genome.fa.s9605.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009605.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116989_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9158330

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2067760--2067918	38	4.1	36	73	18	124	46	3	3	46	1.36
2068003--2068072	2	34.5	2	75	13	63	51	2	2	42	1.31
2067984--2068026	11	3.9	11	75	0	50	39	4	6	48	1.51
2068051--2068164	51	2.2	52	80	4	149	35	7	3	52	1.48
2068176--2068362	15	12.1	15	68	25	90	36	4	2	56	1.33
2068154--2068317	26	6.3	26	72	15	74	36	4	3	56	1.35
2068179--2068252	20	3.7	21	79	15	77	41	1	2	54	1.23
2068219--2068266	25	2.0	24	87	4	69	41	8	0	50	1.33
2068175--2068317	17	8.8	16	68	26	63	37	4	2	55	1.31
2068289--2068380	22	4.1	22	74	16	82	35	4	2	57	1.31
2068175--2068370	39	5.2	39	75	14	137	37	4	2	56	1.32
2068267--2068380	38	3.0	37	77	15	117	35	4	2	57	1.32
2068387--2068502	9	11.5	10	67	20	55	47	4	1	46	1.32
2068352--2068527	22	8.4	22	73	13	104	47	3	2	46	1.34
2068469--2068565	22	4.7	20	77	14	106	45	4	2	48	1.33
2068469--2068565	42	2.3	42	84	10	119	45	4	2	48	1.33
2068177--2068529	2	186.0	2	62	24	63	41	4	2	51	1.35
2071452--2071480	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
2075792--2075879	23	4.3	19	85	8	70	18	29	29	22	1.97
2075815--2075899	23	3.7	23	90	1	127	21	24	31	22	1.98
2081399--2081434	11	3.4	11	88	3	56	11	22	8	58	1.59
2095097--2095276	92	2.0	92	92	1	299	23	17	14	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2099306--2099362	21	2.5	22	80	8	62	19	3	5	71	1.19
2119170--2119204	18	1.9	18	94	0	61	60	0	28	11	1.32
2119502--2119806	157	1.9	157	95	0	547	26	23	17	33	1.96
2124487--2124531	20	2.2	20	100	0	90	26	8	15	48	1.74
2129497--2129564	23	3.0	23	91	0	109	32	23	25	19	1.97
2135423--2135487	10	6.6	10	75	16	55	0	9	12	78	0.96
2135437--2135486	11	4.6	11	83	11	59	0	10	10	80	0.92
2135423--2135454	16	1.9	16	93	6	55	0	3	12	84	0.74
2136947--2137008	22	2.9	22	88	4	92	22	24	24	29	1.99
2137047--2137121	22	3.5	22	89	5	109	24	29	16	30	1.96
2140055--2140127	25	3.0	23	77	18	69	73	0	8	17	1.06
2140047--2140115	15	4.5	15	74	18	61	73	0	8	17	1.07
2140185--2140219	16	2.1	17	94	5	63	68	0	2	28	1.04
2140410--2140447	19	2.0	19	85	10	51	63	0	2	34	1.09
2140457--2140505	23	2.1	24	81	11	57	57	0	8	34	1.29
2140968--2141072	37	2.8	37	88	0	156	29	15	15	40	1.88
2143159--2143190	14	2.3	14	94	0	55	65	0	3	31	1.08
2143605--2143662	26	2.3	24	79	5	62	41	18	13	25	1.88
2143973--2144059	38	2.3	38	90	2	131	12	10	37	39	1.78
2144043--2144167	63	2.0	64	85	1	171	33	15	29	21	1.94
2144702--2144747	16	2.8	16	83	6	56	30	26	6	36	1.82
2145805--2146010	113	1.8	111	81	6	254	48	7	15	28	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2151770--2151830	10	6.1	10	78	14	63	16	9	18	55	1.67
2151770--2151827	20	2.9	20	84	0	89	15	10	18	55	1.68
2151923--2152045	23	5.3	23	98	0	228	25	13	26	35	1.92
2152666--2152747	38	2.2	38	88	4	121	56	4	3	35	1.39
2152835--2152867	16	2.1	16	94	0	57	48	12	15	24	1.78
2153423--2153506	39	2.2	39	95	0	150	38	32	4	25	1.77
2154619--2154678	24	2.5	24	97	0	111	31	36	11	20	1.88
2174623--2174743	64	1.9	63	84	1	161	34	21	18	25	1.96
2175443--2175481	2	19.5	2	94	0	69	46	0	0	53	1.00
2176376--2176428	23	2.3	23	86	0	70	16	26	28	28	1.97
2178971--2179091	64	1.9	63	86	1	170	36	21	18	23	1.95
2178977--2179132	63	2.5	64	82	5	165	35	23	18	23	1.96
2179772--2179831	26	2.3	25	82	8	66	46	0	6	46	1.29
2179772--2179812	2	22.5	2	81	18	54	48	0	0	51	1.00
2180651--2180719	23	3.0	23	72	8	77	18	24	24	31	1.98
