genome.fa.s9611.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009611.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116997_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6671611

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1988409--1988493	41	2.0	41	84	6	109	37	24	21	16	1.93
1988434--1988497	21	3.1	21	70	4	67	37	28	18	15	1.92
1991337--1991392	20	2.8	20	81	2	60	23	30	19	26	1.98
2001975--2002025	20	2.5	20	84	6	59	39	25	0	35	1.56
2029186--2029382	67	2.9	66	84	3	243	24	17	17	41	1.90
2029211--2029382	67	2.6	67	84	0	245	25	17	16	40	1.90
2029857--2029891	16	2.2	16	89	0	52	17	8	34	40	1.80
2031276--2031409	37	3.6	38	76	11	116	43	4	4	47	1.43
2031303--2031405	38	2.7	38	79	10	113	43	2	4	48	1.39
2033542--2033712	87	2.0	86	89	3	263	26	16	12	45	1.82
2041768--2043869	288	7.1	287	75	14	1845	40	12	15	31	1.85
2042056--2043891	617	3.0	616	93	2	3086	40	12	15	31	1.85
2050180--2050217	17	2.2	18	90	4	60	34	2	0	63	1.09
2056642--2056671	14	2.1	14	93	0	51	36	0	0	63	0.95
2056369--2057026	324	2.0	330	87	5	967	43	4	7	44	1.52
2057979--2058034	11	5.2	10	78	16	58	35	0	3	60	1.14
2057983--2058040	22	2.6	22	97	0	107	34	1	3	60	1.24
2059500--2059580	42	1.9	42	90	5	128	43	2	7	46	1.45
2060563--2060611	21	2.4	20	80	19	57	36	6	4	53	1.45
2071196--2071243	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
2071916--2072170	128	2.0	127	98	0	492	43	10	9	36	1.72
2074444--2074513	34	2.0	35	94	2	124	37	14	8	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2075471--2075502	16	2.0	16	93	0	55	53	25	15	6	1.65
2075571--2075635	16	4.1	16	91	0	103	53	24	13	7	1.66
2075870--2075921	11	4.6	11	88	4	77	28	25	19	26	1.98
2076741--2076796	14	4.3	14	80	17	75	53	25	14	7	1.66
2076721--2076795	24	3.1	24	88	3	107	56	21	12	10	1.66
2079187--2079215	7	4.1	7	100	0	58	58	13	0	27	1.36
2079441--2079518	29	2.6	28	86	11	102	44	7	0	47	1.31
2079572--2079634	30	2.3	25	72	23	63	52	0	6	41	1.27
2079654--2079827	29	6.0	29	76	6	156	52	1	6	39	1.37
2079672--2079827	57	2.7	58	83	7	185	51	1	6	39	1.38
2080596--2080632	14	2.6	14	86	0	56	13	10	13	62	1.55
2080829--2080881	21	2.5	21	93	0	88	30	32	20	16	1.95
2080885--2081093	19	10.3	19	78	13	202	21	19	25	33	1.97
2080904--2081090	42	4.5	42	92	4	301	19	19	26	34	1.96
2081933--2082058	42	3.0	41	92	2	198	35	24	17	22	1.95
2081947--2082099	21	7.3	20	67	22	84	33	26	16	22	1.95
2081933--2082124	42	4.6	40	79	10	192	34	23	17	23	1.96
2083248--2083306	22	2.7	21	79	10	57	52	3	0	44	1.17
2090792--2090837	21	2.2	21	96	0	83	23	19	28	28	1.98
2094588--2094646	20	3.0	20	72	18	54	52	0	3	44	1.17
2103581--2103620	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
2103615--2103713	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2103699--2103753	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
2104149--2104201	14	3.6	14	78	14	61	33	13	11	41	1.80
2104167--2104199	17	1.9	17	100	0	66	39	12	12	36	1.80
2104291--2104322	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
2115626--2116001	198	1.9	197	85	5	526	31	15	14	38	1.88
2121748--2121804	27	2.1	27	84	15	75	45	14	15	24	1.83
2121875--2121935	27	2.4	25	89	8	88	29	18	16	36	1.92
2128467--2128535	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
2128476--2128535	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
2128615--2128712	21	4.7	21	81	10	112	21	32	21	24	1.98
2128637--2128809	20	8.8	20	70	16	69	24	31	19	24	1.98
2128735--2128829	20	4.7	20	85	2	127	21	32	17	28	1.96
2129178--2129247	34	2.1	32	81	5	77	32	14	27	25	1.94
2130520--2130571	19	2.8	18	80	13	61	50	1	13	34	1.53
2130963--2131326	184	2.0	182	97	2	694	29	7	16	46	1.74
2131886--2131954	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
2131895--2131954	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
