genome.fa.s9582.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009582.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116959_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4978262

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2033128--2033202	20	3.8	20	89	0	123	18	16	25	40	1.91
2033128--2033234	40	2.7	40	91	5	155	18	15	26	39	1.91
2033208--2033254	20	2.3	20	96	0	85	21	19	25	34	1.96
2034393--2034449	20	2.8	20	97	0	105	42	5	15	36	1.70
2034904--2035019	42	2.8	41	85	5	160	19	13	18	48	1.81
2035214--2035257	22	2.0	23	86	4	63	45	0	0	54	0.99
2035206--2035286	31	2.6	32	79	16	89	46	1	0	51	1.08
2035225--2035383	59	2.7	58	77	14	148	50	0	1	47	1.13
2035377--2035421	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
2035461--2035530	29	2.3	29	83	11	79	52	4	0	42	1.20
2035516--2035554	19	2.0	20	85	5	53	56	0	0	43	0.99
2035509--2035607	49	2.0	50	80	9	114	49	0	2	48	1.12
2035767--2035808	14	2.9	15	71	7	50	33	16	7	42	1.75
2036204--2036228	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2039883--2040197	39	7.8	39	74	9	247	42	14	5	37	1.68
2039974--2040070	49	2.0	49	87	4	142	39	13	6	41	1.69
2039895--2040135	128	1.9	128	84	4	326	43	14	5	37	1.68
2040022--2040197	79	2.2	78	82	1	208	39	13	6	40	1.70
2039887--2040188	167	1.8	166	81	5	376	42	13	5	37	1.68
2040221--2040395	38	4.6	38	73	7	113	44	13	5	36	1.67
2040432--2040531	49	2.0	49	86	3	139	50	10	6	34	1.60
2040593--2040774	57	3.1	57	79	2	184	43	12	7	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2040896--2041059	45	3.6	44	77	4	139	42	14	7	35	1.74
2041273--2041302	12	2.5	12	94	0	51	50	6	6	36	1.55
2043671--2043761	35	2.6	35	91	0	146	39	15	14	30	1.87
2043599--2043770	35	4.9	34	71	8	112	37	15	15	31	1.89
2046190--2046331	71	2.0	71	86	2	196	33	21	19	25	1.97
2050070--2050173	36	2.9	35	70	8	93	36	17	14	31	1.90
2053925--2054542	134	4.5	136	86	3	812	33	18	20	27	1.96
2055802--2055887	44	2.0	44	90	2	138	27	23	16	32	1.96
2064274--2064327	27	2.0	28	81	3	65	14	7	18	59	1.58
2064459--2064535	30	2.6	30	82	0	109	33	11	33	20	1.89
2064604--2064695	40	2.3	40	81	12	118	52	0	0	47	1.00
2064599--2064694	46	2.1	46	88	0	138	52	0	0	47	1.00
2067378--2067416	16	2.4	16	86	0	60	28	2	12	56	1.50
2067524--2067569	23	2.0	23	91	0	74	54	0	2	43	1.12
2067739--2067763	9	2.8	9	100	0	50	56	36	0	8	1.29
2068871--2069338	239	2.0	232	95	4	841	42	16	13	26	1.86
2072457--2072481	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
2072465--2072525	20	3.0	20	76	13	61	1	18	3	77	0.99
2072461--2072525	29	2.2	31	78	10	73	1	16	3	78	0.96
2080142--2080206	20	3.2	20	93	0	112	35	16	23	24	1.95
2083000--2083024	13	1.9	13	100	0	50	0	40	0	60	0.97
2085560--2085595	12	3.0	12	100	0	72	25	50	0	25	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2087369--2087425	22	2.8	19	78	19	62	29	1	21	47	1.61
2088220--2088257	20	1.9	20	100	0	76	10	23	15	50	1.75
2091320--2091354	16	2.2	16	100	0	70	28	11	11	48	1.74
2091663--2091687	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2093017--2093057	20	2.0	20	86	9	57	68	0	9	21	1.18
2093022--2093146	14	8.2	15	65	17	53	72	1	5	20	1.14
2093118--2093152	11	3.3	11	92	4	54	80	8	0	11	0.92
2093205--2093236	4	7.8	4	96	3	55	78	0	0	21	0.76
2093795--2093839	23	2.0	22	95	4	81	0	24	17	57	1.40
2094467--2094499	11	2.8	12	81	9	50	48	3	6	42	1.43
2094530--2094588	25	2.3	25	85	8	75	47	6	5	40	1.52
2094597--2094643	16	2.9	16	93	0	76	25	12	36	25	1.92
2094649--2094709	4	15.2	4	82	0	77	27	4	22	44	1.74
2094654--2094709	16	3.5	16	90	0	85	28	5	21	44	1.74
2097498--2097556	25	2.4	25	100	0	118	40	18	10	30	1.84
2098418--2098460	3	14.7	3	81	13	54	65	2	0	32	1.06
