genome.fa.s9605.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009605.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9158330

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

This is table  33  of  35  ( 4090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8552225--8552266	15	2.7	15	88	3	57	57	11	21	9	1.63
8558908--8558948	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
8559011--8559065	13	4.2	13	90	0	74	41	9	18	30	1.81
8559011--8559075	26	2.5	26	80	5	78	41	12	16	29	1.85
8566126--8566165	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8567762--8567832	3	23.3	3	83	8	90	63	1	1	33	1.12
8569604--8569652	24	2.0	24	100	0	98	32	16	30	20	1.94
8570935--8570974	16	2.5	16	100	0	80	50	0	5	45	1.23
8570928--8570976	16	2.6	20	72	27	61	46	2	4	46	1.33
8570951--8571115	90	1.8	90	93	0	285	44	5	12	36	1.66
8572501--8572542	14	3.0	14	92	0	66	26	26	7	40	1.81
8574766--8574821	21	2.7	21	97	0	103	14	23	46	16	1.83
8575186--8575229	14	3.2	13	87	6	52	36	4	11	47	1.60
8575192--8575232	14	3.0	14	89	3	57	31	9	9	48	1.69
8577102--8577152	26	2.0	26	88	11	79	35	3	3	56	1.36
8577324--8577362	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
8577539--8577599	20	2.9	21	87	7	79	18	26	34	21	1.96
8585541--8585614	3	25.0	3	73	13	64	33	1	1	63	1.11
8590832--8591211	55	6.9	55	90	0	584	35	10	18	34	1.86
8594065--8594117	17	3.1	17	88	0	79	41	5	15	37	1.70
8594065--8594135	34	2.1	34	83	0	88	40	9	14	35	1.79
8600479--8600738	108	2.4	108	88	0	385	35	17	15	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8600481--8600738	54	4.8	54	84	1	331	35	17	15	31	1.91
8606827--8606882	22	2.7	21	78	8	62	41	16	14	28	1.87
8607214--8607473	54	4.8	53	82	5	270	34	17	16	32	1.92
8607216--8607423	108	1.9	108	91	0	335	34	17	16	32	1.92
8607227--8607473	108	2.3	108	85	1	325	34	17	15	31	1.92
8613592--8613632	16	2.7	15	82	17	50	24	12	0	63	1.28
8623770--8623814	20	2.2	20	96	0	81	57	17	13	11	1.64
8633020--8633410	191	2.0	194	97	2	736	31	11	16	40	1.84
8634746--8634798	24	2.2	24	83	6	63	35	24	7	32	1.84
8635894--8635964	31	2.3	31	78	9	74	57	1	21	19	1.48
8638487--8638845	180	2.0	180	97	0	682	30	18	23	27	1.98
8640342--8640379	19	2.0	20	89	5	60	44	13	13	28	1.81
8664436--8664493	25	2.3	25	85	5	82	10	15	13	60	1.59
8669330--8669368	13	3.0	13	88	0	51	23	15	23	38	1.92
8669437--8669466	13	2.3	13	94	0	51	30	20	6	43	1.77
8669313--8669517	98	2.1	97	81	6	227	30	17	18	34	1.94
8672379--8672419	17	2.4	17	100	0	82	34	12	17	36	1.87
8676236--8676276	21	2.0	21	95	0	73	31	24	12	31	1.92
8683008--8683045	2	19.5	2	83	5	51	44	2	0	52	1.14
8685385--8685440	27	2.0	28	86	3	78	62	7	10	19	1.50
8687101--8687141	22	1.9	22	95	5	75	60	9	0	29	1.28
8687886--8687921	2	18.5	2	94	5	65	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8689041--8689168	68	1.9	68	83	3	168	29	25	13	32	1.93
8689607--8689863	57	4.5	57	93	0	433	33	19	10	36	1.86
8690205--8690427	95	2.4	94	81	6	236	27	23	14	34	1.94
8696479--8696623	76	1.9	77	89	1	229	28	20	24	26	1.99
8697214--8697378	60	2.8	60	83	1	206	35	23	4	36	1.75
8697685--8697809	4	31.2	4	81	0	133	50	17	23	8	1.74
8697809--8698289	8	60.1	8	97	0	665	28	0	28	43	1.56
8698040--8698289	4	62.5	4	97	0	473	26	0	25	48	1.52
8699201--8699312	39	2.9	39	83	2	154	29	16	31	23	1.96
8702493--8702537	19	2.4	19	84	0	54	53	4	4	37	1.41
8702664--8702732	25	2.8	24	78	14	77	76	1	5	15	1.04
8702667--8702746	17	4.7	17	73	13	67	75	3	5	16	1.13
8702741--8702798	23	2.5	22	83	13	73	68	6	8	15	1.36
8702738--8702788	23	2.4	21	87	12	77	72	5	5	15	1.24
8704729--8704963	83	2.8	83	85	2	283	25	19	22	32	1.97
8707174--8707232	30	2.0	30	84	12	79	54	11	11	22	1.69
