genome.fa.s187.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold187
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2169796

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
673--707	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
1324--1477	78	2.0	78	96	2	283	34	10	10	44	1.73
1662--1711	15	3.4	15	70	13	50	44	16	4	36	1.66
2326--2481	43	3.7	41	73	8	116	19	21	10	47	1.80
2312--2433	43	2.9	41	72	10	120	18	23	10	46	1.80
2287--2560	85	3.2	85	81	4	277	20	22	11	45	1.82
12203--12257	19	2.8	20	86	5	76	40	12	14	32	1.84
12243--12268	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
13867--13908	20	2.0	21	86	4	59	26	21	0	52	1.47
14211--14239	5	6.0	5	92	8	51	20	0	0	79	0.74
14211--14239	14	2.0	15	93	6	51	20	0	0	79	0.74
18482--18535	27	2.1	24	86	10	72	79	3	14	1	0.95
18501--18527	14	1.9	14	100	0	54	81	0	18	0	0.69
19329--19812	97	4.7	109	74	13	297	33	15	18	32	1.92
19451--19810	97	3.6	97	79	8	330	34	15	18	31	1.92
19451--19850	106	3.9	101	76	8	332	33	15	17	33	1.92
26169--27047	440	2.0	440	96	0	1623	41	12	14	30	1.84
27845--27891	21	2.2	21	96	3	85	53	4	6	36	1.46
28532--28586	20	2.7	21	85	2	76	38	12	16	32	1.86
28634--28659	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
28616--28680	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
31183--31503	156	2.1	157	82	7	393	30	10	8	50	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31376--31678	166	1.8	166	79	7	355	30	11	8	50	1.67
32161--32207	24	2.0	24	83	8	60	74	2	21	2	1.03
36036--36453	78	5.4	77	77	9	357	38	9	21	30	1.86
38183--38225	2	21.5	2	95	0	77	48	2	0	48	1.14
41215--41251	20	2.0	20	89	10	60	8	2	5	83	0.88
41992--42938	28	33.4	29	80	9	513	27	16	28	27	1.97
42590--42935	27	12.7	27	83	5	380	30	15	29	24	1.95
42590--42934	55	6.3	53	85	5	404	30	15	29	24	1.95
42590--42934	82	4.2	81	85	4	426	30	15	29	24	1.95
44220--44291	23	3.3	21	80	14	67	8	9	6	75	1.20
44243--44313	23	3.2	23	76	11	67	5	12	9	71	1.28
44221--44313	45	2.1	44	82	9	109	6	11	9	72	1.29
48338--48369	17	1.9	16	93	6	55	18	15	21	43	1.87
50048--50081	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
51753--51869	34	3.6	32	76	13	123	42	14	23	18	1.88
51749--51907	64	2.5	64	83	8	182	38	13	26	21	1.91
55443--55467	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
55423--55490	33	2.1	33	88	2	102	39	16	13	30	1.86
58806--58888	41	2.0	41	97	0	157	51	12	12	24	1.72
58852--59261	106	3.9	104	79	5	376	34	9	24	31	1.87
59220--59271	25	2.0	27	85	7	72	17	13	34	34	1.89
61360--61545	93	2.0	93	96	0	345	31	13	13	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62373--63149	73	10.7	73	73	8	519	28	13	28	29	1.94
64623--64648	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
64671--64705	10	3.5	10	96	0	61	25	20	31	22	1.98
65375--65415	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
65452--65508	21	2.8	20	81	5	69	40	15	14	29	1.87
65496--65632	53	2.6	53	92	1	220	37	18	16	27	1.92
65723--65773	13	3.9	13	97	0	93	31	15	19	33	1.93
71232--71304	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
71250--71325	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
71232--71325	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
71364--71389	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
73606--73650	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
75455--75485	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
77499--77576	20	3.7	20	74	15	75	26	15	15	42	1.87
77565--77602	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
80031--80103	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