2132016--2132088	36	2.0	36	94	5	130	23	28	26	21	1.99
2132067--2132164	21	4.7	21	80	15	114	22	33	20	23	1.97
2132612--2132681	34	2.1	32	84	5	86	31	15	27	25	1.96
2140095--2140159	31	2.1	31	88	0	94	26	27	7	38	1.83
2140215--2140288	31	2.5	31	86	8	100	45	5	21	27	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140215--2140299	31	2.8	30	83	13	95	43	8	21	27	1.80
2141828--2141891	31	2.1	30	94	2	110	25	26	12	35	1.91
2143441--2143544	31	3.6	29	78	10	104	36	10	12	40	1.78
2143444--2143532	30	3.1	27	78	15	97	35	10	14	39	1.80
2143627--2143729	29	3.5	29	89	5	143	39	13	9	36	1.78
2152214--2152239	6	4.3	6	100	0	52	34	46	19	0	1.50
2155064--2155092	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2155913--2155965	2	27.5	2	92	7	92	52	0	0	47	1.00
2164737--2164767	16	1.9	16	93	0	53	51	12	6	29	1.65
2167692--2167735	21	2.1	21	87	4	63	50	0	11	38	1.39
2168690--2168719	12	2.4	13	94	5	53	70	0	0	30	0.88
2170108--2170205	48	2.0	48	80	7	110	42	24	1	31	1.61
2170272--2170305	18	1.9	17	88	5	50	41	8	0	50	1.34
2171199--2171361	87	1.9	87	94	0	290	41	11	14	32	1.81
2172067--2172139	23	3.2	23	92	0	119	36	20	9	32	1.85
2176241--2176286	12	3.8	12	79	0	56	21	30	6	41	1.78
2176241--2176286	24	1.9	24	90	0	74	21	30	6	41	1.78
2177770--2178755	200	4.9	200	92	1	1654	31	18	14	35	1.91
2178985--2179032	19	2.5	19	93	0	78	54	8	2	35	1.42
2180895--2180959	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
2181042--2181074	15	2.2	15	94	0	57	9	63	9	18	1.49
2185679--2185719	16	2.6	16	88	0	55	39	19	21	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2187050--2187119	18	3.8	18	92	1	113	37	15	28	18	1.92
2189605--2189650	18	2.6	18	92	0	74	19	28	23	28	1.98
2190664--2190737	2	36.5	2	94	2	130	51	1	0	47	1.09
2191156--2191207	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
2191197--2191295	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
2191262--2191455	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
2191262--2191455	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
2191837--2191907	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
2192028--2192082	14	3.6	14	73	21	56	40	23	27	9	1.85
2192028--2192098	33	2.2	33	92	0	115	42	25	23	8	1.82
2192094--2192191	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
2192116--2192205	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
2192099--2192213	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
2193910--2194380	92	5.1	93	97	1	912	22	12	19	45	1.83
2194424--2194552	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
2194460--2194552	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
2194424--2194552	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
2194548--2194682	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
2194570--2194626	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
2194553--2194645	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
2196585--2196620	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2196727--2196828	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2196835--2197161	33	9.5	33	78	15	208	14	20	18	46	1.83
2196857--2197161	19	17.4	19	79	16	347	14	20	18	47	1.83
2196857--2197133	52	5.2	52	88	8	318	14	20	17	47	1.83
2199464--2199488	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
2199663--2199709	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
2200383--2200751	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
2204885--2205151	44	5.9	46	85	7	309	68	3	4	23	1.26
2204889--2205019	24	5.5	22	72	12	100	70	3	3	22	1.15
2204885--2205019	16	8.6	15	66	21	64	70	2	2	23	1.15
2204912--2205110	23	8.7	24	65	15	109	67	3	6	23	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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