genome.fa.s9605.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009605.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9158330

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2302778--2302838	15	4.5	15	71	26	64	39	4	0	55	1.21
2302778--2302865	36	2.4	38	94	3	153	37	6	0	55	1.27
2304645--2304701	28	2.0	28	89	0	87	28	22	17	31	1.97
2312325--2312368	19	2.4	19	81	7	56	54	2	0	43	1.12
2312312--2312372	17	3.4	18	77	11	54	54	1	0	44	1.10
2312306--2312413	33	3.2	34	80	11	98	61	3	0	35	1.14
2312310--2312383	34	2.3	33	80	13	91	59	1	0	39	1.06
2313169--2313300	71	1.9	71	95	0	237	21	16	30	31	1.95
2313819--2313844	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2315122--2315640	257	2.0	257	96	0	966	32	14	16	36	1.89
2315966--2316009	21	2.1	21	82	0	52	27	2	9	61	1.38
2316680--2316723	12	3.6	13	82	11	58	25	13	0	61	1.32
2318585--2318628	3	14.7	3	81	9	54	36	0	0	63	0.95
2318586--2318637	18	2.9	18	86	11	63	36	1	0	61	1.07
2328016--2328069	4	13.8	4	79	14	51	22	5	0	72	1.05
2328005--2328075	25	2.8	25	78	20	67	22	8	1	67	1.25
2332821--2332951	47	2.8	48	86	2	192	27	17	17	37	1.92
2332867--2333294	113	3.8	113	91	1	637	27	21	18	32	1.97
2333214--2333336	46	2.6	48	84	5	178	28	20	18	32	1.96
2333092--2333652	159	3.5	159	91	1	874	28	21	18	32	1.96
2333364--2333495	46	2.8	47	90	3	212	28	19	18	33	1.96
2332798--2333608	272	3.0	269	78	14	942	27	21	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2333523--2333682	48	3.3	48	82	6	182	28	21	16	33	1.95
2339902--2339931	14	2.1	14	93	0	51	16	26	20	36	1.93
2342242--2342317	6	12.7	6	95	0	125	50	3	0	46	1.20
2342242--2342317	8	9.5	8	94	0	125	50	3	0	46	1.20
2344500--2344677	64	2.8	63	78	10	180	26	17	25	29	1.97
2344518--2344677	65	2.5	65	84	3	198	27	16	25	30	1.96
2344527--2344726	65	3.1	65	78	13	191	27	17	25	30	1.97
2349871--2349909	15	2.6	15	100	0	78	17	28	12	41	1.87
2351683--2351845	65	2.5	64	84	3	220	26	15	26	30	1.96
2351793--2351843	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
2351687--2351894	65	3.2	65	81	12	207	26	17	25	29	1.97
2352458--2352575	15	7.9	15	72	16	50	46	5	4	44	1.45
2352432--2352489	18	3.1	18	81	18	66	46	5	1	46	1.35
2352455--2352500	18	2.5	17	83	13	56	47	4	0	47	1.21
2352533--2352575	13	3.2	13	86	6	59	48	6	4	39	1.51
2352563--2352705	75	1.9	75	94	0	250	46	2	7	44	1.44
2352686--2352724	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2353032--2353104	20	3.7	19	87	8	101	50	5	2	41	1.40
2353038--2353104	19	3.2	21	83	10	93	49	5	2	41	1.42
2353038--2353095	2	28.5	2	77	10	55	48	5	3	43	1.42
2353151--2353193	14	3.1	14	74	12	52	51	25	0	23	1.49
2353353--2353392	20	2.0	20	90	0	62	45	5	10	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2353325--2353458	55	2.4	55	83	2	162	42	9	6	41	1.64
2353374--2353408	13	2.6	13	90	4	52	48	8	2	40	1.49
2353453--2353543	21	4.3	20	71	16	76	40	6	7	45	1.59
2353588--2353677	21	4.2	20	81	17	101	48	0	1	50	1.08
2353589--2353673	6	15.3	6	79	18	80	49	0	1	49	1.08
2353588--2353677	15	6.3	15	78	19	95	48	0	1	50	1.08
2353588--2353677	44	2.1	42	86	12	121	48	0	1	50	1.08
2353607--2353701	29	3.6	27	85	12	117	48	0	1	50	1.07
2354461--2354543	18	4.6	18	73	0	67	40	36	9	13	1.77
2354472--2354528	30	1.9	30	85	0	78	42	31	12	14	1.82
2354515--2354560	18	2.6	18	80	13	58	43	39	6	10	1.66
2357249--2357287	19	2.1	19	85	4	53	7	10	20	61	1.52
2357744--2357778	11	3.1	11	84	8	52	37	8	5	48	1.58
2358015--2358068	23	2.3	24	96	3	101	48	9	0	42	1.35
2375834--2375881	24	2.0	25	84	8	64	43	16	6	33	1.73
