genome.fa.s9605.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009605.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9158330

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

This is table  5  of  35  ( 4090 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762771--763147	131	2.9	131	89	0	558	35	10	14	39	1.80
763559--763591	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
765045--765100	21	2.7	21	88	0	76	35	19	16	28	1.93
767443--767480	16	2.4	16	91	4	60	55	2	5	36	1.37
768508--768587	42	1.9	42	100	0	160	20	18	5	56	1.60
771987--772104	24	4.6	25	70	21	75	45	3	2	48	1.32
772080--772145	33	2.0	34	82	8	82	43	1	1	53	1.19
772180--772241	23	2.7	24	80	11	60	51	1	0	46	1.10
772187--772269	35	2.5	33	75	13	80	51	2	0	45	1.14
772203--772255	23	2.2	24	86	3	72	50	1	0	47	1.12
774898--775310	59	7.0	59	88	1	569	32	18	13	34	1.90
778772--778807	15	2.4	15	90	9	56	61	0	5	33	1.19
780285--780332	25	2.0	23	84	12	60	43	0	2	54	1.12
780891--780927	2	18.0	2	94	5	65	48	0	2	48	1.15
791033--791062	10	2.9	10	95	5	51	80	0	10	10	0.92
797620--797688	18	3.9	17	83	12	70	44	4	2	47	1.37
797614--797670	18	3.1	18	81	18	57	45	3	1	49	1.29
797637--797811	18	9.5	18	69	15	76	49	4	2	44	1.35
797772--797834	2	31.5	2	84	12	85	46	0	3	50	1.17
797736--797837	45	2.2	46	81	10	111	49	1	1	47	1.24
797947--797984	20	2.0	20	94	5	69	44	0	28	26	1.54
797922--797978	27	2.1	27	83	6	71	43	0	26	29	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798182--798322	2	73.0	2	67	17	66	48	1	5	44	1.35
798494--798520	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
798604--798635	7	4.6	7	92	0	55	46	37	0	15	1.46
798772--798903	53	2.4	57	83	5	164	41	8	8	41	1.65
798816--798852	13	2.7	14	87	8	58	45	8	5	40	1.56
798832--798890	22	2.7	22	78	17	68	42	8	5	44	1.57
798935--799075	21	6.6	21	69	13	81	42	4	4	47	1.46
799073--799196	6	20.8	6	69	21	66	46	1	0	50	1.16
798935--799111	88	2.0	87	88	5	259	41	4	3	49	1.41
799071--799188	10	10.7	11	68	22	70	45	1	0	51	1.17
799063--799208	71	2.1	69	83	11	183	46	2	1	50	1.21
799125--799215	45	2.2	42	80	20	102	48	1	1	49	1.15
799251--799318	6	11.7	6	73	20	56	47	0	1	51	1.09
799253--799318	15	4.5	15	78	17	68	46	0	1	51	1.10
799251--799318	24	3.2	21	75	22	70	47	0	1	51	1.09
799229--799312	17	4.6	17	70	17	53	52	0	2	45	1.13
799830--799899	25	2.8	25	91	0	86	48	14	11	25	1.77
799830--799901	13	5.6	13	67	20	53	48	13	11	26	1.76
800743--800792	23	2.2	23	85	7	66	48	8	0	44	1.32
800831--800884	22	2.5	23	85	11	78	42	0	0	57	0.98
809245--809285	20	2.0	21	85	4	57	24	14	19	41	1.89
809252--809301	21	2.5	20	80	3	55	30	20	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817128--817164	15	2.4	15	90	4	56	45	24	10	18	1.81
820374--820502	44	3.0	44	79	3	118	37	9	19	34	1.84
820924--820953	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
832415--832462	18	2.8	18	78	6	55	33	29	12	25	1.92
836533--836570	14	2.4	16	87	12	53	76	5	0	18	0.97
838159--838194	17	2.1	17	100	0	72	50	5	22	22	1.70
849428--849494	30	2.2	30	89	5	100	28	17	8	44	1.79
851591--851636	23	2.0	23	86	0	65	30	26	23	19	1.98
856647--857157	210	2.4	210	88	3	783	51	8	10	30	1.65
857236--857365	2	67.5	2	76	15	123	46	2	1	49	1.23
857243--857362	29	4.2	28	81	14	129	45	2	1	50	1.25
857338--857385	20	2.5	20	89	3	71	45	10	4	39	1.58
857456--857569	2	59.5	2	67	17	55	47	1	3	47	1.29
857378--857470	22	4.6	19	67	18	55	48	5	5	40	1.49
