genome.fa.s9591.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009591.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116970_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2451160

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796067--796119	26	2.0	26	100	0	106	22	7	32	37	1.82
801987--802100	20	5.7	20	82	6	104	31	24	18	25	1.97
801984--802100	61	1.9	61	83	0	153	33	23	17	24	1.97
802691--802870	20	10.1	19	75	14	111	11	22	22	44	1.84
802696--802772	39	2.0	39	84	5	102	9	18	25	46	1.78
802785--802821	14	2.6	14	100	0	74	8	27	24	40	1.83
802734--802807	33	2.2	33	82	0	94	10	20	27	41	1.85
802752--802845	47	2.0	48	89	2	145	10	24	25	39	1.87
804930--804996	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
804878--804996	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
806347--806382	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
806509--806567	19	3.4	19	73	22	74	13	22	18	45	1.84
806490--806566	33	2.3	34	84	6	104	18	22	20	38	1.93
807330--807376	24	2.0	24	86	0	67	36	17	17	29	1.92
808428--808475	20	2.4	20	100	0	96	33	27	22	16	1.96
808603--808639	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
810507--810560	20	2.7	20	88	0	81	40	24	20	14	1.90
810628--810702	20	3.8	20	91	1	107	16	25	24	34	1.95
811184--811228	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
812548--812585	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
812831--812874	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
813062--813175	20	5.7	20	82	6	122	24	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813042--813177	41	3.3	41	79	6	159	24	17	25	33	1.97
813165--813257	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
813104--813238	41	3.3	41	82	4	139	19	21	21	37	1.94
813165--813257	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
817463--817500	20	1.9	20	94	0	67	47	10	13	28	1.76
819958--820056	20	4.8	20	72	16	94	17	22	20	40	1.91
819966--820087	63	1.9	63	98	0	235	19	19	19	40	1.91
820005--820133	22	6.3	19	68	20	64	19	19	20	41	1.91
820029--820140	41	2.7	41	87	5	156	18	17	22	41	1.91
820218--820243	6	4.3	6	100	0	52	30	53	15	0	1.42
820851--821047	20	9.7	20	76	3	160	39	23	19	17	1.92
820877--820990	41	2.8	41	90	2	185	37	25	19	17	1.93
820851--821097	61	4.0	62	82	3	250	37	23	18	20	1.94
820979--821072	41	2.3	41	100	0	188	36	25	18	20	1.95
820857--821072	102	2.1	102	92	3	355	37	25	18	18	1.94
829695--829793	32	3.1	32	82	0	117	43	27	14	15	1.85
829730--829781	16	3.2	16	71	10	52	48	32	11	7	1.68
829804--829839	16	2.2	16	90	0	54	52	16	19	11	1.73
833859--833969	51	2.2	51	90	0	177	60	6	7	26	1.47
835902--835946	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
836527--836561	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
836618--836661	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837543--837846	149	2.0	149	96	0	554	27	17	19	34	1.95
837825--837869	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
841036--841080	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
841747--841790	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
842677--842980	149	2.0	149	96	0	563	27	17	20	34	1.95
842959--843003	23	2.0	23	86	0	63	20	24	28	26	1.99
844201--844334	57	2.3	59	84	5	175	44	20	7	27	1.79
844240--844334	29	3.3	29	92	1	156	46	21	9	23	1.80
844343--844371	13	2.2	13	100	0	58	13	24	44	17	1.85
845185--845358	96	1.8	96	98	0	339	32	28	14	24	1.94
850019--850062	20	2.3	19	88	7	63	54	4	15	25	1.60
868398--868510	60	1.9	60	83	0	145	38	16	13	30	1.87
