genome.fa.s9605.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009605.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9158330

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

This is table  34  of  35  ( 4090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8834460--8834503	23	1.9	23	86	9	63	36	4	2	56	1.32
8838508--8838552	15	2.9	15	93	3	72	31	22	6	40	1.80
8838592--8838616	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
8845908--8845966	9	6.6	9	79	13	68	83	0	16	0	0.66
8845904--8845965	24	2.7	23	85	14	83	82	0	17	0	0.67
8845906--8845967	33	1.9	31	90	6	97	82	0	17	0	0.67
8845906--8845966	26	2.4	26	86	8	81	83	0	16	0	0.64
8847091--8847736	83	7.7	83	94	2	1076	26	12	23	37	1.90
8847091--8847736	167	3.8	167	95	2	1114	26	12	23	37	1.90
8847091--8847736	250	2.6	250	94	2	1123	26	12	23	37	1.90
8847566--8847766	92	2.2	92	87	2	287	29	13	21	35	1.92
8848499--8850601	113	18.7	113	95	0	3677	35	15	18	30	1.92
8848736--8848780	24	1.9	23	82	13	56	48	6	26	17	1.72
8849414--8849458	24	1.9	23	82	13	56	48	6	26	17	1.72
8850414--8850477	20	3.2	20	64	24	53	51	6	23	18	1.69
8850529--8850584	17	3.2	17	68	26	53	48	8	25	17	1.76
8850837--8850907	3	23.3	3	85	2	79	42	0	0	57	0.98
8850834--8850915	9	9.3	9	77	7	62	42	0	0	57	0.98
8852284--8852336	23	2.2	23	83	10	61	43	3	0	52	1.19
8858835--8858860	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
8863619--8863668	15	3.1	16	75	13	50	38	14	0	48	1.44
8869391--8869421	9	3.4	9	90	0	53	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8869461--8869534	16	4.7	15	75	14	60	35	2	1	60	1.19
8869537--8869570	15	2.3	15	100	0	68	11	5	0	82	0.83
8872949--8872988	21	1.9	21	84	0	53	30	30	22	17	1.97
8873684--8873728	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
8885879--8886085	110	1.9	110	88	2	317	35	24	18	21	1.95
8887517--8887555	2	20.0	2	89	5	62	46	2	0	51	1.14
8887566--8887676	15	7.5	14	71	22	59	27	4	0	66	1.17
8887657--8887696	19	2.1	19	85	0	53	20	0	7	72	1.08
8898278--8898317	21	1.9	21	94	0	71	27	15	17	40	1.89
8901617--8901662	19	2.5	17	89	10	65	30	13	26	30	1.93
8902104--8902586	118	4.1	116	83	5	505	36	12	23	28	1.91
8902104--8902586	58	8.3	58	80	8	491	36	12	23	28	1.91
8907319--8907366	23	2.1	23	96	0	87	27	25	6	41	1.79
8911954--8911997	23	1.9	23	95	0	79	29	25	9	36	1.86
8913184--8913224	21	2.0	21	85	0	55	41	0	2	56	1.13
8914461--8915118	137	4.7	138	78	7	580	24	19	32	22	1.97
8914699--8915179	149	3.3	148	78	11	508	25	20	31	22	1.98
8914580--8915179	286	2.1	285	84	5	766	25	20	32	22	1.98
8917892--8917918	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8918966--8919009	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
8921296--8921417	61	2.0	61	95	0	217	22	13	12	50	1.75
8922446--8922560	51	2.3	51	92	3	187	36	5	8	49	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8924140--8924186	21	2.2	21	82	10	60	2	42	6	48	1.40
8924143--8924184	12	3.6	12	93	3	68	2	42	7	47	1.43
8925702--8925787	24	3.6	24	77	3	75	44	15	13	26	1.84
8926530--8926589	31	1.9	31	89	0	93	35	26	30	8	1.86
8926658--8926745	24	3.7	24	75	6	88	43	17	13	26	1.86
8932002--8932049	13	3.7	13	80	8	62	29	18	14	37	1.91
8932038--8932182	77	1.9	77	81	8	179	32	22	17	27	1.96
8935974--8935998	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
8938232--8938274	16	2.7	16	96	0	77	34	2	25	37	1.69
8938232--8938279	16	3.0	16	87	6	71	33	2	25	39	1.67
8942496--8942575	29	2.8	29	96	0	142	31	13	18	36	1.90
8955729--8955771	20	2.1	21	87	8	63	13	16	0	69	1.19
8958769--8958836	25	2.8	25	93	2	111	30	19	42	7	1.78
8959011--8959061	24	2.1	24	85	7	68	23	1	13	60	1.43
8960565--8960697	65	2.0	65	88	5	198	21	6	17	54	1.66
