genome.fa.s9591.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009591.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116970_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2451160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2117624--2117658	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2121257--2121325	19	3.6	19	98	0	129	30	14	31	23	1.94
2122734--2122772	21	1.9	20	89	5	60	35	23	15	25	1.94
2131999--2132075	3	25.3	3	72	12	59	27	7	0	64	1.20
2132322--2132369	2	25.0	2	91	8	82	47	0	0	52	1.00
2132320--2132382	16	3.9	16	84	13	76	42	1	0	55	1.09
2132412--2132476	26	2.5	26	80	7	78	13	7	3	75	1.14
2136877--2136938	7	8.6	7	77	12	54	80	8	11	0	0.90
2136873--2136944	20	3.4	22	79	11	78	77	9	9	2	1.08
2137559--2137609	22	2.3	22	89	0	75	35	25	11	27	1.91
2138835--2138861	14	1.9	14	100	0	54	37	22	18	22	1.95
2139279--2139598	106	3.0	106	92	1	509	35	24	17	21	1.95
2141490--2141555	3	21.3	3	77	9	62	28	6	0	65	1.17
2141498--2141578	38	2.1	38	84	8	103	28	9	0	61	1.28
2141896--2141945	19	2.6	18	78	12	55	12	4	4	80	1.00
2141898--2141963	27	2.4	27	78	11	73	13	7	3	75	1.13
2144565--2144627	29	2.1	31	82	5	76	41	0	19	39	1.51
2149538--2149686	38	4.0	37	78	6	106	31	18	10	39	1.84
2149587--2149654	19	3.6	18	68	20	50	27	20	10	41	1.85
2149556--2149687	36	3.6	37	83	3	140	30	18	9	40	1.83
2149556--2149687	37	3.6	36	82	5	140	30	18	9	40	1.83
2150019--2150216	36	5.4	36	86	5	247	22	21	14	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2150019--2150199	74	2.5	72	84	6	238	22	20	14	42	1.88
2150218--2150723	134	3.8	133	85	1	652	29	30	15	24	1.95
2163911--2163959	25	2.0	24	84	11	64	46	0	4	48	1.20
2163918--2163965	25	1.9	25	83	8	62	50	0	4	45	1.21
2166378--2166498	3	39.7	3	81	3	143	39	0	0	59	1.03
2174437--2174658	114	1.9	114	96	0	408	33	13	20	32	1.92
2175508--2175573	35	1.9	34	84	9	89	36	9	19	34	1.84
2176655--2176928	54	5.1	54	94	0	467	39	14	21	23	1.91
2177277--2177324	18	2.6	18	90	3	78	33	12	12	41	1.80
2178003--2178925	76	12.4	76	93	4	1518	23	20	21	35	1.96
2178003--2178925	378	2.5	376	92	5	1554	23	20	21	35	1.96
2178003--2178925	454	2.1	441	93	5	1554	23	20	21	35	1.96
2179055--2179142	3	28.7	3	75	13	81	37	0	1	61	1.04
2179050--2179142	18	4.9	19	79	10	93	38	0	1	60	1.04
2179055--2179144	29	3.0	31	71	18	82	37	0	1	61	1.04
2182417--2182470	25	2.2	25	96	0	99	33	22	9	35	1.86
2185209--2185234	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2185338--2185386	22	2.2	22	96	0	89	22	8	28	40	1.82
2185735--2185790	29	1.9	29	100	0	112	33	12	7	46	1.69
2188580--2188792	45	4.7	45	82	4	198	27	28	7	37	1.83
2188720--2188792	24	3.2	24	65	11	62	27	28	5	38	1.79
2190576--2190650	37	2.0	37	100	0	150	22	18	10	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2191515--2191579	21	3.1	21	81	0	67	52	7	12	27	1.66
2193481--2193523	18	2.4	18	92	0	68	72	2	4	20	1.14
2194283--2194320	19	2.0	19	89	0	58	57	10	0	31	1.32
2194139--2194362	75	3.0	72	78	12	224	57	11	1	29	1.44
2201502--2201544	18	2.4	18	92	0	68	72	2	4	20	1.14
2202169--2202275	24	4.6	24	68	20	66	56	14	0	28	1.45
2202158--2202344	76	2.6	73	83	9	226	57	12	1	28	1.43
2203425--2203461	17	2.2	17	95	0	65	32	24	13	29	1.93
2210401--2210442	15	2.6	16	82	17	52	33	4	0	61	1.17
2218266--2218536	89	3.0	89	86	1	382	30	19	19	30	1.96
2218566--2218913	82	4.3	82	86	1	448	35	21	18	24	1.95
2219025--2219058	7	5.1	7	96	3	54	41	0	0	58	0.98
2221009--2221050	15	2.6	16	82	17	52	33	4	0	61	1.17
2221555--2221654	23	4.3	23	67	3	58	35	23	22	20	1.96
2221734--2221942	58	3.6	57	80	7	201	36	16	5	41	1.72