2098420--2098460	16	2.5	17	88	7	59	65	2	0	31	1.05
2098418--2098460	19	2.3	19	92	8	70	65	2	0	32	1.06
2098690--2098993	122	2.5	123	84	4	382	25	18	14	40	1.89
2099466--2099519	22	2.5	22	90	0	90	37	14	16	31	1.89
2100445--2100483	18	2.2	18	95	0	69	56	5	5	33	1.43
2100828--2100882	12	4.7	11	78	17	58	3	14	0	81	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2100829--2100884	28	2.0	28	82	6	69	5	16	0	78	0.92
2100828--2100879	14	3.6	14	76	23	54	3	13	0	82	0.80
2104409--2104440	9	3.6	9	91	0	55	56	0	21	21	1.43
2108215--2108246	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
2110791--2110842	25	2.1	25	85	7	70	61	1	7	28	1.34
2113716--2113761	3	15.7	3	82	13	60	65	2	0	32	1.05
2113716--2113761	19	2.4	20	89	7	69	65	2	0	32	1.05
2113716--2113761	10	4.5	10	78	21	51	65	2	0	32	1.05
2125373--2125617	125	2.0	125	88	3	368	33	17	26	23	1.96
2126917--2127018	36	2.8	38	88	5	156	40	16	18	24	1.91
2126917--2127031	37	3.1	37	79	7	128	40	18	18	23	1.92
2127430--2127973	54	9.9	54	87	2	536	34	18	25	22	1.96
2127621--2128001	168	2.3	166	84	3	464	33	17	24	24	1.96
2128026--2128489	55	8.7	55	85	6	614	29	14	25	29	1.95
2127974--2128489	155	3.3	155	87	5	684	29	14	25	29	1.95
2128081--2128379	100	2.9	101	86	5	384	29	14	25	30	1.95
2128233--2128572	162	2.1	162	81	5	389	29	15	26	28	1.96
2129747--2129775	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2131288--2131346	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
2131371--2131413	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
2131373--2131421	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
2131393--2131662	32	9.4	32	77	22	321	52	11	0	35	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2131361--2131639	86	3.4	86	81	12	332	52	11	0	35	1.38
2131457--2131499	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
2131425--2131697	54	5.2	54	91	5	427	52	11	0	36	1.38
2131459--2131507	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
2131511--2131553	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2131513--2131561	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2131565--2131607	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2131567--2131615	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2131642--2131804	15	10.5	15	85	9	202	50	1	0	47	1.11
2132269--2132399	17	7.9	17	67	21	57	42	1	0	55	1.09
2132240--2132327	19	4.8	18	72	21	58	39	1	0	59	1.05
2132297--2132355	18	3.3	18	77	13	59	44	3	0	52	1.17
2132362--2132403	15	2.8	15	75	13	50	35	0	0	64	0.94
2140268--2140292	10	2.5	10	100	0	50	36	20	0	44	1.52
2140668--2140728	30	2.0	30	100	0	122	36	22	3	37	1.71
2143251--2143343	21	4.5	21	75	4	91	39	17	24	18	1.91
2143332--2143446	20	5.7	20	76	6	88	32	24	17	26	1.97
2143251--2143343	41	2.3	41	96	0	177	39	17	24	18	1.91
2143329--2143466	41	3.4	41	74	6	127	34	23	16	25	1.95
2143632--2143675	22	2.0	22	100	0	88	22	45	13	18	1.84
2143910--2143957	19	2.5	20	89	3	71	18	18	27	35	1.95
2144037--2144430	220	1.8	214	95	4	718	29	12	16	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2145406--2145451	18	2.5	18	85	3	65	26	43	17	13	1.85
2145918--2145968	20	2.5	21	81	9	61	35	25	19	19	1.95
2145977--2146036	14	4.2	13	72	24	50	50	25	16	8	1.73
2145972--2146049	32	2.4	33	89	6	124	51	21	16	10	1.74
2145976--2146038	13	4.4	14	76	20	67	50	23	15	9	1.73
2146066--2146123	14	3.9	14	77	16	62	8	15	25	50	1.73
2146061--2146139	32	2.4	33	93	2	133	10	17	24	48	1.78
2146080--2146197	20	6.4	19	73	14	88	13	19	24	42	1.87
2146124--2146178	19	2.8	19	86	5	74	16	23	23	36	1.94
2148200--2148267	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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