genome.fa.s9605.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009605.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9158330

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2747321--2747381	31	1.9	33	90	6	99	3	21	1	73	1.06
2748062--2748182	6	19.7	6	79	15	124	0	19	0	78	0.85
2752287--2752467	29	6.4	28	80	6	168	30	4	23	40	1.76
2753215--2753247	15	2.2	15	89	10	50	21	18	12	48	1.80
2753372--2753648	117	2.4	116	85	3	367	20	14	32	32	1.92
2759706--2759882	29	6.1	29	85	7	202	32	6	20	40	1.77
2760616--2760648	15	2.2	16	89	10	52	21	18	12	48	1.80
2760770--2761031	112	2.3	109	84	11	320	19	15	33	31	1.92
2762028--2762392	182	2.0	182	100	0	730	29	15	18	37	1.91
2763624--2763709	31	2.8	30	85	1	109	50	5	1	43	1.34
2770942--2771103	81	2.0	81	100	0	324	27	13	16	43	1.85
2775239--2775356	2	61.0	2	86	6	172	50	2	0	47	1.14
2775592--2775624	13	2.4	14	90	5	50	60	0	0	39	0.97
2775630--2775660	16	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
2775630--2775662	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
2775748--2775774	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2775842--2775888	24	2.0	23	84	12	60	59	4	6	29	1.41
2776831--2776886	22	2.5	22	97	0	103	32	26	21	19	1.97
2777192--2777289	3	32.0	3	79	8	108	62	0	3	34	1.11
2777470--2778070	122	4.9	122	90	1	893	26	19	13	40	1.89
2778172--2778231	18	3.4	18	97	2	113	53	5	10	31	1.56
2778590--2778647	1	58.0	1	75	0	53	0	12	0	87	0.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2778592--2778647	7	7.7	7	88	9	69	0	12	0	87	0.54
2778590--2778647	18	3.3	17	88	11	82	0	12	0	87	0.53
2778590--2778647	11	5.3	11	87	8	82	0	12	0	87	0.53
2781957--2781999	23	2.0	22	86	13	63	65	0	16	18	1.28
2782628--2782801	87	2.0	87	100	0	348	32	19	21	26	1.97
2785280--2785508	113	2.0	113	96	3	424	25	22	13	38	1.91
2785977--2786008	15	2.1	15	100	0	64	50	6	18	25	1.70
2788667--2788698	9	3.7	9	95	4	57	81	9	0	9	0.88
2789881--2789938	2	30.5	2	76	10	59	48	5	0	46	1.24
2790256--2790288	4	8.0	4	96	3	57	72	0	3	24	0.98
2790401--2790446	23	2.0	22	84	12	58	58	4	6	30	1.43
2790859--2790929	35	2.0	35	100	0	142	19	19	23	36	1.95
2791763--2791856	3	31.0	3	80	6	109	63	1	3	31	1.17
2791954--2792040	36	2.3	38	90	3	133	35	3	16	44	1.64
2793690--2793767	37	2.1	37	100	0	156	23	7	11	57	1.59
2795317--2795598	138	2.0	140	97	2	541	27	20	16	35	1.94
2795583--2795743	32	5.1	32	79	8	150	30	22	14	32	1.93
2796797--2796951	12	12.9	12	68	14	70	31	8	20	39	1.82
2796833--2796949	24	4.9	24	72	7	94	30	7	22	39	1.82
2796831--2796949	48	2.5	48	81	9	127	31	7	22	38	1.82
2799726--2799864	66	2.1	66	90	0	215	43	9	18	28	1.81
2806012--2806050	21	1.9	20	84	5	51	33	23	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2818444--2819098	46	14.2	46	87	0	871	23	21	12	43	1.86
2819550--2819613	17	3.3	19	74	18	60	25	26	12	35	1.91
2825531--2825668	46	3.0	46	82	2	161	20	22	13	43	1.87
2825596--2825733	66	2.1	65	87	4	197	18	23	15	42	1.88
2825550--2825779	111	2.1	112	87	0	327	20	22	13	43	1.86
2825655--2826067	46	9.0	46	86	0	585	21	20	14	43	1.87
2831720--2831856	46	3.0	46	86	2	186	21	22	10	44	1.83
2831780--2831878	20	4.7	20	69	14	72	23	27	10	39	1.86
2831779--2831994	66	3.2	66	83	7	256	21	24	12	41	1.87
2831846--2831949	45	2.3	46	88	6	158	22	24	12	41	1.88
2831943--2832421	46	10.4	46	87	0	679	23	19	12	44	1.85
2831962--2832032	20	3.2	20	68	21	61	22	25	11	40	1.87
2832107--2832178	20	3.3	20	67	20	54	19	22	15	43	1.88
2832330--2832409	20	3.7	19	71	26	61	20	25	13	41	1.88
2832737--2832909	95	1.8	95	83	5	233	28	23	9	37	1.87
2857594--2857632	3	13.0	3	89	10	62	30	0	0	69	0.89
