genome.fa.s187.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold187
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2169796

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764180--764250	20	3.5	20	86	0	106	40	12	12	33	1.81
770256--770289	1	34.0	1	100	0	68	100	0	0	0	0.00
776774--776800	14	1.9	14	100	0	54	3	7	0	88	0.61
778645--778677	17	1.9	17	93	0	57	45	0	0	54	0.99
778887--778916	16	1.9	16	93	6	53	73	10	0	16	1.09
779664--779706	21	2.1	21	87	12	63	67	0	0	32	0.91
785256--785280	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
792524--792558	11	3.2	11	84	15	54	71	0	28	0	0.86
793255--793313	29	2.1	28	81	9	68	25	8	6	59	1.51
793228--793309	44	1.9	43	82	9	105	24	9	10	54	1.65
793408--793635	58	3.9	57	74	10	165	29	7	13	48	1.71
797439--797480	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
797506--797566	17	3.6	16	73	20	52	72	0	0	27	0.85
797497--797552	26	2.1	27	83	9	71	69	0	0	30	0.89
797497--797552	27	2.1	26	84	15	71	69	0	0	30	0.89
797504--797556	14	3.7	14	78	12	54	73	0	0	26	0.83
798991--799030	17	2.5	17	88	8	57	40	2	0	57	1.12
799381--799419	10	3.8	10	93	3	60	2	12	0	84	0.72
799470--799550	22	3.6	22	72	16	67	66	0	0	33	0.92
799730--799771	11	3.8	11	78	9	50	73	4	0	21	1.01
799886--799932	24	1.9	25	82	4	60	68	6	2	23	1.24
799915--799978	18	3.5	19	76	6	60	57	4	1	35	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800050--800119	25	2.9	24	71	14	63	64	1	0	34	1.03
800615--800716	51	2.0	51	94	0	177	34	25	23	16	1.95
803371--803403	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
804973--805057	42	2.0	44	93	4	147	11	17	2	68	1.31
805787--805846	23	2.6	22	77	15	59	43	0	5	51	1.23
805955--805982	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
806206--806246	9	4.4	9	84	6	55	51	2	0	46	1.14
814124--814151	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
816175--816207	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
823779--823827	17	2.8	18	81	12	57	34	0	0	65	0.93
826441--826621	32	5.7	32	100	0	362	30	12	21	34	1.91
826451--826687	96	2.5	96	84	5	230	32	14	19	32	1.92
826668--826693	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
827590--827639	21	2.2	23	86	10	68	22	20	16	42	1.89
831073--831106	16	2.1	17	94	5	61	47	5	11	35	1.65
835928--835954	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
835954--836003	2	25.0	2	95	0	55	50	10	0	40	1.36
838490--838531	7	6.1	7	88	2	50	19	2	0	78	0.86
838490--838531	14	3.1	13	86	10	57	19	2	0	78	0.86
838492--838531	21	2.0	21	90	5	64	20	2	0	77	0.88
839258--839297	15	2.7	15	96	0	71	42	0	2	55	1.13
840196--840274	16	4.9	16	76	6	70	27	12	15	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840174--840274	48	2.1	48	82	8	118	25	11	16	45	1.82
840198--840274	32	2.4	32	77	0	91	27	12	14	45	1.81
840328--840369	14	2.9	15	75	13	52	47	4	0	47	1.23
840639--840706	11	6.2	11	75	16	61	69	0	0	30	0.89
840639--840794	29	5.3	28	70	17	86	59	0	0	39	1.02
840643--840809	16	10.1	17	67	18	77	59	0	1	39	1.05
840639--840696	21	2.5	24	78	10	68	68	0	0	31	0.89
840723--840825	15	6.5	15	70	24	54	55	0	0	43	1.06
840723--840808	24	3.5	25	75	19	76	55	0	1	43	1.07
841416--841519	17	5.8	18	67	17	65	38	0	0	61	0.96
841425--841521	15	6.7	15	71	15	53	39	0	0	60	0.97
841421--841475	24	2.2	26	90	9	87	32	0	0	67	0.91
841433--841502	24	2.8	25	80	8	72	40	0	0	60	0.97
841416--841514	24	4.1	24	74	11	69	39	0	0	60	0.97
