genome.fa.s9585.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009585.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116962_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8285662

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

This is table  4  of  35  ( 4106 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764673--764714	12	3.5	12	83	6	50	69	7	0	23	1.13
764765--764812	21	2.3	21	92	0	78	29	18	18	33	1.95
766951--767001	16	3.1	16	81	16	59	74	3	0	21	0.98
767209--767246	20	2.0	20	84	5	51	44	13	15	26	1.83
767300--767370	20	3.6	20	75	9	74	23	15	30	29	1.95
767324--767374	19	2.6	19	87	3	66	21	13	31	33	1.92
768597--768832	116	2.0	117	95	2	420	24	13	29	32	1.93
775736--775983	130	1.9	130	92	1	417	35	15	13	35	1.86
775750--776014	130	2.0	129	81	5	302	38	13	13	33	1.84
776311--776373	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
776445--776478	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
785034--785482	229	2.0	227	95	0	808	44	7	7	39	1.61
785546--785591	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
785713--785759	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
785722--785764	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
787998--788062	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
788096--788161	33	2.0	33	87	0	96	30	0	46	22	1.52
789954--790002	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
790115--791663	198	7.9	198	94	3	2764	35	16	16	31	1.91
790115--791663	397	4.0	396	94	3	2791	35	16	16	31	1.91
793127--793179	12	4.4	12	92	0	70	35	7	33	22	1.83
793139--793192	3	18.0	3	84	0	72	37	3	33	25	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793124--793192	18	4.0	18	79	11	72	37	5	33	23	1.79
793135--793192	12	4.8	12	93	0	80	36	5	32	25	1.78
794616--795507	183	4.9	183	97	0	1667	35	14	16	33	1.89
797975--798039	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
798386--798449	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
798386--798458	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
798724--798774	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
799153--799189	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
799145--799191	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
799448--799534	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
799935--800007	23	3.2	23	86	0	92	32	4	21	41	1.72
802420--802454	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
803781--803822	14	3.0	14	82	0	57	7	4	21	66	1.35
806717--807189	181	2.6	182	89	2	702	43	13	16	26	1.85
807110--807156	20	2.4	19	79	10	58	53	8	17	21	1.70
808627--808675	19	2.5	20	90	9	84	30	2	10	57	1.43
809761--809834	23	3.2	22	73	3	58	32	22	20	24	1.98
809845--810165	103	3.1	103	96	0	597	37	24	12	25	1.90
810646--810683	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
810711--810753	21	2.0	21	86	0	59	16	20	27	34	1.94
816814--816858	23	2.0	23	90	0	72	24	26	28	20	1.99
816875--817194	103	3.1	103	94	0	579	37	24	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
821297--821343	23	2.1	22	84	11	60	42	8	10	38	1.70
821370--822391	182	5.6	182	94	1	1741	42	12	17	28	1.85
822587--822638	23	2.3	23	82	0	59	34	11	7	46	1.69
822856--822888	16	2.1	16	88	5	50	39	0	0	60	0.97
823003--823038	18	2.1	18	89	5	56	47	2	2	47	1.31
823825--823875	18	2.8	18	81	3	57	45	5	1	47	1.38
826255--826354	35	2.9	35	90	3	157	31	26	32	11	1.91
826426--826559	24	5.5	24	74	11	76	44	17	11	27	1.82
826498--826557	12	5.1	11	75	15	57	41	20	11	26	1.86
829042--829135	30	3.2	30	67	24	81	47	23	5	23	1.71
831142--831186	24	1.9	23	86	4	63	11	6	15	66	1.42
