genome.fa.s9582.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009582.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116959_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4978262

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404145--2404179	17	2.1	16	89	5	52	51	2	0	45	1.16
2404721--2404775	30	1.9	29	85	10	78	45	12	7	34	1.70
2405756--2405951	67	3.0	67	91	1	324	26	30	12	31	1.93
2406702--2406751	16	3.1	16	91	0	82	48	32	16	4	1.64
2409841--2410181	117	2.9	118	87	4	497	40	18	13	27	1.88
2409842--2410199	122	3.0	119	88	3	517	39	19	12	27	1.88
2418843--2419424	291	2.0	288	98	1	1029	35	17	15	31	1.91
2420167--2420215	24	2.0	25	84	4	64	44	12	16	26	1.82
2425711--2425758	19	2.5	19	82	0	51	72	2	16	8	1.18
2426616--2426702	25	3.6	24	83	12	115	40	14	2	42	1.59
2426616--2426702	22	3.6	25	81	12	117	40	14	2	42	1.59
2435206--2435237	16	2.0	16	93	0	55	28	6	6	59	1.46
2440498--2440548	6	8.7	6	75	12	52	76	1	5	15	1.07
2442976--2443002	5	5.4	5	100	0	54	44	37	18	0	1.50
2443827--2443873	18	2.6	19	83	10	62	63	0	8	27	1.23
2454889--2454928	20	2.0	20	90	0	62	20	30	25	25	1.99
2454932--2454971	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
2463261--2463304	16	2.9	15	86	6	54	63	0	2	34	1.07
2463843--2463872	12	2.5	12	88	0	51	66	3	23	6	1.30
2468274--2468330	22	2.7	21	72	17	55	26	15	28	29	1.96
2474791--2474843	24	2.2	24	82	0	61	33	30	15	20	1.93
2477229--2477262	16	2.1	16	94	0	59	32	26	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2478767--2478875	35	3.2	35	79	10	118	45	15	2	35	1.61
2478776--2478874	34	2.9	35	84	4	121	47	16	3	33	1.62
2483384--2483497	35	3.2	35	86	7	158	43	17	3	35	1.66
2483435--2483495	20	3.2	21	63	29	55	44	18	3	34	1.66
2502769--2502928	66	2.4	65	77	8	171	35	23	21	19	1.96
2509410--2509449	18	2.3	17	91	4	62	47	5	0	47	1.24
2509487--2509538	18	2.8	19	85	8	72	46	5	1	46	1.38
2509409--2509610	90	2.3	89	86	6	293	46	5	3	43	1.46
2509487--2509545	18	3.2	18	80	9	57	47	5	1	45	1.34
2509558--2509595	17	2.2	17	86	9	51	50	5	5	39	1.48
2509584--2509705	2	62.5	2	66	19	53	45	2	5	45	1.40
2509468--2509601	28	4.6	28	69	23	105	46	5	4	43	1.48
2509396--2509604	13	15.5	13	68	17	106	46	5	3	43	1.45
2510045--2510095	20	2.5	20	87	0	75	50	33	0	15	1.44
2510044--2510069	13	2.0	13	100	0	52	53	38	0	7	1.30
2510163--2510233	37	1.9	37	83	11	92	40	9	11	38	1.74
2510222--2510298	20	3.8	19	81	15	84	41	6	11	40	1.67
2510269--2510324	24	2.4	23	82	5	69	44	7	5	42	1.54
2510375--2510427	21	2.5	21	75	0	61	39	7	7	45	1.61
2510494--2510636	6	23.3	6	67	22	50	45	1	2	51	1.22
2510529--2510638	15	7.2	15	71	23	79	46	0	0	51	1.13
2510486--2510638	27	5.5	27	74	18	113	45	1	1	51	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2510572--2510648	15	5.5	13	79	16	75	50	0	1	48	1.09
2511461--2511556	40	2.4	40	92	0	156	31	7	15	45	1.73
2511461--2511524	22	3.1	22	66	25	66	29	6	17	46	1.72
2513587--2513630	23	2.0	22	81	4	52	40	11	2	45	1.53
2513702--2513742	20	2.0	20	100	0	82	39	9	0	51	1.35
2513706--2513775	23	3.1	23	86	8	83	44	7	0	48	1.30
2513944--2513980	19	1.9	19	88	0	56	43	8	0	48	1.32
2514043--2514113	16	4.4	16	92	0	115	43	14	23	18	1.86
2514926--2514981	27	2.0	28	93	3	96	37	10	8	42	1.71
2519170--2519201	15	2.1	15	100	0	64	25	15	6	53	1.65
2523141--2523191	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
2523534--2523564	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2523580--2523828	38	6.9	37	72	17	159	43	2	7	46	1.44
2523852--2523888	3	12.3	3	88	11	58	29	2	0	67	1.04
2525090--2525130	17	2.4	18	84	15	52	29	4	2	63	1.28
