genome.fa.s9585.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009585.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116962_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8285662

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

This is table  33  of  35  ( 4106 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7653934--7654017	43	2.0	40	84	11	107	29	27	23	19	1.98
7654080--7654186	51	2.1	51	96	0	196	22	51	11	14	1.74
7654136--7654173	20	1.9	20	94	0	67	21	50	13	15	1.78
7654237--7654349	29	3.9	29	95	0	190	18	34	30	15	1.93
7654941--7655152	107	2.0	105	98	1	406	45	13	20	19	1.84
7661544--7661604	27	2.2	28	85	5	90	55	4	0	39	1.21
7661552--7661615	28	2.3	27	83	2	74	57	6	0	35	1.24
7669344--7669377	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
7679585--7679618	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
7697314--7697348	9	3.7	9	92	7	52	8	0	2	88	0.61
7697314--7697348	10	3.6	10	88	7	54	8	0	2	88	0.61
7695611--7698254	669	4.0	670	89	4	3924	27	18	18	36	1.94
7710054--7710093	21	1.9	21	94	0	71	32	10	7	50	1.64
7724383--7724439	29	2.0	29	93	6	98	12	35	31	21	1.90
7724532--7724595	33	1.9	33	93	0	110	10	37	21	29	1.88
7724565--7724686	10	11.1	10	69	14	64	9	31	34	24	1.87
7724594--7724626	14	2.4	14	94	0	57	6	30	39	24	1.79
7724613--7724666	20	2.7	20	97	0	99	9	27	37	25	1.87
7724565--7724686	54	2.2	56	88	4	185	9	31	34	24	1.87
7724653--7724680	14	2.0	14	100	0	56	7	28	42	21	1.79
7727080--7727121	21	2.0	21	100	0	84	38	19	23	19	1.93
7732560--7732588	12	2.4	12	100	0	58	20	0	24	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7737819--7737874	26	2.1	26	83	6	67	42	5	12	39	1.65
7737911--7737980	36	1.9	36	94	0	122	38	8	14	38	1.77
7738265--7738302	20	1.9	20	88	0	58	34	0	15	50	1.45
7743733--7743772	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
7748242--7748377	63	2.2	63	82	5	159	26	19	19	35	1.95
7755384--7756456	4	274.8	4	93	5	1878	25	0	24	49	1.50
7756876--7756927	20	2.6	20	81	0	68	40	19	21	19	1.92
7757138--7757212	20	3.7	20	74	10	71	25	28	16	30	1.96
7757157--7757595	146	3.0	146	88	1	652	25	18	19	35	1.95
7757979--7758037	30	1.9	30	83	10	75	33	3	10	52	1.52
7768500--7768791	146	2.0	144	96	3	541	28	24	15	31	1.96
7769840--7770036	74	2.7	72	80	7	193	41	11	21	25	1.86
7772980--7773004	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
7773057--7773093	16	2.3	16	90	0	56	40	5	10	43	1.63
7773070--7773122	22	2.4	21	84	9	70	45	5	5	43	1.51
7774223--7774282	31	1.9	31	83	6	77	40	8	18	33	1.80
7776938--7776994	23	2.5	23	82	2	62	19	28	26	26	1.99
7777658--7777715	21	2.8	21	91	0	98	29	22	22	25	1.99
7787487--7787570	27	3.1	26	79	17	91	44	5	5	44	1.53
7787487--7787552	29	2.3	29	85	12	84	42	7	3	46	1.47
7787583--7787905	166	2.0	161	88	10	486	52	10	3	32	1.53
7797822--7798229	204	2.0	206	98	0	784	29	19	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7800596--7800622	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
7801567--7801597	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
7803070--7803096	14	1.9	14	100	0	54	59	22	11	7	1.56
7807127--7807186	20	2.9	21	82	12	70	13	21	0	65	1.27
7810346--7810383	17	2.2	18	85	4	51	36	0	0	63	0.95
7810479--7810552	34	2.2	33	92	4	130	24	17	5	52	1.65
7813062--7813198	68	2.0	68	91	2	222	40	15	22	21	1.90
7817556--7817688	30	4.4	30	98	0	248	31	24	19	24	1.98
7817556--7817713	60	2.6	60	91	1	235	32	24	18	23	1.97
7818341--7818378	20	1.9	20	88	0	58	10	28	34	26	1.90
7825048--7825094	23	2.0	23	100	0	94	51	14	0	34	1.43
7835107--7835201	24	3.8	25	75	17	74	47	0	0	52	1.00
7835161--7835198	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
