genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold24
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3006277

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

This is table  6  of  19  ( 2215 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760781--760827	20	2.3	21	79	20	55	40	4	0	55	1.19
761243--761294	19	3.1	16	81	13	61	71	3	0	25	1.03
761522--761582	19	3.3	19	73	15	65	50	0	0	49	1.00
761539--761596	30	2.0	29	87	12	84	48	0	0	51	1.00
761704--761759	27	2.1	27	83	9	71	35	0	1	62	1.06
761844--761934	15	6.1	15	72	18	64	39	0	0	60	0.97
761856--761899	20	2.2	20	84	8	54	47	0	0	52	1.00
761878--761924	19	2.4	19	79	13	51	36	0	0	63	0.94
761898--761940	19	2.4	18	81	11	52	30	0	0	69	0.88
761917--761945	11	2.7	11	94	5	51	34	0	0	65	0.93
761926--761975	26	1.9	26	88	8	75	30	2	2	66	1.14
762146--762183	17	2.4	16	86	8	51	73	5	0	21	1.02
763170--763260	27	3.4	25	69	15	67	52	0	0	47	1.00
766339--766388	18	2.9	17	78	16	50	32	0	2	66	1.03
766861--766924	25	2.6	25	72	16	62	37	0	3	59	1.13
768053--768119	32	2.1	31	81	8	73	46	1	7	44	1.40
768475--768510	17	2.1	17	90	10	56	36	0	0	63	0.94
768461--768513	22	2.6	21	79	11	65	43	0	0	56	0.99
768541--768572	16	2.1	16	88	11	50	62	0	0	37	0.95
768955--768979	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
768993--769069	19	4.0	19	67	21	52	67	0	2	29	1.04
769589--769654	31	2.2	29	84	13	80	48	0	1	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773582--773621	20	2.0	20	90	4	64	37	0	0	62	0.95
776833--776908	37	2.1	37	97	0	143	48	5	15	30	1.67
777014--777052	20	2.0	20	95	5	71	56	0	0	43	0.99
777924--777975	25	2.0	27	88	7	81	65	1	0	32	1.04
777924--778006	13	6.0	13	73	22	55	66	1	0	32	1.00
777930--778007	18	4.1	18	77	11	66	66	1	0	32	1.00
777938--778007	13	4.9	13	73	19	59	67	1	0	31	1.00
778231--778263	16	2.0	17	88	5	50	36	0	0	63	0.95
778231--778300	17	3.9	17	74	15	52	32	1	0	65	1.01
778245--778299	20	2.8	20	83	2	58	30	1	0	67	1.01
784900--784938	16	2.5	16	95	4	71	35	30	0	33	1.58
792708--792741	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
793310--793407	31	3.2	31	83	0	133	39	2	5	53	1.35
794313--794348	17	2.2	17	90	5	56	77	0	0	22	0.76
794379--794445	31	2.3	28	84	7	80	34	13	17	34	1.89
796389--796414	6	4.3	6	100	0	52	53	0	0	46	1.00
796590--796626	19	1.9	19	88	0	56	37	10	0	51	1.37
797149--797186	20	1.9	20	100	0	76	42	2	7	47	1.46
805476--805513	17	2.2	17	100	0	76	50	5	10	34	1.59
807156--807182	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
807182--807211	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
807448--807473	7	3.7	7	100	0	52	11	0	0	88	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812123--812168	12	3.6	12	78	16	56	41	8	10	39	1.71
812116--812168	27	2.0	27	100	0	106	41	11	11	35	1.77
812116--812157	12	3.0	15	73	20	54	40	11	11	35	1.79
812527--812690	44	3.7	44	92	0	274	25	17	13	43	1.85
813017--813063	23	2.0	23	84	8	60	51	2	0	46	1.13
813023--813073	10	4.9	10	80	15	50	47	0	0	52	1.00
813031--813076	23	2.0	22	87	4	65	47	0	0	52	1.00
815605--815658	20	2.8	20	86	8	67	37	3	0	59	1.15
815622--815665	20	2.2	20	84	8	54	45	2	0	52	1.13
815658--815701	23	2.0	22	90	4	70	68	0	0	31	0.90
816163--816234	37	1.9	37	83	8	92	40	0	0	59	0.97
820596--820771	58	3.0	59	94	1	318	44	10	7	37	1.68
821011--821039	15	1.9	15	100	0	58	44	0	0	55	0.99
826807--826859	2	26.5	2	88	0	79	49	3	1	45	1.31
836193--836268	29	2.6	29	85	6	91	38	6	1	53	1.35
836268--836335	28	2.4	27	80	11	73	48	8	0	42	1.34
