genome.fa.s9582.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009582.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116959_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4978262

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
633826--633860	18	1.9	18	88	0	52	25	20	28	25	1.99
635544--635584	18	2.3	18	87	4	57	65	2	4	26	1.25
636806--636859	26	2.1	26	86	6	74	31	12	1	53	1.50
640919--641201	39	7.0	39	72	10	192	42	13	7	37	1.71
641254--641496	58	4.3	58	77	16	208	44	13	6	35	1.69
641353--641444	46	2.0	46	95	0	166	40	16	6	36	1.74
641295--641496	104	1.9	107	89	4	320	43	13	6	35	1.71
641214--641522	166	1.9	158	84	8	415	44	13	6	36	1.69
641399--641516	62	1.9	62	86	6	168	44	14	7	33	1.74
641698--641786	45	2.0	45	86	8	128	39	13	11	35	1.80
645440--645516	39	2.0	39	84	5	102	32	9	10	48	1.69
645726--645763	15	2.6	15	87	4	51	68	0	7	23	1.16
661344--661376	16	2.0	17	94	5	59	27	0	30	42	1.56
669299--669338	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
669319--669370	23	2.3	23	77	6	63	19	19	40	21	1.92
672144--672514	185	2.0	187	96	3	689	32	10	18	38	1.85
688996--689051	24	2.3	24	93	0	94	33	14	16	35	1.88
689457--689491	3	11.3	3	93	6	61	37	0	0	62	0.95
690692--690747	16	3.2	16	75	20	58	28	1	1	67	1.10
690911--690973	33	2.0	32	84	12	85	39	0	1	58	1.07
691698--691746	20	2.5	20	83	6	66	30	2	0	67	1.02
700915--700969	22	2.5	22	90	0	92	34	10	12	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
701519--701882	183	2.0	183	92	3	617	33	14	13	39	1.84
701826--702463	151	4.2	151	96	0	1141	23	20	21	34	1.96
701826--702463	227	2.8	226	94	1	1123	23	20	21	34	1.96
701826--702463	76	8.4	76	95	0	1118	23	20	21	34	1.96
703836--703891	20	3.2	16	71	28	51	26	3	1	67	1.16
703836--703909	37	2.0	36	84	2	94	27	2	4	66	1.23
704055--704117	33	2.0	33	84	6	85	41	0	1	57	1.08
704316--704361	14	3.4	14	76	8	51	50	2	0	47	1.13
707466--707533	32	2.1	32	83	5	84	14	11	25	48	1.78
707491--707555	32	2.0	33	87	3	96	18	12	29	40	1.87
709161--709204	22	2.0	21	86	4	61	59	4	0	36	1.18
711546--711578	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
712184--712213	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
713252--713743	124	4.0	123	87	2	715	26	17	17	38	1.92
713754--713946	37	5.3	36	68	5	136	39	15	16	29	1.88
713740--713998	36	7.2	35	65	8	117	40	13	15	29	1.86
713745--713994	73	3.4	73	90	2	394	40	14	16	28	1.87
714018--714343	167	2.0	166	90	4	523	27	20	19	33	1.96
716084--716183	37	2.6	39	71	12	98	27	25	17	31	1.97
717228--717291	8	7.6	8	81	15	76	0	17	0	82	0.66
717238--717270	15	2.2	15	94	0	57	0	15	0	84	0.61
717227--717290	15	4.3	15	75	16	53	0	17	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
717249--717289	19	2.2	19	91	8	66	0	17	0	82	0.66
724245--724292	23	2.1	23	84	0	60	37	12	16	33	1.86
724652--724691	21	2.0	21	85	5	55	47	7	15	30	1.72
724704--724765	22	2.7	23	82	5	81	40	20	4	33	1.74
724359--725509	419	2.8	423	93	5	2044	39	12	7	40	1.72
725122--725184	23	2.7	23	87	0	90	39	20	4	34	1.74
725262--725765	256	2.0	248	94	4	895	40	11	7	40	1.69
725780--725850	21	3.3	20	74	14	61	39	21	4	35	1.73
724844--726055	671	1.8	670	94	4	2176	39	12	7	41	1.71
726273--726358	39	2.2	39	93	0	145	18	13	18	48	1.80
726615--726651	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
727087--727149	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
728421--728463	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
728426--728472	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