8962471--8962651	86	2.1	87	85	2	249	42	11	16	29	1.83
8962491--8962669	86	2.1	86	85	2	234	39	13	17	29	1.88
8970044--8970293	87	2.9	86	86	3	333	35	24	21	18	1.95
8970044--8970293	130	1.9	130	86	4	362	35	24	21	18	1.95
8970044--8970294	43	5.8	43	87	3	317	35	24	21	17	1.95
8976991--8977029	19	2.0	20	95	5	71	20	30	25	23	1.98
8988356--8988403	22	2.2	22	100	0	96	33	12	22	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8990925--8991120	4	47.2	4	66	18	89	64	3	5	27	1.29
8990925--8991088	19	8.6	19	72	18	119	65	3	5	26	1.29
8990978--8991120	23	6.5	22	76	12	127	65	3	3	27	1.25
8990999--8991129	35	3.8	34	76	15	110	63	3	5	27	1.33
8999751--9000903	182	6.4	182	85	5	1547	44	13	15	27	1.83
8999751--9000903	364	3.2	357	90	3	1791	44	13	15	27	1.83
9001648--9001718	3	22.7	3	81	5	79	2	32	0	64	1.08
9005619--9005663	19	2.4	19	100	0	90	44	4	26	24	1.72
9012231--9012329	3	29.3	3	79	11	72	59	1	37	2	1.16
9012239--9012327	15	6.3	14	77	14	94	58	1	38	2	1.18
9012239--9012293	22	2.5	22	100	0	110	54	0	41	3	1.18
9012230--9012329	22	4.5	23	85	7	100	59	1	38	2	1.16
9014368--9014407	17	2.4	17	100	0	80	35	15	22	27	1.94
9016617--9016910	54	5.4	54	85	4	378	35	21	16	26	1.94
9016617--9016910	107	2.7	108	86	2	394	35	21	16	26	1.94
9022466--9022503	19	2.0	19	100	0	76	31	10	21	36	1.87
9023080--9023135	20	2.7	20	83	5	67	37	14	19	28	1.91
9023456--9023637	54	3.4	54	85	0	256	35	20	16	28	1.94
9024356--9024460	54	1.9	54	90	0	165	28	19	12	40	1.87
9033168--9033219	19	2.7	20	84	6	70	30	23	26	19	1.98
9033239--9033296	20	2.8	20	82	12	64	22	20	32	24	1.98
9033376--9033435	31	2.0	31	96	3	113	43	18	3	35	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9036230--9036299	34	2.1	32	84	5	86	22	28	15	32	1.95
9036672--9036757	20	4.3	20	92	0	73	34	23	23	18	1.96
9036777--9036834	20	2.8	20	82	12	64	22	20	32	24	1.98
9037162--9037255	23	4.2	22	75	15	104	23	17	25	34	1.96
9053698--9053960	42	6.3	41	92	0	393	20	17	24	37	1.94
9053719--9053956	21	11.4	22	66	18	118	20	17	23	38	1.93
9053698--9053963	84	3.2	84	91	1	437	21	18	24	36	1.94
9054583--9054617	6	5.8	6	96	0	61	0	17	62	20	1.32
9054702--9055240	6	90.5	6	77	6	398	0	22	53	23	1.52
9054775--9054849	38	2.0	38	94	0	132	2	28	52	17	1.58
9057430--9057533	26	4.0	26	97	0	190	36	11	21	30	1.89
9057832--9057869	18	2.0	19	85	10	51	21	13	34	31	1.91
9058703--9058744	2	21.0	2	95	0	75	52	0	0	47	1.00
9063024--9063050	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
9067042--9067089	19	2.5	19	83	10	53	33	12	2	52	1.51
9070780--9070808	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
9070937--9070977	12	3.2	13	83	13	50	56	2	0	41	1.13
9072925--9073040	39	3.0	39	94	0	214	15	27	17	39	1.90
9074923--9075002	35	2.3	35	93	4	135	45	25	0	30	1.54
9074924--9075018	35	2.7	35	87	6	104	43	28	1	27	1.62
9075501--9075790	147	2.0	148	87	1	420	47	9	5	36	1.60
9075973--9076047	35	2.1	35	92	0	123	34	1	20	44	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9080560--9080593	10	3.4	10	91	0	50	47	8	35	8	1.66
9083032--9083096	27	2.4	27	89	5	96	44	15	10	29	1.80
9083149--9083189	16	2.6	16	88	3	57	29	21	12	36	1.90
9091967--9092076	22	5.0	22	79	0	94	36	23	13	26	1.92
9101094--9101154	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
9103124--9103169	21	2.2	21	84	0	56	21	21	8	47	1.77
9113720--9113769	21	2.5	20	84	9	68	28	18	28	26	1.98
9119698--9119816	62	1.9	62	82	3	150	35	14	15	34	1.88
9121562--9121623	33	1.9	32	83	9	81	35	11	22	30	1.89
9129236--9129411	91	1.9	90	93	1	298	38	10	6	44	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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