genome.fa.s9585.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009585.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116962_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8285662

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

This is table  1  of  35  ( 4106 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11341--11374	15	2.1	17	89	10	54	35	2	0	61	1.11
22061--22125	21	3.1	21	88	0	85	43	10	27	18	1.83
22159--22224	33	2.0	33	90	0	105	30	0	45	24	1.53
22400--22454	21	2.6	21	91	0	92	54	1	43	0	1.10
24487--24857	181	2.0	181	93	0	634	36	12	16	34	1.87
26219--26244	12	2.2	12	100	0	52	34	7	30	26	1.85
27550--28056	200	2.5	199	86	2	694	38	14	15	31	1.87
30349--30451	45	2.3	43	82	11	118	31	20	15	33	1.94
30424--30472	19	2.6	19	84	9	57	24	26	18	30	1.98
32694--32761	6	11.3	6	70	17	52	14	2	2	79	0.97
32693--32767	11	7.0	11	80	10	84	16	2	2	78	0.97
32693--32766	5	14.0	5	71	20	53	16	2	2	78	0.98
32693--32761	28	2.6	25	77	20	77	15	2	2	78	1.00
32699--32760	21	3.0	20	81	9	70	14	3	3	79	0.99
46435--46643	75	2.8	76	86	4	271	23	31	23	21	1.98
54994--55201	75	2.7	75	83	5	249	24	30	23	21	1.99
55935--55973	18	2.1	19	85	4	53	38	0	0	61	0.96
60645--60814	60	2.8	60	76	1	153	40	12	11	34	1.80
61121--61155	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
61235--61260	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
67510--67540	13	2.4	13	94	0	53	16	19	48	16	1.81
67553--67607	10	5.6	10	85	10	78	34	29	21	14	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67553--67608	19	2.9	19	87	10	78	33	28	21	16	1.95
74779--74809	13	2.4	13	94	0	53	16	19	48	16	1.81
74822--74876	10	5.6	10	85	10	78	34	29	21	14	1.93
74822--74877	19	2.9	19	87	10	78	33	28	21	16	1.95
78179--78232	17	2.9	19	71	20	60	48	31	14	5	1.67
85525--85617	47	2.0	47	93	0	159	52	17	16	13	1.75
87959--87996	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
88489--88558	31	2.3	31	89	0	104	44	14	7	34	1.72
91996--92063	24	2.7	26	82	10	79	42	0	0	57	0.98
92022--92071	24	2.0	24	84	3	64	48	0	2	50	1.12
92122--92186	32	2.0	31	82	11	76	49	7	0	43	1.31
98828--98889	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
102853--102910	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
105757--105792	18	2.0	18	100	0	72	27	33	22	16	1.95
106549--106629	24	3.5	24	91	6	125	25	22	18	33	1.97
107569--107807	120	1.9	122	89	5	374	42	16	14	26	1.87
114928--115051	61	2.0	62	92	3	205	34	16	11	37	1.84
120714--120754	15	2.5	17	75	25	52	58	19	7	14	1.59
122330--122376	24	2.0	24	91	0	76	25	21	19	34	1.96
122335--122388	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
124684--124735	12	4.3	12	90	0	77	55	25	1	17	1.52
124683--124735	6	8.8	6	89	0	61	56	24	1	16	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124683--124735	18	2.9	18	85	0	70	56	24	1	16	1.50
124965--125096	20	6.9	20	76	13	134	45	23	9	21	1.81
125082--125119	20	1.9	20	94	0	67	34	21	10	34	1.87
125115--125260	20	7.6	20	75	13	128	20	13	19	45	1.84
127012--127070	21	2.8	21	86	0	91	25	18	35	20	1.95
127016--127118	21	4.9	21	78	4	77	26	16	36	20	1.93
127089--127129	21	2.0	21	85	9	57	31	12	34	21	1.91
127129--127194	20	3.3	20	89	0	105	18	12	18	51	1.76
127721--127877	40	3.9	39	70	6	109	37	12	21	29	1.89
127812--127879	20	3.3	20	67	20	50	36	11	22	29	1.89
127840--127961	20	5.9	20	75	11	104	27	14	20	36	1.92
128468--128508	15	2.5	17	75	25	52	58	19	7	14	1.59
137604--137644	21	2.0	21	100	0	82	56	4	34	4	1.42
138194--138274	35	2.3	36	87	6	121	46	22	0	30	1.52
138926--139000	20	3.7	20	72	13	55	32	28	9	30	1.88
