genome.fa.s9611.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009611.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116997_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6671611

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

This is table  10  of  27  ( 3214 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2425993--2426030	16	2.2	17	90	9	60	81	10	5	2	0.94
2427804--2427835	15	2.1	15	100	0	64	6	68	18	6	1.32
2428528--2429697	106	11.0	106	92	0	1860	34	25	18	22	1.96
2430447--2430551	37	2.8	37	86	0	147	40	15	14	30	1.87
2431114--2431199	29	3.0	28	70	14	68	29	3	4	62	1.31
2431188--2431244	17	3.4	17	77	20	57	29	1	1	66	1.12
2431192--2431301	22	5.0	22	71	12	75	30	3	1	64	1.21
2431395--2431450	19	2.8	19	77	15	60	23	10	0	66	1.23
2433377--2433402	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2452851--2452904	18	3.0	18	91	0	90	33	14	12	38	1.85
2456331--2456358	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2462879--2462937	30	2.0	30	90	3	93	22	25	23	28	1.99
2472733--2475421	168	16.0	168	87	1	3756	31	19	25	24	1.98
2472733--2475421	336	8.0	336	91	0	4193	31	19	25	24	1.98
2479321--2479366	18	2.4	19	78	10	58	56	0	0	43	0.99
2480067--2480101	17	2.1	16	94	5	61	25	8	0	65	1.21
2480479--2480531	25	2.1	25	100	0	106	26	33	11	28	1.91
2480931--2481074	69	2.1	69	88	0	207	34	12	18	34	1.88
2481899--2481940	18	2.2	19	83	12	50	28	4	2	64	1.26
2481911--2481965	25	2.2	24	77	6	56	36	1	1	60	1.18
2492314--2492396	27	3.1	27	65	25	77	22	34	3	38	1.72
2492304--2492408	52	2.0	52	100	0	210	22	34	3	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505955--2506005	26	2.0	26	92	0	84	27	7	17	47	1.75
2526985--2527060	27	2.8	27	80	6	73	38	18	19	23	1.93
2539280--2539323	23	2.0	22	86	4	61	29	4	0	65	1.12
2550872--2551435	105	5.4	105	99	0	1092	35	25	17	21	1.95
2553069--2553106	3	13.3	3	83	10	53	31	0	0	68	0.90
2553429--2553472	23	2.0	22	86	4	61	29	4	0	65	1.12
2553739--2553763	9	2.8	9	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2562024--2562049	7	3.7	7	100	0	52	30	30	11	26	1.92
2562194--2562227	7	4.9	7	88	0	50	29	41	11	17	1.85
2568165--2568254	30	3.1	29	67	20	80	45	0	10	44	1.37
2573850--2573899	12	4.1	12	82	14	66	80	0	8	12	0.92
2573850--2573904	13	4.2	13	80	19	62	78	0	7	14	0.96
2573850--2573921	27	2.8	26	83	10	85	77	1	5	15	1.01
2573974--2574008	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
2574105--2574148	15	2.9	15	86	3	52	77	0	2	20	0.88
2575953--2576089	64	2.2	63	80	6	143	23	22	19	34	1.97
2577947--2577971	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2577975--2578015	16	2.6	16	92	7	66	70	4	0	24	1.06
2578022--2578379	37	9.5	37	83	8	334	45	8	3	42	1.52
2578195--2578220	12	2.2	12	100	0	52	46	7	7	38	1.61
2579529--2579736	80	2.6	81	82	3	222	38	19	12	30	1.88
2582580--2582790	108	1.9	110	82	11	261	24	10	20	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2589287--2589402	52	2.3	51	85	7	146	37	3	9	50	1.52
2601150--2601188	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
2610976--2611023	19	2.5	20	86	3	62	12	8	2	77	1.08
2619451--2619543	38	2.4	38	96	0	168	47	15	11	25	1.79
2621869--2621913	17	2.7	17	89	3	65	33	4	4	57	1.38
2627892--2627936	20	2.2	21	88	4	65	57	0	0	42	0.98
2628068--2628094	14	1.9	14	100	0	54	48	22	7	22	1.75
2628676--2628719	6	7.5	6	97	2	81	13	18	18	50	1.79
2630135--2630250	61	1.9	59	81	10	137	20	25	30	23	1.99
2630776--2630838	16	3.9	16	79	6	65	58	0	0	41	0.98
2630793--2630871	30	2.4	32	83	14	90	56	0	0	43	0.99
2635417--2635453	18	2.1	18	89	0	56	43	5	0	51	1.24
2650982--2651022	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