842503--842527	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
842483--842548	32	2.0	33	88	2	98	31	13	15	39	1.86
842589--842613	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
846104--846152	21	2.3	22	75	13	57	44	2	2	51	1.24
847443--847469	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
849767--849844	22	3.5	22	84	3	86	32	12	10	44	1.76
850191--850243	22	2.4	22	83	0	70	32	13	7	47	1.70
850440--850501	20	3.0	20	74	6	52	32	12	6	48	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855343--855511	64	2.6	64	77	7	171	32	24	11	30	1.91
855355--855513	32	5.0	31	74	13	119	30	24	12	32	1.92
855523--855944	140	3.0	140	98	0	808	40	14	16	28	1.87
856324--856373	20	2.5	20	87	3	66	42	20	16	22	1.89
860112--860141	10	3.0	10	100	0	60	70	0	30	0	0.88
862183--862229	17	2.8	17	83	3	51	46	0	0	53	1.00
862184--862225	20	2.0	20	86	9	57	45	0	0	54	0.99
862202--862254	28	1.9	28	92	3	90	41	0	0	58	0.98
863078--863116	19	2.0	21	90	10	64	38	0	2	58	1.12
863482--863696	72	3.0	72	86	0	297	40	9	10	39	1.72
863843--863885	17	2.5	17	80	3	59	41	0	2	55	1.12
863918--863955	18	2.2	18	85	4	51	52	5	0	42	1.24
863962--864016	24	2.3	24	84	3	67	58	5	1	34	1.32
864886--864930	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
865020--865049	15	2.0	15	93	0	51	43	0	6	50	1.28
866597--866652	23	2.5	22	82	8	67	41	0	0	58	0.98
872373--872445	39	1.9	38	83	8	96	52	0	0	47	1.00
872840--872916	21	4.0	20	73	21	74	35	1	0	63	1.03
872870--872913	16	2.6	17	82	10	56	36	0	0	63	0.95
873059--873107	17	2.9	17	81	6	64	36	0	4	59	1.17
873059--873124	33	2.0	34	85	14	93	34	0	7	57	1.27
873703--873749	24	1.9	24	86	4	67	23	0	2	74	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
873717--873778	12	4.9	12	76	20	56	25	0	3	70	1.02
873750--873784	15	2.3	15	90	0	52	31	0	5	62	1.18
874041--874093	20	2.7	20	76	2	63	41	1	0	56	1.10
874179--874246	32	2.1	32	86	0	91	26	2	8	61	1.40
874252--874295	10	4.3	10	85	2	52	50	2	0	47	1.13
874253--874295	15	2.8	15	82	3	59	51	2	0	46	1.13
874486--874516	4	7.8	4	92	0	53	45	0	3	51	1.17
874699--874755	16	3.4	16	81	13	62	38	0	0	61	0.96
874706--874754	16	2.9	17	84	9	64	38	0	0	61	0.96
875499--875539	17	2.3	19	83	8	50	43	2	0	53	1.13
876050--876102	22	2.3	23	81	15	65	41	3	0	54	1.18
876050--876102	24	2.3	21	81	15	61	41	3	0	54	1.18
877211--877254	23	2.0	22	86	4	61	22	4	4	68	1.27
877712--877747	15	2.4	15	95	0	63	63	2	0	33	1.08
877797--877859	31	2.0	32	84	3	83	36	4	1	57	1.30
877994--878045	19	2.7	18	75	18	52	48	1	0	50	1.12
878610--878684	19	4.2	18	76	17	68	40	0	0	60	0.97
878626--878677	27	2.0	26	92	7	88	38	0	0	61	0.96
878940--878992	25	2.1	26	86	13	76	50	1	0	47	1.12
878987--879054	23	3.0	23	81	10	68	51	0	2	45	1.16
879013--879074	31	2.0	30	84	9	81	59	0	0	40	0.97
879026--879063	20	1.9	20	89	10	60	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879170--879219	20	2.5	20	83	6	57	42	4	0	54	1.19
879185--879222	20	1.9	20	94	0	67	42	0	0	57	0.98
879274--879302	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
879836--879891	11	4.7	12	72	16	53	66	0	1	32	1.03
879874--879999	27	4.7	26	75	13	89	57	1	0	41	1.08
879946--879999	23	2.2	25	78	15	60	62	0	0	37	0.95
880159--880184	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
880920--880962	3	14.0	3	95	4	77	32	2	0	65	1.06
881158--881203	2	23.5	2	95	4	85	50	0	0	50	1.00
881245--881314	36	1.9	37	85	8	99	40	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13