834325--834366	14	2.9	15	89	7	68	45	14	4	35	1.66
838979--839015	12	3.1	12	88	0	56	51	2	0	45	1.15
838984--839024	15	2.8	15	85	3	57	46	4	0	48	1.23
840675--840811	38	3.4	38	68	30	113	18	27	17	37	1.93
840627--840981	84	4.2	84	91	0	548	21	23	16	38	1.92
841125--841265	60	2.3	60	84	4	178	38	19	12	29	1.89
841125--841265	20	7.1	20	81	1	140	38	19	12	29	1.89
843564--843607	21	2.1	21	100	0	88	36	9	25	29	1.86
845656--845710	22	2.5	22	84	0	74	41	12	23	21	1.88
846351--846460	40	2.8	40	92	0	184	30	30	18	21	1.97
852922--852973	22	2.4	22	83	0	68	40	13	21	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855117--855205	30	3.0	30	77	12	92	32	19	7	40	1.80
858147--858188	9	4.8	9	82	2	50	52	2	0	45	1.13
860043--860156	58	1.9	60	87	3	169	34	12	15	37	1.85
861681--861719	20	1.9	21	89	5	62	28	5	0	66	1.12
863408--863438	13	2.3	14	94	5	55	35	0	0	64	0.94
863523--863601	20	4.0	20	78	6	79	30	29	13	26	1.94
863544--863654	20	5.7	19	75	15	68	29	22	13	34	1.92
863791--863828	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
864555--864622	24	2.8	24	77	0	73	23	17	20	38	1.93
867193--867236	20	2.2	20	83	0	52	22	20	15	40	1.90
867202--867286	20	4.2	20	81	0	89	22	15	20	42	1.89
868746--868863	21	5.7	20	77	12	103	25	19	33	22	1.97
868746--868838	42	2.2	42	88	0	132	23	20	33	22	1.97
869008--869049	12	3.5	12	83	0	57	66	2	2	28	1.16
869438--869534	42	2.3	42	85	0	131	18	17	34	29	1.94
870849--870890	20	2.2	20	91	4	68	47	23	19	9	1.78
870896--870934	20	2.0	20	100	0	78	15	12	20	51	1.76
870898--870941	20	2.2	20	91	0	70	15	13	20	50	1.78
871686--871769	17	4.8	16	69	15	51	29	2	3	64	1.23
871728--871777	20	2.6	19	84	6	57	28	4	0	68	1.08
871694--871796	55	1.9	54	82	11	131	32	1	2	63	1.20
873544--873569	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873828--873893	20	3.2	20	84	6	87	46	3	0	50	1.16
874832--874895	26	2.5	26	97	0	119	35	29	12	21	1.91
874832--874895	13	4.9	13	67	14	51	35	29	12	21	1.91
877038--877074	2	18.0	2	94	5	65	48	0	2	48	1.15
883089--883200	35	3.2	35	88	0	170	41	21	0	35	1.59
884258--884370	35	3.2	35	87	0	163	34	0	22	42	1.60
890820--890866	3	15.7	3	86	0	67	36	0	0	63	0.94
892089--892122	18	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
892699--892760	32	2.0	32	84	12	85	35	3	1	59	1.23
892707--892769	32	1.9	34	87	12	96	34	3	1	60	1.22
895243--895291	22	2.2	22	100	0	98	30	10	12	46	1.74
902077--902153	22	3.5	22	89	0	127	33	12	11	41	1.80
902857--903686	46	18.2	46	95	1	1352	23	22	19	34	1.97
902857--903686	45	18.2	45	94	1	1336	23	22	19	34	1.97
902857--903686	136	6.1	137	93	1	1364	23	22	19	34	1.97
905225--905268	16	2.6	17	83	13	56	31	0	0	68	0.90
905230--905279	27	1.9	25	84	8	64	32	0	2	66	1.03
906313--906370	30	1.9	30	85	0	80	44	10	10	34	1.73
908165--908212	2	24.0	2	95	0	87	47	2	0	50	1.12
913374--913504	24	5.5	24	91	7	194	35	22	19	22	1.96
918461--918511	24	2.1	24	85	7	68	60	13	1	23	1.43
925848--925925	23	3.3	23	80	1	84	33	20	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
925932--926149	103	2.1	103	94	0	382	36	23	13	26	1.92
927491--927541	22	2.3	22	93	0	84	17	33	21	27	1.96
929564--929597	15	2.3	15	100	0	68	26	17	32	23	1.97
929580--929639	21	2.9	21	92	0	93	30	20	25	25	1.99
932960--933096	24	5.7	24	87	5	186	37	18	18	24	1.94
932960--933096	49	2.8	48	88	6	197	37	18	18	24	1.94
932960--933097	73	1.9	73	90	0	222	37	18	18	24	1.94
935211--935253	13	3.3	13	83	0	59	16	20	46	16	1.84
939959--939992	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
948863--948902	21	2.0	21	90	5	64	37	0	0	62	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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