2227830--2227903	33	2.2	33	92	0	121	36	5	0	58	1.21
2229751--2229813	24	2.7	24	77	2	65	30	17	25	26	1.97
2229806--2229879	23	3.2	23	79	11	89	29	20	27	22	1.98
2229949--2230171	57	3.9	57	81	5	254	35	16	5	42	1.71
2236274--2236319	23	2.0	22	83	4	56	32	2	28	36	1.69
2243877--2243956	31	2.6	31	89	0	124	22	12	18	46	1.83
2244498--2244558	3	20.3	3	100	0	122	32	0	67	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247721--2247859	40	3.4	39	72	13	118	19	15	29	35	1.92
2247477--2247789	137	2.3	137	82	3	380	23	16	24	35	1.94
2247761--2247956	43	4.4	43	64	18	121	21	14	27	36	1.93
2247676--2247860	83	2.2	83	89	1	273	20	15	28	36	1.93
2247539--2248009	220	2.1	220	87	2	669	21	15	27	36	1.93
2247759--2248074	137	2.3	137	93	0	533	21	14	27	36	1.92
2248377--2248605	124	1.8	124	93	0	395	25	19	24	31	1.98
2248565--2248769	103	2.0	103	95	0	365	24	13	20	41	1.88
2250093--2250203	31	3.5	31	76	9	125	33	22	17	27	1.96
2250090--2250230	33	4.4	30	72	11	111	34	20	16	29	1.94
2250087--2250230	64	2.2	64	93	0	243	34	20	16	29	1.94
2250585--2250610	13	2.0	13	100	0	52	7	15	15	61	1.55
2263013--2263101	31	2.9	31	87	0	124	23	12	20	43	1.85
2263644--2263706	3	21.0	3	96	0	117	34	0	65	0	0.93
2271135--2271168	9	3.9	9	84	7	52	55	0	0	44	0.99
2272086--2272140	23	2.4	23	93	0	92	20	38	18	23	1.93
2272878--2272939	18	3.3	18	78	12	63	56	0	1	41	1.09
2272983--2273016	7	5.0	7	89	3	52	14	23	0	61	1.33
2272990--2273018	14	2.1	14	100	0	58	17	20	0	62	1.33
2276546--2276595	15	3.1	15	85	8	64	82	0	6	12	0.85
2276542--2276595	11	4.9	11	76	17	58	79	0	7	12	0.92
2276542--2276624	19	4.5	19	74	21	70	78	0	13	8	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276546--2276576	7	4.3	7	92	8	53	83	0	3	12	0.75
2276571--2276638	10	7.1	9	75	9	55	76	0	19	4	0.95
2276601--2276634	17	1.9	17	88	5	50	79	0	17	2	0.86
2276549--2276595	8	5.8	8	83	14	60	82	0	6	10	0.82
2276564--2276636	18	3.9	18	79	13	69	78	0	16	5	0.94
2277561--2277827	103	2.6	105	94	3	477	35	19	22	22	1.95
2280921--2280999	34	2.4	33	83	8	90	39	0	1	59	1.06
2280911--2281022	34	3.6	31	75	12	88	38	0	1	59	1.08
2282728--2282775	21	2.3	21	88	0	69	25	41	12	20	1.87
2282779--2282893	21	5.5	21	88	8	180	18	34	25	21	1.96
2282785--2282893	42	2.6	42	98	0	209	18	33	24	22	1.96
2283414--2283520	34	3.1	34	90	0	169	56	3	3	36	1.35
2283916--2284353	128	3.4	128	96	0	795	33	20	24	21	1.97
2289900--2289993	31	3.1	31	83	3	111	25	17	15	41	1.89
2293025--2293052	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
2301078--2301130	20	2.7	20	93	0	88	30	24	28	16	1.97
2301460--2301486	12	2.2	12	100	0	54	51	7	7	33	1.58
2304602--2304714	20	5.7	20	90	0	163	33	23	26	16	1.96
2309714--2309771	30	1.9	30	86	6	82	39	8	17	34	1.80
2309709--2309781	30	2.4	30	76	13	78	42	9	16	31	1.80
2311623--2311704	40	2.0	40	100	0	164	23	17	26	32	1.96
2311810--2311878	21	3.2	21	65	25	54	40	10	20	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2311896--2311965	21	3.2	21	64	28	56	40	8	20	31	1.82
2311791--2312013	87	2.6	87	89	5	330	41	8	20	30	1.81
2311808--2312018	43	4.8	45	88	6	317	41	8	20	30	1.81
2312493--2312531	13	3.0	13	92	7	62	23	23	10	43	1.84
2314922--2315392	113	4.2	112	90	2	698	33	11	12	42	1.79
2315361--2315408	21	2.5	18	78	18	60	41	6	8	43	1.60
2315648--2315691	23	1.9	23	85	0	61	34	15	11	38	1.84
2315632--2315840	87	2.4	87	92	0	346	32	12	10	45	1.75
2316155--2316740	113	5.2	113	88	2	851	33	11	11	43	1.77
2316155--2316750	225	2.7	223	88	2	849	33	11	11	43	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11