857642--857695	11	5.2	11	76	17	53	51	11	1	35	1.48
857675--857743	20	3.3	21	75	15	72	44	10	5	39	1.62
857677--857766	22	4.2	22	75	11	78	46	6	5	41	1.53
857761--857841	24	3.2	24	78	13	67	39	8	7	44	1.63
857827--858106	2	138.5	2	63	21	59	43	4	3	48	1.41
857843--857925	27	3.1	27	92	0	139	37	7	2	53	1.42
857906--857940	17	2.1	17	100	0	70	40	5	0	54	1.24
858025--858058	15	2.3	15	94	0	59	50	5	2	41	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857952--858115	87	2.0	81	81	11	192	46	2	6	44	1.41
858029--858081	24	2.2	25	89	3	81	49	5	3	41	1.44
858325--858373	13	3.5	13	81	13	53	46	12	2	38	1.53
858325--858360	15	2.4	15	90	0	54	50	11	0	38	1.38
858457--858509	21	2.5	21	87	0	79	39	7	5	47	1.56
858457--858619	21	7.5	21	67	20	77	39	6	5	48	1.51
858478--858689	88	2.4	89	81	9	249	41	4	4	49	1.43
858600--858662	31	2.0	31	90	6	101	38	3	3	55	1.32
858457--858672	110	2.0	109	80	7	240	40	5	4	49	1.47
858600--858725	31	4.0	30	74	18	89	42	3	3	51	1.33
861748--861786	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
861755--861848	14	7.4	13	75	11	61	32	4	0	62	1.14
861748--861875	21	6.3	21	73	16	74	35	4	0	59	1.18
861821--861877	14	3.7	15	79	9	62	36	3	0	59	1.14
861898--861988	40	2.3	40	85	9	125	28	4	2	64	1.24
862228--862257	15	2.0	15	93	0	51	13	0	3	83	0.77
865487--865621	69	2.0	69	92	0	225	39	23	13	23	1.90
867164--867248	35	2.4	35	88	2	116	25	22	14	37	1.92
867078--867450	100	3.7	102	84	4	411	29	19	12	38	1.89
867264--867488	36	6.4	36	75	12	209	27	19	13	39	1.89
867437--867603	65	2.5	65	85	2	208	31	20	8	38	1.83
867446--867616	67	2.6	67	84	5	188	33	20	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869842--869881	14	2.7	14	84	7	53	32	2	0	65	1.06
869932--870015	17	4.6	18	70	16	64	29	4	1	64	1.22
869931--870018	39	2.3	39	88	7	126	29	4	1	64	1.20
870170--870224	16	3.3	16	79	5	56	18	20	0	61	1.34
871273--871321	23	2.1	23	88	0	71	26	12	26	34	1.92
872134--872172	16	2.4	16	86	0	51	35	17	25	20	1.95
874006--874119	20	5.7	20	86	0	156	29	25	17	27	1.97
874295--874337	22	2.0	22	90	0	68	25	37	13	23	1.92
874733--874796	20	3.2	20	82	2	67	17	17	23	42	1.89
876714--876758	20	2.2	20	92	0	72	35	26	20	17	1.95
876824--876871	20	2.4	20	96	0	87	37	25	20	16	1.93
876714--876931	113	1.9	113	93	0	373	35	20	19	23	1.96
876914--876969	20	2.8	19	83	5	67	21	16	23	39	1.92
876914--876980	20	3.5	19	80	11	66	19	16	25	38	1.92
878956--878991	14	2.6	14	91	4	56	44	0	8	47	1.33
879130--879168	20	2.0	20	84	0	51	51	23	12	12	1.74
879167--879511	20	17.4	20	81	8	375	26	17	21	33	1.96
879460--879509	25	2.0	25	92	3	84	30	18	18	34	1.94
879484--879751	140	1.9	140	96	0	491	41	16	13	28	1.86
881881--881917	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
882107--882160	24	2.2	24	93	0	90	40	16	18	24	1.90
882989--883076	20	4.4	20	81	5	106	28	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
883064--883119	21	2.6	22	68	5	60	37	17	25	19	1.94
885216--885263	21	2.2	23	82	14	66	56	0	12	31	1.37
891634--891693	30	2.0	29	81	9	68	36	8	20	35	1.82
893276--893346	31	2.4	31	78	4	83	40	7	18	33	1.77
897010--897100	45	2.0	46	89	2	139	27	24	19	28	1.99
905665--905703	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
905725--905813	46	2.0	46	88	2	135	29	24	17	28	1.98
912650--912739	25	3.5	26	78	4	103	23	15	24	36	1.94
914956--915000	17	2.6	17	85	0	63	11	13	8	66	1.44
914961--915082	17	7.3	16	68	16	52	16	13	8	61	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35