8707636--8707989	174	2.0	174	97	0	672	28	17	16	36	1.93
8715503--8715541	19	2.1	19	85	0	51	53	2	5	38	1.37
8715679--8715749	25	2.8	25	79	10	74	74	2	4	18	1.10
8715605--8715749	6	22.8	6	71	20	66	74	3	5	16	1.14
8715732--8715786	23	2.5	23	85	11	71	72	5	3	18	1.18
8718057--8718129	18	3.7	18	70	15	56	53	0	1	45	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8720512--8720734	54	4.1	54	90	0	367	32	13	27	26	1.94
8721539--8722164	123	5.1	123	88	2	807	38	16	18	25	1.92
8722298--8722329	8	3.9	8	92	8	55	34	0	0	65	0.93
8722292--8722331	3	14.0	3	84	10	57	32	0	0	67	0.91
8733301--8733744	222	2.0	222	99	0	872	46	19	8	25	1.78
8735359--8735425	28	2.4	28	97	0	125	31	23	13	31	1.93
8735478--8735531	26	2.1	26	100	0	108	35	7	14	42	1.74
8738169--8738219	22	2.2	24	83	16	72	68	3	0	27	1.07
8738249--8738357	29	3.6	30	83	4	132	41	9	12	36	1.75
8738810--8738853	17	2.4	18	81	11	54	52	2	0	45	1.13
8738781--8738921	50	2.9	49	75	12	128	48	0	2	48	1.18
8738884--8738922	19	2.1	19	85	9	53	48	0	0	51	1.00
8740558--8741271	228	3.1	229	96	1	1325	44	7	8	39	1.63
8741507--8741549	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
8743747--8743790	21	2.1	21	91	0	70	40	11	31	15	1.83
8743824--8743889	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
8745679--8745727	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
8745846--8747416	199	7.9	200	96	0	2868	36	14	17	31	1.90
8745846--8747416	399	3.9	399	97	0	2916	36	14	17	31	1.90
8748879--8748940	18	3.4	18	73	8	63	38	9	33	17	1.83
8748882--8748970	21	4.0	23	75	10	69	37	7	33	21	1.82
8748894--8748974	3	27.0	3	75	0	72	35	6	34	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8748882--8748958	36	2.1	36	87	0	109	36	9	33	20	1.85
8748890--8748970	12	6.8	12	84	0	81	35	7	34	22	1.82
8750442--8750967	183	2.9	182	93	1	865	35	14	16	33	1.89
8751637--8751701	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
8752044--8752116	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
8752540--8752576	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
8752532--8752578	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
8752955--8753041	39	2.2	39	91	0	147	48	19	13	18	1.81
8753463--8753535	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
8753892--8753964	23	3.2	23	84	0	92	35	4	20	39	1.72
8753260--8754314	429	2.5	430	98	0	2031	42	7	11	38	1.70
8754110--8754176	30	2.2	29	82	10	73	52	4	0	43	1.21
8755806--8755834	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8757747--8757782	15	2.5	15	90	4	56	63	0	2	33	1.08
8767426--8767455	15	2.1	15	93	6	53	26	33	0	40	1.57
8780323--8780424	17	5.8	17	74	11	80	43	10	9	36	1.73
8780323--8780416	36	2.6	34	85	6	107	42	10	9	37	1.72
8780368--8780419	18	2.8	20	83	16	67	46	13	5	34	1.67
8785714--8785796	39	2.2	38	88	2	121	50	10	13	25	1.73
8792110--8792154	20	2.2	20	84	7	56	31	11	17	40	1.85
8796105--8796163	31	1.9	31	92	0	100	30	18	25	25	1.98
8801196--8801227	12	2.6	13	85	14	50	25	0	0	75	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8806963--8807023	30	2.0	30	100	0	122	24	16	6	52	1.67
8809399--8809494	33	2.9	33	95	0	174	29	26	18	26	1.98
8813262--8813291	15	2.0	15	100	0	60	53	26	0	20	1.46
8814298--8814350	22	2.4	22	93	6	90	35	28	13	22	1.92
8817701--8817731	16	1.9	16	100	0	62	25	19	12	41	1.87
8819566--8819618	22	2.4	22	93	6	90	35	28	13	22	1.92
8830744--8830780	14	2.6	15	83	12	51	35	0	2	62	1.10
8830744--8830794	14	3.8	13	80	12	50	37	1	1	58	1.20
8832626--8832661	14	2.6	14	87	12	56	33	13	0	52	1.41
8832999--8833078	3	26.3	3	87	2	70	45	0	0	55	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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