138910--139060	40	3.8	40	77	3	133	30	25	12	31	1.93
138952--139080	20	6.5	20	71	16	72	27	22	14	34	1.93
142560--142641	33	2.5	33	90	4	121	26	18	21	32	1.97
142742--142909	64	2.6	64	95	0	291	52	17	2	26	1.58
144649--144771	63	2.0	63	82	6	151	31	31	13	23	1.93
144763--144812	21	2.4	21	79	0	55	32	34	14	20	1.92
146479--146532	20	2.7	19	80	8	63	51	20	12	14	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147520--147660	64	2.2	63	80	9	153	32	17	23	26	1.97
147648--147705	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
147998--148036	18	2.3	18	91	8	64	35	5	15	43	1.69
151559--151699	64	2.2	63	81	5	158	34	17	21	26	1.95
151687--151744	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
152038--152076	18	2.3	18	91	8	64	35	5	15	43	1.69
153166--153219	22	2.5	22	84	0	81	18	14	42	24	1.88
155208--155282	37	2.0	37	92	0	123	22	17	21	38	1.93
155679--155789	43	2.6	43	86	0	150	22	18	30	28	1.97
155389--156909	335	4.5	335	92	0	2380	23	18	24	33	1.97
156003--156124	43	2.8	43	82	0	145	21	18	29	30	1.97
156349--156459	43	2.6	43	82	0	141	19	16	33	30	1.94
156666--156793	43	3.0	43	84	2	159	19	18	29	32	1.96
157069--157143	32	2.3	32	80	8	82	34	24	8	33	1.84
158172--158240	10	6.9	10	78	6	59	4	13	1	81	0.91
158174--158248	9	7.8	9	80	16	62	5	10	1	82	0.88
158179--158214	19	1.9	18	88	5	54	0	16	2	80	0.83
158176--158272	49	2.0	50	80	10	110	6	11	5	77	1.11
158444--158490	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
164378--164427	20	2.5	20	80	0	55	26	12	24	38	1.90
164974--165053	35	2.3	35	82	0	97	32	3	23	40	1.73
166621--166669	23	2.2	23	85	10	66	57	10	0	32	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171558--171638	23	3.5	23	85	6	119	18	24	25	30	1.98
176061--176166	55	1.9	56	90	7	171	36	13	14	35	1.85
184352--184387	18	2.0	18	88	0	54	13	13	52	19	1.74
189713--189768	28	2.0	28	83	13	71	33	14	17	33	1.90
193001--193072	36	2.0	36	83	8	92	48	1	4	45	1.30
193212--193249	20	1.9	20	88	0	58	26	23	5	44	1.74
204399--204490	34	2.8	32	82	7	123	23	21	5	48	1.71
206899--206970	30	2.4	30	92	0	126	34	12	33	19	1.89
207067--207143	32	2.3	32	80	8	84	55	0	0	44	0.99
208594--208621	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
212940--213232	145	2.0	145	90	2	455	31	12	18	37	1.88
214688--214735	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
232552--232599	22	2.2	22	92	0	78	37	31	10	20	1.87
232558--232602	22	2.0	22	100	0	90	31	33	8	26	1.87
235624--235680	22	2.6	21	86	5	78	24	22	17	35	1.95
236755--236800	24	1.9	24	81	0	56	47	15	13	23	1.80
236772--236885	48	2.4	49	85	5	153	42	17	14	26	1.87
236772--236886	24	4.8	24	83	7	137	41	17	13	26	1.87
239303--239327	13	1.9	13	100	0	50	20	16	48	16	1.82
240770--240816	18	2.6	18	96	0	85	4	19	25	51	1.65
242418--242475	23	2.5	24	77	8	66	25	22	29	22	1.99
255899--255941	18	2.4	18	84	7	52	23	9	2	65	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260002--260039	18	2.1	18	90	9	60	26	26	31	15	1.96
273976--274085	54	2.0	54	94	3	195	36	17	17	29	1.92
289229--289393	82	2.0	82	98	0	321	30	10	35	23	1.89
289716--289748	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
292787--292816	3	9.7	3	92	7	51	33	3	0	63	1.11
292787--292822	13	2.8	13	91	4	56	33	5	0	61	1.19
305614--305665	24	2.1	24	85	3	68	78	0	15	5	0.92
305614--305671	12	4.9	12	81	10	57	77	0	15	6	0.97
306669--306797	48	2.7	48	92	0	213	29	20	17	33	1.95
306712--307092	113	3.4	112	94	0	636	28	22	16	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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