genome.fa.s9605.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009605.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9158330

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

This is table  1  of  35  ( 4090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9818--9851	15	2.2	16	89	5	52	76	5	2	14	1.09
11989--12050	25	2.5	25	81	5	72	62	3	3	30	1.26
14311--14340	15	2.0	15	100	0	60	33	20	13	33	1.91
17972--18015	13	3.4	13	80	0	52	68	13	2	15	1.31
18153--18183	15	2.1	15	93	0	53	6	35	19	38	1.77
18569--18626	23	2.5	23	94	2	98	8	17	41	32	1.80
20258--20310	16	3.2	16	83	5	61	66	3	0	30	1.10
20275--20313	17	2.4	17	91	4	62	61	7	0	30	1.24
21032--21095	21	3.1	21	70	4	67	17	14	26	42	1.87
21105--21152	19	2.5	19	100	0	96	18	20	18	41	1.90
21143--21196	22	2.5	22	100	0	108	16	18	27	37	1.93
21810--21842	6	5.5	6	100	0	66	0	15	51	33	1.43
21938--22006	19	3.5	19	69	11	57	40	18	18	21	1.91
21956--22027	22	3.4	21	69	11	67	38	22	18	20	1.93
21938--22027	41	2.2	41	93	0	153	38	21	18	21	1.93
22016--22079	21	3.1	21	70	4	67	37	25	18	18	1.94
23987--24022	12	3.0	12	91	0	54	69	2	27	0	1.02
26565--26595	12	2.6	12	100	0	62	6	32	25	35	1.82
34556--34582	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
35530--35583	3	18.0	3	88	0	81	61	3	33	1	1.25
35530--35584	15	3.7	15	95	0	101	60	5	32	1	1.30
39755--39838	23	3.7	23	88	3	116	20	23	30	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39732--39838	46	2.5	42	81	7	133	20	24	29	25	1.99
39732--39839	23	4.9	22	77	11	96	20	24	29	25	1.99
47465--47889	41	10.3	41	76	8	303	30	21	16	32	1.95
47507--47889	42	9.2	42	79	6	379	28	21	16	32	1.96
47488--47889	83	4.8	84	82	6	419	28	21	16	33	1.95
47507--47889	125	3.1	124	85	2	493	28	21	16	32	1.96
51650--51888	43	5.6	42	81	4	264	23	22	21	33	1.98
51653--51888	86	2.7	85	85	6	298	23	22	20	33	1.97
51650--51916	43	6.2	43	81	6	258	23	21	21	33	1.97
51646--51916	129	2.1	129	79	8	293	23	21	21	33	1.97
51650--51916	86	3.1	84	81	6	297	23	21	21	33	1.97
53302--53344	22	2.0	21	86	4	59	48	2	6	41	1.43
55579--55662	3	28.0	3	77	9	73	61	0	3	34	1.13
55569--55641	22	3.2	22	82	7	83	52	0	4	43	1.20
55575--55611	19	1.9	19	100	0	74	54	0	0	45	1.00
55579--55662	25	3.5	25	79	4	84	61	0	3	34	1.13
56877--56925	17	2.8	18	71	6	55	36	4	14	44	1.64
56952--57020	18	4.0	17	75	9	68	39	11	18	30	1.87
59242--59387	78	1.9	78	91	2	240	34	13	18	33	1.89
62801--62852	18	3.2	18	74	25	69	75	0	3	21	0.97
64548--64913	201	1.8	202	86	0	536	27	19	19	34	1.95
65689--65771	36	2.4	34	80	7	89	39	13	18	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65777--66124	36	9.6	36	84	4	396	39	12	21	26	1.89
65940--66005	21	3.4	21	65	26	63	42	10	21	25	1.85
65802--66124	145	2.2	144	85	4	461	39	12	21	25	1.89
68485--68545	23	2.8	21	80	9	68	36	14	22	26	1.93
71921--72298	188	2.0	189	88	1	562	29	20	18	32	1.96
72305--72335	15	2.1	15	100	0	62	45	6	0	48	1.28
75304--75330	13	2.1	13	100	0	54	51	0	0	48	1.00
78202--78282	27	3.0	27	100	0	162	22	18	22	37	1.95
84940--84981	21	2.0	22	85	4	59	38	21	4	35	1.75
85476--85508	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
85631--85689	21	2.8	21	86	0	64	49	8	13	28	1.71
96484--96510	13	2.1	13	100	0	54	7	25	51	14	1.68
99027--99280	138	1.8	138	83	5	334	29	12	14	42	1.83
101482--101510	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
111143--111174	12	2.7	12	90	0	55	62	0	12	25	1.30
