genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold24
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3006277

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
551921--551945	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
552008--552032	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
552041--552164	52	2.4	52	94	1	214	35	18	17	28	1.94
561299--561337	21	1.9	20	84	5	51	56	0	0	43	0.99
561298--561342	19	2.3	19	80	3	54	55	0	0	44	0.99
561431--561494	21	3.0	21	90	4	94	39	17	0	43	1.49
561436--561513	21	3.6	23	83	10	76	35	14	0	50	1.43
561441--561498	21	2.8	21	94	0	98	37	17	0	44	1.49
565059--565097	4	9.8	4	100	0	78	51	23	0	25	1.49
565095--565124	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
572503--572560	24	2.4	25	82	5	84	53	0	0	46	1.00
587981--588010	8	3.8	8	90	0	51	86	3	0	10	0.67
589040--589988	43	22.3	43	85	2	1107	14	28	17	38	1.89
589040--589988	85	11.2	85	84	2	1147	14	28	17	38	1.89
589959--590133	79	2.2	79	93	0	305	18	28	18	34	1.95
589959--590133	37	4.4	41	68	13	125	18	28	18	34	1.95
590703--590768	31	2.1	31	88	0	96	40	18	22	18	1.91
591641--591673	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
594956--595263	125	2.5	124	83	9	387	53	2	1	41	1.27
595278--595353	24	3.2	24	70	22	70	56	1	1	40	1.16
595282--595367	22	3.8	22	75	17	77	60	2	2	34	1.22
595158--595367	109	1.9	108	82	8	257	52	3	1	42	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
596935--596965	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
596915--596981	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
597010--597066	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
597051--597077	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
597032--597096	33	2.0	32	93	3	112	41	16	15	26	1.88
599543--599611	27	2.6	27	100	0	138	20	17	21	40	1.91
605810--605861	19	2.6	20	84	9	70	36	17	13	32	1.89
605847--605906	13	5.1	13	71	22	60	40	13	16	30	1.87
605828--605925	33	3.0	32	90	1	151	39	15	17	27	1.89
609931--609973	16	2.8	15	82	6	59	48	2	2	46	1.27
614188--614243	16	3.6	16	92	2	87	37	0	1	60	1.07
614895--614943	19	2.5	19	80	12	55	48	4	4	42	1.40
615518--615567	21	2.6	18	81	12	55	46	0	2	52	1.12
616087--616119	15	2.1	16	88	5	50	45	6	0	48	1.27
633670--633717	20	2.4	19	80	16	53	39	0	2	58	1.10
633728--633793	28	2.3	29	79	12	73	40	1	3	54	1.25
634891--634935	21	2.1	21	91	0	72	22	6	17	53	1.67
634955--634987	14	2.3	15	94	5	59	24	0	27	48	1.51
636605--636676	20	3.6	20	80	0	90	33	12	9	44	1.75
650659--650711	9	5.6	9	82	17	63	83	11	3	1	0.87
651927--653358	28	50.6	28	86	3	1784	26	32	18	21	1.97
653968--654039	20	3.6	20	78	0	81	33	13	9	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
662515--662558	7	5.6	8	89	8	56	20	0	0	79	0.73
662513--662562	15	3.1	15	85	8	55	20	0	0	80	0.72
663791--664118	138	2.4	138	96	0	611	14	24	13	48	1.79
663820--664045	67	3.3	68	67	19	200	15	23	13	47	1.81
664454--664620	48	3.4	50	81	5	205	38	8	23	29	1.85
664552--664817	79	3.4	79	82	7	333	35	10	23	30	1.88
670564--670994	79	5.4	78	75	12	363	27	23	11	36	1.90
670566--670863	157	1.9	156	83	6	388	26	22	12	37	1.90
670788--670950	87	1.9	86	82	5	204	28	23	10	38	1.88
675432--675542	51	2.2	51	85	3	143	37	13	18	29	1.90
675478--675896	108	3.9	107	79	4	430	33	15	24	26	1.96
675744--675818	28	2.7	27	88	12	100	29	18	29	22	1.98
675768--675944	78	2.3	77	90	5	284	33	13	25	27	1.93
675878--675997	51	2.4	51	85	2	161	31	11	26	30	1.92
681151--681175	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
