genome.fa.s9582.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009582.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116959_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4978262

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2808680--2808743	29	2.2	29	83	5	76	35	6	7	50	1.57
2808804--2808867	29	2.2	29	94	0	110	34	9	10	45	1.72
2808752--2809039	141	2.1	137	86	4	362	36	11	11	41	1.77
2812798--2812852	23	2.3	23	81	3	56	60	1	1	36	1.18
2813270--2813302	16	1.9	18	88	11	52	42	0	0	57	0.98
2814210--2814673	143	3.3	141	82	6	503	32	11	18	37	1.86
2815932--2816088	63	2.5	61	85	8	192	33	19	21	25	1.97
2817193--2817228	18	2.0	18	94	0	63	11	19	33	36	1.87
2817090--2817350	121	2.1	121	97	0	486	24	15	24	35	1.94
2817105--2817289	59	3.1	59	63	23	150	25	15	23	35	1.94
2817318--2817360	19	2.3	18	88	7	68	9	20	30	39	1.84
2817325--2817369	19	2.4	19	100	0	90	13	15	33	37	1.86
2817193--2817473	141	2.0	139	94	1	490	23	14	25	37	1.93
2817481--2817532	23	2.3	23	93	0	86	21	23	26	28	1.99
2817481--2817540	23	2.6	23	89	0	75	21	23	26	28	1.99
2821358--2821395	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
2821363--2821521	63	2.5	62	85	4	203	32	18	21	27	1.97
2822624--2822659	18	2.0	18	100	0	72	11	22	33	33	1.89
2822521--2822780	121	2.1	121	98	0	502	24	15	25	35	1.94
2822536--2822720	59	3.1	59	62	26	134	25	15	23	35	1.94
2822745--2822798	18	3.0	18	97	0	99	11	20	33	35	1.88
2822624--2822902	139	2.0	139	95	0	495	23	15	25	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2822910--2822969	23	2.6	23	86	0	75	23	26	26	23	2.00
2822900--2822977	23	3.3	23	78	1	66	25	20	21	32	1.98
2824830--2824884	24	2.3	24	87	6	76	50	14	5	29	1.65
2831386--2831410	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
2834216--2834242	13	2.1	13	100	0	54	29	22	14	33	1.94
2837612--2837669	20	2.9	20	89	0	71	43	12	12	32	1.79
2837612--2837658	20	2.3	20	96	0	85	42	12	10	34	1.78
2837746--2837787	21	2.1	20	86	8	59	23	16	23	35	1.95
2838784--2838841	30	1.9	31	85	3	82	29	13	24	32	1.94
2838852--2838954	29	3.6	29	82	1	109	37	16	28	17	1.91
2839056--2839089	2	17.0	2	87	0	50	55	0	0	44	0.99
2839623--2839673	26	2.0	26	88	0	75	25	19	33	21	1.97
2840895--2841229	167	2.0	167	100	0	670	20	38	16	24	1.93
2866201--2866251	26	1.9	27	84	11	70	41	7	27	23	1.82
2871753--2871832	21	3.8	21	80	6	99	21	27	21	30	1.98
2873172--2873210	14	2.7	15	84	7	55	33	0	15	51	1.44
2873188--2873338	63	2.4	64	89	3	225	29	1	15	52	1.54
2873397--2873442	20	2.3	20	96	0	83	36	23	19	19	1.95
2874867--2874931	12	5.4	12	76	7	69	49	16	3	30	1.61
2874863--2874899	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2874867--2874923	6	9.5	6	75	7	53	52	14	3	29	1.58
2874867--2874931	24	2.7	24	95	0	112	49	16	3	30	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2875305--2875354	25	2.0	25	92	0	82	44	20	8	28	1.79
2875750--2875784	6	5.8	6	86	0	52	17	2	20	60	1.49
2878048--2878101	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2878048--2878115	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2878227--2878260	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2878916--2878961	22	2.1	22	95	0	83	30	17	34	17	1.93
2879073--2879161	20	4.4	20	75	8	56	33	12	23	30	1.92
2879105--2879163	20	3.0	20	79	0	64	32	13	27	27	1.94
2879172--2879218	20	2.3	20	85	0	67	23	19	21	36	1.95
2884899--2884949	23	2.2	24	92	3	86	45	0	5	49	1.26
2888421--2888477	24	2.4	24	79	5	71	15	5	29	49	1.67
2889629--2889721	13	7.7	12	71	20	68	11	2	39	46	1.53
2889652--2889710	6	9.2	6	77	18	57	15	0	35	49	1.45
2890470--2890512	12	3.2	12	77	22	50	51	0	0	48	1.00
2890447--2890613	28	6.2	27	70	18	91	48	2	2	46	1.30
