genome.fa.s103.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold103
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2633873

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165466--2165551	38	2.3	38	95	2	156	38	9	19	32	1.84
2165539--2165566	14	2.0	14	100	0	56	35	7	14	42	1.73
2169456--2169494	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2170967--2170999	5	6.6	5	100	0	66	21	21	21	36	1.95
2172237--2172289	22	2.2	24	90	9	83	49	0	0	50	1.00
2172488--2172541	27	2.0	26	89	3	81	31	0	14	53	1.41
2176977--2177084	34	3.2	34	80	5	128	21	6	26	45	1.76
2179023--2179127	49	2.1	49	94	0	183	30	13	9	46	1.75
2179697--2179729	16	2.0	17	94	5	59	27	0	0	72	0.85
2182571--2182617	23	2.0	24	87	4	69	40	4	0	55	1.19
2183145--2183180	18	1.9	19	94	5	65	66	0	0	33	0.92
2192014--2192038	13	1.9	13	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2192280--2192337	19	3.0	19	73	16	57	44	0	1	53	1.10
2192391--2192430	8	5.0	8	85	8	55	25	0	0	75	0.81
2192560--2192632	27	2.7	28	77	14	82	54	0	0	45	0.99
2192560--2192601	14	3.1	14	75	3	50	57	0	0	42	0.99
2192834--2192865	15	2.0	17	88	11	50	75	0	9	15	1.05
2195475--2195503	15	1.9	15	100	0	58	79	0	0	20	0.74
2195838--2195875	20	1.9	20	88	0	58	60	2	0	36	1.11
2195842--2195974	11	12.4	11	67	13	62	59	0	1	38	1.12
2195915--2195974	10	5.4	12	77	16	51	63	0	0	36	0.95
2196014--2196075	21	2.9	21	72	13	54	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195956--2196086	53	2.3	58	77	13	132	53	0	2	43	1.18
2196817--2196887	23	3.1	23	100	0	142	26	22	4	46	1.70
2198722--2198778	30	1.9	29	85	3	78	54	0	0	45	0.99
2204713--2204783	28	2.6	29	80	12	78	42	0	0	57	0.98
2204764--2204802	20	2.0	20	84	0	51	41	0	0	58	0.98
2204799--2204859	6	10.3	6	80	8	56	21	0	0	78	0.75
2204770--2204854	29	2.8	30	75	10	75	28	0	0	71	0.86
2204803--2204868	26	2.5	26	83	9	73	21	1	0	77	0.85
2204799--2204874	9	8.7	9	79	12	63	22	1	0	76	0.86
2204761--2204871	15	6.9	17	71	20	71	27	0	0	71	0.92
2204799--2204859	29	2.1	29	87	9	88	21	0	0	78	0.75
2204998--2205073	20	3.7	21	75	16	61	46	0	2	51	1.15
2205035--2205110	27	2.6	30	80	16	88	44	2	0	52	1.14
2205224--2205281	6	9.7	6	94	5	100	15	0	0	84	0.62
2207717--2207764	21	2.3	22	79	17	57	41	0	4	54	1.20
2208134--2208222	15	6.5	15	65	25	54	50	0	1	48	1.08
2208588--2208665	22	3.5	22	77	17	65	43	0	0	56	0.99
2208614--2208667	22	2.5	21	83	16	67	40	0	0	59	0.98
2208643--2208717	17	4.1	18	71	10	55	46	0	0	53	1.00
2216175--2216209	13	2.6	14	91	8	56	68	0	0	31	0.90
2216695--2216776	44	1.9	42	82	7	103	42	0	1	56	1.07
2217095--2217169	22	3.0	27	72	24	81	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2217085--2217155	33	2.2	32	87	12	101	36	0	0	63	0.95
2217085--2217155	11	6.5	11	81	18	87	36	0	0	63	0.95
2217137--2217183	16	3.1	16	79	17	55	42	0	0	57	0.98
2217095--2217179	27	3.4	26	77	17	83	38	0	0	61	0.96
2217647--2217687	13	3.0	13	83	13	55	58	0	2	39	1.11
2221058--2221099	5	8.6	5	92	5	59	85	0	14	0	0.59
2227630--2227706	36	2.1	36	88	4	111	41	18	16	23	1.90
2228397--2228424	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2233416--2233441	6	4.3	6	100	0	52	38	15	30	15	1.88
2242513--2242601	43	2.0	44	82	10	110	40	1	2	56	1.19
2244645--2244685	4	10.2	4	89	0	55	48	19	2	29	1.61
2245211--2245286	32	2.4	31	82	8	82	42	0	2	55	1.14
2245989--2246025	12	3.1	12	92	0	56	70	0	0	29	0.88
2245989--2246019	6	5.2	6	92	0	53	70	0	0	29	0.87
2245969--2246026	20	3.0	20	85	12	68	68	3	0	27	1.05
2246033--2246088	15	3.4	18	69	18	50	55	0	0	44	0.99
