genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold24
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3006277

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2640192--2640253	27	2.3	27	82	0	70	46	6	0	46	1.28
2640452--2640526	9	8.2	9	73	7	53	50	0	2	46	1.15
2644441--2644497	30	1.9	30	89	3	89	47	3	10	38	1.55
2650112--2650152	5	8.2	5	89	10	50	39	0	0	60	0.96
2650183--2650241	25	2.5	24	78	13	68	33	0	1	64	1.04
2650183--2650241	24	2.5	24	81	8	68	33	0	1	64	1.04
2650205--2650236	11	2.9	11	90	0	55	28	0	0	71	0.86
2650890--2650938	2	24.5	2	95	0	89	48	0	0	51	1.00
2651141--2651199	24	2.5	24	81	10	68	42	3	0	54	1.17
2651141--2651199	25	2.5	24	83	8	68	42	3	0	54	1.17
2651322--2651360	20	1.9	20	89	5	60	25	0	10	64	1.25
2651686--2651747	30	2.1	30	81	6	72	37	3	1	58	1.24
2651711--2651755	23	1.9	23	82	13	56	37	2	0	60	1.09
2653107--2653173	35	1.9	35	90	6	109	59	0	2	37	1.13
2654454--2654479	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
2664942--2665028	43	2.0	43	86	4	122	41	33	12	12	1.81
2665255--2665300	2	23.0	2	86	0	65	45	2	0	52	1.13
2665907--2665951	21	2.1	21	83	4	54	44	0	2	53	1.13
2666810--2666848	20	2.0	20	84	0	51	43	0	2	53	1.14
2672216--2672240	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
2682432--2682479	26	1.9	24	83	8	60	47	2	0	50	1.12
2686484--2686554	32	2.3	31	83	11	85	40	0	2	56	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2687035--2687090	20	2.6	22	75	16	55	51	1	1	44	1.22
2687123--2687180	22	2.9	21	80	17	70	34	0	0	65	0.93
2690172--2690212	6	7.0	6	91	5	66	12	34	19	34	1.89
2693453--2693506	21	2.5	22	82	8	67	59	0	0	40	0.98
2693426--2693501	21	3.7	21	71	20	63	61	0	0	38	0.96
2693426--2693507	30	2.8	28	80	14	85	60	0	0	39	0.96
2695170--2695225	23	2.3	24	84	9	69	32	3	3	60	1.31
2701353--2701398	19	2.4	19	75	10	58	50	0	0	50	1.00
2702345--2702390	23	2.0	24	82	4	58	39	2	0	58	1.10
2706409--2706456	21	2.3	20	80	13	53	43	0	0	56	0.99
2706408--2706461	22	2.5	22	79	11	58	44	0	0	55	0.99
2706675--2706710	13	2.8	13	86	0	54	2	8	0	88	0.59
2707260--2707290	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
2710056--2710106	17	2.9	18	80	16	63	33	0	0	66	0.92
2710060--2710099	15	2.6	16	84	4	55	32	0	0	67	0.91
2710201--2710243	21	2.0	23	81	9	54	39	2	6	51	1.42
2710787--2710835	3	16.3	3	91	0	80	71	0	0	28	0.86
2711053--2711087	3	11.7	3	100	0	70	68	31	0	0	0.90
2711405--2711448	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
2711761--2711794	2	17.0	2	93	0	59	2	50	0	47	1.16
2711794--2711833	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2712623--2712651	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2713086--2713124	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
2723064--2723116	20	2.5	22	87	12	92	41	0	3	54	1.18
2723078--2723112	10	3.4	11	84	15	56	45	0	5	48	1.26
2730679--2730718	2	20.0	2	94	0	71	47	2	0	50	1.14
2731971--2732044	37	2.0	37	100	0	148	24	2	29	43	1.68
2735675--2735699	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
2737579--2737605	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
2746892--2746936	23	2.0	23	100	0	90	62	8	8	20	1.51
2749919--2749976	21	2.7	21	72	20	57	41	0	0	58	0.98
2749915--2749992	30	2.4	34	81	14	94	43	0	0	56	0.99
2750884--2750916	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2756090--2756116	6	4.5	6	100	0	54	14	0	18	66	1.25
2760677--2760716	21	1.9	21	100	0	80	20	25	15	40	1.90
2762560--2762585	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2763945--2763978	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
2764620--2764649	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
2764771--2764804	7	4.9	7	100	0	68	29	29	14	26	1.95
2765199--2765270	32	2.3	32	79	11	78	58	1	1	38	1.15
