genome.fa.s8955.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008955.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112285_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4658001

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126543--126633	28	3.4	27	74	9	87	41	6	9	41	1.64
128024--128072	25	2.0	25	95	0	89	48	4	14	32	1.62
130285--130310	12	2.2	12	100	0	52	84	0	0	15	0.62
130329--130367	21	1.9	20	94	5	69	79	0	15	5	0.90
130482--130524	15	2.9	14	79	6	50	58	0	0	41	0.98
130522--130561	13	3.1	13	89	7	55	75	10	5	10	1.19
130603--130629	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
134859--134907	24	2.0	24	100	0	98	36	6	24	32	1.80
135819--135882	33	1.9	34	84	9	87	48	6	17	28	1.71
143330--143370	21	1.9	22	95	5	75	58	2	19	19	1.50
143330--143376	21	2.2	21	84	0	67	63	2	17	17	1.40
146627--146653	13	2.1	13	100	0	54	77	0	0	22	0.76
150104--150208	54	1.9	54	100	0	210	46	20	11	20	1.82
151650--151692	21	2.0	21	100	0	86	37	18	27	16	1.92
151652--151698	21	2.2	21	92	0	76	40	21	27	10	1.86
154745--154842	46	2.1	46	100	0	196	27	19	9	43	1.81
158645--158673	12	2.4	12	100	0	58	24	10	44	20	1.82
164859--164887	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
165683--165727	6	8.0	6	88	11	69	17	35	28	17	1.93
165683--165727	17	2.6	17	100	0	90	17	35	28	17	1.93
165683--165727	11	4.0	12	88	11	69	17	35	28	17	1.93
169335--169365	10	3.1	10	95	0	53	80	6	0	12	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169337--169373	15	2.5	15	90	0	56	78	8	2	10	1.06
169820--169862	16	2.7	16	77	0	50	34	6	20	37	1.80
170762--170806	16	2.8	16	79	0	63	35	6	24	33	1.82
172722--173159	103	4.3	101	76	8	368	36	11	16	35	1.85
172744--173138	206	1.9	205	82	4	492	36	11	16	35	1.85
177255--177308	27	2.0	27	100	0	108	48	37	3	11	1.57
177644--177668	13	1.9	13	100	0	50	20	8	40	32	1.81
178306--178545	39	6.1	39	89	3	349	35	14	18	32	1.91
178753--178953	38	5.2	39	81	3	219	37	14	14	33	1.87
178753--178953	77	2.6	77	82	3	235	37	14	14	33	1.87
178938--179128	71	3.0	62	81	14	233	40	13	15	31	1.85
178991--179194	71	2.8	72	87	6	261	42	14	14	28	1.85
183691--183803	59	1.9	59	82	7	140	61	4	8	25	1.45
184908--184965	22	2.6	22	97	0	107	10	15	50	24	1.75
185901--185947	20	2.4	21	86	10	64	0	17	8	74	1.05
188916--188943	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
194273--194298	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
199947--199992	7	6.6	7	80	9	58	43	4	2	50	1.34
202133--202184	9	6.0	8	82	8	50	44	0	0	55	0.99
202134--202184	18	3.0	18	73	21	56	43	0	0	56	0.99
202134--202184	26	1.9	26	84	11	68	43	0	0	56	0.99
202758--202803	24	1.9	24	91	8	76	60	8	0	30	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208670--208713	22	2.0	23	82	13	56	2	4	31	61	1.28
209157--209220	22	2.8	22	88	7	83	70	1	1	26	1.05
209169--209220	11	4.7	11	81	15	63	71	0	0	28	0.87
209174--209214	16	2.6	17	81	14	52	75	0	0	24	0.80
209210--209241	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00
209347--209394	2	24.5	2	95	4	89	50	0	0	50	1.00
209197--209464	143	1.9	143	82	7	346	48	5	2	44	1.39
209253--209617	36	10.1	36	78	12	340	44	6	3	44	1.48
209378--209617	71	3.3	72	88	5	378	44	6	4	45	1.49
209253--209617	71	5.1	69	76	14	321	44	6	3	44	1.48
209631--209665	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
210393--210436	22	2.0	23	82	13	56	4	2	29	63	1.26
210907--210973	4	16.8	4	80	20	70	73	0	1	25	0.92
210908--210968	22	2.9	21	77	18	72	73	0	1	24	0.92
