genome.fa.s187.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold187
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2169796

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161408--161473	33	2.0	33	85	5	89	24	13	33	28	1.93
168601--168675	20	3.8	20	78	0	87	33	14	12	40	1.83
168601--168678	40	2.0	39	87	2	111	33	14	12	39	1.84
171867--171891	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
171847--171914	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
177856--177887	8	4.0	8	91	0	55	12	3	25	59	1.48
180665--180690	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
180645--180708	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
185327--185357	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
187160--187204	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
189418--189443	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
189398--189461	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
190567--190591	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
190547--190614	33	2.1	33	89	8	104	36	16	14	32	1.89
202502--202555	11	4.5	11	76	17	54	81	11	5	1	0.93
203767--204944	28	41.5	28	86	3	1457	28	30	17	23	1.97
203764--204990	57	21.5	57	85	5	1490	28	30	17	23	1.97
203767--204996	85	14.4	85	85	5	1461	28	30	17	23	1.97
205501--205575	20	3.8	20	78	0	87	33	14	12	40	1.83
205501--205578	40	2.0	39	87	2	111	33	14	12	39	1.84
209514--209578	33	2.0	33	85	11	89	32	16	15	35	1.91
209608--209663	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210661--210880	41	5.4	41	69	9	146	43	13	25	17	1.86
210633--210885	81	3.1	79	82	5	292	43	14	23	18	1.86
210939--211519	35	16.7	35	80	2	578	42	13	21	23	1.88
212728--213054	111	2.9	111	82	7	383	37	13	16	33	1.88
213674--213698	13	1.9	13	100	0	50	0	0	12	88	0.53
217208--217508	153	2.0	153	82	9	373	38	20	16	24	1.93
217152--217473	153	2.1	152	82	6	382	40	18	15	25	1.91
218898--218923	12	2.2	12	100	0	52	34	30	7	26	1.85
219746--219771	10	2.6	10	100	0	52	69	0	19	11	1.18
220820--220929	52	2.1	53	83	6	136	46	12	11	29	1.77
221387--222159	36	21.8	36	67	10	225	36	20	9	33	1.85
221387--221826	108	4.1	107	76	5	388	36	21	9	32	1.86
221864--221970	33	3.2	33	68	11	90	37	18	8	35	1.81
222447--222576	50	2.6	50	91	2	199	33	12	23	30	1.91
222436--222635	50	4.0	50	80	7	147	36	16	19	28	1.93
222804--222943	50	2.8	49	80	6	154	35	17	19	28	1.94
222861--222986	51	2.5	51	85	1	155	40	15	15	27	1.88
222995--223147	51	3.1	51	72	16	131	35	18	20	25	1.95
227782--228055	97	2.8	98	80	6	241	36	10	22	30	1.88
227865--228087	102	2.2	101	84	7	292	36	7	22	33	1.83
227896--228092	102	1.9	100	88	5	297	35	7	22	35	1.81
229682--229719	20	1.9	20	94	0	67	31	13	10	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232276--232334	5	11.8	5	81	12	68	81	0	3	15	0.82
232276--232336	26	2.4	25	84	13	79	80	0	3	16	0.84
233554--233602	16	3.1	15	88	8	71	59	8	4	28	1.45
233773--233882	57	1.9	57	92	1	186	40	12	19	27	1.87
236612--236845	129	1.8	128	86	6	339	47	11	6	34	1.65
237814--237870	20	2.8	20	78	0	60	29	10	15	43	1.80
245021--245496	27	17.3	27	83	4	460	26	31	13	29	1.94
245021--245540	55	9.4	54	80	6	474	25	31	13	29	1.94
245036--245496	82	5.6	82	82	7	506	26	31	13	29	1.94
245389--246032	28	22.8	28	79	5	572	29	27	17	25	1.97
245390--246028	113	5.7	110	78	6	577	29	27	17	25	1.97
245434--246063	141	4.4	140	80	7	471	29	28	17	24	1.97
246834--247015	20	8.8	20	70	23	110	30	14	13	41	1.84
246886--247015	20	6.7	20	74	16	112	31	13	14	40	1.85
