genome.fa.s103.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold103
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2633873

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125608--125742	66	2.0	66	95	0	243	36	19	10	34	1.86
128292--128388	44	2.2	45	98	1	187	61	2	3	32	1.23
128591--128630	16	2.5	16	88	8	55	52	2	10	35	1.48
129294--129343	21	2.4	21	87	12	68	56	2	2	40	1.22
130504--130534	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
130497--130613	36	3.1	36	76	12	103	43	0	0	54	1.12
130518--130631	21	5.8	20	71	19	80	39	0	0	59	1.03
130549--130630	36	2.3	35	80	12	96	34	1	0	64	1.01
132847--132879	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
135710--135751	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
139379--139408	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
139798--139843	18	2.4	19	82	7	58	52	0	0	47	1.00
140093--140117	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
140496--140533	18	2.1	18	85	9	51	44	0	2	52	1.14
141196--141243	15	3.1	15	74	14	53	10	10	2	77	1.09
141833--141876	22	2.0	21	83	12	54	56	0	2	40	1.11
143076--143100	6	4.2	6	100	0	50	16	0	48	36	1.46
143515--143544	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
144946--144980	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
146633--146678	23	2.0	23	83	8	58	58	0	2	39	1.10
148358--148389	14	2.3	14	94	0	55	59	0	0	40	0.97
150309--150344	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151705--151740	19	2.0	19	89	10	58	50	5	13	30	1.65
151770--151821	19	2.7	19	90	0	86	38	3	11	46	1.59
152860--152915	16	3.5	16	80	9	60	12	16	21	50	1.78
153039--153102	16	4.3	14	77	13	56	37	0	1	60	1.06
155328--155377	25	2.0	25	85	11	68	44	10	0	46	1.37
157363--157414	26	2.0	25	82	10	61	48	0	1	50	1.12
161216--161350	58	2.3	58	82	8	161	51	9	9	29	1.67
163528--163584	13	3.9	13	72	24	51	35	12	17	35	1.87
163508--163605	32	3.0	32	93	1	169	34	11	17	36	1.85
163506--163603	19	5.8	18	71	28	90	33	11	17	37	1.85
163625--163649	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
163658--163786	52	2.5	52	98	0	249	34	18	18	27	1.95
169341--169393	18	3.0	17	77	5	52	52	1	0	45	1.11
170233--170309	26	2.8	28	69	13	70	61	0	1	37	1.05
170262--170302	12	3.4	12	80	19	50	70	0	0	29	0.87
170254--170302	19	2.6	19	87	6	64	67	0	0	32	0.91
170315--170395	21	3.7	21	67	15	56	35	1	1	61	1.12
170739--170849	20	5.8	19	67	16	68	43	0	0	56	0.99
170723--170833	8	13.5	8	69	23	63	43	0	0	56	0.99
170709--170868	75	2.2	71	77	14	159	41	0	1	57	1.07
171045--171076	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
179686--179767	39	2.1	39	88	4	121	25	6	13	54	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181444--181478	8	4.2	8	88	3	52	0	11	0	88	0.51
181893--181921	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
182244--182307	20	3.2	20	71	2	58	43	4	1	50	1.32
182382--182433	22	2.2	24	80	10	63	55	0	3	40	1.18
183540--183584	23	1.9	24	86	4	65	44	2	0	53	1.13
184914--184952	17	2.2	18	86	4	53	51	0	0	48	1.00
186715--186745	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
188424--188453	13	2.3	13	94	0	51	30	10	20	40	1.85
193252--193293	17	2.3	20	80	19	56	59	0	0	40	0.97
195796--195834	20	2.0	20	94	0	69	56	7	5	30	1.49
196042--196257	34	6.4	34	88	1	292	24	7	27	40	1.83
196042--196259	67	3.2	67	88	1	319	24	7	27	40	1.82
200675--200892	34	6.5	34	88	1	296	24	7	27	40	1.82
200675--200894	67	3.3	67	88	1	323	24	7	27	40	1.82
205184--205218	12	2.7	13	91	8	54	0	14	0	85	0.59
