genome.fa.s9585.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009585.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116962_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8285662

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1976800--1976895	43	2.2	45	89	9	146	47	1	3	47	1.24
1976969--1976995	14	1.9	14	100	0	54	25	0	0	74	0.83
1978193--1978219	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
1978283--1978321	3	13.7	3	84	10	55	33	0	0	66	0.92
1978253--1978304	23	2.3	23	81	12	65	23	3	1	71	1.13
1980974--1981122	64	2.3	64	80	8	162	29	22	20	27	1.98
1983082--1983128	24	1.9	25	91	4	78	17	38	0	44	1.48
1984988--1985065	21	3.5	22	78	8	86	25	23	25	25	2.00
1988841--1988880	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
1990776--1990940	64	2.6	63	77	11	165	30	19	21	29	1.97
1991321--1991376	20	2.6	22	83	11	89	42	12	14	30	1.82
1991719--1992057	55	6.2	53	84	6	387	38	19	14	28	1.90
1991719--1992057	109	3.1	109	85	4	445	38	19	14	28	1.90
1993659--1993703	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
1995525--1995569	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
1998833--1998877	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2002281--2002324	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2002361--2002396	12	3.0	12	87	0	54	63	0	0	36	0.94
2015537--2015595	20	3.0	20	73	7	57	49	15	11	23	1.77
2015572--2016138	197	2.9	199	80	4	563	40	13	15	30	1.85
2016508--2016541	10	3.4	10	95	0	59	26	0	11	61	1.30
2016508--2016544	15	2.5	15	90	0	56	29	0	10	59	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2016508--2016541	5	6.8	5	89	0	50	26	0	11	61	1.30
2023605--2023650	21	2.3	20	85	7	58	8	8	45	36	1.66
2029404--2029885	199	2.4	197	83	5	569	38	14	13	33	1.85
2029793--2029833	21	2.0	21	95	4	75	36	9	9	43	1.71
2029689--2030235	179	3.1	177	73	10	558	41	13	12	32	1.81
2029618--2030171	178	3.1	177	72	10	529	41	12	12	33	1.81
2029977--2030783	199	4.1	200	81	3	880	41	12	11	34	1.79
2034716--2035057	171	2.0	171	99	0	675	13	24	26	35	1.92
2035285--2035340	3	19.0	3	81	3	69	60	3	1	33	1.24
2035547--2036310	45	17.0	45	91	0	1190	32	19	23	23	1.98
2035776--2035895	25	5.2	25	58	22	64	35	18	23	22	1.95
2035548--2036310	224	3.4	224	92	0	1229	32	19	23	23	1.98
2038259--2038402	75	1.9	75	89	0	225	35	20	14	29	1.93
2041535--2041669	72	1.9	72	96	0	252	34	18	20	27	1.96
2044051--2044118	35	2.0	34	85	2	91	57	10	14	17	1.65
2046303--2046344	21	2.0	22	86	13	61	61	2	7	28	1.35
2047146--2047180	17	2.0	18	88	5	54	60	2	0	37	1.12
2048437--2048504	3	23.0	3	78	3	66	55	1	2	39	1.24
2053766--2053814	20	2.5	20	96	0	89	28	20	18	32	1.96
2056548--2056582	18	1.9	18	94	0	61	28	37	20	14	1.91
2057270--2057303	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2059106--2059136	12	2.6	12	100	0	62	41	6	16	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2059528--2059587	24	2.5	24	94	0	102	30	21	25	23	1.99
2060321--2060365	23	2.0	23	86	0	63	20	24	22	33	1.97
2061286--2061383	30	3.2	30	95	1	169	34	24	16	24	1.95
2062062--2062093	15	2.1	15	100	0	64	34	25	12	28	1.92
2066085--2066182	30	3.2	30	97	1	178	33	23	18	24	1.97
2067373--2067408	18	2.0	18	88	0	54	22	30	0	47	1.52
2068955--2068991	12	3.1	12	96	0	65	35	8	5	51	1.55
2068957--2068993	18	2.1	18	89	0	56	37	5	8	48	1.56
2074063--2074091	12	2.3	13	94	5	51	0	37	6	55	1.27
2074231--2074255	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2074625--2074693	23	3.0	23	82	0	93	30	26	24	18	1.98
2074922--2074980	30	2.0	29	83	3	73	33	22	8	35	1.84
2079497--2079537	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2079924--2079987	23	2.8	23	76	9	76	34	23	23	18	1.96
