genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold24
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3006277

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121311--121656	32	10.8	32	92	0	541	30	32	18	18	1.95
122896--122946	4	12.8	4	76	15	52	76	0	21	1	0.88
122893--122950	16	3.4	16	80	17	71	79	0	18	1	0.82
122893--122950	8	6.8	8	77	14	62	79	0	18	1	0.82
123320--123350	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
125779--125896	51	2.3	51	82	0	146	27	27	12	32	1.93
125797--125913	51	2.3	51	81	0	126	28	30	12	28	1.93
128505--128561	13	3.9	13	74	24	51	36	14	15	33	1.88
128485--128582	32	3.0	32	95	1	169	35	12	16	35	1.86
128483--128580	19	5.8	18	69	28	81	34	12	16	36	1.86
128623--128647	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
128656--128780	52	2.4	52	97	0	232	35	18	18	28	1.94
137854--138036	40	4.3	41	72	16	147	39	13	13	33	1.83
137851--138036	20	9.7	20	68	14	90	39	12	13	33	1.84
137870--138049	92	2.0	92	98	0	351	41	12	15	31	1.84
141159--141219	7	9.0	7	82	10	74	86	13	0	0	0.56
141158--141243	8	11.1	8	71	16	74	83	12	2	1	0.80
141156--141230	33	2.2	35	85	4	84	86	12	1	0	0.63
141156--141241	14	6.3	13	80	12	84	84	11	2	1	0.76
141156--141218	1	63.0	1	77	0	63	88	11	0	0	0.50
141160--141243	33	2.5	33	72	21	75	83	13	2	1	0.81
142461--143491	28	36.1	28	86	5	1245	29	30	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142461--143485	85	12.0	85	86	3	1337	29	30	17	22	1.97
142461--143491	113	9.0	112	86	3	1262	29	30	17	23	1.97
143550--143658	49	2.3	47	82	6	123	22	27	18	32	1.97
144032--144137	51	2.1	51	92	0	176	27	22	9	40	1.85
148285--148331	26	1.9	25	83	12	62	36	10	4	48	1.57
150526--150583	21	3.0	20	76	18	59	48	3	0	48	1.18
151893--151922	5	6.2	5	92	7	53	80	0	0	20	0.72
157029--157061	13	2.4	14	90	5	50	45	0	3	51	1.16
157270--157347	39	2.0	40	85	7	106	47	0	2	50	1.15
159796--159835	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
159835--159875	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
160644--160697	20	2.9	17	74	15	54	40	1	5	51	1.36
160719--160770	20	2.6	21	78	9	63	46	0	1	51	1.12
166881--167002	27	4.5	27	84	3	147	20	28	14	36	1.92
167037--167832	32	26.2	32	81	6	642	31	30	17	20	1.96
167011--167747	154	4.9	152	78	8	674	31	30	17	20	1.96
167083--167749	92	7.3	92	74	12	431	32	30	17	20	1.95
167111--167762	246	2.7	244	86	3	856	31	30	16	20	1.95
175934--175977	22	2.0	22	91	8	72	40	22	0	36	1.54
187485--187538	27	2.0	28	85	3	74	42	7	0	50	1.30
187829--187868	21	1.9	21	90	10	64	40	0	0	60	0.97
187835--187877	21	2.0	22	81	4	52	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187905--187952	25	1.9	25	87	8	71	45	0	0	54	0.99
191673--191723	2	25.5	2	95	0	93	47	0	1	50	1.12
191723--191753	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
192672--192713	21	2.0	21	81	9	50	54	4	0	40	1.21
192877--192922	24	1.9	24	82	8	58	47	15	2	34	1.57
194752--194785	17	1.9	18	94	5	61	64	0	2	32	1.08
195390--195432	20	2.2	20	87	8	61	30	6	0	62	1.21
195575--195617	21	2.2	19	87	8	59	55	0	0	44	0.99
195530--195621	26	3.5	26	71	14	71	53	0	2	44	1.12
196979--197010	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
197109--197147	20	2.0	20	89	0	60	48	0	0	51	1.00
197645--197677	15	2.1	16	88	5	50	57	0	0	42	0.98
198099--198145	16	2.8	17	87	6	69	68	0	0	31	0.90
198127--198215	38	2.3	39	76	14	89	55	0	2	42	1.12
198136--198221	32	2.6	33	75	15	88	52	0	2	45	1.13
198201--198240	20	2.0	20	90	9	64	57	0	0	42	0.98