2765655--2765688	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2766027--2766060	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
2766441--2766499	32	1.9	30	83	13	75	44	1	5	49	1.34
2770640--2770673	2	17.5	2	93	6	61	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2772974--2773005	5	6.4	5	100	0	64	18	18	43	18	1.88
2773650--2773684	2	17.5	2	93	0	61	48	2	48	0	1.16
2775992--2776017	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
2776428--2776452	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2777815--2777910	46	2.2	43	88	7	140	45	0	2	52	1.12
2777855--2777892	19	2.0	20	85	15	53	42	0	2	55	1.14
2778351--2778398	2	24.0	2	95	0	87	0	52	0	47	1.00
2781102--2781143	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
2784482--2784526	21	2.2	20	84	4	54	57	0	8	33	1.30
2785451--2785491	16	2.6	16	84	0	55	56	2	0	41	1.13
2785948--2785991	20	2.2	20	88	8	63	54	2	0	43	1.12
2786616--2786678	18	3.6	18	74	4	58	46	0	1	52	1.10
2786672--2786707	13	2.8	13	82	0	54	30	2	0	66	1.06
2786669--2786725	29	2.0	27	83	6	69	33	3	1	61	1.23
2786737--2786761	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
2787639--2787667	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2791670--2791702	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
2792385--2792413	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
2792782--2792824	2	20.0	2	81	13	50	44	6	0	48	1.29
2795884--2795913	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
2797199--2797247	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2800389--2800488	50	2.0	50	96	0	182	24	23	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2802886--2802925	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
2803586--2803620	2	18.0	2	88	5	54	48	0	2	48	1.16
2806956--2806998	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2807055--2807095	20	2.0	20	85	0	55	29	14	4	51	1.63
2807668--2807763	48	2.0	48	97	0	183	42	11	4	41	1.60
2808463--2808491	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2808584--2808613	7	4.3	7	95	0	51	0	3	10	86	0.67
2809070--2809098	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2810936--2810973	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
2811327--2811378	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
2811881--2811912	1	32.0	1	93	0	55	0	3	96	0	0.20
2818949--2818982	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2835509--2835554	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
2841649--2841859	117	1.8	115	81	4	262	30	11	6	51	1.63
2841933--2841972	17	2.2	18	86	8	55	65	0	2	32	1.06
2843511--2843541	6	5.2	6	96	0	53	16	12	35	35	1.87
2844831--2844863	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2851615--2851669	27	2.0	27	96	0	101	30	9	23	36	1.86
2855105--2855130	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
2857980--2858004	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2866171--2866201	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
2866176--2866217	16	2.6	16	85	11	50	47	2	9	40	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2866208--2866253	16	2.9	16	83	6	58	54	2	8	34	1.43
2866243--2866278	16	2.2	16	95	0	63	50	8	11	30	1.67
2867484--2867531	24	2.0	23	88	4	69	39	0	4	56	1.19
2867658--2867782	30	4.3	30	67	15	91	56	1	2	40	1.22
2869057--2869104	13	3.8	13	81	10	55	60	0	8	31	1.26
2869045--2869121	23	3.2	23	78	15	77	61	1	6	31	1.30
2869436--2869505	14	4.7	14	72	10	50	37	1	0	61	1.05
2869541--2869572	14	2.1	16	88	11	50	46	0	0	53	1.00
2871626--2871669	18	2.5	17	81	3	52	4	20	0	75	0.98
2871950--2871985	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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