genome.fa.s9585.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009585.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116962_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  8285662

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2682679--2682722	20	2.1	20	87	8	61	34	0	29	36	1.58
2682661--2682690	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2683058--2683120	33	1.9	33	93	0	108	17	23	19	39	1.92
2688501--2688542	11	3.3	12	84	15	50	71	0	4	23	1.05
2690102--2690147	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
2690299--2690683	137	2.8	137	85	2	486	26	15	24	34	1.94
2690504--2690610	40	2.6	41	79	7	110	21	17	26	34	1.96
2694015--2694059	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2695649--2695861	103	2.1	103	96	0	390	26	14	23	36	1.93
2695878--2695940	23	2.7	23	90	0	90	20	28	25	25	1.99
2700771--2700812	11	3.3	12	84	15	50	71	0	4	23	1.05
2704343--2704382	17	2.3	18	87	8	57	30	5	30	35	1.79
2705615--2705640	9	2.9	9	100	0	52	46	23	0	30	1.53
2707091--2707199	24	4.5	24	81	0	119	18	12	16	52	1.75
2722869--2723167	147	2.0	147	96	0	544	20	20	19	39	1.93
2725650--2725805	31	5.0	31	92	1	251	37	22	19	20	1.95
2726480--2726524	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2728804--2728859	18	3.0	19	77	15	71	23	19	10	46	1.81
2734732--2734789	19	3.1	19	73	14	66	24	18	12	44	1.84
2735502--2735544	18	2.4	18	96	0	77	23	9	39	27	1.85
2741103--2741141	18	2.2	18	100	0	78	41	10	17	30	1.83
2748925--2748950	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2750651--2750724	29	2.6	29	91	0	112	45	22	4	27	1.70
2751241--2751267	10	2.7	10	100	0	54	59	0	29	11	1.32
2754034--2754097	31	2.1	31	85	11	87	34	25	23	17	1.96
2754900--2754961	29	2.1	29	96	0	115	43	22	4	29	1.74
2754900--2754973	29	2.6	29	91	0	94	45	22	5	25	1.73
2755601--2755703	53	1.9	53	84	3	136	30	18	7	43	1.78
2755858--2756037	20	9.0	21	80	12	179	40	23	17	18	1.91
2755858--2756037	40	4.5	40	81	10	201	40	23	17	18	1.91
2755862--2756037	60	2.9	59	87	4	230	41	23	17	18	1.90
2758509--2758550	12	3.5	12	83	0	57	28	2	2	66	1.16
2758701--2758792	21	4.4	21	72	5	60	25	33	19	21	1.97
2760352--2760390	20	2.0	20	89	0	60	17	17	25	38	1.92
2760604--2760690	39	2.2	39	93	0	147	19	13	20	45	1.84
2761495--2761566	34	2.1	34	85	10	94	18	20	20	40	1.92
2761847--2761882	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2764302--2764335	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
2764888--2764925	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
2765082--2765128	19	2.4	20	85	3	60	25	17	25	31	1.97
2765097--2765155	20	3.0	20	92	0	91	20	16	23	38	1.92
2765101--2765163	20	3.1	21	84	8	87	19	14	23	42	1.87
2765092--2765187	40	2.4	43	75	18	107	22	16	21	38	1.93
2765160--2765207	20	2.4	20	82	0	60	25	16	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770005--2770045	21	1.9	22	85	5	57	48	12	7	31	1.68
2776705--2777191	51	9.1	55	84	7	282	28	26	16	28	1.97
2776794--2777404	51	11.7	51	92	2	889	27	27	15	29	1.96
2777415--2777487	37	2.0	37	97	0	137	21	21	19	36	1.95
2778762--2778898	16	8.1	16	75	15	73	7	18	0	72	1.11
2778773--2778839	19	3.9	17	83	9	75	7	17	0	74	1.04
2778767--2778903	61	2.2	58	80	16	145	7	19	0	72	1.13
2778799--2778884	19	4.8	19	68	21	60	6	20	1	70	1.17
2778776--2778890	44	2.7	42	77	11	126	7	19	0	72	1.14
2788537--2788642	48	2.1	50	79	11	128	38	21	10	29	1.87
2788552--2788663	48	2.2	50	85	7	156	45	17	10	25	1.81
2793154--2793240	22	3.9	22	79	7	86	33	22	18	25	1.97
2793936--2793987	20	2.6	20	84	0	68	26	26	19	26	1.99
2810615--2810682	24	3.0	22	73	12	66	45	1	7	45	1.40
2811304--2811389	2	43.5	2	90	2	138	46	1	0	52	1.08