2651093--2651464	128	2.9	128	95	0	674	24	24	19	32	1.97
2652409--2652509	34	3.0	34	82	0	121	37	3	4	53	1.41
2653031--2653100	21	3.3	20	90	5	95	18	27	35	18	1.94
2653104--2653151	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
2654880--2654964	32	2.6	32	79	5	89	58	2	0	38	1.11
2654880--2654955	35	2.3	34	81	6	93	60	1	0	38	1.05
2654908--2654985	34	2.3	34	80	10	88	64	5	0	30	1.15
2656376--2656425	25	2.0	26	88	4	75	36	0	0	64	0.94
2656365--2656431	34	2.1	31	86	8	89	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2656792--2656862	35	2.0	35	91	0	115	50	15	8	25	1.72
2660962--2661008	16	3.0	16	73	14	53	34	0	2	63	1.06
2661338--2661375	17	2.1	18	85	9	51	39	28	0	31	1.57
2686508--2686563	21	2.7	20	74	17	60	37	5	3	53	1.41
2686539--2686611	34	2.2	33	83	9	87	46	2	1	49	1.24
2688308--2688345	19	2.0	20	85	15	53	5	34	0	60	1.19
2689314--2689375	21	3.0	21	90	0	97	22	27	24	25	2.00
2689887--2689932	22	2.1	22	91	0	74	17	23	34	23	1.96
2690592--2690633	19	2.3	19	84	12	52	38	2	4	54	1.34
2690631--2691272	329	2.0	309	80	11	650	42	3	4	49	1.41
2691112--2691170	28	2.1	28	84	3	84	23	3	3	69	1.19
2691113--2691172	27	2.2	27	88	5	86	26	3	3	66	1.23
2692199--2692248	26	1.9	26	88	8	75	30	2	4	64	1.23
2692199--2692262	26	2.5	26	78	9	69	34	1	3	60	1.22
2693079--2693133	27	2.0	27	86	6	76	56	1	0	41	1.10
2693080--2693143	27	2.3	27	81	8	74	59	3	1	35	1.23
2693490--2693533	21	2.2	21	88	8	65	54	2	0	43	1.12
2694580--2694617	20	1.9	20	88	0	58	36	13	15	34	1.87
2698707--2698743	18	2.1	18	94	0	65	29	43	16	10	1.82
2699877--2699914	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2713483--2713511	6	4.8	6	100	0	58	13	68	0	17	1.20
2735737--2735783	25	2.0	22	84	12	58	48	0	4	46	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2736363--2736474	45	2.5	44	85	7	136	26	6	8	58	1.53
2737196--2737273	3	24.0	3	78	19	68	0	41	0	58	0.98
2737196--2737271	7	11.0	7	85	12	104	0	42	0	57	0.98
2737721--2737754	16	2.2	16	89	5	52	58	2	32	5	1.37
2740105--2740205	19	5.1	19	79	14	105	32	5	28	32	1.81
2740512--2740554	6	7.5	6	97	2	72	0	16	53	30	1.43
2743032--2743069	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2744752--2744802	6	8.3	6	79	12	59	54	0	0	45	0.99
2744738--2744787	18	2.7	19	84	9	59	58	0	0	42	0.98
2753399--2753476	17	4.0	21	71	25	64	65	2	0	32	1.06
2753416--2753449	9	3.9	9	84	7	52	61	2	0	35	1.11
2753406--2753450	17	2.7	17	93	3	74	62	4	0	33	1.15
2753800--2753870	29	2.4	29	81	13	74	35	11	25	28	1.90
2754294--2754339	24	1.9	24	86	8	67	30	0	4	65	1.12
2754317--2754373	17	3.4	17	80	9	62	35	0	5	59	1.20
2759547--2759603	23	2.5	24	74	8	64	52	10	1	35	1.46
2760816--2760868	12	4.7	12	69	21	51	45	1	7	45	1.42
2760814--2760880	33	2.0	33	100	0	134	44	2	8	43	1.50
2766789--2766818	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2768869--2768924	25	2.2	26	78	12	62	75	0	3	21	0.96
2769077--2769114	14	2.9	14	84	7	53	73	0	0	26	0.83
2769046--2769112	25	2.6	25	83	6	73	62	0	2	34	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2769303--2769363	26	2.3	28	86	10	85	3	18	3	75	1.08
2769304--2769352	13	3.5	15	78	15	61	2	16	4	77	1.01
2769297--2769357	28	2.2	27	85	11	88	4	16	3	75	1.11
2769324--2769356	17	1.9	17	88	11	50	3	15	3	78	0.99
2769314--2769363	13	3.9	12	80	12	55	2	18	2	78	0.95
2769309--2769359	15	3.5	15	79	12	61	1	15	3	78	0.99
2769490--2769542	21	2.5	22	93	3	90	60	11	11	16	1.59
2772453--2772516	25	2.6	25	75	9	67	75	6	4	14	1.17
2772714--2772824	16	6.6	16	71	20	66	67	1	3	27	1.17
2772770--2772827	17	3.2	16	75	17	53	60	1	5	32	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27