genome.fa.s103.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold103
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2633873

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805379--805454	24	3.3	23	70	29	63	48	50	1	0	1.09
805312--805444	55	2.4	54	76	18	123	51	46	1	0	1.10
805369--805424	19	3.0	20	70	20	57	51	46	1	0	1.11
805440--805484	18	2.4	18	85	3	63	44	55	0	0	0.99
805383--805483	46	2.2	46	79	13	109	48	50	0	0	1.07
805400--805505	15	7.7	14	72	15	64	49	50	0	0	1.00
805424--805521	13	6.5	15	73	19	62	48	51	0	0	1.00
805494--805527	17	1.9	18	88	5	52	50	50	0	0	1.00
805541--805584	22	2.0	20	83	12	52	34	65	0	0	0.93
805520--805595	30	2.6	29	87	8	100	32	67	0	0	0.91
805545--805593	15	3.4	14	78	10	55	38	61	0	0	0.96
805564--805663	27	3.8	27	75	15	75	55	45	0	0	0.99
805595--805710	20	6.4	19	74	15	88	65	34	0	0	0.93
805602--805710	31	3.6	31	75	14	95	66	33	0	0	0.92
805639--805709	34	2.1	33	87	7	99	66	33	0	0	0.92
805596--805693	28	3.5	28	77	12	85	65	34	0	0	0.93
805736--805807	26	2.7	26	77	12	74	44	55	0	0	0.99
805752--805822	35	2.0	34	82	15	83	43	56	0	0	0.99
805860--805958	50	2.0	50	80	13	114	45	54	0	0	0.99
806016--806063	13	3.4	14	81	18	55	25	75	0	0	0.81
806026--806078	20	2.5	22	75	12	56	33	66	0	0	0.92
806009--806061	18	3.1	16	78	15	54	26	71	1	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806081--806143	32	2.1	30	85	8	83	66	33	0	0	0.92
806218--806263	23	2.0	22	83	8	56	30	65	2	2	1.16
807854--808072	34	6.5	33	84	3	251	40	27	7	24	1.81
807854--808072	68	3.2	67	85	3	296	40	27	7	24	1.81
807852--808072	102	2.2	101	87	1	334	40	28	7	23	1.81
812483--812699	34	6.4	34	81	1	222	40	23	6	29	1.80
812477--812699	102	2.2	101	84	4	297	41	23	6	28	1.79
812989--813024	15	2.5	14	86	8	54	27	0	2	69	1.02
813137--813206	31	2.3	32	82	9	92	37	7	7	48	1.58
813255--813285	2	15.5	2	93	0	53	48	0	48	3	1.17
813355--813398	22	1.9	24	86	9	65	54	0	0	45	0.99
813382--813420	14	2.8	14	84	0	51	43	0	0	56	0.99
815034--815065	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
815515--815568	27	2.0	27	89	7	83	31	7	14	46	1.73
822379--822409	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
822638--822676	19	2.2	17	86	9	51	66	2	0	30	1.05
822979--823003	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
823254--823390	11	13.0	11	68	21	64	58	0	0	41	0.98
823296--823384	26	3.7	23	80	14	90	58	0	0	41	0.98
823260--823326	29	2.2	29	84	10	82	56	0	0	43	0.99
823243--823400	60	2.8	57	79	7	169	56	0	0	42	1.03
824128--824322	82	2.4	82	89	4	295	25	10	5	58	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825692--825730	13	3.2	12	86	10	53	61	2	0	35	1.10
825662--825714	26	2.1	25	86	10	72	50	0	0	49	1.00
825668--825726	13	4.5	13	77	12	59	55	1	0	42	1.09
827054--827085	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
828219--828255	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
828992--829067	19	4.1	19	68	11	59	50	0	2	47	1.15
829065--829092	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
829397--829430	4	8.5	4	90	9	52	73	0	0	26	0.83
830082--830125	22	2.0	21	86	4	61	45	0	0	54	0.99
830085--830161	27	2.8	27	76	18	79	44	0	0	55	0.99
830091--830163	22	3.2	22	75	14	67	43	0	0	56	0.99
830083--830185	17	5.7	19	67	21	62	44	0	0	55	0.99
830117--830196	17	4.7	18	70	26	59	43	0	0	56	0.99
830088--830173	27	3.1	27	71	18	70	44	0	0	55	0.99
832113--832150	19	2.1	19	85	5	51	31	26	5	36	1.79
