genome.fa.s9582.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009582.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116959_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4978262

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148286--2148363	20	3.9	20	91	0	129	15	21	23	39	1.91
2149421--2149474	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
2149649--2149673	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2152119--2152155	14	2.6	14	82	0	56	45	21	0	32	1.52
2153513--2153579	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
2153851--2154037	91	2.0	90	86	8	261	47	17	12	21	1.81
2154181--2154322	63	2.3	63	86	2	151	26	36	16	19	1.94
2154204--2154334	63	2.1	63	98	0	253	23	36	18	21	1.95
2155788--2155919	19	6.7	19	70	21	94	46	18	23	12	1.82
2155788--2155850	20	3.2	20	84	4	74	44	17	23	14	1.85
2155808--2155895	46	1.9	46	92	0	149	45	18	23	12	1.83
2155920--2155964	19	2.4	19	80	0	54	6	13	26	53	1.64
2156517--2156567	20	2.5	20	93	0	84	25	21	27	25	1.99
2156641--2156681	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
2173552--2173627	15	5.3	15	67	17	54	40	2	3	52	1.34
2173549--2173628	42	1.9	41	92	2	133	41	2	5	51	1.37
2180180--2180236	26	2.2	26	84	6	71	28	10	8	52	1.65
2182224--2182311	28	3.3	27	78	15	94	67	9	1	22	1.26
2182290--2182322	16	2.0	17	88	5	50	75	9	3	12	1.14
2184217--2184288	28	2.6	29	82	14	89	19	9	5	65	1.42
2191692--2191770	40	2.0	39	97	2	149	37	30	7	24	1.83
2194119--2194178	23	2.9	21	90	9	88	21	35	26	16	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2201717--2201755	2	19.0	2	94	5	69	48	2	0	48	1.15
2202381--2202452	28	2.5	28	86	2	99	38	11	9	40	1.74
2202534--2202591	28	2.1	28	83	0	71	36	12	10	41	1.76
2204376--2204402	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2205661--2205705	16	2.8	16	82	3	54	11	0	37	51	1.38
2205974--2206745	136	5.7	136	88	0	1071	26	21	18	34	1.96
2207585--2207650	5	13.8	5	77	13	68	0	18	0	81	0.68
2207599--2207652	9	6.5	8	85	10	65	0	18	0	81	0.69
2207586--2207650	13	4.9	13	80	15	80	0	18	0	81	0.69
2207585--2207643	23	2.6	23	86	5	84	0	18	0	81	0.69
2207599--2207652	17	3.2	16	80	14	65	0	18	0	81	0.69
2207587--2207653	14	4.5	14	73	23	57	0	19	0	80	0.71
2216815--2216868	21	2.7	20	78	16	58	74	9	1	14	1.15
2216810--2216874	11	5.4	11	72	24	51	75	7	1	15	1.10
2218706--2219497	136	5.8	136	87	1	1068	27	20	18	33	1.96
2218706--2219496	406	1.9	408	87	2	1144	27	20	18	33	1.96
2220444--2220480	16	2.4	15	86	8	56	2	13	0	83	0.74
2223972--2224001	7	4.3	7	91	0	51	66	0	13	20	1.24
2229885--2229931	13	3.7	13	78	16	62	46	8	6	38	1.60
2229884--2229931	25	1.9	25	95	0	87	45	8	8	37	1.64
2230250--2230303	25	2.0	28	82	10	69	48	0	1	50	1.11
2240602--2240658	21	2.7	21	76	10	62	29	21	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245864--2245892	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2257170--2257264	21	4.5	21	93	2	147	46	21	21	11	1.82
2257504--2257553	6	8.2	6	78	12	57	22	16	12	50	1.77
2257507--2257544	13	2.9	13	92	0	67	23	15	13	47	1.81
2257508--2257553	19	2.5	19	83	13	60	23	17	10	47	1.79
2259631--2259681	2	26.0	2	96	4	95	50	0	0	49	1.00
2260492--2260997	253	2.0	253	100	0	1012	33	15	23	26	1.95
2262813--2263926	54	20.8	54	80	6	1063	33	18	23	23	1.97
2263445--2263636	96	2.0	96	100	0	384	34	16	23	25	1.95
2263572--2263877	51	5.8	51	81	8	342	33	18	23	23	1.97
2262899--2263851	311	3.0	310	82	8	1089	33	18	23	23	1.97
2263885--2264059	55	3.2	55	81	4	201	32	13	21	32	1.92
2263541--2263877	160	2.1	163	81	4	364	34	18	24	23	1.96
2267092--2267199	7	15.7	7	92	3	175	41	16	28	12	1.86