246886--247015	39	3.4	37	79	18	133	31	13	14	40	1.85
246945--246972	14	2.0	14	100	0	56	35	14	14	35	1.86
246959--247015	23	2.7	20	81	13	62	29	15	15	38	1.89
246834--247015	96	2.0	90	86	8	249	30	14	13	41	1.84
255669--256008	100	3.5	98	80	8	291	34	17	23	24	1.96
255631--256008	49	7.8	49	78	8	326	33	17	23	24	1.96
255869--256014	43	3.3	43	76	11	157	32	17	23	26	1.97
255622--256003	143	2.6	148	83	3	463	34	17	24	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256008--256350	34	10.6	34	75	13	237	35	12	30	21	1.91
256005--256753	32	23.8	32	76	11	346	34	13	30	21	1.92
255998--256350	95	3.7	93	79	10	351	35	12	30	21	1.91
256297--257131	61	13.4	61	82	7	853	32	14	29	22	1.94
256297--257131	32	26.8	31	80	9	839	32	14	29	22	1.94
256290--257135	342	2.5	336	83	7	1021	33	14	29	22	1.94
263355--263408	21	2.8	18	75	20	54	35	14	16	33	1.90
266571--266651	41	2.0	41	97	0	153	25	18	12	43	1.85
271700--271781	27	2.9	27	85	5	92	23	30	17	29	1.97
271732--272031	30	9.7	30	76	12	214	23	29	15	31	1.95
271788--271858	37	1.9	37	85	0	97	18	30	9	40	1.83
271826--271878	27	2.0	27	85	7	72	22	30	16	30	1.96
271630--271913	127	2.2	126	92	1	471	21	29	13	35	1.92
271859--272031	31	5.7	30	83	3	202	25	28	16	29	1.96
271859--272031	61	2.8	61	81	6	215	25	28	16	29	1.96
271859--272031	92	1.9	92	85	0	238	25	28	16	29	1.96
272012--272200	27	6.7	27	80	8	225	22	33	14	28	1.94
272087--272153	34	2.0	34	84	0	89	17	32	13	35	1.89
272012--272180	61	2.9	60	85	8	217	21	33	14	30	1.93
272033--272240	88	2.4	87	85	0	263	21	32	13	32	1.92
272242--272319	28	2.7	27	82	9	84	35	28	19	16	1.93
272531--272785	87	2.9	87	88	3	370	26	27	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272706--272889	52	3.6	51	85	2	239	25	24	17	32	1.97
272706--272889	104	1.8	100	88	4	278	25	24	17	32	1.97
272907--273732	101	8.2	101	94	0	1404	24	26	17	32	1.97
272326--273723	202	7.2	202	86	7	1769	25	26	16	31	1.97
272318--273723	303	4.8	300	85	8	1764	25	26	16	31	1.97
272907--273830	52	18.4	51	76	7	593	24	26	17	32	1.96
274649--274712	33	1.9	33	87	6	94	32	17	10	39	1.84
279129--279165	18	2.0	19	94	5	67	40	0	10	48	1.38
280597--280649	21	2.5	21	81	6	63	41	11	13	33	1.80
282964--283160	96	2.1	96	80	5	220	30	21	10	37	1.88
285671--285740	36	1.9	36	82	0	86	35	11	8	44	1.71
287106--287164	29	2.0	28	83	6	73	47	3	15	33	1.62
289849--289873	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
289829--289894	32	2.0	33	88	2	98	34	12	13	39	1.82
289937--289961	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
289970--290094	52	2.4	52	95	0	223	36	18	17	28	1.94
293791--293839	17	2.9	17	81	18	59	57	6	0	36	1.24
295995--296029	17	2.1	16	89	5	52	80	0	17	2	0.84
297332--297695	134	2.7	134	81	6	391	26	17	20	36	1.94
302764--303147	166	2.3	164	79	8	404	31	9	8	50	1.64
302859--303190	165	2.0	166	80	7	379	31	9	7	50	1.64
302904--303229	165	2.0	165	79	6	356	32	10	7	49	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305056--305439	150	2.5	153	83	3	450	26	17	18	38	1.92
307077--307134	29	2.0	29	93	0	98	29	18	22	29	1.98
309625--309687	24	2.6	24	80	16	76	80	1	14	3	0.90
310359--310428	16	4.2	16	74	16	61	80	2	8	8	1.01
311387--312162	47	16.9	47	73	7	383	21	20	16	40	1.91
311480--312013	230	2.3	224	80	3	566	21	20	16	40	1.91
311701--312013	89	3.5	89	81	4	317	21	21	17	40	1.91
311803--312109	89	3.4	89	79	3	222	20	19	18	41	1.90
312281--312367	46	1.9	45	81	6	104	19	19	17	43	1.88
313557--313981	166	2.6	164	81	10	467	32	9	7	50	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13