genome.fa.s103.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold103
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2633873

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
716889--716922	16	2.1	16	88	0	50	44	0	0	55	0.99
717034--717085	20	2.7	18	85	11	68	42	0	1	55	1.10
717034--717087	18	2.9	17	79	17	54	40	0	1	57	1.09
718608--718653	24	1.9	24	81	0	56	60	2	0	36	1.09
719478--719520	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
719571--719616	20	2.4	18	82	7	56	39	0	0	60	0.97
719613--719660	22	2.2	22	89	10	73	52	2	0	45	1.12
719824--719880	16	3.6	15	75	17	53	52	0	0	47	1.00
721131--721179	2	26.0	2	76	12	50	46	0	0	53	1.00
721525--721611	23	4.0	21	71	14	68	59	1	0	39	1.05
721683--721722	21	1.9	21	84	0	53	25	2	12	60	1.45
721883--721938	17	3.7	16	72	20	57	64	19	1	14	1.38
722144--722228	42	2.0	42	100	0	170	40	16	16	27	1.90
726380--726570	34	5.7	33	78	9	215	41	25	7	25	1.82
726386--726570	68	2.7	67	87	2	262	41	25	7	25	1.81
730974--731159	34	5.5	34	76	11	177	41	23	6	27	1.80
730978--731159	68	2.7	67	81	5	213	41	23	7	28	1.80
732653--732742	46	2.0	46	97	0	171	42	20	7	30	1.80
732667--732740	24	3.2	24	62	21	57	40	21	8	29	1.82
734225--734262	3	12.7	3	94	0	67	34	28	0	36	1.58
734418--734461	23	1.9	23	90	0	70	45	2	0	52	1.13
734881--734942	15	3.9	15	71	20	54	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734863--734923	25	2.3	28	81	10	67	62	3	0	34	1.12
735984--736033	20	2.5	20	83	3	55	50	2	12	36	1.51
736289--736326	20	1.9	20	84	10	51	63	0	0	36	0.95
740476--740537	23	2.7	23	72	22	67	53	4	4	37	1.44
741350--741391	22	2.0	22	90	4	68	52	0	0	47	1.00
741673--741714	22	2.0	22	90	4	68	52	0	0	47	1.00
745454--745742	140	2.1	140	97	0	551	47	7	7	36	1.62
746293--746331	21	1.9	20	84	5	51	69	0	10	20	1.17
746444--746477	16	2.1	16	94	0	59	11	2	0	85	0.71
747370--747395	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
747619--747652	18	1.9	17	88	5	50	38	2	0	58	1.13
750153--750216	12	5.2	12	73	14	58	45	1	1	51	1.20
750154--750217	26	2.5	26	82	5	76	45	1	1	51	1.20
751352--751536	100	1.8	102	90	4	304	35	5	17	41	1.73
751508--751565	28	2.1	28	93	6	100	31	10	17	41	1.83
753304--753540	82	2.9	82	87	5	345	38	8	11	40	1.73
756999--757049	22	2.3	21	83	6	57	58	9	5	25	1.52
757155--757211	28	2.1	27	83	6	71	50	0	1	47	1.11
757184--757225	20	2.1	20	86	8	59	54	0	0	45	0.99
758433--758494	25	2.3	28	86	8	69	53	0	0	46	1.00
760408--760448	15	2.5	17	80	11	50	58	0	2	39	1.11
761995--762021	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762890--762925	15	2.4	15	90	0	54	52	0	0	47	1.00
765850--765889	17	2.4	17	86	0	53	57	5	5	32	1.42
765946--766014	20	3.3	21	84	9	88	40	1	0	57	1.07
766032--766077	23	2.1	21	84	8	56	56	0	0	43	0.99
766063--766135	24	3.2	22	74	22	62	64	1	1	32	1.11
766063--766125	12	5.2	12	75	17	51	61	1	1	34	1.15
766247--766284	13	2.8	13	88	11	51	44	0	0	55	0.99
766253--766311	19	3.2	19	69	16	52	45	0	0	54	0.99
766302--766334	14	2.4	14	90	5	50	60	0	0	39	0.97
767281--767342	20	3.3	19	80	13	65	61	0	0	38	0.96
767280--767341	26	2.4	25	86	7	88	61	0	0	38	0.96
767619--767654	11	3.2	11	88	4	54	58	0	0	41	0.98
767650--767691	22	2.0	21	86	9	59	57	0	2	40	1.12
768416--768462	15	2.9	16	82	14	53	57	0	0	42	0.98
768508--768560	19	2.7	20	79	5	63	49	11	0	39	1.39
