genome.fa.s9605.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009605.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9158330

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7937083--7937107	6	4.2	6	100	0	50	0	0	68	32	0.90
7937574--7937629	27	2.1	27	86	3	78	39	0	10	50	1.37
7940639--7940758	42	2.9	42	96	0	222	15	20	19	45	1.86
7940947--7940993	21	2.3	20	85	3	58	51	0	0	48	1.00
7940972--7941109	54	2.4	55	79	12	147	47	0	1	50	1.15
7941294--7941363	20	3.5	20	92	0	122	37	14	8	40	1.76
7941346--7941427	15	5.5	15	85	2	103	37	19	4	37	1.73
7942359--7942666	94	3.3	94	93	2	514	38	14	8	38	1.77
7942580--7942847	81	3.1	81	83	14	349	37	14	9	38	1.79
7942487--7942846	175	2.1	173	92	2	596	37	15	8	38	1.79
7942674--7942845	94	1.8	94	96	0	317	37	16	9	36	1.81
7942793--7942909	37	3.4	36	66	23	88	41	11	7	38	1.71
7943700--7943746	3	15.7	3	79	16	53	2	27	0	70	0.99
7943702--7943745	21	2.0	22	87	12	65	2	25	0	72	0.96
7943702--7943745	15	3.0	15	90	9	65	2	25	0	72	0.96
7946022--7946076	25	2.2	25	80	6	67	32	7	1	58	1.36
7946298--7946323	9	2.9	9	100	0	52	0	0	11	88	0.52
7951447--7951577	44	2.9	45	93	2	228	30	22	7	38	1.82
7955003--7955075	20	3.2	24	63	29	59	30	21	8	39	1.83
7954945--7955075	44	2.9	45	93	2	228	30	22	7	38	1.82
7955197--7955311	59	1.9	59	87	0	167	30	23	16	29	1.96
7957139--7957229	30	3.1	29	76	16	78	35	15	7	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7958411--7959358	36	26.0	36	84	5	1136	22	18	17	42	1.89
7958411--7959358	108	8.7	107	87	4	1277	22	18	17	42	1.89
7958966--7959061	49	2.0	49	91	0	156	19	25	12	42	1.86
7958930--7959097	85	2.0	85	91	0	273	20	22	14	42	1.89
7970903--7971061	64	2.5	64	89	4	232	32	22	15	30	1.94
7970920--7971081	64	2.5	65	86	4	213	31	24	15	29	1.95
7976851--7976953	44	2.3	44	86	3	136	28	20	21	30	1.98
7977435--7977477	12	3.3	12	83	9	50	34	9	6	48	1.62
7977439--7977472	12	2.7	13	86	4	52	38	11	2	47	1.55
7979540--7979697	64	2.5	64	87	4	203	33	21	12	32	1.91
7979578--7979718	64	2.2	65	84	3	187	31	22	13	31	1.93
7983553--7983594	13	3.3	13	86	6	68	16	21	45	16	1.86
7983533--7983561	7	4.1	7	100	0	58	27	27	31	13	1.94
7983573--7983608	18	2.0	18	100	0	72	16	16	50	16	1.79
7983557--7983593	12	2.9	13	88	8	58	18	18	45	16	1.85
7983611--7983644	9	3.7	9	88	4	50	32	29	23	14	1.94
7989714--7989743	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
7993144--7993239	21	4.6	21	98	0	183	25	22	13	38	1.91
8008056--8008135	22	3.6	22	71	6	81	25	16	20	38	1.92
8009009--8009115	54	2.0	53	98	1	205	34	16	22	26	1.95
8013227--8013298	10	7.3	10	68	13	51	44	11	2	41	1.54
8013239--8013294	18	3.0	18	80	15	60	42	8	3	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8013366--8013763	8	51.6	8	90	8	616	37	0	0	62	0.96
8015436--8015493	22	2.6	22	94	0	98	24	18	17	39	1.92
8020656--8020920	14	18.9	14	66	23	80	49	3	2	45	1.30
8020738--8020923	2	99.0	2	74	14	137	52	2	1	44	1.23
8020742--8020921	47	3.8	49	73	8	140	52	2	1	43	1.23
8020742--8020921	49	3.7	49	73	8	129	52	2	1	43	1.23
8020951--8021184	117	2.0	111	88	12	337	29	19	15	36	1.92
8021231--8021336	53	2.0	54	98	1	205	35	1	6	55	1.37
8023441--8023481	20	2.0	20	85	0	55	14	2	4	78	1.03
8024500--8024538	16	2.4	17	95	4	71	23	5	41	30	1.76
8027041--8028340	106	12.3	106	97	0	2305	33	25	19	22	1.97
8030955--8030994	19	2.1	19	85	0	53	15	2	5	77	1.04
8031410--8031449	2	20.0	2	84	0	53	45	2	5	47	1.38
8031604--8031635	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8032435--8032472	6	6.5	6	90	3	60	47	13	2	36	1.56
