genome.fa.s187.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold187
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2169796

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1668206--1668283	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
1668825--1668950	28	4.4	28	88	2	162	23	18	30	27	1.97
1668798--1669351	32	17.8	32	91	3	728	19	18	32	29	1.95
1669334--1670400	27	39.0	27	91	2	1693	27	14	34	23	1.93
1669334--1670400	82	13.0	81	92	2	1693	27	14	34	23	1.93
1669334--1670400	109	9.8	109	91	2	1710	27	14	34	23	1.93
1671407--1671436	12	2.5	12	94	0	51	6	3	0	90	0.56
1671677--1671728	23	2.3	23	83	12	63	5	11	7	75	1.19
1671709--1671751	15	2.8	16	79	13	54	4	18	11	65	1.42
1678822--1678899	40	2.0	39	84	2	102	41	12	11	34	1.80
1678825--1678899	20	3.8	20	76	0	69	41	12	12	34	1.79
1679189--1679327	52	2.7	52	83	4	181	29	15	12	43	1.83
1686055--1686093	20	2.0	20	84	0	51	12	15	2	69	1.30
1686422--1687007	165	3.6	159	77	13	418	51	8	10	29	1.66
1686661--1686950	153	1.9	154	88	5	444	52	7	11	28	1.65
1692738--1692802	29	2.2	29	94	0	112	40	10	16	32	1.84
1699181--1699229	4	12.5	4	78	20	50	75	0	22	2	0.90
1707005--1707492	55	8.8	54	86	4	636	23	31	13	30	1.94
1707005--1707492	27	17.6	27	87	4	636	23	31	13	30	1.94
1707565--1708174	32	19.2	32	86	5	812	30	30	18	20	1.96
1707565--1708174	126	4.8	127	89	3	874	30	30	18	20	1.96
1709400--1709448	4	12.5	4	78	20	50	75	0	22	2	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1715109--1715146	20	2.0	20	89	5	60	39	10	13	36	1.79
1715169--1715221	13	4.5	13	69	26	55	35	15	15	33	1.88
1715172--1715236	33	2.0	33	87	6	96	33	15	15	35	1.89
1715266--1715320	19	2.8	20	84	13	78	36	16	14	32	1.89
1715306--1715332	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1720595--1720635	16	2.5	17	92	4	66	70	0	0	29	0.87
1720586--1720643	13	4.4	13	77	12	55	67	0	0	32	0.91
1721395--1721430	16	2.2	16	90	9	56	80	2	0	16	0.83
1721468--1721505	19	2.0	20	89	5	60	47	7	5	39	1.55
1723564--1723628	20	3.7	20	69	30	74	44	0	0	55	0.99
1723560--1723638	32	2.4	32	89	6	113	43	0	0	56	0.99
1723563--1723629	10	6.5	11	70	16	54	43	0	0	56	0.99
1723573--1723631	18	3.5	18	68	25	56	42	0	0	57	0.98
1724304--1724343	20	2.1	20	86	9	57	60	0	0	40	0.97
1725545--1725764	116	1.9	115	82	11	274	44	5	4	45	1.47
1725731--1725786	25	2.2	26	84	9	80	41	0	1	57	1.09
1726475--1726523	25	2.0	25	95	0	89	42	8	6	42	1.59
1736697--1736733	19	1.9	19	88	0	56	48	10	16	24	1.77
1737705--1737970	135	2.0	132	91	2	433	28	19	17	33	1.95
1741567--1741613	24	1.9	25	91	4	78	36	8	10	44	1.70
1741718--1741742	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1741698--1741760	32	1.9	32	83	3	81	30	14	14	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1741807--1741914	51	2.1	52	84	1	146	36	14	15	33	1.89
1742567--1742605	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
1757646--1757730	37	2.3	37	100	0	170	25	15	15	43	1.86
1758093--1758620	28	18.5	29	81	10	472	31	30	17	20	1.96
1758093--1758620	172	3.1	173	85	5	664	31	30	17	20	1.96
1758642--1758777	43	3.0	43	76	12	146	27	23	16	32	1.96
1758637--1758926	49	6.0	49	81	7	299	25	25	16	32	1.96
1758682--1758926	101	2.5	98	84	4	296	24	26	16	32	1.96
1759613--1759640	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1770549--1770611	32	1.9	33	87	3	92	28	14	15	41	1.87
1770711--1770748	20	1.9	20	88	0	58	39	7	10	42	1.69
1771682--1771831	77	1.9	77	80	0	174	8	12	29	49	1.71
1772410--1772461	19	2.7	20	90	6	88	44	15	11	28	1.81
1772899--1772965	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1774056--1774097	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