2813652--2813835	90	2.0	90	98	0	359	43	5	15	35	1.70
2814936--2814970	18	1.9	18	100	0	70	14	17	34	34	1.90
2816461--2816559	32	3.2	31	68	25	91	30	3	11	55	1.50
2816463--2816562	30	3.2	32	68	25	95	30	3	12	55	1.51
2816448--2816570	62	2.0	62	98	0	237	30	3	11	54	1.52
2816448--2816542	29	3.1	29	62	16	66	30	3	12	53	1.54
2816477--2816573	29	3.2	29	69	25	92	34	3	9	53	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2816462--2816583	62	2.0	61	87	4	176	32	4	12	50	1.58
2819893--2819938	22	2.1	22	84	8	58	34	0	2	63	1.07
2822252--2822309	31	1.9	30	82	10	73	25	5	1	67	1.21
2824018--2824051	10	3.4	10	87	0	50	20	5	0	73	1.04
2834067--2834094	14	2.0	14	100	0	56	85	0	0	14	0.59
2834311--2834944	105	6.0	105	96	0	1142	33	25	18	22	1.97
2835002--2835043	20	2.1	20	95	0	75	26	21	16	35	1.94
2835266--2835315	21	2.3	23	74	19	54	42	4	0	54	1.19
2836480--2836546	18	3.8	18	76	2	64	23	7	0	68	1.15
2837718--2837742	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2838716--2838774	30	1.9	31	86	10	86	55	5	1	37	1.32
2838716--2838814	31	3.3	30	79	9	87	56	5	1	37	1.28
2838746--2838872	31	4.1	31	69	15	93	59	3	0	36	1.22
2851682--2851737	24	2.3	24	84	0	76	14	10	16	58	1.62
2851872--2851981	7	15.6	7	72	15	66	50	25	0	24	1.50
2851874--2851988	28	4.1	28	75	15	94	48	26	0	24	1.51
2851880--2851966	35	2.5	35	83	10	115	49	24	0	26	1.50
2851909--2851981	21	3.4	21	78	1	83	50	27	0	21	1.49
2853263--2853293	16	1.9	16	93	0	53	12	12	25	48	1.77
2854210--2854275	32	2.0	33	88	8	100	40	19	24	15	1.90
2854435--2854489	27	2.0	27	89	0	83	36	23	12	27	1.91
2854851--2854912	32	2.0	31	84	6	81	38	14	16	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2855506--2855534	12	2.4	12	100	0	58	65	0	20	13	1.26
2856814--2856861	12	4.2	12	75	24	50	83	0	8	8	0.82
2856814--2856860	21	2.1	23	88	7	71	82	0	8	8	0.83
2856877--2856916	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2856916--2857191	35	7.8	36	73	18	179	43	7	3	46	1.47
2856988--2857034	23	2.0	25	87	8	71	51	8	6	34	1.58
2856939--2857191	109	2.5	100	81	10	271	43	7	3	45	1.47
2857012--2857191	38	4.8	38	84	13	216	43	7	3	45	1.48
2857167--2857223	26	2.2	26	90	9	91	45	12	0	42	1.41
2857277--2857309	16	2.1	16	88	11	50	54	6	0	39	1.25
2858064--2858380	85	3.7	85	83	4	386	26	18	22	32	1.97
2862720--2862759	21	1.9	22	90	10	66	17	10	35	37	1.83
2865931--2865979	22	2.2	22	89	7	73	81	0	8	10	0.87
2867070--2867177	24	4.5	24	80	0	108	53	15	12	17	1.72
2867072--2867160	12	7.4	12	70	9	65	55	15	12	16	1.70
2872747--2872791	23	1.9	24	86	4	65	28	15	17	37	1.91
2872905--2872974	35	2.0	35	91	0	113	12	25	28	32	1.93
2877432--2877515	24	3.5	24	80	3	98	32	15	16	35	1.90
2877478--2877525	24	2.0	24	87	0	69	33	10	18	37	1.85
2877592--2877666	35	2.1	35	90	0	114	10	28	25	36	1.89
2877728--2877778	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
2880312--2880418	24	4.5	24	77	2	108	54	16	6	22	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2880312--2880425	48	2.4	47	85	4	147	56	15	6	21	1.62
2888912--2888974	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
2892835--2893058	117	1.9	117	82	5	283	28	14	9	47	1.75
2896757--2897352	297	2.0	297	84	1	782	30	21	27	20	1.98
2897970--2897999	4	7.5	4	92	0	51	76	3	0	20	0.92
2898714--2898744	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2900904--2900956	18	2.9	18	91	0	88	20	20	32	26	1.98
2908534--2908577	12	3.8	12	75	6	54	47	9	4	38	1.56
2908538--2908610	23	3.0	23	83	15	92	45	8	5	41	1.57
2908498--2908577	35	2.3	35	84	0	106	45	7	3	43	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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