2270250--2270301	20	2.7	20	81	3	70	34	13	25	26	1.93
2270929--2270992	22	2.8	23	90	2	94	17	23	25	34	1.96
2270959--2271051	24	3.9	24	79	6	82	22	23	23	30	1.99
2277221--2277401	82	2.2	81	77	8	195	34	15	18	31	1.92
2283698--2283880	91	2.0	91	100	0	366	24	16	14	44	1.84
2288884--2289008	8	15.6	8	100	0	250	62	12	12	12	1.55
2289054--2289102	21	2.3	22	82	10	66	46	6	6	40	1.53
2289236--2289295	22	2.7	22	80	10	52	50	5	3	41	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2289512--2289560	21	2.3	21	100	0	98	44	20	12	22	1.84
2290186--2290240	2	28.0	2	96	3	103	49	0	0	50	1.00
2291003--2291673	113	6.1	109	85	7	659	29	16	23	30	1.96
2296000--2296052	4	12.5	4	81	18	63	69	0	3	26	1.05
2301716--2301956	122	2.0	122	100	0	482	44	9	16	29	1.78
2303934--2304066	8	16.6	8	100	0	266	62	12	12	12	1.55
2304112--2304160	21	2.3	22	82	10	66	46	6	6	40	1.53
2304563--2304611	21	2.3	21	100	0	98	44	20	12	22	1.84
2305239--2305270	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2305486--2305532	18	2.6	18	93	0	76	6	10	31	51	1.62
2306149--2306176	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2306370--2306407	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2310585--2310648	27	2.4	27	97	0	119	29	23	15	31	1.95
2316794--2316865	36	2.0	37	88	2	110	52	6	15	25	1.67
2321169--2321226	8	7.2	8	76	20	59	25	1	1	70	1.06
2321169--2321225	24	2.4	23	82	11	71	24	1	1	71	1.04
2321219--2321266	20	2.4	20	76	10	53	35	4	0	60	1.16
2325714--2326537	84	9.9	84	80	4	823	31	24	19	24	1.98
2325690--2326532	165	5.1	165	80	5	788	31	24	19	24	1.98
2325668--2326537	249	3.5	249	85	1	1084	31	23	19	24	1.98
2327995--2328044	23	2.1	24	82	10	59	24	2	4	70	1.15
2328039--2328080	17	2.5	17	82	17	52	38	4	0	57	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2328172--2328237	35	1.9	34	84	9	89	21	3	4	71	1.18
2329770--2329809	19	2.2	18	86	4	53	25	2	25	47	1.64
2330923--2330966	21	2.1	21	82	0	52	29	13	22	34	1.93
2332024--2332077	21	2.6	21	87	0	81	33	20	11	35	1.88
2338929--2338973	21	2.2	21	88	4	65	37	4	17	40	1.70
2340027--2340088	11	5.8	11	72	14	58	58	1	1	38	1.18
2340200--2340274	7	10.7	7	86	0	105	46	36	1	16	1.55
2346712--2346749	19	2.0	19	85	10	51	23	31	26	18	1.97
2349047--2349116	13	5.7	13	80	13	94	42	15	4	37	1.67
2349060--2349118	11	5.0	11	76	15	64	42	16	3	37	1.66
2349047--2349118	24	3.0	24	100	0	144	41	16	4	37	1.68
2356386--2356466	19	4.0	21	71	21	66	43	0	1	55	1.07
2356387--2356453	12	5.9	12	73	16	54	44	0	1	53	1.09
2356409--2356453	23	1.9	24	90	4	74	44	0	2	53	1.13
2356433--2356472	9	4.3	9	84	15	55	45	0	0	55	0.99
2356433--2356488	27	2.0	29	86	6	80	50	0	0	50	1.00
2356433--2356481	18	2.7	19	81	9	57	48	0	0	51	1.00
2357384--2357426	15	3.2	13	81	15	52	67	2	0	30	1.03
2360429--2360496	27	2.6	27	93	4	113	30	10	16	42	1.81
2360554--2360589	15	2.4	15	100	0	72	11	22	11	55	1.66
2360554--2360598	15	3.0	15	90	6	56	15	20	13	51	1.76
2364203--2364270	27	2.6	27	95	4	122	30	11	16	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2368236--2368263	14	2.0	14	100	0	56	21	0	35	42	1.53
2370409--2370537	64	2.0	63	96	1	240	29	13	39	17	1.88
2373631--2373687	28	2.0	29	96	3	107	21	17	24	36	1.94
2379497--2379539	8	5.5	8	86	5	61	79	0	9	11	0.95
2380463--2380962	55	9.1	55	92	0	817	32	16	23	27	1.96
2385932--2386010	27	2.9	26	81	3	86	25	21	32	20	1.97
2388654--2388714	31	2.0	31	93	0	104	14	18	16	50	1.78
2394663--2394695	16	2.0	17	94	5	59	36	6	21	36	1.78
2402249--2402422	87	2.0	87	98	0	339	32	14	21	31	1.94
2404117--2404167	22	2.4	22	83	6	61	52	1	1	43	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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