2183082--2183400	137	2.3	135	84	3	397	31	16	14	37	1.89
2189220--2189254	17	2.1	17	88	0	52	0	20	8	71	1.11
2189215--2189284	19	3.7	20	71	13	58	1	20	10	68	1.26
2189724--2189794	3	24.7	3	83	13	96	63	1	0	35	1.03
2189717--2189794	27	2.8	29	90	5	110	61	1	0	37	1.04
2190103--2190732	112	5.7	113	92	5	1043	29	20	12	38	1.89
2192401--2192445	15	2.6	18	86	13	60	55	8	6	28	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192768--2192815	16	3.1	15	77	11	51	4	18	0	77	0.93
2203408--2203444	15	2.7	15	88	12	53	62	8	5	24	1.44
2203435--2203485	18	2.9	17	75	16	50	72	1	0	25	0.95
2203952--2203983	15	2.1	16	94	5	57	50	3	0	46	1.17
2205045--2205112	19	3.6	18	78	7	73	1	19	10	69	1.25
2205048--2205111	18	3.4	18	75	12	58	1	20	9	68	1.25
2205555--2205640	3	29.7	3	90	6	142	65	1	0	33	1.01
2206797--2206879	29	2.8	29	98	1	157	33	2	6	57	1.36
2208981--2209159	87	2.0	89	88	3	263	37	13	10	38	1.79
2210359--2210393	18	1.9	18	94	0	61	28	11	5	54	1.59
2210327--2210502	88	2.0	88	90	0	280	34	7	3	54	1.45
2215016--2215053	5	8.0	5	82	11	53	0	21	0	78	0.74
2215043--2215094	23	2.3	23	90	6	79	9	15	13	61	1.56
2215955--2215984	12	2.6	12	94	5	53	60	10	20	10	1.57
2221502--2221547	23	2.0	23	95	0	83	21	26	23	28	1.99
2224598--2224729	47	2.7	48	82	13	164	18	14	15	50	1.78
2224595--2224735	50	2.9	50	82	12	186	19	13	15	51	1.76
2227086--2227265	65	2.8	64	85	0	234	31	23	17	28	1.97
2227240--2227284	19	2.4	19	100	0	90	26	31	22	20	1.98
2227086--2227265	64	2.8	65	83	4	229	31	23	17	28	1.97
2229493--2229759	90	3.0	90	96	0	471	46	6	8	38	1.61
2238650--2238754	36	2.9	36	84	9	135	38	17	7	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2238804--2238959	66	2.4	66	80	11	185	24	20	14	40	1.90
2238967--2239308	131	2.6	131	84	3	400	26	32	17	23	1.96
2239460--2239506	3	15.0	3	86	8	67	34	2	0	63	1.06
2239466--2239511	23	2.0	23	91	0	74	34	4	0	60	1.16
2241083--2241295	30	7.1	30	82	4	250	18	10	8	61	1.54
2241083--2241295	90	2.4	89	85	7	295	18	10	8	61	1.54
2241978--2242016	16	2.3	17	86	8	53	33	5	5	56	1.43
2242718--2242747	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
2244932--2244962	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2262529--2262554	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2262661--2262721	30	2.0	30	96	0	113	45	8	13	32	1.72
2263449--2263555	40	2.7	38	76	12	110	37	16	2	42	1.63
2263797--2263855	21	2.6	22	80	15	75	42	6	0	50	1.28
2263801--2263872	25	2.8	26	79	14	69	40	5	2	51	1.40
2263799--2263872	27	3.0	25	81	11	75	40	5	2	51	1.39
2265576--2265609	14	2.4	14	85	14	52	17	0	2	79	0.86
2267442--2267480	2	20.5	2	89	10	64	46	0	0	53	1.00
2267441--2267480	13	3.1	13	89	10	64	45	0	0	55	0.99
2267442--2267480	15	2.6	15	100	0	78	46	0	0	53	1.00
2270842--2270872	16	1.9	16	93	0	53	45	3	3	48	1.34
2270842--2270876	17	2.1	16	89	5	52	45	5	2	45	1.41
2271027--2271127	33	3.2	33	64	25	92	38	29	13	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2271006--2271127	60	2.0	60	100	0	244	40	27	13	18	1.87
2272578--2272722	71	2.0	71	98	0	281	31	23	24	21	1.99
2284627--2284720	39	2.3	40	87	5	127	38	37	11	12	1.80
2292659--2292697	16	2.4	17	86	4	53	51	0	2	46	1.14
2299549--2299955	207	2.0	208	90	1	636	30	16	19	33	1.93
2300920--2300992	6	11.8	6	94	5	128	0	64	0	35	0.94
2302560--2302593	14	2.4	14	85	0	50	41	5	11	41	1.66
2302744--2302795	22	2.4	22	80	3	61	42	0	1	55	1.10
2302768--2302804	15	2.4	16	90	4	58	43	0	2	54	1.14
2302787--2302829	23	1.9	22	95	4	77	37	6	0	55	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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