210901--210973	23	3.1	22	73	26	69	73	0	1	24	0.90
210949--211019	38	1.9	36	83	11	90	60	1	0	38	1.06
210985--211018	16	2.1	16	88	0	50	61	0	0	38	0.96
211819--211859	19	2.0	21	90	9	68	31	17	24	26	1.97
212104--212172	2	34.5	2	100	0	138	49	0	0	50	1.00
212156--212284	34	3.7	35	80	14	149	44	5	4	45	1.47
212154--212284	36	3.7	35	78	14	142	44	5	4	45	1.47
212248--212312	26	2.5	26	90	5	96	47	6	3	43	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212740--212784	16	2.8	17	76	13	58	64	20	0	15	1.29
212872--212939	3	22.7	3	100	0	136	33	0	0	66	0.92
215083--215224	68	2.1	68	97	0	266	24	29	8	37	1.85
228254--228315	18	3.2	20	78	19	62	61	0	1	37	1.06
228331--228396	21	3.0	21	69	18	53	54	1	1	42	1.18
228318--228430	59	1.9	58	94	1	199	54	1	0	42	1.16
228430--228478	17	2.9	17	82	17	66	67	4	0	28	1.09
233049--233107	31	1.9	31	92	0	100	42	5	8	44	1.57
233130--233252	22	5.5	22	93	0	210	48	11	0	39	1.45
237262--237341	35	2.4	33	80	10	90	46	21	12	20	1.83
245903--245978	3	25.7	3	81	7	84	57	0	1	40	1.07
246154--246530	56	6.9	56	82	2	383	23	25	17	33	1.96
246154--246520	111	3.3	111	85	3	420	23	25	17	33	1.96
246508--246956	55	8.4	55	88	7	676	30	26	13	30	1.94
246499--246956	109	4.3	109	87	7	672	29	25	13	30	1.94
246790--246871	43	1.9	43	92	0	137	29	30	7	32	1.85
246735--246926	98	2.0	98	94	2	341	29	28	11	30	1.92
247992--248044	18	2.8	18	88	5	70	9	9	0	81	0.89
247998--248045	20	2.5	20	90	6	73	8	12	0	79	0.94
247992--248042	26	1.9	27	84	4	68	9	9	0	80	0.91
251543--251570	8	3.5	8	100	0	56	50	10	0	39	1.37
256137--256227	3	30.7	3	86	6	132	61	0	1	37	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257145--257238	21	4.4	21	68	15	66	36	26	13	23	1.92
257131--257216	44	2.0	44	86	4	120	32	26	16	24	1.96
261360--261406	14	3.3	14	75	24	53	55	0	2	42	1.12
261423--261474	26	2.0	26	81	7	61	59	3	5	30	1.39
262070--262117	19	2.3	22	86	10	66	22	33	14	29	1.94
262925--263177	36	7.0	35	69	7	175	41	10	15	33	1.81
262925--263184	73	3.6	72	88	5	389	40	10	15	33	1.81
263898--263949	22	2.4	22	96	0	95	38	13	11	36	1.81
271553--271581	12	2.3	13	94	5	51	55	6	13	24	1.63
271729--271809	40	2.0	40	90	0	126	32	22	11	34	1.89
275105--275150	23	2.0	23	91	0	74	23	15	50	10	1.75
279224--279278	20	2.8	19	83	13	67	29	29	14	27	1.95
288125--288167	20	2.2	20	91	0	68	37	11	16	34	1.85
293442--293484	20	2.2	20	95	0	77	32	11	18	37	1.87
294384--295838	559	2.6	559	95	0	2579	29	19	16	34	1.94
296276--296306	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
296316--296348	16	2.1	16	100	0	66	60	12	15	12	1.59
297274--297632	37	9.4	37	76	13	259	44	3	8	44	1.49
297334--297580	86	3.0	81	79	11	224	45	2	7	44	1.45
297450--297631	37	5.0	36	89	9	271	47	3	6	42	1.48
297592--297650	24	2.4	24	82	2	73	40	5	3	50	1.41
297610--297659	26	2.0	24	81	14	57	36	4	4	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298998--299032	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
299051--299141	26	3.5	25	78	11	76	14	7	1	76	1.05
299049--299125	5	15.2	5	71	12	50	15	6	1	76	1.05
299112--299189	20	3.7	20	75	21	70	15	7	1	75	1.09
299065--299194	69	1.9	68	85	6	183	15	7	1	75	1.10
299113--299194	44	2.0	42	81	13	98	14	8	1	75	1.09
300476--300525	21	2.4	21	93	0	82	30	24	24	22	1.99
300724--300778	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
300764--300862	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
300857--300896	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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