2525260--2525339	33	2.5	31	80	13	83	18	7	1	72	1.15
2528296--2528355	29	2.0	31	90	6	97	41	16	6	35	1.75
2530303--2530746	194	2.3	194	92	1	748	35	21	17	25	1.95
2530814--2531173	123	2.9	125	89	2	546	31	22	17	28	1.96
2531234--2531971	169	4.4	163	83	3	521	31	23	20	25	1.98
2531519--2531969	169	2.7	166	86	3	636	31	24	19	25	1.98
2531234--2531971	84	8.9	83	78	4	682	31	23	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2532591--2532889	37	8.6	34	76	17	239	43	3	6	46	1.46
2532572--2532875	73	4.3	74	76	16	270	42	3	7	46	1.51
2532701--2532814	59	2.0	56	82	5	138	43	4	7	44	1.51
2532673--2532889	96	2.2	97	79	15	228	42	3	6	47	1.45
2532757--2532868	38	2.9	38	76	6	102	41	3	7	47	1.48
2532888--2532924	3	12.3	3	88	11	58	29	2	0	67	1.04
2534110--2534147	17	2.2	18	85	4	51	18	2	2	76	1.02
2534118--2534165	17	2.9	17	84	9	55	25	0	0	75	0.81
2534176--2534227	9	5.7	9	81	2	50	17	1	1	78	0.93
2534331--2534391	32	1.9	32	83	6	79	14	4	3	77	1.07
2539308--2539368	23	2.7	23	84	0	59	31	24	24	19	1.98
2539324--2539372	23	2.1	23	92	0	80	26	24	26	22	2.00
2539487--2539522	18	2.0	18	100	0	72	33	33	22	11	1.89
2539395--2539766	121	3.1	121	95	0	654	36	25	14	24	1.93
2539608--2539643	18	2.0	18	100	0	72	38	33	16	11	1.84
2539435--2539741	62	5.0	62	63	23	175	35	24	14	24	1.94
2539729--2539764	18	2.0	18	94	0	63	36	33	19	11	1.87
2540902--2540945	21	2.1	21	86	0	61	18	27	25	29	1.98
2544695--2544755	23	2.7	23	89	0	95	26	27	26	19	1.99
2544866--2544901	18	2.0	18	94	0	63	36	33	19	11	1.87
2544762--2545145	121	3.2	121	97	0	698	36	25	14	23	1.93
2544987--2545022	18	2.0	18	100	0	72	33	33	22	11	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2544814--2545120	62	5.0	62	64	23	202	35	25	15	24	1.94
2545108--2545143	18	2.0	18	100	0	72	33	33	22	11	1.89
2546321--2546364	21	2.1	21	86	0	61	15	27	27	29	1.96
2549856--2549894	17	2.2	18	86	4	53	41	2	5	51	1.38
2549856--2549902	18	2.6	17	83	6	58	40	2	4	53	1.32
2551027--2551086	31	1.9	31	96	0	111	40	11	25	23	1.88
2555395--2555465	37	1.9	37	85	5	99	39	12	12	35	1.82
2556959--2557057	48	2.1	48	98	0	189	29	8	23	39	1.83
2559548--2559603	17	3.2	17	66	14	51	35	10	5	48	1.61
2562820--2562872	23	2.3	23	83	0	61	26	26	28	18	1.98
2565415--2565600	93	2.0	93	100	0	372	21	17	10	50	1.76
2565940--2566678	54	13.7	54	84	2	876	34	19	15	30	1.93
2567088--2567146	6	9.8	6	94	0	82	55	13	16	13	1.68
2569524--2569595	5	14.8	5	91	5	121	37	0	0	62	0.95
2569591--2569693	39	2.6	39	75	14	113	32	16	2	48	1.61
2572443--2572470	8	3.5	8	100	0	56	64	10	0	25	1.26
2575668--2576187	256	2.0	257	96	3	963	35	10	22	31	1.88
2577428--2577473	20	2.3	20	92	0	74	43	4	23	28	1.73
2577627--2577687	23	2.7	23	87	5	88	16	29	21	32	1.95
2577627--2577723	46	2.1	46	84	3	124	21	23	21	32	1.98
2579494--2579584	40	2.3	39	92	3	148	38	23	4	34	1.75
2579494--2579601	38	2.8	39	85	8	109	40	21	4	33	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2583291--2583332	21	2.0	21	85	0	57	30	16	23	28	1.96
2584975--2585009	14	2.6	14	90	4	54	37	0	2	60	1.12
2599607--2599700	39	2.4	40	82	8	104	37	14	1	46	1.52
2600192--2600235	3	14.7	3	81	9	54	34	2	0	63	1.07
2604127--2604269	55	2.6	56	84	7	193	46	13	20	19	1.83
2610252--2610910	134	4.9	134	91	0	1016	31	22	17	29	1.96
2614275--2614325	22	2.3	22	96	0	93	33	25	27	13	1.94
2616624--2616678	17	3.2	17	76	2	65	36	12	10	40	1.79
2618800--2619045	134	1.8	134	84	5	336	31	21	13	33	1.92
2620107--2620133	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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