genome.fa.s9585.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009585.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116962_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8285662

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

This is table  12  of  35  ( 4106 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410129--2410164	13	2.8	13	91	0	54	5	5	36	52	1.48
2410633--2410681	19	2.6	19	78	12	55	71	0	4	24	1.03
2410639--2410681	9	4.6	9	80	8	50	69	0	4	25	1.07
2410679--2410994	36	8.5	37	75	15	203	44	6	3	45	1.47
2410690--2410741	27	2.0	25	85	7	68	48	3	0	48	1.20
2410680--2410990	72	4.2	72	78	12	294	44	6	3	45	1.47
2410679--2410960	36	7.6	36	79	11	220	44	6	3	45	1.46
2410975--2411006	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
2410935--2411043	52	2.1	49	86	8	155	46	9	0	43	1.41
2411771--2412518	85	8.8	85	85	1	966	26	17	20	35	1.95
2411774--2412510	339	2.2	340	87	1	1050	26	17	20	35	1.94
2412579--2412790	86	2.5	86	86	0	307	21	23	25	30	1.99
2414356--2414427	35	2.1	35	94	2	128	62	6	13	16	1.52
2415092--2415141	19	2.6	19	78	12	57	72	0	4	24	1.02
2415098--2415141	10	4.7	9	80	8	52	70	0	4	25	1.06
2415144--2415524	36	10.3	37	79	9	275	44	7	3	44	1.48
2415148--2415199	27	2.0	25	85	7	68	48	3	0	48	1.20
2415141--2415521	73	5.2	74	74	16	269	44	7	3	44	1.48
2419458--2419533	39	1.9	39	94	0	134	15	27	25	31	1.96
2420945--2420982	18	2.1	18	85	9	51	39	15	23	21	1.92
2421350--2422017	54	12.3	54	84	1	773	33	16	19	30	1.94
2421357--2422017	217	3.0	213	84	4	788	33	16	18	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2421352--2422016	271	2.5	270	86	2	922	33	16	18	30	1.94
2422382--2422412	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
2426789--2426994	54	3.8	53	86	4	270	33	16	18	31	1.94
2426788--2427017	54	4.2	54	83	5	216	31	17	20	30	1.96
2427382--2427412	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
2435232--2435296	23	2.8	23	80	0	85	35	27	21	15	1.94
2435850--2435897	22	2.3	20	76	13	51	22	33	12	31	1.91
2440341--2440390	19	2.7	19	96	3	93	66	0	20	14	1.26
2453421--2453451	14	2.2	14	94	0	53	48	0	16	35	1.46
2454856--2454986	66	2.0	64	89	2	199	33	25	10	29	1.90
2456595--2456630	18	2.0	18	94	0	63	47	11	0	41	1.39
2456977--2457344	131	2.8	130	88	1	529	38	16	12	32	1.86
2459430--2459472	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
2459628--2460090	136	3.4	134	81	3	484	33	15	19	31	1.93
2461978--2462024	20	2.3	20	100	0	94	29	12	27	29	1.93
2462924--2463024	23	4.4	23	77	1	96	20	24	22	31	1.98
2463015--2463069	24	2.3	24	77	0	65	21	21	18	38	1.94
2465127--2465174	20	2.4	20	96	0	87	29	18	27	25	1.98
2465197--2465247	18	2.9	18	97	2	95	17	50	23	7	1.72
2465192--2465230	5	7.2	5	83	16	51	17	53	23	5	1.63
2465248--2465407	29	5.6	28	86	7	187	32	4	15	47	1.65
2465248--2465407	57	2.8	56	84	8	187	32	4	15	47	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2469066--2469151	24	3.6	24	95	1	147	31	26	22	19	1.98
2479477--2479625	74	2.0	74	93	0	253	34	28	6	31	1.81
2487770--2487798	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
2488101--2488170	14	5.3	14	76	13	67	45	17	14	22	1.84
2488104--2488156	24	2.2	24	90	3	81	45	16	15	22	1.85
2488207--2488258	21	2.3	23	80	6	63	23	34	21	21	1.97
2488912--2489034	31	3.9	32	76	9	128	31	20	17	30	1.96
2496416--2496898	248	2.0	243	96	2	894	45	14	9	30	1.77
2497687--2497735	20	2.5	20	86	3	64	30	10	4	55	1.52
2500937--2500964	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2505661--2505790	24	5.5	24	75	3	111	36	21	20	22	1.95
2505673--2505790	47	2.5	47	87	0	164	35	21	21	22	1.96
2506406--2506459	24	2.2	24	100	0	108	29	33	12	24	1.92
2518844--2518975	30	4.4	30	93	0	194	31	25	20	23	1.98
2518889--2519011	30	4.1	30	87	3	115	30	21	20	26	1.98