728705--729158	223	2.1	219	92	6	749	39	8	7	44	1.62
729691--729742	23	2.3	23	93	0	86	34	7	23	34	1.83
729655--729816	87	1.9	87	93	0	279	40	10	15	33	1.82
730052--730098	20	2.3	20	96	0	85	38	17	4	40	1.69
730148--730305	73	2.2	72	83	10	189	28	22	17	32	1.96
733035--733491	251	1.8	251	85	4	654	31	15	15	37	1.89
736268--736932	200	3.5	188	86	7	687	32	17	13	36	1.89
736400--736932	200	2.7	201	92	2	889	31	18	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737372--737710	170	2.0	170	99	0	669	34	26	9	29	1.88
739142--739206	21	3.1	21	91	4	96	15	32	12	40	1.84
739289--739319	15	2.1	15	93	0	53	16	61	3	19	1.48
752560--752595	13	2.8	13	100	0	72	61	0	38	0	0.96
758278--758330	22	2.4	22	96	0	97	37	11	28	22	1.89
764996--765040	20	2.2	21	88	4	65	33	13	0	53	1.40
773319--773344	12	2.2	12	100	0	52	50	0	15	34	1.45
773674--773769	48	2.0	48	100	0	192	25	10	2	62	1.38
773827--773879	24	2.2	24	100	0	106	41	13	18	26	1.87
778541--778595	23	2.3	23	84	3	65	58	1	0	40	1.09
778557--778601	23	2.0	23	81	0	54	62	4	0	33	1.15
783554--783578	10	2.5	10	100	0	50	32	0	40	28	1.57
785670--785889	64	3.5	64	80	6	218	33	19	18	28	1.96
786609--786826	103	2.1	103	97	0	409	25	13	23	36	1.92
786833--786910	23	3.3	23	78	1	84	24	17	23	34	1.96
791666--791885	64	3.5	64	79	6	198	34	20	18	27	1.95
792605--792822	103	2.1	103	95	0	400	25	12	23	37	1.91
792838--792904	23	2.9	23	77	0	62	23	23	23	28	2.00
797711--797785	34	2.2	34	100	0	150	32	18	10	38	1.85
814896--814924	14	2.1	14	100	0	58	31	27	6	34	1.83
820863--820960	34	2.8	34	76	6	99	48	6	11	33	1.63
825837--825903	26	2.7	25	93	6	102	49	22	7	20	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825844--825903	26	2.3	26	100	0	120	48	23	8	20	1.76
826058--826163	56	1.9	56	92	0	176	19	20	6	52	1.68
828166--828192	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
828022--828200	85	2.1	85	97	2	342	37	1	3	57	1.23
828960--829014	27	2.0	28	82	7	67	49	3	0	47	1.19
830300--830359	23	2.6	23	78	0	57	40	6	16	36	1.75
830194--830434	87	2.8	87	89	0	374	43	9	14	33	1.76
830447--831108	198	3.3	199	85	5	869	31	15	13	39	1.86
831220--831311	30	3.0	32	73	12	86	50	1	0	48	1.08
831227--831313	14	6.2	14	68	9	52	47	1	0	51	1.08
831241--831328	28	3.1	28	75	6	81	48	2	1	47	1.21
831345--831396	24	2.2	24	80	16	65	38	0	3	57	1.17
831737--831793	20	2.8	21	89	5	98	64	15	8	10	1.48
831982--832066	30	2.8	31	80	15	83	48	1	1	49	1.16
831993--832093	14	7.2	14	70	14	57	48	1	0	48	1.19
832057--832101	14	3.1	15	84	6	58	55	2	0	42	1.12
832491--832575	23	3.7	23	85	3	109	34	18	5	41	1.75
834854--834942	36	2.5	37	88	5	137	49	0	1	49	1.08
834852--834936	15	6.2	15	67	26	55	49	0	1	49	1.08
835879--835919	18	2.3	18	86	0	55	46	2	9	41	1.50
841562--841626	29	2.3	29	94	2	114	32	4	0	63	1.15
849038--849160	51	2.4	51	87	2	167	19	29	34	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850694--850740	17	2.8	17	96	0	85	36	12	12	38	1.82
853367--853428	28	2.2	29	94	2	108	27	3	22	46	1.67
856013--856094	3	27.7	3	90	2	130	64	0	0	35	0.94
856445--856539	42	2.3	41	83	5	120	32	21	22	24	1.98
856698--856803	42	2.5	41	79	7	115	35	20	18	24	1.95
856222--857312	258	4.3	257	87	4	1449	35	17	16	31	1.92
856950--857056	42	2.6	41	80	2	133	33	21	19	25	1.97
862940--862985	23	2.0	23	100	0	92	21	4	30	43	1.72
866656--866711	18	2.8	19	82	12	60	21	1	3	73	1.08
866704--866732	14	2.1	14	93	6	51	44	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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