genome.fa.s187.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold187
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2169796

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1234764--1234837	28	2.6	28	83	10	89	24	18	32	24	1.97
1234823--1235208	52	7.4	51	70	12	219	32	13	25	28	1.94
1234823--1235044	52	4.3	51	79	2	228	33	13	24	28	1.93
1234713--1235213	263	1.9	262	88	3	747	31	13	26	27	1.94
1238003--1238181	51	3.5	51	79	11	177	34	11	25	29	1.90
1240520--1240586	33	2.0	33	85	0	89	44	13	14	26	1.83
1240541--1240566	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1240606--1240673	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1240628--1240652	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1240609--1240671	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1240729--1240785	21	2.7	21	94	0	96	35	19	12	33	1.89
1245470--1245494	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1245452--1245515	33	2.0	33	90	3	103	37	15	15	31	1.89
1251316--1251512	67	2.9	66	81	3	182	36	23	18	21	1.95
1253301--1253358	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
1304190--1304243	21	2.7	21	88	5	76	31	12	20	35	1.90
1304334--1304359	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1310694--1310749	27	2.1	26	86	3	76	55	1	0	42	1.10
1312187--1312219	14	2.3	15	89	5	50	27	3	0	69	1.03
1312185--1312223	15	2.6	15	84	12	53	28	2	0	69	1.02
1312534--1312571	20	1.9	20	88	0	58	36	7	2	52	1.45
1312833--1312873	14	2.9	14	85	10	57	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1315779--1315815	2	18.5	2	88	0	56	51	48	0	0	1.00
1319338--1319379	19	2.2	19	83	8	50	47	2	9	40	1.49
1320950--1320999	18	2.7	19	85	11	61	30	4	4	62	1.32
1322075--1322141	37	1.9	35	88	11	102	29	23	11	34	1.91
1322601--1322690	13	6.0	13	73	26	72	28	15	15	40	1.88
1322614--1322708	19	5.6	19	72	27	106	28	15	15	40	1.89
1322581--1322708	32	4.0	32	96	1	229	28	14	15	41	1.87
1323355--1323388	16	2.1	17	89	10	54	35	8	5	50	1.58
1324719--1324789	36	2.0	36	97	2	135	40	11	28	19	1.86
1325029--1325075	23	2.1	23	88	11	71	61	0	0	38	0.96
1327213--1327269	22	2.8	20	81	5	69	26	15	17	40	1.90
1327186--1327298	54	2.1	51	79	7	118	30	15	15	38	1.88
1331161--1331194	15	2.1	17	89	10	54	29	0	0	70	0.87
1331909--1331992	7	11.6	7	73	16	57	48	2	2	46	1.28
1331913--1332016	13	7.4	13	67	18	57	50	1	2	45	1.28
1331965--1332041	27	2.9	27	80	11	86	48	1	3	46	1.28
1331965--1332041	26	2.9	26	82	9	84	48	1	3	46	1.28
1332393--1332444	25	2.1	24	86	10	70	44	15	1	38	1.58
1335464--1335495	6	5.7	6	89	10	50	90	0	9	0	0.45
1335464--1335496	11	3.0	11	95	0	57	87	0	12	0	0.53
1335464--1335495	17	1.9	16	93	6	55	90	0	9	0	0.45
1338156--1338214	21	2.8	21	100	0	118	38	18	10	32	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1338800--1338844	22	2.0	22	91	8	74	35	28	0	35	1.58
1340219--1340263	20	2.1	22	88	8	67	4	28	48	17	1.66
1340900--1340925	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
1346605--1346677	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1346623--1346698	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1346605--1346698	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1346737--1346762	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1350824--1350854	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1352933--1352971	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
1354754--1354803	24	2.1	24	100	0	100	36	4	12	48	1.59
1355438--1355510	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1355456--1355531	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
1355438--1355531	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
1355570--1355595	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1356868--1356919	20	2.7	20	84	3	70	28	13	21	36	1.91
1359462--1359504	20	2.2	20	95	0	77	44	9	16	30	1.79
1359558--1359665	52	2.1	52	87	0	153	26	13	13	45	1.82
1359582--1359681	52	1.9	52	87	4	148	28	14	15	43	1.85
1362161--1362200	21	1.9	21	85	10	55	40	12	17	30	1.86
1363851--1363921	20	3.5	20	84	3	88	26	15	15	42	1.87
1367638--1367680	21	2.0	21	86	8	61	34	16	16	32	1.91
1369537--1369561	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1377608--1377669	32	1.9	33	90	9	101	32	16	12	38	1.86
1382296--1382326	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1386395--1386420	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1386375--1386438	32	2.0	33	90	9	105	29	15	15	39	1.89
1387305--1387356	25	2.1	25	89	7	79	38	23	1	36	1.66
1396895--1396938	23	1.9	23	90	0	70	31	0	13	54	1.39
1400126--1400202	16	4.8	17	71	16	67	36	1	10	51	1.44
1401196--1401249	20	2.7	20	85	0	72	40	5	14	38	1.70
1402401--1402453	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
1402475--1402513	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
1404931--1404955	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1411001--1411150	52	2.9	52	86	7	207	32	16	17	34	1.92
1414730--1414755	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1421708--1422123	79	5.2	80	79	6	388	37	11	21	29	1.88
1421708--1422143	158	2.7	158	82	4	468	37	11	21	29	1.89
1422965--1423029	33	2.0	33	90	0	103	36	16	15	30	1.90
1422985--1423009	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1424610--1424644	15	2.3	15	90	0	52	40	0	31	28	1.57
1431788--1431843	13	4.8	13	67	24	52	35	16	16	32	1.90
1431765--1431830	20	3.7	20	69	26	74	33	15	16	34	1.90
1431766--1431861	33	2.9	33	93	0	156	36	14	15	33	1.88
1434705--1434758	20	2.6	21	82	2	65	31	16	12	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1440991--1441019	10	2.9	10	100	0	58	48	20	0	31	1.50
1442767--1442825	31	1.9	31	92	0	100	33	10	22	33	1.87
1443388--1443437	20	2.5	20	90	3	75	32	14	18	36	1.90
1443483--1443534	13	4.5	13	71	26	53	32	11	17	38	1.85
1443466--1443534	33	2.1	32	86	10	95	30	13	18	37	1.89
1447793--1447836	16	2.8	16	92	0	70	43	31	15	9	1.79
1449254--1449326	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1449272--1449347	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
1449254--1449347	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
1449386--1449411	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1453472--1453502	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1455510--1455587	20	3.7	20	74	15	75	26	15	15	42	1.87
1455576--1455613	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1457401--1457442	21	2.0	21	100	0	84	23	4	19	52	1.65
1458077--1458149	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1458095--1458170	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
1458077--1458170	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
1458209--1458234	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1460964--1460994	14	2.2	14	94	0	53	41	6	32	19	1.77
1461435--1461496	24	2.7	24	76	16	60	64	1	1	32	1.13
1462049--1462100	26	2.0	26	85	3	70	48	0	1	50	1.12
1462457--1462520	22	3.3	20	76	22	73	64	0	3	32	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1470984--1471102	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
1471017--1471092	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
1471008--1471093	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
1470999--1471069	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
1473087--1473120	16	2.1	16	94	0	59	8	20	26	44	1.81
1474554--1474591	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1475355--1475401	21	2.3	21	83	16	64	59	0	0	40	0.97
1476911--1476957	2	23.5	2	95	0	85	53	0	0	46	1.00
1477018--1477042	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
1480249--1480307	19	3.2	19	67	23	54	20	20	6	52	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13