681130--681196	33	2.0	34	88	2	100	35	11	14	37	1.84
681251--681315	20	3.6	20	71	26	72	36	21	10	30	1.88
681213--681314	33	3.1	33	92	1	170	36	19	10	33	1.87
681863--681924	20	2.9	21	90	7	90	40	11	16	32	1.83
681905--681935	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
681883--682017	33	4.1	33	74	13	127	37	16	19	26	1.92
681979--682035	20	2.8	20	89	0	87	42	17	17	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682744--682861	43	2.8	42	82	2	128	42	16	20	21	1.89
682905--683235	61	5.4	61	82	9	399	29	20	25	24	1.99
682914--683235	122	2.6	122	91	3	508	28	20	25	24	1.99
682902--683235	183	1.8	182	85	6	469	29	20	26	23	1.99
683258--683601	116	2.9	116	89	4	487	27	18	25	27	1.98
683258--683601	61	5.9	60	83	8	442	27	18	25	27	1.98
683255--683623	55	6.4	55	80	10	400	27	19	26	27	1.99
684712--684796	1	85.0	1	73	0	71	1	2	9	87	0.70
684710--684796	32	2.8	30	83	8	104	1	3	9	86	0.74
684712--684796	41	2.0	42	86	6	120	1	2	9	87	0.70
684712--684796	28	3.1	26	82	12	100	1	2	9	87	0.70
697169--697315	51	2.9	50	74	7	134	38	10	20	29	1.87
697272--697669	107	3.7	107	82	5	428	33	15	23	26	1.95
697516--697586	28	2.6	27	84	8	81	28	16	30	23	1.97
697542--697717	79	2.2	79	88	5	275	31	14	25	28	1.95
697655--697770	51	2.3	51	85	5	146	31	13	25	29	1.94
699409--699458	25	2.0	25	96	0	91	26	16	12	46	1.81
700102--700208	20	5.8	18	70	22	71	42	13	14	29	1.84
700102--700208	53	2.0	53	85	7	146	42	13	14	29	1.84
700128--700191	33	1.9	33	93	0	110	40	14	17	28	1.88
700142--700171	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
708282--708350	15	4.3	16	73	21	56	56	1	0	42	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
708275--708337	8	7.0	9	72	24	53	57	1	0	41	1.08
708760--708803	13	3.2	13	84	12	52	56	0	0	43	0.99
709324--709359	15	2.3	16	85	4	56	55	0	0	44	0.99
712129--712170	21	2.0	22	86	13	61	52	9	11	26	1.68
718304--718451	77	1.9	77	85	0	206	31	12	17	39	1.86
722140--722216	23	3.3	23	73	10	68	61	2	5	31	1.32
723353--723389	16	2.4	15	86	8	56	64	0	0	35	0.94
723350--723408	20	2.8	20	79	5	55	61	1	0	37	1.07
723367--723408	22	1.9	22	85	9	59	59	2	0	38	1.10
723708--723736	14	2.1	14	93	6	51	41	0	0	58	0.98
725113--725157	24	1.9	24	86	4	65	15	4	33	46	1.66
726780--726837	26	2.3	25	91	5	91	34	25	13	25	1.93
726827--726892	27	2.4	27	89	0	96	24	10	19	45	1.82
726854--726923	24	2.8	24	77	14	70	21	10	22	45	1.81
729480--729525	21	2.1	22	88	4	67	32	19	28	19	1.96
731389--731446	26	2.3	25	94	5	100	34	24	15	25	1.95
731436--731501	27	2.4	27	89	0	96	24	10	19	45	1.82
731463--731532	24	2.8	24	77	14	70	21	10	22	45	1.81
732511--732546	18	1.9	19	88	5	56	44	0	8	47	1.33
734388--734418	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
735284--735320	17	2.1	17	90	5	56	72	0	0	27	0.84
736455--736501	20	2.2	22	78	17	55	42	0	2	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737568--737689	44	2.8	44	93	1	199	43	14	18	22	1.87
743524--743599	25	3.0	25	73	5	64	52	1	0	46	1.08
745090--745137	21	2.2	21	82	10	53	43	4	2	50	1.33
745136--745176	21	2.0	20	85	4	55	48	0	0	51	1.00
752289--752339	25	2.0	25	100	0	102	35	3	0	60	1.15
752811--752856	2	23.0	2	95	0	83	47	0	2	50	1.13
753395--753430	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
753905--753944	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
754592--754620	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
757395--757438	18	2.6	17	82	10	54	50	11	11	27	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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