870762--870890	20	6.3	20	79	10	136	31	27	18	23	1.98
870781--870855	21	3.6	21	80	10	100	37	26	17	18	1.93
870762--870871	41	2.7	41	97	0	202	32	27	18	21	1.96
871700--871746	24	2.0	24	91	0	76	29	21	14	34	1.93
874006--874045	12	3.3	12	85	0	53	57	27	0	15	1.38
874008--874042	18	1.9	18	94	0	61	57	25	0	17	1.40
874102--874371	140	1.9	140	96	0	504	28	12	15	43	1.83
874342--874630	20	15.7	20	71	17	225	33	21	19	25	1.97
874370--874615	34	6.9	34	76	15	228	34	21	19	23	1.96
874350--874559	54	3.9	54	75	9	221	33	22	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874404--874620	74	2.9	73	91	4	346	34	21	20	23	1.97
874762--874837	14	5.3	14	87	4	107	46	14	0	39	1.45
876222--876340	42	2.8	42	80	7	134	23	18	36	21	1.95
876222--876336	21	5.5	21	73	4	88	22	19	36	21	1.95
876880--876918	19	2.0	20	90	5	62	51	20	15	12	1.76
876990--877076	20	4.4	20	81	7	97	17	21	25	35	1.95
878970--879086	20	6.2	20	69	13	68	40	23	17	18	1.91
879447--879497	22	2.3	22	93	0	84	19	9	43	27	1.82
879642--879757	21	5.6	21	70	11	96	20	17	25	37	1.94
879667--879777	20	5.4	20	79	12	127	22	18	27	32	1.97
879641--879778	41	3.4	41	95	0	240	22	17	24	35	1.95
879639--879856	82	2.7	81	80	5	224	27	17	22	32	1.97
879793--879839	21	2.2	21	80	0	58	36	19	21	23	1.95
887121--887200	36	2.3	35	87	6	117	45	20	5	30	1.72
887719--887760	16	2.5	17	88	11	68	35	23	11	28	1.91
887728--887763	16	2.2	16	100	0	72	36	25	11	27	1.90
891280--891335	16	3.5	16	85	0	85	33	25	5	35	1.79
891877--891939	33	1.9	33	100	0	126	36	23	17	22	1.95
907495--907572	31	2.6	30	84	9	90	46	3	6	43	1.47
908301--908333	16	1.9	18	88	11	52	36	0	3	60	1.12
910592--910668	34	2.2	34	84	11	95	22	1	15	61	1.42
913441--913526	34	2.6	33	92	3	145	45	2	5	46	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
913434--913517	15	5.2	15	70	19	62	46	2	4	46	1.37
916081--916200	53	2.3	53	91	4	190	27	10	13	49	1.74
921292--921344	23	2.3	23	86	0	70	16	30	26	26	1.97
922119--922163	23	2.0	23	81	0	54	26	24	26	22	2.00
922899--923040	64	2.2	63	81	9	155	27	17	21	33	1.96
923566--923600	19	1.9	17	88	11	52	60	0	37	2	1.12
929146--929461	150	2.1	149	94	1	553	34	21	17	26	1.95
929916--930072	64	2.4	63	80	10	158	28	18	20	33	1.96
930602--930636	19	1.9	17	88	11	52	60	0	37	2	1.12
935861--935897	14	2.6	14	86	0	56	45	27	2	24	1.66
936335--936413	31	2.7	29	79	11	97	40	7	11	40	1.70
936506--936567	28	2.2	28	91	0	97	45	4	9	40	1.58
947378--947414	12	3.0	12	88	4	56	18	48	21	10	1.78
949532--949588	29	2.0	29	96	0	105	17	5	14	63	1.48
950815--950852	20	1.9	20	94	0	67	13	2	10	73	1.19
951157--951181	6	4.2	6	100	0	50	20	16	64	0	1.30
951239--951288	12	4.0	13	89	2	68	18	46	22	14	1.84
953406--953462	29	2.0	29	96	0	105	17	5	14	63	1.48
954689--954726	20	1.9	20	94	0	67	13	2	10	73	1.19
954945--956839	947	2.0	947	99	0	3772	27	16	18	37	1.92
958016--958049	12	3.1	11	91	8	52	29	52	17	0	1.45
964941--965099	64	2.5	63	81	11	155	26	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
964531--966733	732	3.0	732	97	0	4138	29	20	13	36	1.91
966405--966566	64	2.5	63	82	10	170	25	20	19	33	1.97
968798--968832	14	2.5	14	95	0	61	37	17	14	31	1.89
971699--971756	25	2.3	25	96	0	107	51	5	6	36	1.51
977396--977439	22	2.0	23	86	4	63	38	2	6	52	1.41
978025--978072	13	3.9	13	78	15	57	12	8	14	64	1.49
978008--978105	23	4.3	23	80	3	99	8	7	18	66	1.41
978027--978105	23	3.4	23	82	3	104	10	8	15	65	1.45
984544--984914	185	2.0	185	100	0	742	33	9	18	37	1.84
987847--987926	23	3.7	22	78	14	78	23	30	26	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11