1774483--1774647	84	2.0	84	82	7	201	52	3	18	25	1.62
1777954--1778005	19	2.7	20	90	6	88	44	15	11	28	1.81
1778443--1778509	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1779324--1779365	14	3.1	13	89	6	57	28	2	0	69	1.01
1781878--1781935	13	4.9	13	70	23	56	31	17	17	34	1.93
1781858--1781952	33	2.9	33	93	6	158	30	17	16	34	1.93
1781891--1781952	20	3.5	20	71	28	75	29	17	19	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1781985--1782040	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
1782025--1782051	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1786285--1786320	17	2.1	17	100	0	72	44	11	27	16	1.82
1790715--1790780	35	1.9	34	93	3	114	37	13	19	28	1.90
1799513--1799617	20	5.7	19	76	17	89	29	14	16	40	1.87
1799532--1799596	32	2.0	32	96	0	121	27	13	15	43	1.85
1799561--1799617	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
1799646--1799711	33	2.0	33	90	0	105	30	15	18	36	1.91
1801288--1801321	9	3.8	9	88	0	50	44	0	26	29	1.55
1805841--1805867	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1805994--1806033	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
1807807--1807857	25	2.0	25	100	0	102	39	0	25	35	1.56
1808391--1808452	19	3.3	18	82	6	79	33	16	16	33	1.91
1808476--1808540	33	2.0	33	87	6	96	35	13	16	33	1.89
1810943--1811006	19	3.7	18	73	26	66	40	12	15	31	1.85
1810943--1811004	33	1.9	32	90	9	99	40	11	16	32	1.83
1814042--1814082	21	1.9	22	85	5	57	39	9	17	34	1.82
1816771--1816813	3	14.3	3	90	0	68	30	30	0	39	1.57
1818574--1818612	13	3.2	13	79	20	57	23	7	7	61	1.49
1818768--1818834	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1818788--1818812	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1818878--1818902	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1822048--1822086	20	1.9	21	94	5	71	28	15	23	33	1.95
1822165--1822209	23	1.9	23	86	4	63	40	11	8	40	1.72
1822506--1822542	19	1.9	19	100	0	74	40	10	10	37	1.75
1824340--1824412	36	2.0	37	89	5	114	26	27	12	34	1.92
1824943--1824994	20	2.7	20	87	3	70	42	13	13	30	1.83
1828015--1828073	21	2.8	20	77	10	64	20	27	1	50	1.57
1829680--1829749	36	2.0	36	91	2	115	22	25	11	40	1.88
1829653--1829749	36	2.9	35	82	8	114	26	24	12	36	1.91
1830200--1830268	21	3.3	21	87	0	102	31	8	20	39	1.83
1830178--1830271	42	2.3	41	83	3	118	34	8	15	41	1.78
1831664--1831726	33	1.9	32	90	3	99	20	15	20	42	1.89
1835236--1835307	28	2.6	28	90	0	108	30	19	25	25	1.98
1835263--1836125	79	11.0	79	79	3	754	35	13	23	27	1.93
1835263--1836125	235	3.7	235	81	4	909	35	13	23	27	1.93
1835265--1836125	393	2.2	391	80	4	930	35	13	23	27	1.93
1835264--1836125	314	2.7	310	79	6	939	35	13	23	27	1.93
1838327--1838458	50	2.6	51	85	1	176	40	12	18	28	1.87
1839052--1839235	42	4.9	35	71	17	138	40	16	23	19	1.90
1839140--1839272	42	3.2	41	86	8	164	44	13	24	17	1.85
1839052--1839235	77	2.4	75	76	7	203	40	16	23	19	1.90
1839286--1839734	61	7.3	60	82	4	467	28	18	25	27	1.98
1839358--1839740	120	3.2	119	80	9	418	29	18	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1839294--1839737	181	2.4	180	79	9	461	29	18	25	27	1.98
1840754--1840827	20	3.7	20	85	7	98	35	16	13	35	1.88
1840896--1840922	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
1843395--1843430	13	2.8	13	95	0	63	38	13	13	33	1.85
1848106--1848244	20	6.8	20	70	15	81	32	17	18	31	1.94
1848188--1848243	19	2.9	19	89	2	76	33	17	17	30	1.94
1849260--1849300	5	8.4	5	79	15	50	0	17	0	82	0.66
1849268--1849315	8	6.1	8	86	11	64	2	10	0	87	0.62
1849264--1849310	24	2.0	24	95	0	85	2	12	0	85	0.70
1849260--1849315	29	1.9	29	89	7	87	1	12	0	85	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13