genome.fa.s9585.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009585.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116962_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8285662

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7938704--7940399	430	3.9	431	98	0	3269	39	8	12	38	1.74
7939661--7939723	23	2.7	23	90	0	90	36	7	17	38	1.79
7939661--7939733	23	3.2	23	86	3	85	34	6	19	39	1.78
7940090--7940152	23	2.7	23	90	0	90	36	7	17	38	1.79
7940090--7940162	23	3.2	23	86	3	85	34	6	19	39	1.78
7940431--7940481	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
7940730--7940766	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
7940722--7940768	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
7941024--7941146	39	3.2	39	97	0	228	48	20	13	17	1.80
7941552--7941615	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
7941552--7941624	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
7944126--7944184	30	2.0	30	89	0	91	40	15	28	15	1.87
7946279--7946377	39	2.5	39	91	0	162	28	14	19	38	1.90
7947802--7947845	6	7.3	6	100	0	88	18	15	34	31	1.92
7949758--7949808	22	2.3	22	96	0	93	47	0	3	49	1.20
7950883--7950923	21	1.9	22	95	5	75	21	17	19	41	1.90
7952964--7952998	17	2.1	17	88	0	52	8	25	0	65	1.21
7954276--7954316	21	1.9	22	90	5	66	24	21	14	39	1.91
7958622--7958680	24	2.5	24	82	0	73	8	8	20	62	1.49
7960401--7960453	23	2.3	23	83	0	70	18	22	28	30	1.98
7960984--7961020	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
7968247--7968303	25	2.3	25	93	0	96	14	10	29	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7972183--7972221	20	2.0	20	84	0	51	0	64	2	33	1.08
7972312--7972351	18	2.2	18	100	0	80	35	22	0	42	1.54
7986406--7986486	21	4.0	21	80	12	98	24	29	20	24	1.99
7986977--7987002	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
7987002--7987041	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
7987384--7987422	21	1.9	20	85	15	53	25	30	30	12	1.93
7989845--7989901	3	19.0	3	79	0	51	1	8	63	26	1.34
7989845--7989878	12	2.8	12	90	0	59	0	8	58	32	1.29
7989912--7989954	20	2.0	21	82	8	52	16	0	76	6	0.99
7989945--7989979	12	2.9	12	86	0	52	22	0	65	11	1.24
7994488--7994593	28	3.5	30	76	8	90	54	1	12	31	1.48
7996108--7996158	26	2.0	26	84	0	66	45	9	9	35	1.71
7998673--7998707	14	2.5	14	95	0	61	25	48	5	20	1.71
8005783--8005849	34	2.0	34	90	0	107	43	10	17	28	1.82
8009401--8009447	21	2.2	21	92	0	76	31	25	21	21	1.98
8009456--8009537	21	3.9	21	90	0	128	26	24	21	26	2.00
8009453--8009545	42	2.2	42	82	0	132	31	23	20	24	1.98
8010129--8010164	6	6.2	6	96	3	65	0	16	47	36	1.47
8010255--8010291	19	1.9	19	100	0	74	32	29	16	21	1.95
8012226--8012263	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8020175--8020218	21	2.1	21	87	4	63	40	0	6	52	1.28
8023869--8023896	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8030464--8030938	233	2.0	236	97	2	895	19	23	19	37	1.94
8043485--8043561	24	3.3	24	66	14	70	31	23	14	31	1.94
8043490--8043564	22	3.3	22	66	14	62	32	22	14	30	1.94
8061046--8061123	7	11.1	7	100	0	156	14	28	14	43	1.83
8064264--8064305	22	1.9	22	90	0	66	54	9	14	21	1.68
8064052--8064704	181	3.6	181	84	2	807	45	12	15	27	1.82
8068132--8068208	24	3.3	24	66	14	70	31	23	14	31	1.94
8068137--8068211	22	3.3	22	66	14	62	32	22	14	30	1.94
8085708--8085785	7	11.1	7	100	0	156	14	28	14	43	1.83
8088961--8089002	22	1.9	22	90	0	66	54	9	14	21	1.68
8088768--8089406	181	3.5	181	85	3	843	45	12	14	27	1.81
8089782--8089828	19	2.6	18	90	6	69	42	0	19	38	1.51
8091055--8091110	24	2.5	22	77	13	60	41	1	7	50	1.40
8093316--8093346	13	2.4	13	94	0	53	12	16	22	48	1.80
8093329--8093838	199	2.5	199	90	1	770	41	15	14	28	1.86
