genome.fa.s9591.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009591.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116970_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2451160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15442--15501	23	2.6	23	91	0	93	31	26	20	21	1.98
15442--15509	23	3.0	22	89	4	73	29	26	22	22	1.99
15526--15845	103	3.1	103	94	0	568	36	22	13	27	1.92
16567--16786	64	3.5	64	81	7	225	27	18	20	34	1.96
21495--21563	23	3.0	23	82	0	75	30	27	20	21	1.98
21582--21899	103	3.1	103	97	0	591	36	23	12	26	1.91
22616--22792	64	2.8	64	84	3	221	25	18	21	34	1.96
22616--22836	64	3.5	64	82	4	214	27	18	20	33	1.96
27664--27703	15	2.6	15	80	4	53	37	12	0	50	1.41
40785--40978	48	4.1	48	82	2	223	49	20	17	12	1.79
40807--40990	96	1.9	96	87	2	271	48	21	17	11	1.80
44987--45058	20	3.5	20	75	18	67	27	26	16	29	1.97
45028--45074	19	2.5	19	89	6	69	23	31	17	27	1.96
58747--59090	173	2.0	172	86	0	481	41	7	15	35	1.75
59656--59789	64	2.1	63	84	5	171	28	26	16	29	1.97
70462--70524	22	2.9	22	87	0	90	30	26	17	25	1.97
70878--70911	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
75143--75173	12	2.6	12	100	0	62	22	0	41	35	1.54
75717--75975	135	1.9	135	88	4	385	27	15	22	34	1.94
76334--76442	43	2.5	44	86	4	150	23	15	29	31	1.95
81276--81314	18	2.2	18	86	9	53	46	7	2	43	1.46
96442--96480	12	2.9	13	85	14	53	46	15	17	20	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98765--98806	21	2.0	21	90	0	66	30	11	7	50	1.66
98795--98903	33	3.4	33	91	3	170	31	8	14	45	1.74
99091--99122	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
99096--99148	21	2.5	21	100	0	106	33	24	26	15	1.95
106870--106923	14	3.7	14	76	9	63	31	27	14	25	1.95
106924--106949	13	2.0	13	100	0	52	15	23	23	38	1.92
112157--112181	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
114355--114490	69	2.0	69	100	0	272	41	10	11	36	1.76
121396--121457	31	2.0	31	100	0	124	32	22	12	32	1.92
128670--128757	44	2.0	44	93	0	149	46	12	19	21	1.82
130983--131269	141	2.0	141	100	0	574	29	10	18	41	1.83
135278--135531	127	2.0	127	100	0	508	35	17	18	28	1.94
143496--143583	12	7.0	12	80	16	67	34	1	0	64	1.01
143540--143583	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
144359--144420	23	2.8	23	80	9	76	56	16	12	14	1.68
148663--148700	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
148668--148826	63	2.5	62	83	6	194	32	19	21	26	1.97
150143--150178	18	2.0	18	94	0	63	13	22	30	33	1.93
150040--150403	121	3.0	121	96	0	674	25	14	24	35	1.93
150264--150299	18	2.0	18	94	0	63	11	19	33	36	1.87
150410--150462	23	2.3	23	86	0	79	20	24	26	28	1.99
154285--154322	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154290--154448	63	2.5	62	86	4	203	32	19	22	26	1.97
155658--155887	103	2.2	103	99	0	453	26	14	23	35	1.94
155863--155906	18	2.4	19	84	7	63	20	15	27	36	1.93
155765--156007	121	2.0	121	96	0	450	25	14	24	35	1.93
156012--156080	23	3.0	23	86	0	93	18	23	26	31	1.97
161202--161285	22	3.8	22	89	6	125	55	0	1	42	1.07
163338--163378	20	2.0	21	90	4	66	29	4	4	60	1.38
168137--168180	22	2.1	21	91	8	72	38	9	0	52	1.33
168966--169017	19	2.7	19	93	0	86	19	15	26	38	1.91
169405--169543	70	2.0	68	85	2	188	38	15	10	36	1.81
172443--172504	27	2.3	26	89	5	90	25	9	43	20	1.83
180996--181047	13	4.1	12	74	13	50	67	9	9	13	1.42
186659--186713	26	2.1	26	89	0	83	29	30	14	25	1.95
208066--208306	120	2.0	120	90	1	385	39	14	14	31	1.87