8032948--8032977	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8034107--8034156	20	2.5	20	100	0	100	32	0	28	40	1.57
8035803--8035851	20	2.6	19	81	15	50	67	0	2	30	1.02
8035820--8035858	13	2.9	13	82	17	53	69	0	0	30	0.89
8036654--8036739	42	2.0	42	93	0	145	27	11	15	45	1.80
8040599--8040757	31	5.3	31	60	17	84	28	21	11	38	1.89
8040294--8040759	177	2.7	171	85	7	593	28	20	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8040299--8040759	59	7.9	59	82	6	537	28	20	13	37	1.90
8041078--8041122	22	2.0	23	95	4	83	26	26	13	33	1.93
8041071--8041288	93	2.3	95	83	3	262	27	24	15	32	1.95
8041255--8041328	20	3.7	20	100	0	148	25	28	16	29	1.97
8044464--8044498	13	2.7	13	100	0	70	85	0	14	0	0.59
8058987--8059051	18	3.6	18	91	0	103	21	6	21	50	1.70
8061351--8061479	61	2.1	61	82	0	159	30	17	25	27	1.97
8065942--8066406	229	2.0	233	97	2	884	30	18	12	38	1.87
8070009--8070068	24	2.5	25	78	8	70	33	15	13	38	1.86
8073366--8073432	32	2.1	32	86	5	91	41	11	22	23	1.87
8073349--8073588	77	3.0	75	79	13	187	38	12	23	25	1.90
8073401--8073649	135	1.8	136	88	2	385	39	12	22	26	1.88
8073398--8073652	45	5.6	45	87	0	330	40	11	21	25	1.87
8079797--8079998	97	2.1	95	81	5	228	42	11	18	26	1.85
8080472--8080541	24	3.0	23	72	19	65	38	11	20	30	1.87
8080427--8080700	45	6.1	45	87	1	361	39	11	22	26	1.88
8084363--8084403	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
8086405--8086447	17	2.5	17	76	0	50	30	13	11	44	1.80
8086439--8086578	17	8.1	17	73	13	90	36	15	9	38	1.80
8089470--8089586	17	6.8	17	71	9	76	38	12	8	40	1.74
8090280--8090318	12	3.2	13	85	7	55	43	0	0	56	0.99
8102003--8102063	2	31.0	2	96	3	115	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8104934--8104983	22	2.3	22	96	0	91	40	12	16	32	1.84
8105936--8105991	24	2.3	24	87	6	78	33	19	12	33	1.89
8111229--8111468	118	2.0	118	92	1	401	32	10	19	38	1.85
8112587--8112818	56	4.1	56	83	5	277	29	15	24	30	1.96
8140313--8140362	22	2.2	23	85	3	66	20	22	18	40	1.92
8156825--8156982	35	4.6	35	78	3	153	47	17	11	24	1.80
8157005--8157091	35	2.5	35	83	1	113	56	11	8	24	1.61
8165601--8165639	21	1.9	21	89	5	62	23	41	0	35	1.55
8169185--8169223	21	1.9	21	89	5	62	23	41	0	35	1.55
8171431--8171682	132	1.9	132	90	0	405	29	19	17	32	1.95
8172234--8172283	2	26.0	2	82	8	59	52	0	2	46	1.12
8172372--8172401	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8173827--8173871	9	4.8	9	81	10	54	55	2	0	42	1.12
8173796--8173879	32	2.9	27	80	15	87	59	1	0	39	1.05
8174094--8174452	139	2.6	139	83	4	431	27	18	14	39	1.90
8174482--8174803	113	2.9	113	90	3	483	28	20	13	37	1.91
8175173--8175229	22	2.5	23	76	21	66	38	10	15	35	1.82
8176490--8176736	75	3.3	74	84	5	300	30	22	15	31	1.95
8180036--8180073	9	4.3	9	80	6	51	0	18	0	81	0.69
8180036--8180099	12	5.4	12	77	18	55	1	23	0	75	0.90
8180038--8180100	13	4.8	13	79	14	67	1	23	0	74	0.90
8180398--8180450	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8183444--8183530	43	2.0	44	86	2	122	35	24	10	29	1.88
8184777--8184842	28	2.5	26	85	9	80	60	0	4	34	1.17
8185430--8185470	18	2.3	18	86	0	55	65	2	0	31	1.05
8186927--8187004	3	27.0	3	75	10	56	61	1	0	37	1.04
8186927--8186986	11	5.2	12	75	15	56	60	0	0	40	0.97
8192494--8192666	90	1.9	89	94	1	301	43	6	10	38	1.66
8196479--8196537	25	2.3	26	97	2	111	27	3	28	40	1.72
8196725--8196787	26	2.4	26	94	0	108	33	7	14	44	1.74
8212459--8212498	17	2.4	17	100	0	80	22	25	40	12	1.89
8212492--8212551	26	2.3	26	94	0	111	26	18	38	16	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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