832765--832835	2	35.5	2	97	0	133	47	0	1	50	1.09
833615--833655	18	2.3	18	86	0	55	19	9	2	68	1.29
834549--834578	14	2.1	14	93	0	51	23	0	0	76	0.78
834944--834991	16	2.9	16	84	9	53	54	2	0	43	1.12
834944--834991	17	2.9	17	84	9	55	54	2	0	43	1.12
835801--835871	29	2.4	29	88	2	97	36	4	4	54	1.39
835899--836013	30	3.8	29	77	6	113	44	1	7	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835899--836013	60	1.9	60	82	3	142	44	1	7	46	1.42
838885--838925	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
839113--839152	20	2.0	20	90	5	62	40	0	2	57	1.12
839116--839153	14	2.7	14	84	12	51	39	0	2	57	1.12
847427--847530	53	2.0	53	81	7	122	35	9	8	46	1.68
850763--850795	3	11.0	3	87	12	50	0	30	3	66	1.06
851492--851561	34	2.0	35	91	2	115	47	0	0	52	1.00
851517--851564	16	3.1	16	77	16	57	47	0	0	52	1.00
851604--851751	22	6.5	22	70	17	65	57	2	1	38	1.21
851612--851753	53	2.8	51	73	12	123	58	2	1	37	1.22
851698--851760	16	3.9	16	89	4	92	61	0	0	38	0.96
851700--851760	32	1.9	32	96	0	113	62	0	0	37	0.96
853432--853488	16	3.4	16	81	13	69	66	0	0	33	0.92
853455--853489	13	2.7	13	95	0	61	65	0	0	34	0.93
859312--859402	20	4.4	21	72	24	61	43	2	3	50	1.30
859391--859420	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
860001--860055	15	3.5	15	73	9	56	38	9	1	50	1.45
866056--866122	35	1.9	35	82	11	84	52	1	0	46	1.09
866178--866203	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
867696--867755	16	3.9	16	78	10	63	31	1	8	58	1.38
867726--867775	22	2.3	22	89	0	73	40	2	2	56	1.22
867719--867807	38	2.3	38	83	9	110	41	3	2	52	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868180--868249	18	3.6	19	73	17	63	48	0	0	51	1.00
868178--868261	11	7.7	11	70	17	59	47	0	0	52	1.00
868198--868264	24	2.8	24	81	2	73	47	0	0	52	1.00
868184--868247	29	2.2	30	83	8	78	48	0	0	51	1.00
868195--868261	35	1.9	35	82	11	84	47	0	0	52	1.00
868224--868273	24	2.0	25	84	3	66	46	0	0	54	1.00
869493--869531	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
870157--870186	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
875485--875541	28	2.1	27	83	6	71	45	7	1	45	1.40
876136--876201	26	2.6	25	76	9	71	62	3	0	34	1.11
876100--876193	48	2.0	47	81	12	111	57	2	1	39	1.18
880248--880307	28	2.1	28	82	11	70	40	0	1	58	1.08
880330--880375	11	4.3	11	84	15	69	39	0	0	60	0.97
880335--880399	22	3.0	22	82	8	71	41	3	0	55	1.15
880331--880395	32	2.0	32	85	5	87	41	3	0	55	1.15
881097--881122	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
886261--886298	14	2.7	14	92	8	60	26	28	10	34	1.90
886375--886420	15	3.2	15	73	20	53	65	0	2	32	1.05
886387--886433	21	2.2	23	85	11	64	63	0	8	27	1.23
886715--886743	13	2.1	14	93	6	51	24	20	13	41	1.89
886793--886848	24	2.3	23	82	11	67	62	0	0	37	0.95
887471--887547	16	4.4	18	72	20	65	64	0	0	35	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887458--887546	20	4.4	21	72	20	82	66	0	0	33	0.92
887471--887548	10	7.8	10	69	21	56	64	0	0	35	0.94
888122--888154	14	2.3	15	94	5	59	60	0	0	39	0.97
889435--889487	21	2.5	21	74	17	56	28	5	0	66	1.15
890102--890147	22	2.1	22	84	8	58	56	0	2	41	1.11
890108--890177	16	4.1	17	75	17	65	57	0	1	41	1.08
890261--890311	19	2.7	19	82	8	68	49	5	0	45	1.26
892636--892676	20	2.0	20	86	13	57	60	0	0	39	0.96
901989--902250	112	2.4	112	81	5	264	46	1	9	42	1.46
902050--902257	112	1.9	112	89	2	328	43	1	10	44	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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