genome.fa.s187.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold187
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2169796

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   

This is table  4  of  13  ( 1529 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
516479--516503	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
516459--516527	34	2.1	34	86	5	97	39	17	11	31	1.85
525141--525207	33	2.0	33	94	0	116	37	17	14	29	1.91
525177--525229	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
525281--525305	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
525261--525329	34	2.1	34	89	5	106	37	17	13	31	1.88
526462--526488	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
526474--526529	19	2.9	19	89	5	85	33	12	17	35	1.88
526474--526528	20	2.8	20	91	2	85	32	12	18	36	1.88
526558--526595	20	1.9	20	94	0	67	31	10	18	39	1.85
526578--526603	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
526557--526623	33	2.0	33	88	11	102	32	11	17	37	1.87
528324--528362	18	2.2	18	100	0	78	30	10	35	23	1.88
528448--528472	13	1.9	13	100	0	50	96	4	0	0	0.24
528549--528616	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
528551--528613	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
528570--528594	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
528656--528681	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
528636--528702	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
531042--531174	52	2.6	52	79	5	144	30	26	10	32	1.90
531158--531232	28	2.7	28	85	4	89	25	32	17	25	1.97
531188--531422	80	3.0	80	76	5	183	26	28	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
543794--543869	8	9.5	8	75	11	66	81	5	13	0	0.85
543793--543836	15	2.9	15	90	10	63	81	6	11	0	0.86
544828--544974	29	5.3	29	60	21	80	27	30	19	21	1.98
544808--545838	55	18.3	55	83	6	1244	27	27	20	24	1.99
544808--545838	226	4.6	221	84	6	1302	27	27	20	24	1.99
544802--545838	171	6.1	168	88	3	1301	27	27	20	24	1.99
545081--545168	26	3.3	26	68	14	70	27	32	19	20	1.97
544808--545838	281	3.7	282	89	4	1501	27	27	20	24	1.99
545682--545764	27	3.0	28	64	22	75	28	31	20	19	1.97
546334--546372	18	2.2	18	100	0	78	30	10	35	23	1.88
546563--546629	19	3.8	19	77	22	92	37	11	14	35	1.84
546564--546626	32	2.0	32	100	0	126	36	12	15	34	1.86
546583--546607	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
546669--546694	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
546649--546715	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
547102--547151	20	2.5	20	86	0	64	36	16	14	34	1.88
547137--547203	33	2.0	33	97	0	125	37	19	13	29	1.90
547140--547225	20	4.6	20	71	20	78	39	16	15	29	1.89
547277--547301	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
547257--547325	34	2.1	32	89	5	102	36	18	13	31	1.89
548458--548484	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
548470--548525	19	2.9	19	89	5	85	33	12	17	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
548470--548524	20	2.8	20	91	2	85	32	12	18	36	1.88
548554--548591	20	1.9	20	94	0	67	31	10	18	39	1.85
548574--548599	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
548553--548619	33	2.0	33	88	11	102	32	11	17	37	1.87
550319--550357	18	2.2	18	100	0	78	30	10	35	23	1.88
550548--550615	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
550550--550612	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
550569--550593	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
550655--550680	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
550635--550701	33	2.0	33	88	0	98	26	14	14	43	1.85
553044--553176	52	2.6	52	80	5	153	30	26	11	32	1.91
553160--553236	28	2.8	28	88	4	102	23	32	19	24	1.97
553111--553315	107	1.9	107	82	5	252	26	27	15	29	1.96
553190--553424	80	2.9	77	76	9	222	26	28	14	30	1.95
559045--559091	22	2.2	22	85	14	64	31	21	0	46	1.51
561391--561441	20	2.6	20	90	3	77	33	13	17	35	1.89
561470--561536	33	2.0	33	85	5	91	34	13	16	35	1.88
562885--562934	20	2.5	20	93	0	82	24	18	18	40	1.91
562903--562999	33	2.9	33	90	3	151	27	14	17	40	1.89
567135--567176	22	2.1	19	86	13	57	52	0	4	42	1.22
569606--569671	35	1.9	34	87	3	96	31	19	13	34	1.91
570253--570279	13	2.1	13	100	0	54	40	14	7	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
570389--570439	23	2.1	23	85	7	66	35	5	11	47	1.65
576367--576392	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
576345--576412	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
576442--576515	20	3.7	20	78	10	62	27	16	17	39	1.91
579463--579493	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
581066--581117	20	2.7	20	93	3	88	28	17	17	36	1.92
581159--581211	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
581199--581223	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
583519--583581	33	1.9	32	84	9	83	33	12	12	41	1.81
591392--591458	33	2.0	32	83	11	82	31	16	13	38	1.87
591487--591542	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
591527--591553	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
591508--591572	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
594461--594497	15	2.5	15	90	0	56	83	16	0	0	0.64
595799--596647	27	28.5	27	75	14	460	23	31	13	31	1.92
595834--595919	34	2.6	34	84	1	120	23	32	10	33	1.89
595803--596718	61	15.3	59	75	13	565	23	31	13	31	1.93
596009--596666	150	4.4	147	78	11	605	22	31	12	32	1.92
596071--596458	211	1.8	211	82	4	496	22	30	13	33	1.92
595799--596647	89	9.5	86	75	14	590	23	31	13	31	1.92
596667--596762	30	3.3	30	85	5	126	32	33	17	16	1.93
596667--596762	29	3.3	29	81	11	117	32	33	17	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
596784--597626	49	17.9	49	73	13	607	27	25	17	30	1.97
596838--597008	88	2.0	87	94	1	297	25	28	18	27	1.98
596933--597620	101	7.3	101	80	9	424	26	25	17	30	1.97
597175--597520	87	4.0	87	85	3	462	28	25	17	28	1.97
597433--597668	101	2.3	101	81	4	271	25	25	18	30	1.98
598491--598553	19	3.6	19	76	24	84	33	12	19	34	1.89
598510--598567	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91
598489--598566	32	2.4	32	97	0	147	34	14	17	33	1.90
598605--598630	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
600222--600247	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
600308--600380	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
600286--600380	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
601012--601058	23	2.0	23	100	0	94	34	27	4	34	1.77
602847--602885	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
602871--602949	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
604959--604989	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
609053--609078	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
609139--609211	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
609117--609211	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
617365--617404	21	1.9	22	85	10	57	20	12	10	57	1.63
620811--620849	20	2.0	20	89	0	60	46	7	10	35	1.67
620854--620961	52	2.1	52	82	3	128	33	13	13	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
622193--622246	20	2.7	20	88	5	74	37	20	11	31	1.88
622275--622328	20	2.8	20	85	2	74	37	16	14	31	1.89
622275--622450	39	4.4	39	72	14	169	34	16	17	31	1.92
622214--622411	83	2.4	83	93	1	326	33	17	18	30	1.94
622358--622450	19	4.8	19	77	4	96	36	15	15	33	1.88
622358--622488	39	3.3	39	83	3	120	36	15	13	34	1.87
624984--625021	13	2.9	13	92	0	58	39	13	15	31	1.86
629133--629157	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
641124--641177	28	1.9	28	88	7	83	31	16	27	24	1.96
641211--641282	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13