genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold24
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3006277

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130351--2130443	19	4.8	19	65	16	57	44	0	1	54	1.07
2130350--2130396	19	2.4	19	82	3	58	42	0	0	57	0.98
2131312--2131350	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2131343--2131428	36	2.4	36	80	9	86	58	3	1	37	1.23
2131392--2131446	29	1.9	28	85	3	74	60	3	0	36	1.15
2131928--2131981	28	1.9	28	82	14	67	48	1	1	48	1.23
2132244--2132276	14	2.4	14	90	5	50	57	3	0	39	1.14
2132447--2132525	38	2.1	38	83	7	97	50	0	0	49	1.00
2133294--2133323	14	2.1	14	100	0	60	63	0	0	36	0.95
2133847--2133890	18	2.4	18	92	3	70	59	0	0	40	0.98
2135048--2135167	63	1.9	63	96	0	222	48	7	10	34	1.65
2135054--2135180	63	2.0	63	87	4	186	51	7	9	32	1.61
2135230--2135333	31	3.4	30	84	9	106	42	9	0	47	1.43
2135470--2135535	30	2.2	30	83	0	78	39	9	1	50	1.44
2135268--2135644	198	1.9	201	88	2	573	46	8	6	38	1.60
2135956--2135999	9	4.9	9	82	0	52	47	0	0	52	1.00
2140938--2140967	15	2.1	15	93	6	53	46	16	0	36	1.47
2142343--2142384	15	2.7	17	79	20	56	61	0	0	38	0.96
2142697--2142769	31	2.2	33	80	9	87	47	0	0	52	1.00
2142778--2142832	27	2.0	28	82	10	69	47	0	3	49	1.19
2143305--2144520	246	5.0	243	81	5	1241	38	19	26	16	1.92
2145040--2145072	2	17.0	2	87	6	50	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2145688--2145750	29	2.1	30	82	8	76	41	0	1	57	1.08
2146649--2146712	25	2.6	26	83	14	82	56	0	1	42	1.09
2146663--2146704	17	2.6	17	85	14	54	57	0	0	42	0.99
2146667--2146727	30	2.0	31	87	9	90	54	0	0	45	1.00
2147042--2147090	2	24.5	2	95	0	89	48	0	48	2	1.12
2150271--2150313	17	2.5	17	85	10	61	58	0	2	39	1.11
2150605--2150658	18	3.2	18	84	10	69	46	0	0	53	1.00
2150734--2150769	10	3.2	12	85	14	51	30	0	0	69	0.89
2150732--2150765	17	2.0	17	94	0	59	26	0	0	73	0.83
2151715--2151752	20	1.9	20	94	0	67	52	0	0	47	1.00
2151719--2151780	20	3.3	20	73	22	64	51	0	0	48	1.00
2151700--2151779	27	3.1	27	72	22	75	53	1	0	45	1.08
2152292--2152318	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2152435--2152473	19	2.0	20	90	5	62	53	0	0	46	1.00
2152442--2152482	19	2.2	19	86	0	55	56	0	0	43	0.99
2159059--2159242	92	2.0	92	96	0	341	43	17	10	28	1.82
2160564--2160720	27	5.3	28	71	22	90	43	0	0	55	1.04
2160586--2160650	32	2.0	33	87	3	96	44	0	0	55	0.99
2160593--2160688	10	8.9	10	70	15	50	44	0	1	54	1.07
2160658--2160722	22	2.9	22	79	2	67	38	0	1	60	1.07
2160559--2160722	16	10.2	17	67	19	77	43	0	0	55	1.04
2160563--2160725	17	10.2	16	67	18	81	44	0	0	55	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161596--2161634	20	2.1	18	90	9	60	69	0	2	28	1.02
2161596--2161640	20	2.2	21	84	11	58	66	0	2	31	1.04
2161891--2161933	20	2.1	21	91	8	72	41	2	0	55	1.12
2161897--2161940	19	2.2	20	88	4	63	52	0	0	47	1.00
2162318--2162373	29	2.0	28	85	3	76	66	0	0	33	0.92
2162335--2162379	16	2.7	17	79	6	56	60	0	0	40	0.97
2162349--2162419	17	4.1	18	68	26	55	52	0	0	47	1.00
2167043--2167102	20	3.1	20	72	9	54	40	0	1	58	1.08
2172053--2172105	13	4.0	13	82	4	61	49	0	0	50	1.00
2172077--2172149	32	2.3	32	81	11	80	47	1	1	49	1.18
2172133--2172184	25	2.0	26	88	3	79	53	1	0	44	1.11
2173458--2173499	20	2.2	20	80	16	52	50	0	0	50	1.00
2173467--2173510	18	2.3	20	88	7	65	43	0	0	56	0.99
2173463--2173511	20	2.4	22	80	19	70	42	0	0	57	0.99
2174424--2174464	19	2.2	19	86	8	57	53	0	0	46	1.00
2174457--2174516	17	3.5	17	80	10	59	43	0	0	56	0.99
