genome.fa.s187.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold187
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2169796

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  13  of  13  ( 1529 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2049424--2049492	34	2.0	34	86	5	95	0	26	0	73	0.83
2049431--2049491	17	3.2	20	78	17	67	0	21	0	78	0.75
2049430--2049515	13	7.0	12	73	12	52	0	23	0	76	0.78
2049430--2049512	17	5.0	16	72	16	62	0	24	0	75	0.80
2049425--2049513	30	2.8	31	78	18	103	0	24	0	75	0.81
2049424--2049512	34	2.8	33	74	22	91	0	25	0	74	0.82
2054998--2055035	18	2.1	18	85	9	51	60	10	0	28	1.30
2055029--2055069	15	2.5	17	76	19	50	58	7	0	34	1.26
2055387--2055419	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2062165--2062212	15	3.1	15	78	6	51	25	2	2	70	1.09
2062152--2062212	32	1.9	32	83	12	81	22	1	1	73	1.01
2062168--2062209	22	1.9	22	90	0	66	21	2	2	73	1.06
2062152--2062211	22	2.7	22	75	15	61	21	1	1	75	0.99
2062310--2062349	19	2.1	19	85	4	53	32	0	0	67	0.91
2062296--2062612	141	2.3	138	80	12	344	38	5	5	50	1.48
2063401--2063468	20	3.5	20	77	16	63	41	0	1	57	1.08
2063420--2063523	30	3.4	30	76	11	95	33	0	3	61	1.21
2063387--2063523	22	6.4	22	67	25	80	35	0	2	61	1.16
2063431--2063530	33	3.1	33	75	12	84	34	1	4	61	1.22
2063481--2063554	28	2.6	28	78	6	78	28	2	5	63	1.30
2063668--2063707	20	2.0	20	90	9	64	35	0	5	60	1.19
2063669--2063725	20	2.8	19	82	10	60	36	1	5	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2063742--2063790	24	2.0	24	92	0	80	36	8	4	51	1.51
2064666--2064709	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2075332--2075370	19	2.1	19	95	0	69	33	17	12	35	1.88
2081770--2081839	19	3.7	19	82	0	86	45	14	11	28	1.79
2081778--2081850	38	1.9	38	85	0	101	46	13	12	27	1.79
2085888--2085926	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2086812--2086843	12	2.7	12	100	0	64	59	6	0	34	1.23
2087046--2087072	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2088934--2088966	15	2.2	15	94	0	57	21	0	3	75	0.93
2091757--2091807	27	1.9	27	84	4	68	31	19	29	19	1.97
2097969--2098022	3	18.0	3	88	0	81	27	0	5	66	1.13
2104542--2104645	5	19.4	5	73	14	57	49	1	0	48	1.19
2104542--2104645	16	6.5	15	72	14	57	49	1	0	48	1.19
2104614--2104646	6	5.7	6	92	7	59	48	0	0	51	1.00
2104614--2104646	11	2.8	12	90	9	59	48	0	0	51	1.00
2104692--2104739	24	2.0	23	88	4	69	39	0	0	60	0.97
2105304--2105349	24	1.9	24	86	0	65	32	0	0	67	0.91
2110110--2110159	18	2.8	18	79	11	57	34	6	12	48	1.65
2111326--2111402	20	3.9	19	78	8	91	32	11	12	42	1.80
2111378--2111456	26	2.8	26	78	15	95	29	15	8	46	1.75
2114282--2114307	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2114364--2114414	21	2.5	21	81	9	61	27	15	17	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2116880--2116917	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
2123064--2123117	21	2.7	20	83	13	67	31	12	16	38	1.87
2123158--2123210	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
2123198--2123222	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2125858--2125885	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2125930--2126000	32	2.2	32	94	0	124	33	18	12	35	1.89
2125957--2125981	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2125938--2126000	19	3.6	19	74	24	66	33	17	12	36	1.88
2131764--2131843	37	2.2	37	84	4	99	25	16	22	36	1.94
2133078--2133317	97	2.5	96	87	1	363	29	12	28	29	1.93
2135763--2135787	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2135740--2135807	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
2135839--2135891	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
2135879--2135903	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2137850--2137901	20	2.4	21	81	12	61	3	25	50	21	1.65
2138337--2138375	13	3.0	13	80	0	51	33	15	20	30	1.94
2146505--2146574	32	2.2	32	100	0	140	47	34	2	15	1.61
2147428--2147495	19	3.9	18	76	23	83	36	16	11	35	1.85
2147450--2147474	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2147431--2147493	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
2148345--2148755	49	8.4	49	91	0	644	30	17	28	23	1.97
2148732--2148778	23	2.0	23	95	0	85	31	12	31	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2148683--2148827	72	2.0	72	97	0	272	31	16	28	22	1.96
2148755--2148856	49	2.1	49	94	0	177	33	16	25	24	1.96
2148864--2148936	33	2.2	33	87	4	103	21	21	28	27	1.99
2148927--2149207	31	8.9	31	79	8	280	31	16	28	23	1.96
2148927--2149207	64	4.4	64	79	11	310	31	16	28	23	1.96
2148941--2149206	95	2.8	95	95	1	460	31	15	28	23	1.95
2152098--2152755	32	20.8	32	84	5	797	20	17	31	30	1.96
2152153--2152725	126	4.5	126	89	3	800	20	17	31	30	1.96
2152751--2153616	27	31.6	27	92	2	1354	27	14	34	24	1.94
2152751--2153616	82	10.5	81	90	4	1306	27	14	34	24	1.94
2154917--2154988	34	2.1	35	85	10	96	8	12	8	70	1.32
2161398--2161428	10	3.1	10	95	0	53	0	12	0	87	0.55
2161398--2161455	24	2.7	21	80	17	66	1	18	0	79	0.82
2162293--2162320	14	2.0	14	100	0	56	57	14	14	14	1.66
2163969--2163993	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2163946--2164013	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
2164084--2164164	13	7.2	12	69	25	70	33	18	17	30	1.94
2164067--2164163	33	2.9	32	92	6	142	31	18	18	30	1.95
2164098--2164162	20	3.6	20	73	26	81	32	18	18	30	1.95
2164772--2164807	13	2.8	13	82	0	54	33	11	16	38	1.84
2164857--2164895	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
2165656--2165697	12	3.6	12	87	9	52	0	21	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2166008--2166050	16	2.8	16	80	16	54	76	2	0	20	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13

The End!