2246002--2246099	32	2.9	34	72	18	89	59	0	0	40	0.98
2246044--2246116	27	2.7	26	78	16	85	56	0	0	43	0.99
2246883--2246914	15	2.3	15	89	10	50	78	3	0	18	0.89
2247064--2247133	24	3.1	21	71	15	50	50	0	5	44	1.26
2247095--2247193	42	2.3	44	81	11	118	52	0	2	45	1.12
2247115--2247202	22	4.3	22	71	17	64	50	1	1	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247691--2247736	18	2.6	18	85	0	65	43	0	0	56	0.99
2247713--2247755	22	2.0	21	90	4	68	51	0	0	48	1.00
2247700--2247758	18	3.1	18	77	17	64	50	0	0	49	1.00
2249859--2249952	32	2.9	33	81	7	113	59	1	0	39	1.04
2249900--2249950	16	3.2	16	70	10	50	58	0	0	41	0.98
2262312--2262422	37	3.2	35	78	15	97	46	0	1	50	1.18
2262323--2262401	37	2.1	39	88	4	117	49	0	1	49	1.09
2262544--2262601	11	5.5	11	72	13	50	53	1	0	44	1.10
2263937--2263990	12	4.6	12	75	17	51	48	0	0	51	1.00
2263984--2264014	14	2.2	14	94	0	53	61	0	0	38	0.96
2263997--2264210	110	1.9	114	85	8	305	54	4	5	35	1.43
2266375--2266425	24	2.1	24	85	7	68	43	0	0	56	0.99
2266713--2266763	14	3.6	14	76	19	52	47	1	0	50	1.12
2267070--2267189	52	2.3	52	76	21	126	53	0	0	46	1.00
2267246--2267310	8	8.1	8	73	19	55	67	0	0	32	0.91
2267246--2267310	15	4.1	16	75	15	55	67	0	0	32	0.91
2267248--2267309	23	2.6	22	87	10	79	69	0	0	30	0.89
2270684--2270772	45	1.9	47	93	4	155	30	10	16	42	1.81
2272841--2272876	18	1.9	19	88	5	56	58	0	0	41	0.98
2273129--2273168	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2276496--2276529	2	17.5	2	93	6	61	52	0	47	0	1.00
2276693--2276770	27	2.9	26	79	9	86	51	1	1	46	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276696--2276755	22	2.9	21	78	7	59	55	1	1	41	1.20
2277401--2277425	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2283624--2283654	2	15.5	2	100	0	62	0	0	51	48	1.00
2290471--2290506	18	2.0	18	88	0	54	11	2	0	86	0.68
2290912--2290993	24	3.1	28	72	19	77	50	0	0	50	1.00
2296572--2296619	16	2.7	18	81	15	64	43	0	0	56	0.99
2296570--2296628	16	3.5	16	74	24	50	44	0	0	55	0.99
2299739--2299781	18	2.4	18	84	0	59	65	0	0	34	0.93
2303082--2303185	53	2.0	53	94	0	181	34	16	17	31	1.92
2305998--2306066	30	2.3	30	97	2	131	55	8	5	30	1.54
2309533--2309571	15	2.6	15	79	0	51	20	0	2	76	0.90
2310125--2310162	20	1.9	20	88	0	58	60	0	0	39	0.97
2311424--2311454	10	3.1	10	95	0	53	77	0	0	22	0.77
2311445--2311503	29	2.0	30	83	3	75	47	0	1	50	1.11
2324610--2324634	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2324772--2324810	12	3.4	11	86	10	51	51	5	0	43	1.24
2334285--2334320	2	18.0	2	94	0	63	52	0	47	0	1.00
2334702--2334745	20	2.3	19	84	4	52	4	11	2	81	0.92
2336940--2336978	19	2.1	19	95	0	69	38	0	25	35	1.56
2337933--2337984	24	2.2	24	83	13	63	46	0	0	53	1.00
2337956--2338008	14	3.5	15	76	19	56	49	1	0	49	1.12
2337960--2338009	17	3.1	16	74	25	52	52	2	0	46	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2337926--2338027	40	2.6	39	73	14	102	53	0	0	45	1.06
2347916--2347957	18	2.4	17	84	11	50	54	0	0	45	0.99
2348582--2348623	18	2.4	17	81	14	50	23	0	2	73	0.94
2348715--2348762	5	10.0	5	80	8	55	45	0	0	54	0.99
2348715--2348776	19	3.4	19	82	4	65	45	0	0	54	0.99
2349531--2349564	8	4.0	8	92	7	50	41	0	0	58	0.98
2349260--2350078	268	3.1	266	97	1	1534	36	5	6	52	1.50
2349799--2349832	8	4.0	8	92	7	50	41	0	0	58	0.98
2350175--2350199	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2349260--2350240	534	1.8	533	84	7	1298	38	4	5	50	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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