7838189--7838245	23	2.5	22	85	5	78	71	0	10	17	1.12
7838470--7838518	10	4.7	10	80	9	53	77	4	8	10	1.10
7838467--7838518	22	2.3	22	86	3	68	76	3	7	11	1.12
7838478--7838513	17	2.2	16	90	5	54	80	5	5	8	1.01
7838544--7838571	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7840378--7840457	40	2.0	40	97	0	151	42	3	22	31	1.71
7842093--7842519	211	2.0	211	99	0	845	43	13	7	35	1.73
7842619--7842669	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
7844075--7844170	3	31.3	3	87	4	129	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7844376--7844538	45	3.6	45	80	0	191	38	18	19	23	1.93
7844556--7844743	45	4.2	45	93	0	313	34	18	21	25	1.96
7844391--7844961	166	3.5	163	76	5	540	34	19	20	25	1.96
7844376--7844871	211	2.4	211	86	0	668	35	18	20	24	1.95
7844757--7844870	45	2.5	45	88	2	156	30	20	21	27	1.98
7844638--7844961	121	2.7	121	91	1	519	32	20	21	26	1.97
7844804--7844945	75	1.9	74	88	4	214	32	19	21	26	1.97
7845625--7845678	22	2.5	22	96	0	99	37	12	16	33	1.87
7847049--7847268	77	2.7	78	85	8	277	29	20	16	32	1.95
7847118--7847247	40	3.3	39	72	14	133	30	17	14	36	1.90
7847054--7847266	40	5.3	39	68	14	123	28	20	16	33	1.95
7851569--7851615	15	3.3	15	91	5	71	51	6	23	19	1.70
7855797--7855831	3	11.3	3	87	6	52	60	0	0	40	0.97
7855793--7855826	16	2.1	16	100	0	68	55	0	0	44	0.99
7857938--7858059	61	2.0	61	83	0	154	31	14	11	41	1.82
7868029--7868069	7	5.9	7	100	0	82	14	14	26	43	1.84
7868447--7868489	21	2.0	21	95	0	77	4	53	16	25	1.62
7870034--7870093	2	29.5	2	96	3	111	50	0	1	48	1.11
7870853--7870887	10	3.6	10	92	3	54	8	20	45	25	1.79
7889786--7889943	64	2.5	63	83	4	192	33	17	22	27	1.96
7891193--7891507	149	2.1	149	95	1	569	27	16	20	34	1.95
7891475--7891519	23	2.0	23	90	0	72	22	26	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7896767--7896867	23	4.3	23	83	1	94	29	24	21	23	1.99
7896897--7897187	103	2.8	103	95	1	521	36	23	14	26	1.93
7897577--7897609	15	2.1	16	94	5	59	24	33	0	42	1.55
7900973--7901017	21	2.1	21	87	0	63	42	6	11	40	1.67
7905533--7905566	17	1.9	18	88	5	52	61	0	2	35	1.11
7908401--7908455	22	2.5	22	100	0	110	47	21	14	16	1.82
7913849--7913901	21	2.5	21	96	0	97	32	20	16	30	1.95
7923344--7923430	35	2.5	34	80	12	97	55	10	8	26	1.61
7923645--7923692	18	2.7	18	93	0	78	14	37	18	29	1.91
7923643--7923675	15	2.2	15	94	0	57	12	36	21	30	1.90
7925571--7925903	111	3.0	111	92	0	567	45	11	7	36	1.67
7926031--7926085	20	2.8	20	91	0	83	43	0	29	27	1.55
7926489--7926532	19	2.3	19	100	0	88	31	18	20	29	1.96
7926498--7926539	19	2.2	19	91	0	66	30	21	21	26	1.98
7926567--7926610	21	2.1	21	100	0	88	31	34	13	20	1.92
7926628--7926718	21	4.4	21	77	10	107	19	23	25	31	1.98
7927247--7927287	19	2.2	19	90	0	64	36	26	17	19	1.94
7927276--7927355	23	3.7	23	80	6	78	36	17	18	27	1.94
7928299--7928332	3	11.3	3	93	0	59	67	2	29	0	1.05
7928306--7928367	18	3.4	18	82	4	63	56	1	38	3	1.25
7928582--7928641	25	2.3	26	80	11	70	56	8	5	30	1.50
7928610--7928647	18	2.1	19	85	5	51	55	7	2	34	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7929321--7929366	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
7929487--7929534	20	2.4	20	83	13	71	52	10	16	20	1.73
7931764--7931828	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
7931862--7931927	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
7933720--7933768	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
7935231--7935699	183	2.6	182	95	2	818	35	14	16	32	1.90
7938803--7938865	23	2.7	23	90	0	90	36	7	17	38	1.79
7938803--7938875	23	3.2	23	86	3	85	34	6	19	39	1.78
7939233--7939295	23	2.7	23	90	0	90	36	7	17	38	1.79
7939233--7939305	23	3.2	23	86	3	85	34	6	19	39	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35