8097366--8097414	20	2.5	20	86	0	71	53	16	16	14	1.74
8095735--8098536	935	3.0	937	94	2	4869	39	13	16	31	1.87
8098303--8098351	20	2.5	20	86	0	71	53	16	16	14	1.74
8098269--8098716	182	2.5	182	88	2	641	44	12	16	26	1.83
8099331--8099378	23	2.1	23	92	0	78	37	14	8	39	1.76
8106911--8106953	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
8109491--8109530	18	2.2	18	100	0	80	20	32	12	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8111240--8111302	23	2.7	22	81	13	74	79	6	14	0	0.92
8111248--8111309	20	2.9	22	81	9	67	79	6	12	1	1.00
8111918--8111968	22	2.3	22	96	0	93	35	27	11	25	1.91
8112830--8112934	37	2.9	36	84	2	138	25	21	13	39	1.90
8112830--8112939	36	3.0	37	84	5	134	27	21	12	38	1.90
8112923--8113082	50	3.2	50	64	7	133	31	20	12	36	1.89
8112847--8113203	102	3.5	102	92	0	588	29	20	12	36	1.90
8112966--8113138	37	4.9	37	69	21	129	28	20	13	37	1.90
8112986--8113303	167	1.9	169	92	2	543	30	20	12	36	1.90
8113109--8113268	65	2.5	65	94	0	284	31	20	13	35	1.91
8112831--8113303	204	2.3	197	79	9	540	29	20	13	36	1.90
8113800--8114354	105	5.4	105	94	1	892	33	26	17	22	1.96
8115489--8115621	12	11.0	11	68	24	56	30	4	2	62	1.27
8116900--8116963	18	3.3	20	77	18	57	62	0	1	35	1.05
8116957--8117047	13	7.1	14	70	20	58	59	1	0	39	1.05
8116972--8117043	23	3.0	24	84	11	85	54	1	0	44	1.08
8117034--8117082	22	2.2	23	78	10	57	65	2	0	32	1.04
8122718--8122743	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
8125843--8125912	20	3.5	20	71	24	74	22	22	21	32	1.98
8125783--8126038	41	6.1	41	91	1	377	23	22	25	29	1.99
8125945--8126014	21	3.4	21	68	18	65	20	24	30	25	1.99
8126932--8127174	41	5.9	41	92	0	396	30	23	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8129430--8129577	43	3.5	42	78	8	122	26	12	5	56	1.57
8129508--8129844	129	2.6	128	82	6	373	24	20	9	46	1.79
8129563--8129844	44	6.6	41	72	10	156	24	20	10	45	1.82
8129508--8129894	171	2.3	171	82	5	444	23	19	9	47	1.79
8129543--8129883	129	2.7	129	81	8	324	23	20	9	45	1.81
8137224--8137254	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
8166239--8166610	186	2.0	184	96	3	685	40	11	9	37	1.75
8168741--8168774	16	2.2	16	89	5	52	58	0	26	14	1.36
8173216--8173258	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
8175954--8176070	27	4.3	27	94	0	207	23	19	28	29	1.98
8177012--8177089	32	2.5	30	83	8	93	35	14	20	29	1.92
8183060--8183091	6	5.3	6	100	0	64	53	0	31	15	1.43
8185882--8185913	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8186658--8186713	29	1.9	29	96	0	103	14	33	30	21	1.93
8186763--8186852	29	3.1	29	90	0	135	13	33	28	24	1.93
8186870--8186930	23	2.7	23	81	0	59	13	34	26	26	1.93
8186931--8186987	10	5.7	10	76	15	55	14	26	33	26	1.94
8186931--8186988	20	2.9	20	86	0	89	13	27	32	25	1.94
8187241--8187340	13	7.5	13	67	21	55	44	3	0	53	1.16
8187241--8187343	15	7.6	14	71	15	58	43	2	0	53	1.15
8187627--8187667	21	2.0	20	90	4	64	39	0	4	56	1.21
8191050--8191104	22	2.6	21	91	8	85	18	10	20	50	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8196384--8196414	16	1.9	16	93	0	53	19	12	19	48	1.81
8213530--8213575	20	2.3	19	82	14	56	30	0	13	56	1.37
8219115--8219180	30	2.1	32	83	5	82	57	18	0	24	1.40
8219966--8220039	30	2.5	29	78	10	87	20	1	20	58	1.47
8220928--8221404	182	2.6	182	88	1	688	41	14	16	27	1.87
8221321--8221366	20	2.3	19	78	10	56	52	8	17	21	1.71
8221459--8221513	21	2.6	21	97	0	101	45	23	12	18	1.83
8223693--8223734	21	2.0	21	100	0	84	28	9	47	14	1.75
8225302--8225342	3	13.7	3	85	10	57	34	0	2	63	1.08
8225302--8225351	12	4.2	12	82	14	50	34	2	2	62	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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