198203--198246	20	2.2	20	84	8	54	63	0	0	36	0.95
198235--198280	19	2.4	18	89	7	65	56	0	2	41	1.11
198206--198275	29	2.5	30	76	19	71	58	0	0	41	0.98
198589--198626	19	2.0	19	100	0	76	42	0	15	42	1.47
198793--198828	18	2.0	18	94	0	63	33	8	0	58	1.28
201616--201668	16	3.2	16	78	19	63	56	0	1	41	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201616--201670	17	3.2	17	73	19	60	56	0	1	41	1.10
201853--201977	61	2.0	61	100	0	250	35	1	16	47	1.56
203624--203654	15	2.1	15	93	0	53	29	0	6	64	1.18
206952--207008	27	2.1	27	93	0	96	43	3	3	49	1.36
206959--207010	13	4.0	13	74	16	54	44	3	5	46	1.45
209306--209352	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
209432--209482	27	2.0	25	84	7	66	52	0	0	47	1.00
210241--210269	6	5.0	6	95	4	51	0	13	0	86	0.58
212098--212136	17	2.2	18	86	4	53	43	0	2	53	1.14
212100--212136	18	2.0	19	89	5	58	40	0	2	56	1.13
212144--212197	23	2.4	24	78	12	69	46	0	0	53	1.00
213150--213175	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
213482--213512	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
213747--213785	21	1.9	19	90	10	60	51	0	0	48	1.00
220602--220719	53	2.1	56	83	6	143	51	2	5	40	1.37
222389--222436	20	2.4	20	76	13	53	47	2	4	45	1.33
233500--233633	32	3.8	34	78	16	132	58	0	0	39	1.08
233501--233607	25	3.9	27	73	19	69	57	0	0	41	1.05
233550--233617	25	2.6	26	81	9	75	58	0	0	41	0.98
237080--237108	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
237108--237161	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
239479--239517	17	2.3	17	86	8	53	69	0	5	25	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239530--239561	15	2.1	16	94	5	57	50	9	0	40	1.35
243888--243926	15	2.6	15	84	8	53	56	5	5	33	1.43
247424--247497	30	2.4	29	74	22	80	45	2	2	48	1.30
247486--247523	18	2.1	19	90	5	60	34	2	5	57	1.35
247672--247737	32	2.1	32	88	5	98	25	7	13	53	1.66
248104--248147	21	2.0	23	82	8	56	52	4	2	40	1.34
253823--253874	13	3.6	14	78	16	61	57	0	0	42	0.98
253820--253927	31	3.4	31	78	16	114	60	0	0	39	0.97
253818--253920	9	10.7	10	71	15	58	60	0	0	39	0.97
253816--253927	47	2.3	49	80	10	133	60	0	0	39	0.97
253809--253933	20	6.6	18	70	15	74	62	0	0	36	1.01
254348--254376	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
254794--254832	20	2.0	20	84	0	51	51	0	0	48	1.00
254829--254853	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
258721--258750	2	15.0	2	92	0	51	46	0	53	0	1.00
259950--259978	6	5.0	6	91	8	51	51	0	0	48	1.00
262037--262070	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
264909--264946	13	2.9	13	92	7	60	28	0	0	71	0.87
265067--265119	6	8.8	6	79	8	63	41	0	0	58	0.98
265078--265112	17	2.1	17	100	0	70	45	0	0	54	0.99
265137--265173	19	1.9	19	88	0	56	35	18	16	29	1.93
268034--268082	21	2.3	21	96	0	89	36	26	10	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275587--275621	15	2.3	15	95	0	61	48	34	0	17	1.47
276242--276481	121	2.0	121	89	1	365	32	15	13	38	1.87
278128--278211	17	4.9	18	72	20	72	58	0	0	41	0.98
281782--281816	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
282776--282819	21	2.1	21	82	0	52	52	11	0	36	1.38
283612--283637	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
284962--285007	20	2.4	18	85	10	56	41	0	0	58	0.98
285179--285326	26	5.6	27	65	18	64	43	0	0	56	0.99
285188--285248	22	2.8	22	79	0	68	39	0	0	60	0.97
285178--285282	17	6.4	17	67	16	51	43	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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