210127--210159	17	1.9	17	88	11	50	24	15	0	60	1.35
211720--211775	20	2.8	19	81	7	58	32	16	12	39	1.85
217734--217805	24	3.0	23	82	8	81	66	11	0	22	1.22
219794--219866	37	1.9	39	88	5	114	47	4	6	41	1.49
219852--219891	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
219812--219925	61	1.9	58	84	12	151	47	3	6	42	1.45
219875--220039	38	4.3	38	78	11	153	47	3	6	42	1.47
219965--219989	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219874--220115	77	3.2	74	75	15	188	46	3	6	43	1.45
219989--220097	40	2.8	39	73	5	105	49	2	2	44	1.31
220147--220215	3	22.3	3	80	11	77	30	1	1	66	1.09
220147--220222	13	6.1	13	81	7	95	28	2	1	67	1.12
220149--220232	9	10.2	8	69	18	57	28	2	1	67	1.10
220127--220231	6	15.7	7	74	16	73	31	2	0	64	1.14
221471--221515	11	4.1	11	88	5	65	33	0	0	66	0.92
221470--221513	22	2.0	22	91	8	72	31	0	0	68	0.90
222141--222212	2	36.0	2	100	0	144	50	0	0	50	1.00
230748--230780	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
237026--237059	13	2.6	13	100	0	68	52	8	8	29	1.62
238200--238246	13	3.4	14	80	11	53	27	23	6	42	1.78
238774--238833	24	2.5	24	97	0	111	25	26	18	30	1.98
238841--238943	46	2.3	43	81	9	109	26	19	20	33	1.96
239305--239360	21	2.7	21	97	0	103	32	14	8	44	1.76
240053--240114	24	2.5	24	84	7	81	43	1	0	54	1.09
240039--240148	28	4.0	28	71	21	65	43	0	2	52	1.21
240091--240148	28	2.0	29	83	3	73	43	0	5	51	1.24
245827--245876	21	2.5	19	78	9	64	26	26	16	32	1.96
247127--247151	7	3.6	7	100	0	50	48	12	0	40	1.40
247181--247228	20	2.3	21	79	13	55	41	22	10	25	1.85
247211--247313	50	2.1	50	100	0	206	36	27	8	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251370--251517	60	2.5	59	90	4	237	39	12	21	25	1.89
254372--254430	23	2.5	24	86	5	84	15	6	10	67	1.39
254742--254785	16	2.6	18	83	16	58	45	20	0	34	1.51
255102--255146	20	2.2	20	96	0	81	53	11	2	33	1.49
265819--265857	17	2.2	17	86	4	51	28	12	25	33	1.93
266114--266153	22	1.9	20	85	10	53	22	25	25	27	2.00
266799--266967	83	2.0	83	100	0	338	37	11	26	23	1.90
274735--274771	19	1.9	19	88	0	56	43	2	29	24	1.68
277616--277644	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
282673--282724	19	2.8	17	78	18	59	26	3	1	67	1.18
283919--283951	17	1.9	17	93	0	57	12	24	42	21	1.86
283989--284048	3	20.7	3	84	6	79	61	0	3	35	1.12
283993--284048	23	2.4	23	84	0	76	62	0	3	33	1.12
299056--299103	22	2.2	22	96	0	87	43	0	8	47	1.33
299929--299978	6	8.3	6	100	0	100	34	48	18	0	1.48
300464--300508	22	2.0	22	100	0	90	13	13	42	31	1.82
300594--300707	20	5.6	20	66	12	79	36	23	22	16	1.94
300584--300732	41	3.6	41	88	3	178	35	22	21	20	1.96
300591--300736	21	7.1	21	65	10	77	36	23	20	19	1.95
302204--302383	29	6.2	29	79	9	179	35	1	15	48	1.55
304532--304561	7	4.4	7	91	8	53	23	30	30	16	1.96
304536--304561	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304551--304608	17	3.4	17	90	0	89	18	25	39	15	1.91
311579--311611	7	4.9	7	92	7	59	27	30	27	15	1.96
311583--311609	13	2.1	13	100	0	54	25	29	29	14	1.95
311605--311645	17	2.4	17	91	0	64	17	21	39	21	1.93
311639--311709	19	3.7	19	92	1	106	26	29	25	18	1.98
311641--311709	9	7.1	10	76	12	72	27	30	23	18	1.98
316570--316603	18	1.9	17	88	5	50	58	0	17	23	1.38
317130--317289	41	3.9	41	76	3	178	21	20	23	35	1.96
317155--317444	20	14.6	20	69	14	113	19	21	23	36	1.95
317137--317289	62	2.5	61	89	1	216	21	19	23	35	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11