80049--80124	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
80031--80124	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
80163--80188	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
82238--82285	13	3.7	13	97	0	87	33	18	14	33	1.91
84160--84205	22	2.1	22	87	0	65	41	4	21	32	1.73
84825--84904	31	2.5	33	95	4	146	38	15	12	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86508--86540	10	3.3	10	91	8	50	78	3	18	0	0.87
91044--91418	169	2.2	170	82	7	427	36	15	25	22	1.93
91328--92682	49	28.7	49	81	9	1646	31	18	25	25	1.98
91328--92687	141	9.7	135	83	10	1601	31	18	25	25	1.97
91319--92633	92	14.0	92	86	8	1528	31	18	25	25	1.97
92736--93257	34	15.3	36	70	21	260	32	12	33	21	1.91
92736--92855	33	3.5	33	82	13	143	33	10	35	20	1.88
92736--93260	62	7.7	72	79	13	242	32	12	33	21	1.90
92795--92966	87	2.0	87	94	0	299	33	12	32	20	1.91
92880--93266	34	12.0	33	77	15	357	32	12	33	21	1.91
92909--93252	62	5.4	62	87	7	401	32	12	33	21	1.91
93171--93541	31	11.8	31	82	7	358	30	16	29	23	1.96
93237--93538	63	4.8	63	93	2	452	28	17	29	24	1.97
101334--101454	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
101334--101474	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
101463--101487	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
101553--101577	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101531--101597	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
103222--103275	27	2.1	25	86	6	72	79	7	9	3	1.03
118405--118586	79	2.3	78	88	1	265	32	15	25	26	1.95
118411--118623	79	2.7	78	82	5	212	32	15	25	26	1.95
118532--118804	129	2.1	128	83	4	336	35	13	24	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118679--118817	49	2.8	49	82	5	165	38	12	23	25	1.89
119192--119224	17	1.9	17	100	0	66	63	12	0	24	1.28
120933--120988	20	2.8	20	83	0	76	48	10	14	26	1.76
120874--121103	83	2.8	83	89	0	336	43	13	14	28	1.83
121016--121071	20	2.8	20	97	0	103	46	14	14	25	1.82
121005--121034	13	2.3	13	94	0	51	43	10	16	30	1.81
121702--122034	41	7.9	42	77	7	291	39	13	27	20	1.89
121705--122034	83	3.9	82	79	7	290	39	13	27	20	1.89
122028--122823	61	13.0	61	81	4	829	29	19	25	25	1.99
122758--123012	94	2.7	93	87	1	330	27	18	28	25	1.98
124025--124067	18	2.4	17	81	11	50	2	4	9	83	0.87
136442--136829	79	4.9	78	76	5	323	33	14	24	27	1.94
136783--136890	50	2.2	49	81	5	119	40	9	22	27	1.84
138792--138816	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
138805--138950	52	2.8	51	86	8	206	33	19	19	28	1.96
142748--142777	14	2.1	15	93	6	53	56	0	3	40	1.16
147552--147894	164	2.1	165	85	4	471	47	10	11	31	1.73
148172--148196	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
148153--148216	33	1.9	33	87	0	92	35	14	15	34	1.88
148185--148240	20	2.8	20	100	0	112	44	10	14	30	1.79
149040--149404	166	2.2	166	84	3	475	48	7	12	31	1.69
149666--149726	27	2.3	27	88	0	86	44	11	8	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150820--150849	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
150798--150866	33	2.1	33	89	5	104	36	17	13	33	1.88
150895--150950	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
150935--150961	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
150916--150980	32	2.0	33	87	3	96	40	15	16	27	1.89
151554--151595	22	1.9	22	95	0	75	21	35	4	38	1.75
159240--159269	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
159218--159286	33	2.1	33	91	5	113	39	17	11	31	1.85
159315--159370	19	2.9	19	86	2	76	35	19	16	28	1.93
160430--160485	19	2.9	19	89	2	76	35	14	17	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13