111179--111294	6	19.3	6	100	0	232	33	0	16	50	1.46
119898--119950	20	2.6	20	93	3	88	33	18	18	28	1.95
126110--126171	23	2.7	23	77	2	54	40	3	0	56	1.15
126548--126586	19	2.1	19	90	9	62	7	12	0	79	0.93
126665--126709	21	2.1	22	83	4	56	17	4	2	75	1.07
126718--126836	9	13.1	9	67	20	61	11	10	3	74	1.17
126764--126803	21	2.0	21	90	5	64	10	5	7	77	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127169--127219	18	2.8	17	80	19	59	19	3	1	74	1.07
127698--127746	18	2.8	18	93	3	82	28	26	8	36	1.85
131401--131454	16	3.3	16	81	2	63	16	18	11	53	1.72
131434--131507	33	2.2	34	80	2	87	25	12	6	55	1.61
134448--134482	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
137849--137876	12	2.3	12	100	0	56	25	0	35	39	1.56
145897--145936	13	3.0	13	78	7	53	32	10	0	57	1.32
146652--146848	31	6.7	29	75	13	145	39	4	0	55	1.24
146647--146848	30	6.8	29	79	10	196	39	4	0	55	1.24
150430--150459	15	2.0	15	93	0	51	40	10	13	36	1.78
150727--150797	32	2.4	29	79	20	85	45	0	4	50	1.21
150918--151024	8	14.0	8	71	16	66	47	0	0	51	1.07
150907--151012	23	4.8	23	70	18	75	48	0	0	50	1.13
150958--151013	14	3.7	15	77	13	62	55	0	0	44	0.99
150950--151014	22	2.9	22	81	6	78	55	0	0	44	0.99
150890--151012	31	4.1	30	75	12	103	49	0	0	48	1.12
151436--151460	9	2.8	9	100	0	50	80	0	0	20	0.72
153187--153287	50	2.0	49	80	1	112	39	15	6	37	1.75
153537--153649	56	2.0	57	87	1	165	22	22	30	24	1.99
155421--155484	28	2.2	28	78	8	67	32	1	4	60	1.26
155437--155474	20	1.9	20	89	10	60	28	0	2	68	1.03
157188--157254	27	2.5	27	85	0	80	22	38	14	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157566--157612	3	15.7	3	86	0	67	29	2	38	29	1.69
160330--160362	16	2.1	16	94	0	57	30	0	15	54	1.41
161687--161780	30	3.1	30	89	0	134	21	3	39	36	1.69
166134--166167	17	2.0	17	88	0	50	47	11	2	38	1.55
166664--166858	41	4.8	40	89	4	286	14	21	25	39	1.91
166764--166834	21	3.4	21	67	18	67	14	21	28	36	1.92
166664--166858	80	2.4	81	90	5	306	14	21	25	39	1.91
167690--167732	6	7.5	6	97	2	72	0	16	53	30	1.43
167815--167967	41	3.7	41	96	0	270	39	23	21	15	1.91
167879--167947	21	3.3	21	66	18	63	37	23	20	18	1.94
167902--168033	61	2.2	61	83	5	160	40	24	21	14	1.90
167961--168058	41	2.4	41	85	0	151	37	26	18	17	1.93
167861--168058	102	1.9	102	81	8	233	38	24	20	16	1.92
174411--174469	3	19.3	3	76	10	57	37	0	0	62	0.95
175940--175970	3	10.3	3	92	0	53	29	0	0	70	0.87
178901--178942	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
179144--179192	16	3.1	17	77	14	59	75	6	14	4	1.14
186274--186383	51	2.2	51	83	9	136	37	4	9	49	1.55
188056--188099	21	2.1	21	100	0	88	31	9	15	43	1.79
188784--188820	3	12.7	3	88	5	58	0	27	2	70	1.01
188783--188817	17	2.1	17	94	0	61	0	25	2	71	1.00
191402--191426	13	1.9	13	100	0	50	48	40	4	8	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192125--192356	36	6.7	35	76	12	183	43	9	2	44	1.48
192126--192347	68	3.2	70	81	8	247	45	9	1	43	1.47
192126--192341	104	2.1	104	86	5	294	45	9	1	43	1.47
197162--197640	258	1.9	258	79	2	550	26	23	22	27	1.99
201508--201559	27	1.9	27	85	14	72	78	3	5	11	1.05
203744--203772	12	2.3	13	94	5	51	41	0	0	58	0.98
212922--212973	20	2.6	20	96	0	95	32	17	25	25	1.97
212829--213063	115	2.1	113	83	4	294	35	16	23	24	1.95
213384--213553	59	3.0	57	84	5	202	34	11	18	35	1.87
213767--214285	68	7.6	68	90	1	799	29	16	24	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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