2388954--2388993	15	2.7	15	96	3	73	12	15	25	47	1.80
2391467--2391507	20	2.0	20	90	0	64	24	17	19	39	1.92
2399247--2399284	18	2.1	18	100	0	76	36	5	18	39	1.73
2401665--2401714	3	17.7	3	88	12	79	66	0	0	34	0.92
2401669--2401717	11	4.5	11	87	10	64	67	0	0	32	0.91
2401665--2401714	19	2.5	20	96	3	93	66	0	0	34	0.92
2401652--2401714	25	2.5	25	89	2	90	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2402287--2403044	113	6.7	113	89	1	1063	26	19	15	38	1.91
2402031--2403028	226	4.4	226	87	4	1300	26	20	14	38	1.91
2402031--2403044	340	3.0	339	85	4	1334	26	19	15	38	1.92
2404395--2404429	18	1.9	18	100	0	70	57	5	5	31	1.46
2412106--2412137	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
2415427--2415482	28	2.0	29	85	3	78	57	1	7	33	1.37
2416214--2416262	20	2.5	20	72	21	50	46	2	0	51	1.12
2417580--2417646	3	22.7	3	79	8	75	67	0	1	31	1.00
2417567--2417647	9	8.9	10	75	18	63	62	0	1	35	1.03
2419338--2419379	22	1.9	22	85	0	57	23	4	40	30	1.75
2424700--2424738	20	2.0	20	89	0	60	48	0	5	46	1.24
2439187--2439240	20	2.5	22	79	11	67	31	16	25	25	1.97
2450098--2450147	21	2.4	21	82	0	64	28	22	16	34	1.95
2450407--2450450	21	2.1	21	100	0	88	47	0	18	34	1.49
2453373--2453406	7	5.0	7	92	3	52	0	41	2	55	1.15
2460726--2460780	21	2.6	21	79	0	65	25	12	21	40	1.89
2462300--2462414	53	2.2	53	91	1	185	32	18	16	33	1.93
2462822--2463153	59	5.6	59	92	0	547	35	11	21	31	1.89
2463870--2463984	53	2.2	53	88	1	167	34	19	13	32	1.91
2464393--2464724	59	5.6	59	90	0	520	35	11	21	31	1.88
2465125--2465178	26	2.2	23	81	12	63	27	0	12	59	1.34
2467898--2467922	13	1.9	13	100	0	50	12	8	0	80	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2468003--2468047	18	2.6	17	83	13	56	15	13	0	71	1.15
2468001--2468047	17	2.7	17	81	12	60	14	12	0	72	1.13
2470441--2470864	106	4.0	106	89	1	627	22	18	23	35	1.95
2471447--2471551	49	2.2	48	96	3	201	35	14	23	26	1.93
2471768--2471844	36	2.1	38	87	4	113	36	15	22	25	1.93
2472331--2472365	17	2.0	18	88	5	54	42	31	8	17	1.79
2473426--2473476	19	2.8	17	73	21	50	1	15	1	80	0.89
2473406--2473460	21	2.7	20	80	13	58	1	16	5	76	1.06
2473429--2473467	21	1.9	20	84	5	51	2	15	2	79	0.95
2475743--2475796	18	3.1	17	77	17	65	79	7	12	0	0.92
2475743--2475786	20	2.2	20	92	8	72	81	6	11	0	0.86
2476734--2476768	18	1.9	18	94	0	61	60	17	5	17	1.55
2476903--2476974	37	1.9	37	85	0	99	26	20	12	40	1.88
2477592--2478015	106	4.0	106	92	0	668	35	23	18	22	1.96
2479459--2479535	20	3.8	20	71	19	77	35	2	9	53	1.47
2479070--2479958	472	1.9	472	100	0	1778	26	13	11	48	1.76
2481163--2481210	21	2.3	21	82	7	53	18	4	4	72	1.17
2481184--2481225	14	3.1	14	81	18	54	21	2	0	76	0.90
2481178--2481226	21	2.4	21	86	10	66	22	2	0	75	0.90
2484590--2484637	20	2.3	21	86	13	73	79	6	12	2	1.01
2484582--2484644	16	3.8	16	75	24	67	77	7	11	3	1.08
2486126--2486207	33	2.5	33	97	0	155	29	28	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486260--2486362	36	2.9	36	91	0	170	26	23	13	36	1.92
2487118--2487543	106	4.0	106	89	1	604	35	23	18	23	1.96
2488995--2489025	2	15.5	2	93	0	53	51	0	0	48	1.00
2489122--2489198	4	18.5	4	74	19	52	19	6	1	72	1.13
2489120--2489152	15	2.2	15	89	10	50	15	3	0	81	0.80
2490279--2490336	20	2.8	21	82	10	75	24	1	0	74	0.92
2490279--2490325	10	4.7	10	86	7	69	21	0	0	78	0.75
2494635--2494710	36	2.1	36	87	5	107	27	19	13	39	1.89
2494885--2494956	37	1.9	37	85	0	99	26	20	12	40	1.88
2495574--2496000	106	4.0	106	90	0	638	34	23	18	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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