2081369--2081421	19	2.8	19	100	0	106	20	26	22	30	1.98
2082809--2082856	2	24.0	2	91	8	80	50	2	0	47	1.12
2084850--2084878	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2085555--2085613	30	2.0	29	83	3	73	33	22	8	35	1.84
2090132--2090160	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2090545--2090608	23	2.8	23	80	0	83	34	23	25	17	1.96
2090841--2090899	30	2.0	29	83	3	73	37	20	8	33	1.83
2096906--2096986	21	3.8	20	73	14	63	24	37	24	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2099474--2099505	11	2.8	12	86	13	50	50	12	0	37	1.41
2104526--2104637	47	2.5	44	85	5	145	40	8	18	32	1.82
2105748--2106525	200	3.9	199	79	7	749	40	13	13	32	1.84
2106724--2107324	226	2.7	226	84	3	741	32	14	12	39	1.84
2114412--2114483	36	2.0	36	83	0	90	47	8	2	41	1.48
2122753--2122801	10	4.7	10	78	9	53	18	30	28	22	1.97
2124992--2125154	64	2.5	64	78	7	170	31	20	20	26	1.97
2125947--2125991	20	2.2	20	100	0	90	22	15	17	44	1.86
2125947--2125999	20	2.7	20	93	0	79	24	15	18	41	1.89
2125969--2126177	103	2.0	103	95	0	373	26	13	22	36	1.92
2126184--2126261	23	3.3	23	81	1	93	24	16	23	35	1.95
2127934--2128001	20	3.4	19	72	10	55	64	4	2	27	1.27
2129247--2129321	3	24.7	3	87	12	109	68	0	0	32	0.90
2129247--2129321	24	3.1	24	94	1	132	68	0	0	32	0.90
2129544--2129855	124	2.5	124	92	0	498	25	19	14	40	1.90
2129791--2130298	113	4.6	107	93	2	684	27	20	14	36	1.92
2129862--2130337	113	4.2	113	95	0	835	28	19	15	35	1.93
2131050--2131274	114	2.0	114	91	0	369	28	21	17	32	1.96
2139288--2139321	17	2.0	17	94	0	59	50	8	17	23	1.74
2143151--2143357	109	1.9	109	81	5	249	45	8	7	38	1.63
2144773--2144847	3	24.7	3	87	12	109	68	0	0	32	0.90
2144773--2144842	27	2.6	27	93	2	122	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146264--2146294	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2148503--2148658	64	2.4	65	77	8	158	32	21	19	26	1.98
2149444--2149661	103	2.1	103	94	0	382	26	13	23	36	1.92
2149691--2149743	23	2.3	23	86	0	70	24	22	22	30	1.99
2149701--2149745	23	2.0	23	95	0	81	22	20	26	31	1.98
2151252--2151342	24	3.8	24	86	2	112	26	18	17	37	1.93
2156343--2156388	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2158163--2158211	21	2.3	21	100	0	98	18	32	28	20	1.96
2158559--2158595	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
2158884--2158934	22	2.3	22	96	0	93	21	43	13	21	1.87
2159310--2159409	20	5.3	20	66	26	58	19	18	23	40	1.92
2159321--2159436	20	6.2	20	75	11	93	15	18	21	43	1.87
2159321--2159449	20	6.8	20	75	10	74	15	17	20	45	1.85
2159413--2159456	20	2.2	20	83	0	52	13	13	15	56	1.67
2161359--2161407	20	2.5	20	89	0	71	36	26	18	18	1.94
2161478--2161537	18	3.3	18	75	13	59	10	10	23	56	1.62
2161533--2161588	20	2.8	20	86	10	87	14	21	23	41	1.89
2161575--2161617	19	2.2	20	87	4	61	13	13	20	51	1.76
2162099--2162210	42	2.7	42	82	8	138	24	37	16	21	1.94
2162092--2162195	21	5.0	21	75	3	93	22	36	17	24	1.94
2162098--2162210	21	5.4	21	73	4	84	23	37	16	22	1.94
2163600--2163661	14	4.3	14	75	6	61	37	1	16	45	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2163602--2163656	29	1.9	28	85	3	74	34	1	18	45	1.60
2163591--2163763	79	2.2	77	93	2	292	28	4	16	50	1.63
2163635--2163762	36	3.4	36	72	16	123	27	3	16	52	1.61
2163681--2163717	14	2.6	14	95	0	65	27	2	21	48	1.63
2163590--2163733	41	3.6	39	70	16	125	29	3	18	49	1.64
2163837--2163914	20	3.9	20	81	6	86	43	24	17	14	1.86
2163837--2163914	40	2.0	40	84	5	104	43	24	17	14	1.86
2163953--2164137	20	9.9	20	73	13	151	25	17	21	34	1.96
2164014--2164109	34	2.8	34	93	0	156	21	15	25	37	1.93
2164108--2164390	140	2.0	140	98	0	548	43	14	13	28	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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