genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold24
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3006277

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2218630--2218695	8	8.8	8	74	12	50	34	0	0	65	0.93
2218631--2218707	19	4.1	20	76	14	74	36	0	0	63	0.95
2218637--2218732	25	3.9	24	74	12	79	39	0	1	59	1.04
2218671--2218715	19	2.3	20	80	3	56	44	0	0	55	0.99
2218658--2218759	49	2.1	49	83	9	127	44	0	0	54	1.06
2218724--2218775	15	3.1	15	75	24	50	53	0	0	46	1.00
2218723--2218801	36	2.2	37	80	13	92	54	1	0	44	1.08
2219494--2219535	15	2.6	16	81	7	50	38	0	4	57	1.20
2219545--2219584	19	2.2	17	86	13	53	60	0	0	40	0.97
2220160--2220210	13	3.8	13	82	14	59	35	0	0	64	0.94
2220518--2220552	15	2.2	16	90	5	54	51	5	5	37	1.50
2220636--2220676	18	2.3	19	79	8	50	39	2	0	58	1.11
2221312--2221376	20	3.1	21	75	18	55	47	3	0	49	1.17
2221339--2221397	22	2.6	24	79	15	72	54	0	0	45	0.99
2221362--2221417	21	2.5	21	83	13	60	60	0	0	39	0.97
2222609--2222648	19	2.2	17	86	8	53	60	0	0	40	0.97
2222601--2222671	31	2.3	30	83	9	81	56	1	0	42	1.08
2223625--2223657	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2227825--2227853	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2228046--2228079	17	2.0	17	100	0	68	23	17	23	35	1.95
2228051--2228088	17	2.2	17	90	0	58	31	18	21	28	1.97
2228127--2228159	15	2.1	16	88	5	50	48	0	6	45	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2228230--2228279	17	3.0	16	86	13	66	60	0	0	40	0.97
2228216--2228307	26	3.6	25	68	23	68	56	0	0	43	0.99
2228269--2228302	13	2.9	11	84	16	50	52	0	0	47	1.00
2228198--2228306	59	1.9	56	83	12	141	57	0	0	42	0.98
2228699--2228723	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2231235--2231268	15	2.3	15	94	0	59	52	0	0	47	1.00
2231752--2231799	14	3.3	15	78	18	57	37	2	4	56	1.30
2231759--2231802	15	3.1	15	78	21	58	43	0	4	52	1.22
2231965--2232021	22	2.6	22	74	15	55	54	1	0	43	1.10
2231961--2232238	117	2.5	110	84	10	359	53	1	1	43	1.18
2232568--2232599	14	2.3	14	94	0	55	46	0	0	53	1.00
2232557--2232907	120	2.9	120	85	9	432	41	2	1	53	1.25
2232868--2232950	28	3.5	22	72	24	62	40	1	1	56	1.15
2235962--2236036	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
2235962--2236039	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
2236947--2237000	21	2.5	22	93	6	101	18	11	9	61	1.55
2236947--2237007	21	2.9	21	90	4	70	21	11	9	57	1.62
2244509--2245185	27	24.5	27	84	8	850	22	34	14	28	1.93
2244509--2245185	83	8.2	82	84	8	833	22	34	14	28	1.93
2245308--2246118	32	24.8	32	77	14	718	31	36	17	14	1.90
2245308--2246275	65	14.6	64	75	15	786	30	36	17	15	1.91
2246022--2246226	105	1.9	107	83	8	267	27	38	18	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2246129--2246282	34	4.7	32	79	13	170	29	34	18	16	1.94
2246130--2246282	67	2.3	65	82	8	177	30	33	18	16	1.94
2247912--2247953	21	2.0	22	95	4	77	21	9	9	59	1.57
2258629--2258659	11	2.8	11	100	0	62	74	0	0	25	0.82
2258619--2258659	19	2.2	19	86	8	57	73	0	0	26	0.84
2258713--2258897	95	1.9	95	96	0	343	38	18	11	30	1.87
2264432--2264490	23	2.5	24	84	10	70	50	0	0	49	1.00
2265448--2265478	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
2272250--2272282	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2273193--2273241	18	2.5	20	78	18	59	59	2	0	38	1.09
2273186--2273241	27	2.1	27	83	6	69	62	1	0	35	1.06
2276932--2276975	20	2.2	20	84	12	54	52	4	4	38	1.42
2285975--2286000	12	2.2	12	100	0	52	15	19	30	34	1.93
2287807--2287849	12	3.2	12	87	12	50	53	4	0	41	1.21
2287821--2287849	12	2.3	13	94	5	51	55	3	0	41	1.17