768508--768555	20	2.4	21	82	6	55	52	10	0	37	1.36
769851--769909	20	2.8	20	70	25	50	55	0	0	44	0.99
769903--769954	24	2.2	24	89	6	79	38	0	0	61	0.96
770759--770789	16	1.9	16	93	0	53	41	0	0	58	0.98
772684--772713	14	2.1	14	93	0	51	56	0	0	43	0.99
773854--773895	16	2.6	17	85	7	52	33	0	2	64	1.07
774565--774598	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775130--775315	11	17.9	11	65	18	51	59	0	1	38	1.09
775144--775184	19	2.2	19	86	4	57	75	0	0	24	0.80
775138--775195	23	2.5	22	86	10	73	70	0	1	27	0.97
775192--775297	31	3.5	30	77	14	103	52	0	0	46	1.06
775209--775315	31	3.1	37	80	14	104	56	0	0	43	0.99
775240--775316	10	8.2	9	69	16	50	59	0	0	40	0.97
775526--775581	18	3.3	18	72	25	50	50	0	0	50	1.00
775527--775596	32	2.2	32	80	7	81	51	0	0	48	1.00
775737--775791	18	3.0	18	72	12	58	40	0	5	54	1.23
781447--781485	20	1.9	21	84	5	53	38	0	2	58	1.12
782250--782341	36	2.6	36	96	0	166	55	7	27	9	1.59
783989--784032	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
784032--784068	2	18.5	2	94	0	65	0	2	48	48	1.15
785161--785225	26	2.5	24	79	16	67	38	1	0	60	1.07
785166--785214	20	2.5	20	80	6	55	34	2	0	63	1.06
789600--789624	10	2.5	10	100	0	50	20	0	0	80	0.72
789836--789881	16	2.8	17	81	15	53	28	2	0	69	1.00
790051--790111	18	3.4	17	74	14	59	68	0	0	31	0.89
790514--790543	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
790683--790713	11	2.7	12	90	10	55	0	12	0	87	0.55
791021--791064	14	2.9	15	80	10	54	54	2	0	43	1.12
794708--794747	14	3.1	13	86	10	55	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794742--794794	21	2.5	21	84	3	70	43	1	0	54	1.11
794735--794773	17	2.4	16	86	4	51	46	2	0	51	1.14
794846--794909	23	2.7	22	77	20	67	56	0	0	43	0.99
794871--794911	20	2.1	19	86	13	57	56	0	0	43	0.99
794871--794913	15	2.5	17	85	14	54	53	0	0	46	1.00
795259--795347	33	2.7	33	87	5	126	56	0	1	42	1.06
795282--795349	17	3.9	19	71	26	62	54	0	0	45	0.99
795295--795349	17	3.4	17	75	25	64	56	0	0	43	0.99
795303--795429	27	4.6	28	71	13	75	55	1	1	40	1.19
795373--795429	28	2.1	27	81	12	64	54	3	1	40	1.28
796044--796085	21	2.0	21	90	0	66	40	9	23	26	1.85
796886--796931	2	23.0	2	86	0	56	47	6	2	43	1.41
796886--796929	16	2.8	16	92	0	70	47	6	2	43	1.42
796886--796931	18	2.6	18	92	0	74	47	6	2	43	1.41
798101--798146	24	1.9	24	86	0	65	56	0	2	41	1.11
798373--798475	41	2.6	40	83	11	124	46	0	0	51	1.14
798455--798508	21	2.4	23	78	12	67	33	0	0	66	0.92
798492--798535	17	2.6	16	89	10	61	31	4	0	63	1.14
799355--799382	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
799848--799927	38	2.1	38	83	4	99	52	2	1	43	1.22
800180--800222	16	2.8	15	75	6	50	51	0	0	48	1.00
800225--800276	13	4.1	13	78	9	54	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800219--800273	6	9.5	6	73	15	53	60	0	0	40	0.97
800216--800278	19	3.2	20	82	10	78	60	0	0	39	0.97
801522--801561	21	2.0	21	90	9	66	52	0	0	47	1.00
802269--802315	6	8.7	6	82	17	59	34	0	0	65	0.93
802277--802344	21	3.0	23	77	16	63	42	0	0	57	0.98
802301--802361	26	2.2	26	82	8	68	50	0	0	49	1.00
802304--802344	21	2.0	20	90	4	64	48	0	0	51	1.00
803223--803288	36	1.9	34	84	9	89	51	4	6	37	1.47
804324--804367	23	1.9	23	85	0	61	40	2	4	52	1.34
805330--805390	32	1.9	32	83	6	79	52	47	0	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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