2518844--2519002	60	2.7	60	84	3	187	32	23	20	23	1.98
2518931--2519025	31	3.1	31	81	13	90	33	21	20	25	1.97
2523263--2523288	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2523561--2523689	30	4.3	30	94	1	197	31	24	21	22	1.99
2523561--2523716	60	2.6	60	84	4	190	32	24	20	22	1.98
2523645--2523739	31	3.1	31	79	13	90	35	21	18	24	1.95
2524776--2524823	19	2.5	19	100	0	96	20	25	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2526684--2526724	22	1.9	22	90	5	66	29	31	24	14	1.95
2526762--2526800	21	2.0	20	90	10	62	25	38	23	12	1.90
2528619--2528672	19	2.8	19	77	8	65	55	0	1	42	1.10
2538209--2538285	22	3.5	22	91	1	120	29	24	25	19	1.98
2539932--2539991	23	2.6	23	84	5	68	20	21	26	31	1.98
2545076--2545264	93	2.0	93	98	0	369	35	29	6	28	1.82
2549969--2550035	34	2.0	34	82	8	84	34	7	4	53	1.49
2551630--2551998	131	2.8	129	82	5	438	40	14	11	34	1.81
2554105--2554135	3	10.3	3	92	0	53	67	3	0	29	1.06
2554293--2554753	135	3.4	133	79	3	465	32	14	19	32	1.93
2557561--2557666	23	4.7	23	80	3	108	16	24	26	32	1.97
2557561--2557650	46	2.0	46	88	0	135	17	24	25	32	1.97
2561519--2561576	23	2.5	23	74	0	62	32	22	20	24	1.98
2561561--2561588	14	2.0	14	100	0	56	42	21	21	14	1.88
2571649--2571701	19	2.8	19	77	11	65	56	0	0	43	0.99
2572146--2572200	16	3.4	16	94	0	92	30	38	12	18	1.88
2584114--2584222	36	3.0	36	97	0	200	33	16	13	36	1.88
2588885--2588919	15	2.3	15	95	0	61	28	11	11	48	1.74
2597337--2597401	23	2.8	23	83	0	85	20	18	24	36	1.94
2598812--2598862	23	2.2	23	85	0	66	37	9	17	35	1.83
2598786--2598957	87	2.0	87	93	2	292	43	10	12	33	1.76
2601434--2601493	20	2.8	21	87	7	77	18	25	35	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2607273--2607959	199	3.4	197	86	3	948	32	14	12	39	1.84
2608042--2608070	15	1.9	15	100	0	58	27	10	13	48	1.75
2609479--2609534	24	2.3	24	84	6	78	50	12	5	32	1.63
2609479--2609515	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2610046--2610075	10	3.0	10	100	0	60	0	40	0	60	0.97
2610519--2610563	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2611143--2611177	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
2611234--2611277	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
2611990--2612292	149	2.0	148	94	0	543	28	17	19	34	1.95
2615513--2615557	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2616137--2616171	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
2616227--2616270	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
2616986--2617289	149	2.0	149	95	0	554	27	17	19	34	1.95
2617268--2617312	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
2621236--2621279	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
2621997--2622300	149	2.0	149	95	0	554	28	17	19	34	1.95
2622279--2622323	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
2624007--2624050	3	14.7	3	80	0	52	27	31	0	40	1.56
2624856--2624940	2	42.5	2	100	0	170	49	0	0	50	1.00
2625610--2627038	199	7.2	199	89	1	2065	30	15	15	38	1.88
2625610--2627038	399	3.6	398	88	1	2076	30	15	15	38	1.88
2633334--2633457	63	2.0	63	81	9	146	18	25	27	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2636132--2636171	18	2.2	18	100	0	80	5	40	0	55	1.22
2641368--2642047	340	2.0	339	89	2	1053	28	15	13	42	1.85
2641748--2642165	182	2.3	181	85	3	534	28	14	12	44	1.82
2643694--2643752	16	3.7	16	95	0	109	8	11	22	57	1.61
2650965--2651011	21	2.2	21	96	0	85	17	27	38	17	1.91
2651636--2651760	62	2.0	62	95	0	223	32	14	18	34	1.91
2655943--2655980	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2658222--2658257	13	2.8	13	100	0	72	52	0	0	47	1.00
2671107--2671144	20	1.9	20	94	0	67	36	2	10	50	1.51
2682319--2682368	17	3.1	17	68	26	54	52	22	6	20	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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