206459--206869	32	12.8	32	93	1	644	15	19	33	31	1.93
206855--207646	27	28.9	27	90	2	1181	29	14	33	23	1.93
206855--207646	55	14.5	54	90	2	1181	29	14	33	23	1.93
206855--207646	82	9.6	81	90	2	1181	29	14	33	23	1.93
214895--214947	24	2.2	24	79	0	61	54	5	1	37	1.35
215086--215122	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
215487--215522	17	2.1	17	89	0	54	0	16	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220960--221055	30	3.2	29	77	12	86	45	1	15	37	1.53
222043--222082	16	2.5	16	83	0	53	37	7	2	52	1.43
222195--222244	15	3.5	15	70	10	50	56	2	0	42	1.11
222197--222270	28	2.6	29	77	10	73	58	1	1	39	1.15
222252--222300	14	4.0	13	73	21	52	67	0	0	32	0.91
222620--222652	17	1.9	17	93	0	57	42	9	6	42	1.61
222907--222992	42	2.0	43	82	6	104	47	1	2	48	1.22
222931--222982	27	2.0	26	84	3	68	51	0	0	48	1.00
225921--225974	28	1.9	28	85	7	74	48	1	0	50	1.11
228667--228796	70	1.9	69	82	7	165	33	16	8	40	1.79
228725--229167	91	5.0	91	84	4	505	33	17	8	40	1.80
229111--229224	57	2.0	57	85	0	156	34	16	8	40	1.80
229165--229364	90	2.2	89	86	3	267	38	13	7	41	1.72
230057--230263	105	2.0	104	91	3	337	53	1	2	42	1.23
230132--230191	29	2.1	29	87	9	88	55	0	3	41	1.16
230249--230278	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
230806--231329	93	5.7	92	83	7	618	31	16	8	43	1.78
230808--231451	185	3.5	183	83	6	703	31	16	8	43	1.77
230808--231451	93	6.9	93	81	8	582	31	16	8	43	1.77
232331--232361	15	2.1	15	93	0	53	70	0	0	29	0.87
232137--232486	116	3.0	117	83	12	423	54	1	2	42	1.22
232770--232826	22	2.5	23	80	8	73	31	1	5	61	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232799--233075	110	2.5	110	84	8	344	41	2	1	54	1.23
233000--233130	67	1.9	70	84	7	180	44	0	1	54	1.09
233000--233130	71	1.9	70	84	7	162	44	0	1	54	1.09
233236--233273	13	2.9	13	80	11	51	60	5	0	34	1.19
239753--239794	21	2.0	21	86	9	59	57	0	0	42	0.99
240802--240839	20	1.9	20	88	0	58	68	0	0	31	0.90
244243--244284	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
244825--244887	18	3.6	17	70	10	56	60	0	1	38	1.07
244888--244930	23	2.0	21	86	13	61	32	0	0	67	0.91
246882--246920	5	7.8	5	85	8	53	76	0	0	23	0.78
246867--246916	14	3.2	14	81	18	55	72	0	0	28	0.86
247295--247328	17	2.0	17	94	0	59	41	26	0	32	1.56
247625--247663	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
252869--252922	20	2.7	20	73	2	54	50	1	0	48	1.11
254641--254674	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
254673--254705	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
255375--255423	16	3.0	17	72	22	59	16	16	0	67	1.24
255699--255737	17	2.4	16	83	8	51	46	0	0	53	1.00
256990--257051	29	2.1	29	87	0	88	56	0	0	43	0.99
258169--258195	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
261258--261319	15	4.1	15	74	17	65	61	0	0	38	0.96
263663--263689	14	1.9	14	100	0	54	51	0	3	44	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264215--264278	33	2.0	33	84	6	87	56	3	0	40	1.15
268515--268567	24	2.2	25	83	9	67	41	0	3	54	1.18
268558--268592	18	1.9	18	88	11	54	34	0	2	62	1.10
268523--268570	25	2.0	25	91	4	80	41	0	2	56	1.11
268899--268936	19	2.1	19	85	9	53	60	0	5	34	1.19
268951--269006	8	6.6	8	76	11	58	58	0	0	41	0.98
269682--269734	2	26.5	2	84	7	72	50	0	1	47	1.12
269905--269988	34	2.5	33	78	18	86	36	0	0	63	0.95
269929--270001	21	3.4	22	74	12	71	35	0	0	64	0.94
270125--270150	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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