.6	38	86	0	133	25	22	26	25	2.00
2897324--2897376	21	2.5	22	81	9	65	28	16	26	28	1.97
2897419--2897499	22	3.7	22	72	26	82	30	23	19	25	1.98
2897400--2897508	43	2.6	43	88	8	154	30	21	22	25	1.99
2898273--2898307	18	1.9	18	94	0	61	20	22	31	25	1.98
2901254--2901352	23	4.5	23	82	8	118	33	15	23	28	1.95
2909442--2909505	27	2.4	27	94	0	110	39	7	20	32	1.81
2909711--2909768	30	1.9	30	82	6	73	41	3	12	43	1.59
2909793--2909835	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
2909795--2909843	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
2909783--2910304	54	9.4	54	79	12	490	52	11	0	35	1.39
2909815--2910304	32	16.4	32	72	23	374	52	11	0	35	1.40
2909847--2909889	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2909849--2909897	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2909891--2909938	22	2.2	22	85	7	62	54	4	0	41	1.20
2909901--2909943	22	2.0	22	95	0	77	51	6	0	41	1.29
2909903--2909951	22	2.2	22	85	3	62	55	8	0	36	1.30
2909955--2909997	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2909957--2910005	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2910000--2910052	14	3.5	14	72	18	52	56	5	0	37	1.23
2910041--2910083	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
2910095--2910137	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2910097--2910145	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2910179--2910236	18	3.4	18	70	18	61	53	12	0	34	1.38
2910239--2910281	22	2.0	22	95	0	77	53	11	0	34	1.37
2910284--2910431	15	9.5	15	85	10	172	50	2	0	47	1.12
2909815--2910328	194	2.6	194	92	3	763	52	11	0	35	1.40
2912877--2912915	18	2.2	18	95	4	71	33	0	2	64	1.08
2912979--2913311	111	3.0	111	97	0	621	36	7	11	45	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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