2857580--2857632	27	2.0	27	88	7	81	28	0	1	69	0.99
2859198--2859240	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
2861433--2861471	14	2.8	14	88	0	60	28	12	5	53	1.60
2869241--2869800	113	5.0	114	86	4	712	37	14	19	28	1.91
2870146--2870198	3	17.7	3	84	7	72	35	0	0	64	0.94
2870133--2870183	27	1.9	26	88	11	77	29	0	1	68	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2871835--2871876	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2876427--2876464	20	1.9	20	94	0	67	28	15	34	21	1.94
2876427--2876478	20	2.6	20	84	6	61	30	15	30	23	1.95
2876897--2877438	55	9.9	55	83	5	571	34	18	18	29	1.95
2876897--2877439	217	2.5	218	84	4	711	34	18	18	29	1.95
2882716--2883155	165	2.6	170	83	4	518	34	17	18	29	1.94
2882716--2883156	55	7.9	55	81	7	458	34	17	18	29	1.94
2885406--2885565	65	2.5	65	83	7	202	28	18	21	31	1.97
2885405--2885613	65	3.2	64	75	13	187	27	18	22	31	1.97
2888316--2888373	24	2.4	24	100	0	116	37	17	24	20	1.93
2892133--2892172	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
2899349--2899444	44	2.2	44	85	7	126	29	22	20	27	1.99
2899369--2899447	23	3.6	22	77	5	97	26	24	24	25	2.00
2900973--2901016	21	2.1	21	82	0	52	11	38	15	34	1.84
2902056--2902265	65	3.2	65	79	8	207	29	22	19	28	1.98
2907386--2907444	21	2.8	21	86	0	82	20	5	23	50	1.67
2913528--2913579	17	3.0	17	81	13	61	46	0	0	53	1.00
2913524--2913568	21	2.1	21	84	8	56	40	0	0	60	0.97
2916693--2916751	26	2.3	26	100	0	118	38	10	40	10	1.73
2917738--2917766	13	2.2	13	100	0	58	24	24	31	20	1.98
2922086--2922677	54	11.0	54	85	2	662	27	18	19	34	1.95
2922094--2922677	108	5.4	107	84	2	738	26	18	19	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2922086--2922677	162	3.7	161	86	2	765	27	18	19	34	1.95
2924876--2924968	31	3.0	31	98	0	177	25	4	35	34	1.76
2936775--2936817	20	2.2	20	100	0	86	25	20	20	32	1.97
2943185--2943246	31	2.0	31	90	6	99	30	3	32	33	1.74
2950704--2952637	810	2.4	810	92	0	3183	26	18	19	35	1.95
2950667--2952637	54	36.5	54	84	3	2264	26	17	19	35	1.94
2953632--2953846	55	3.9	55	84	3	272	28	18	18	34	1.94
2953890--2953914	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2962803--2962844	20	2.0	22	86	9	61	57	0	0	42	0.99
2962808--2962850	20	2.1	21	86	4	61	60	0	0	39	0.97
2962888--2962923	14	2.5	15	91	8	58	55	0	0	44	0.99
2963167--2963212	21	2.2	21	84	7	58	50	4	10	34	1.57
2969139--2969180	13	3.2	13	86	0	57	28	21	14	35	1.92
2970837--2970900	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
2975823--2975855	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2981696--2981765	31	2.3	31	85	9	90	41	12	14	31	1.83
2982570--2982607	11	3.0	13	85	14	53	36	0	2	60	1.11
2985463--2985616	83	1.9	83	87	2	229	41	3	9	45	1.54
2988722--2988817	49	2.0	49	95	0	174	33	18	19	28	1.96
2990369--2990466	49	2.0	49	86	4	135	23	12	26	37	1.90
2991812--2991842	12	2.6	12	100	0	62	25	16	16	41	1.88
2994601--2994928	54	6.1	54	83	1	352	37	16	18	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2994607--2994928	108	3.0	108	86	0	403	37	16	18	27	1.93
2994746--2994831	27	3.2	27	63	12	68	34	17	20	26	1.95
2994629--2994945	162	2.0	162	84	2	413	38	15	18	27	1.91
2997967--2997992	12	2.2	12	100	0	52	26	15	23	34	1.94
2999052--2999253	101	2.0	101	100	0	404	30	10	27	30	1.91
3001958--3002254	54	5.5	54	86	3	418	37	20	15	26	1.93
3001951--3002269	162	2.0	162	89	1	487	37	19	16	26	1.93
3005486--3005533	21	2.3	21	85	0	69	43	10	43	2	1.50
3008567--3008729	83	2.0	83	88	2	247	40	4	8	46	1.54
3011575--3011705	65	2.0	64	98	1	253	21	22	19	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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