2890479--2890562	44	1.9	44	83	9	109	46	1	3	48	1.27
2890552--2890744	31	6.0	30	72	22	144	49	3	4	41	1.41
2890523--2890756	65	3.6	66	81	12	261	48	3	4	43	1.40
2890559--2890605	24	1.9	25	82	4	60	55	4	2	38	1.31
2890523--2890765	130	1.9	130	86	5	348	48	3	5	43	1.42
2890686--2890750	15	4.3	15	74	12	62	49	3	3	44	1.33
2890725--2890777	21	2.5	21	81	0	61	45	5	7	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2890820--2890919	20	5.0	21	69	25	74	43	6	7	44	1.56
2890899--2890972	37	2.1	36	84	5	96	37	10	9	41	1.73
2890808--2890965	57	2.7	58	82	11	189	40	8	8	42	1.66
2891487--2891572	15	5.4	17	75	16	69	45	5	3	45	1.44
2891434--2891622	89	2.1	88	90	4	292	42	5	4	47	1.47
2891661--2891696	18	1.9	19	94	5	65	47	0	5	47	1.25
2891578--2891707	13	9.2	13	76	11	89	43	3	6	46	1.49
2891659--2891727	31	2.2	32	87	12	99	44	1	4	49	1.31
2893956--2894067	34	3.4	34	77	13	108	41	16	14	27	1.88
2894264--2894308	18	2.5	18	82	7	56	42	15	22	20	1.89
2905765--2905834	2	35.5	2	97	2	133	48	0	0	51	1.00
2916429--2916479	26	2.0	26	92	0	84	29	11	9	49	1.72
2922217--2922301	32	2.7	31	78	8	82	44	25	12	16	1.83
2922338--2922390	18	2.9	19	74	20	60	54	0	0	45	0.99
2922438--2922514	38	2.0	38	87	0	109	54	9	12	23	1.66
2922992--2923043	16	3.2	16	69	0	50	30	32	17	19	1.95
2922981--2923060	32	2.5	32	88	8	126	37	32	13	16	1.88
2923687--2923712	12	2.2	12	100	0	52	57	0	0	42	0.98
2923828--2923867	21	1.9	21	89	0	62	45	7	10	37	1.66
2928057--2928102	8	5.5	8	87	5	56	23	2	0	73	0.94
2928057--2928102	17	2.8	16	83	9	56	23	2	0	73	0.94
2931122--2931199	20	3.8	20	76	11	79	52	2	0	44	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2931277--2931337	31	2.0	31	90	0	95	29	8	29	32	1.86
2932018--2932116	46	2.2	45	81	5	110	51	7	3	38	1.45
2935646--2935721	10	6.9	10	72	19	53	57	14	13	14	1.65
2935632--2935713	24	3.5	24	77	1	94	58	14	12	14	1.63
2935671--2935746	33	2.3	33	95	0	134	59	19	10	10	1.59
2935670--2935746	10	7.1	10	72	16	64	59	19	10	10	1.58
2935704--2935777	23	3.2	23	80	3	85	60	17	9	12	1.57
2940506--2940555	14	3.6	14	81	7	66	62	18	8	12	1.53
2940506--2940560	28	2.0	28	92	7	94	61	20	7	10	1.52
2940505--2940575	28	2.8	24	82	16	81	61	18	7	12	1.52
2942160--2942354	97	2.0	97	98	0	381	35	18	19	26	1.95
2943237--2943284	25	1.9	25	91	0	78	54	12	4	29	1.56
2944887--2944959	16	4.6	16	88	6	112	8	10	20	60	1.56
2946144--2946186	18	2.2	20	84	8	54	20	11	6	60	1.54
2946625--2946681	30	1.9	30	92	0	96	19	12	7	61	1.53
2947675--2947857	91	2.0	91	100	0	366	37	18	16	27	1.92
2959314--2959442	60	2.1	61	80	9	138	33	16	17	32	1.93
2960171--2960222	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2960278--2960471	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
2960274--2960471	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
2960278--2960470	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
2960848--2960917	32	2.2	32	89	7	106	11	21	18	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2961037--2961091	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
2961016--2961107	33	2.8	33	89	0	130	41	25	23	9	1.85
2961103--2961199	19	5.7	18	73	20	84	10	24	22	42	1.85
2961125--2961213	14	5.7	14	76	21	88	8	25	23	41	1.83
2961108--2961221	33	3.5	33	92	2	203	9	24	21	44	1.82
2962896--2963444	92	6.1	92	93	4	956	22	13	18	45	1.84
2962896--2963444	270	2.0	274	93	4	961	22	13	18	45	1.84
2963518--2963572	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
2963497--2963588	33	2.8	33	89	0	130	41	25	23	9	1.85
2963584--2963681	19	5.7	19	68	22	72	9	25	22	42	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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