836290--836343	28	1.9	28	88	7	83	46	7	0	46	1.31
840312--840350	19	2.1	19	100	0	78	15	20	0	64	1.30
845321--845367	25	1.9	25	82	4	60	42	2	4	51	1.33
845327--845372	25	1.9	24	82	8	58	43	2	2	52	1.25
845222--845455	89	2.6	89	79	12	266	46	1	3	48	1.29
845412--845466	23	2.3	24	84	6	67	52	1	0	45	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845422--845472	25	2.1	24	81	3	57	58	1	0	39	1.09
845639--845673	16	2.3	15	90	5	52	45	0	2	51	1.16
845724--845782	29	2.0	29	83	9	75	52	0	0	47	1.00
845810--845858	17	2.8	17	78	12	55	59	0	0	40	0.98
845893--845965	23	3.2	23	70	16	62	53	0	1	45	1.09
845948--845987	16	2.4	16	88	12	55	62	0	0	37	0.95
845947--845976	15	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
849288--849351	32	2.0	32	87	0	92	50	6	4	39	1.49
849463--849492	14	2.1	15	93	6	53	30	0	3	66	1.07
850044--850142	48	2.1	48	96	0	180	41	6	15	37	1.71
850451--850557	56	1.9	57	86	1	153	49	4	5	40	1.47
850520--850628	48	2.3	48	85	1	139	41	3	10	44	1.55
853866--853897	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
856422--857191	192	4.0	192	94	0	1324	35	19	18	26	1.94
859941--859983	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
863342--863379	13	3.4	11	83	16	51	44	2	2	50	1.30
865166--865208	23	1.9	23	85	4	61	30	2	2	65	1.18
866039--866069	16	1.9	16	93	0	53	61	0	0	38	0.96
866696--866727	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
867639--867681	22	2.0	22	86	9	61	65	0	4	30	1.13
867762--867797	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
872327--872365	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872365--872391	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
872733--872757	10	2.5	10	100	0	50	40	0	16	44	1.47
873562--873652	32	2.9	31	76	16	98	40	3	1	54	1.24
873551--873654	16	6.6	16	71	22	60	41	2	0	54	1.21
873510--873694	17	11.3	18	66	23	72	41	3	1	54	1.24
874641--874689	24	2.0	24	92	0	80	55	0	4	40	1.19
875492--875553	15	4.0	15	76	17	56	51	1	0	46	1.10
875579--875624	16	2.9	16	93	0	74	47	21	8	21	1.77
875800--875860	32	1.9	32	86	6	88	54	6	4	34	1.48
876455--876497	20	2.2	19	84	12	52	44	0	0	55	0.99
876455--876498	19	2.2	20	80	4	54	45	0	0	54	0.99
879843--879876	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
880926--880979	6	9.2	6	91	4	92	0	64	0	35	0.94
883089--883153	24	2.9	22	82	15	71	43	0	0	56	0.99
883089--883152	23	2.8	23	84	13	71	43	0	0	56	0.99
883242--883273	14	2.4	14	94	5	57	34	0	0	65	0.93
883574--883652	11	7.2	11	81	12	76	65	0	1	32	1.00
883586--883648	22	3.0	21	88	9	85	69	0	1	28	0.97
883638--883722	24	3.5	24	73	10	66	55	2	1	41	1.20
885634--885673	19	2.2	19	86	4	55	25	2	5	67	1.23
886808--886848	15	2.6	17	81	11	52	46	9	2	41	1.50
889148--889188	18	2.4	16	84	8	55	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889540--889568	15	1.9	15	100	0	58	55	0	3	41	1.17
889617--889647	13	2.4	13	94	0	53	32	0	6	61	1.21
891959--892697	175	4.2	175	93	2	1247	40	13	6	39	1.70
892853--892878	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
893260--893340	28	2.7	31	76	12	89	55	1	0	43	1.07
893265--893298	16	2.2	16	89	5	52	50	0	0	50	1.00
893310--893375	19	3.4	20	74	14	66	57	6	0	36	1.23
893296--893378	38	2.1	38	84	8	105	56	4	0	38	1.21
893852--893884	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
895709--895836	22	5.8	22	63	15	59	42	1	0	55	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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