2292191--2292228	19	2.0	19	100	0	76	10	5	15	68	1.36
2295966--2296004	15	2.5	17	76	23	50	48	2	0	48	1.15
2296301--2296367	28	2.4	27	82	12	73	55	1	0	43	1.09
2302999--2303051	27	2.0	27	82	14	65	41	0	3	54	1.18
2303103--2303146	19	2.3	19	88	0	61	45	2	4	47	1.35
2303113--2303156	19	2.3	19	96	0	79	43	0	4	52	1.22
2303378--2303423	24	1.9	24	90	0	74	56	2	0	41	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2303358--2303435	14	5.6	14	71	20	58	61	1	0	37	1.04
2304155--2304191	14	2.4	16	82	13	51	35	0	8	56	1.29
2304705--2304837	64	2.0	65	90	7	207	22	27	15	33	1.95
2305380--2305442	30	2.2	29	83	8	76	36	3	3	57	1.31
2305920--2305998	9	8.6	9	89	8	115	29	0	0	70	0.87
2305937--2305998	3	20.7	3	96	0	115	30	0	0	69	0.89
2306161--2306201	11	3.7	11	81	12	57	65	0	0	34	0.93
2306161--2306217	17	3.4	16	78	7	60	66	1	0	31	1.02
2306167--2306217	22	2.3	22	83	6	59	68	1	0	29	1.00
2307966--2307990	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2309884--2309913	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2311086--2311157	35	2.0	37	81	10	87	44	0	0	55	0.99
2312962--2313052	32	2.8	32	84	11	116	34	16	13	36	1.87
2314278--2314308	15	2.1	14	94	5	53	19	0	0	80	0.71
2314315--2314371	26	2.2	26	81	15	73	35	0	3	61	1.13
2315713--2315793	25	3.2	26	78	15	80	46	0	0	53	1.00
2316091--2316115	4	6.2	4	100	0	50	72	0	0	28	0.86
2316955--2316983	13	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
2321330--2321372	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2323129--2323160	13	2.5	13	95	5	57	62	0	0	37	0.95
2323112--2323167	19	2.9	19	71	12	51	50	0	0	50	1.00
2323594--2323628	18	1.9	18	94	0	61	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2324073--2324146	38	1.9	38	81	10	89	47	0	1	51	1.09
2324679--2324722	21	2.1	21	83	8	54	40	2	0	56	1.11
2326428--2326516	16	5.4	16	67	10	54	51	0	0	48	1.00
2326649--2326687	15	2.6	14	80	11	51	41	0	2	56	1.13
2326683--2326724	11	3.7	11	81	12	50	28	0	0	71	0.86
2326625--2326716	16	5.8	16	74	17	68	36	0	1	61	1.03
2327573--2327614	8	4.8	9	82	11	52	35	0	2	61	1.09
2327573--2327613	17	2.3	18	87	4	57	34	0	2	63	1.08
2327918--2327956	17	2.4	16	83	8	51	61	0	0	38	0.96
2328462--2328521	27	2.1	27	85	11	77	36	1	3	58	1.25
2328475--2328537	28	2.3	28	83	8	76	42	0	3	53	1.16
2328658--2328699	16	2.5	17	84	7	59	66	0	0	33	0.92
2328658--2328730	26	2.7	29	83	12	100	65	1	0	32	1.01
2328687--2328758	32	2.2	33	82	2	83	58	5	1	34	1.30
2328922--2328974	20	2.9	17	79	17	61	39	0	1	58	1.09
2328937--2328978	20	2.0	21	95	4	77	38	0	0	61	0.96
2329519--2329553	16	2.2	16	89	0	52	40	0	0	60	0.97
2333399--2333445	11	4.6	11	77	20	57	65	2	0	31	1.04
2333399--2333436	13	3.2	12	85	10	51	65	0	0	34	0.93
2333400--2333457	29	2.0	29	82	0	71	65	5	1	27	1.23
2337979--2338003	3	8.3	3	100	0	50	0	68	0	32	0.90
2341210--2341246	19	1.9	19	94	0	65	51	0	2	45	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2341642--2341685	23	2.0	23	87	12	67	40	0	0	59	0.98
2341664--2341713	15	3.3	15	75	16	50	50	0	0	50	1.00
2342177--2342245	28	2.3	29	76	18	72	53	0	0	46	1.00
2343106--2343138	14	2.4	14	90	5	50	48	6	9	36	1.60
2344305--2344329	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2344909--2344984	16	4.7	17	75	13	72	46	2	0	51	1.15
2344913--2344969	17	3.4	17	78	7	62	47	3	0	49	1.18
2344955--2344992	20	1.9	20	89	10	60	50	0	0	50	1.00
2345860--2345905	22	2.0	24	83	8	60	60	4	0	34	1.16
2352399--2352450	2	26.0	2	96	0	95	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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