2174431--2174517	19	4.7	19	70	11	63	48	0	0	51	1.00
2174485--2174531	23	2.2	22	85	11	62	55	0	0	44	0.99
2174487--2174529	16	2.8	15	86	10	52	55	0	0	44	0.99
2174863--2174955	20	4.8	19	67	16	66	50	0	0	49	1.00
2174858--2174955	38	2.5	39	77	8	110	51	0	0	48	1.00
2174839--2174943	56	1.9	54	84	9	140	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2174929--2174964	17	2.1	17	94	0	63	44	0	0	55	0.99
2177467--2177501	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
2178162--2178705	171	3.2	168	77	10	446	44	4	4	45	1.46
2179094--2179130	14	2.6	15	83	12	51	75	2	0	21	0.92
2179076--2179132	17	3.1	18	82	10	62	71	1	0	26	0.95
2179093--2179132	19	2.2	17	86	8	53	77	2	0	20	0.88
2179212--2179290	29	2.7	29	88	2	104	50	1	0	48	1.08
2179215--2179272	13	4.1	14	79	14	66	50	0	0	50	1.00
2179439--2179474	12	3.2	12	92	7	58	63	0	0	36	0.94
2179452--2179490	20	2.0	20	84	0	51	58	0	0	41	0.98
2181951--2181987	16	2.2	17	90	4	58	24	5	10	59	1.52
2181962--2182011	15	3.3	15	83	13	66	30	0	10	60	1.30
2183135--2183188	14	4.1	14	76	13	51	35	0	0	64	0.94
2183150--2183187	19	2.1	19	90	5	60	31	0	0	68	0.90
2183143--2183195	22	2.5	21	79	11	54	37	0	0	62	0.96
2184013--2184040	5	5.6	5	100	0	56	42	0	0	57	0.99
2185221--2185249	13	2.1	14	93	6	51	44	6	6	41	1.58
2186884--2186954	36	2.0	36	85	0	97	21	56	11	11	1.65
2186851--2186978	66	1.9	66	84	3	168	17	56	10	14	1.67
2186916--2187065	78	1.9	78	83	2	194	18	54	8	18	1.69
2187109--2187410	30	10.5	30	85	8	376	19	58	8	12	1.60
2187090--2187410	84	3.8	84	86	4	381	20	58	8	12	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2187328--2187370	12	3.6	12	81	12	61	27	58	6	6	1.50
2187263--2187477	54	3.8	54	79	10	173	25	58	5	10	1.52
2187434--2187480	24	2.0	24	86	0	67	31	57	4	6	1.43
2189052--2189095	14	3.0	15	80	12	56	34	0	2	63	1.07
2189103--2189144	10	4.2	10	76	11	50	35	0	0	64	0.94
2189100--2189142	22	2.0	21	90	4	68	41	0	0	58	0.98
2189065--2189141	21	3.8	21	74	5	70	41	0	0	58	0.98
2190988--2191012	13	1.9	13	100	0	50	28	24	8	40	1.83
2195661--2195692	2	16.0	2	93	0	55	0	46	0	53	1.00
2196087--2196176	32	2.7	33	77	8	92	47	0	1	51	1.08
2196282--2196335	28	2.0	27	85	10	74	38	0	0	61	0.96
2196878--2196947	10	6.5	11	75	15	58	48	0	0	51	1.00
2197312--2197352	20	2.1	19	86	4	55	48	0	0	51	1.00
2197396--2197430	17	2.1	16	89	5	52	51	2	0	45	1.16
2199251--2199279	12	2.3	13	94	5	51	41	0	0	58	0.98
2201190--2201214	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2201534--2201573	5	7.8	5	86	13	55	85	0	0	15	0.61
2201543--2201568	12	2.2	12	100	0	52	84	0	0	15	0.62
2201536--2201573	17	2.2	17	100	0	76	84	0	0	15	0.63
2202174--2202350	90	2.0	89	86	3	248	49	18	6	25	1.70
2208323--2208347	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2208555--2208616	20	3.3	18	78	14	63	32	0	3	64	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2208622--2208688	30	2.2	30	79	10	73	44	0	4	50	1.22
2209293--2209385	10	9.1	10	67	21	59	39	0	0	60	0.97
2209286--2209385	51	2.0	49	84	9	132	41	0	0	59	0.98
2209641--2209674	17	2.0	18	88	11	54	64	0	2	32	1.08
2215572--2215621	25	2.0	24	88	3	73	62	0	0	38	0.96
2215888--2215929	17	2.3	18	84	12	59	59	0	0	40	0.97
2216812--2216854	10	4.0	10	77	16	50	39	2	0	58	1.11
2216811--2216855	23	2.0	23	95	0	81	40	4	0	55	1.20
2217130--2217164	13	2.7	13	86	13	54	34	0	0	65	0.93
2217131--2217165	12	2.9	12	84	16	54	37	0	0	62	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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